Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "The", "exact", "function", "of", "this", "charge", "distribution", "is", "not", "known", ",", "but", "data", "from", "other", "systems", "suggests", "a", "docking", "recognition", "function", "with", "other", "components", "of", "the", "type", "III", "apparatus", ",", "possibly", "the", "T3SS", "-", "accociated", "ATPase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "instance", ",", "electronegative", "surface", "residues", "on", "the", "SigE", "chaperone", "in", "the", "SPI", "-", "1", "-", "encoded", "T3SS", "negatively", "affect", "cargo", "secretion", ",", "but", "not", "cargo", "stability", "[", "30", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "enteropathogenic", "E", ".", "coli", ",", "a", "surface", "-", "exposed", "electronegative", "residue", "in", "the", "CesT", "chaperone", "(", "Glu142", ")", "likewise", "contributes", "to", "Tir", "secretion", "but", "not", "Tir", "binding", "[", "16", "]", ",", "suggesting", "a", "role", "in", "either", "targeting", "bound", "cargo", "to", "the", "T3SS", "or", "in", "the", "secretion", "process", "itself", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "SrcA", "lacks", "17", "-", "amino", "acids", "that", "make", "up", "the", "carboxyl", "terminus", "of", "CesT", ",", "which", "includes", "Glu142", ",", "and", "yet", "it", "still", "retains", "effector", "binding", ",", "ATPase", "binding", "and", "effector", "secretion", "functionalities", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "it", "is", "likely", "that", "other", "surface", "charged", "residues", "of", "SrcA", "are", "involved", "in", "these", "functions", "or", "that", "SrcA", "targets", "effector", "cargo", "to", "the", "secretion", "apparatus", "through", "a", "mechanism", "distinct", "from", "CesT", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "The", "interface", "for", "the", "SrcA", "homodimer", "is", "extensive", "and", "is", "more", "in", "keeping", "with", "the", "structural", "features", "of", "single", "-", "effector", "class", "IA", "chaperones", "(", "approximately1100", "-", "1300", "A2", ")", "compared", "to", "the", "reduced", "dimer", "interface", "of", "Spa15", ",", "a", "multi", "-", "cargo", "class", "IB", "chaperone", "from", "Shigella", "[", "31", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "to", "CesT", "and", "SicP", ",", "the", "dimer", "interface", "of", "SrcA", "adopts", "a", "parallel", "configuration", "when", "comparing", "alpha2", "helices", "of", "opposing", "subunits", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "the", "subunits", "of", "Spa15", "undergo", "a", "significant", "relative", "rotation", "(", "80degrees", ")", "about", "the", "alpha2", "-", "axis", "resulting", "in", "a", "different", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "features", "may", "relate", "to", "biological", "function", "in", "the", "SPI2", "T3SS", "and", "/", "or", "in", "vetting", "effector", "cargo", "amongst", "the", ">", "30", "effectors", "identified", "in", "Salmonella", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "We", "found", "no", "evidence", "of", "interactions", "between", "SrcA", "and", "translocon", "components", "of", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "and", "so", "it", "appears", "as", "though", "SrcA", "functions", "specifically", "in", "effector", "translocation", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Implications", "for", "type", "III", "secretion", "function" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "interaction", "between", "SrcA", "and", "SsaN", "supports", "an", "emerging", "paradigm", "whereby", "secretion", "chaperones", "bring", "effector", "cargo", "to", "the", "T3SS", "through", "physical", "interaction", "with", "the", "hexameric", "ATPase", "at", "the", "base", "of", "the", "apparatus", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "was", "demonstrated", "for", "chaperone", "-", "ATPase", "components", "in", "the", "flagellar", "type", "III", "system", "[", "17", "]", "and", "in", "non", "-", "flagellar", "type", "III", "systems", "in", "E", ".", "coli", "[", "27", "]", "and", "the", "SPI", "-", "1", "system", "in", "Salmonella", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "work", "shows", "the", "first", "chaperone", "-", "ATPase", "interaction", "for", "a", "T3SS", "functioning", "from", "within", "an", "intracellular", "vacuolar", "compartment", "and", "supports", "this", "interaction", "as", "a", "more", "generalize", "feature", "of", "type", "III", "secretion", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "our", "experiments", ",", "we", "could", "induce", "the", "ATPase", "domain", "of", "SsaN", "to", "oligomerize", "in", "the", "presence", "of", "SrcA", ",", "but", "not", "in", "its", "absence", ",", "which", "was", "intriguing", "because", "the", "purified", "enzyme", "lacked", "a", "domain", "at", "the", "carboxyl", "terminus", "thought", "to", "be", "involved", "in", "oligomer", "stability", ",", "at", "least", "for", "E", ".", "coli", "EscN", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "data", "suggest", "that", "type", "III", "chaperones", "might", "have", "an", "as", "yet", "undefined", "role", "in", "assembly", "of", "the", "ATPase", "homohexamer", "that", "gives", "rise", "to", "efficient", "effector", "translocation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "will", "be", "an", "important", "area", "for", "further", "experimentation", "in", "this", "and", "other", "systems", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genetic", "and", "functional", "integration", "of", "SrcA", "with", "type", "III", "secretion" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genes", "encoding", "the", "srcA", "chaperone", "and", "the", "effector", "cargos", "(", "pipB2", "and", "sseL", ")", "are", "found", "in", "all", "serotypes", "of", "Salmonella", "enterica", "that", "contain", "the", "SPI", "-", "2", "-", "encoded", "T3SS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conversely", ",", "these", "genes", "are", "absent", "from", "S", ".", "bongori", ",", "which", "lacks", "the", "SPI", "-", "2", "-", "encoded", "T3SS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "expression", "of", "srcA", "is", "coordinated", "with", "T3SS", "transcriptional", "activity", "via", "the", "SsrA", "-", "SsrB", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "encoded", "in", "SPI", "-", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "direct", "binding", "of", "SsrB", "to", "the", "promoter", "region", "upstream", "of", "srcA", ",", "along", "with", "SsrB", "-", "regulation", "of", "both", "sseL", "[", "19", "]", ",", "[", "20", "]", "and", "pipB2", "[", "32", "]", "is", "indicative", "of", "multiple", "cis", "-", "regulatory", "mutation", "events", "that", "have", "allowed", "for", "functional", "coordination", "of", "the", "distributed", "secretion", "apparatus", ",", "chaperone", "and", "effector", "cargos", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "recently", "described", "this", "type", "of", "regulatory", "evolution", "for", "pathogenic", "adaptation", "of", "Salmonella", "to", "its", "host", "[", "21", "]", "and", "srcA", "is", "consistent", "with", "regulatory", "evolution", "of", "chaperone", "-", "effector", "gene", "pairs", "that", "are", "not", "co", "-", "transcribed", "in", "operons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Due", "to", "low", "G", "+", "C", "base", "content", "compared", "to", "the", "genome", "average", "of", "52", "%", ",", "it", "'", "s", "likely", "that", "srcA", "(", "32", "%", "G", "+", "C", ")", "and", "an", "adjacent", "gene", ",", "STM2137", "(", "37", "%", "G", "+", "C", ")", ",", "were", "acquired", "as", "a", "foreign", "islet", "that", "was", "retained", "in", "organisms", "containing", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "due", "to", "the", "selective", "advantage", "afforded", "by", "the", "new", "protein", "interactions", "so", "created", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "STM2137", "(", "also", "known", "as", "SseK2", ")", "is", "a", "likely", "paralog", "of", "SseK1", ",", "an", "effector", "translocated", "by", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "[", "33", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SseK2", "is", "also", "regulated", "by", "the", "SsrA", "-", "SsrB", "two", "-", "component", "system", "but", "compared", "to", "SseK1", ",", "it", "is", "translocated", "in", "much", "less", "abundance", "into", "host", "cells", "[", "33", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "the", "methods", "described", "here", ",", "we", "were", "not", "able", "to", "detect", "SseK2", "secretion", "or", "a", "physical", "interaction", "with", "SrcA", ",", "however", "it", "remains", "possible", "that", "SrcA", "also", "chaperones", "SseK2", "for", "low", "-", "level", "translocation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SrcA", "is", "unique", "among", "other", "multi", "-", "effector", "chaperones", "most", "closely", "related", "to", "it", "in", "that", "it", "is", "unlinked", "from", "the", "T3SS", "genomic", "island", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "InvB", "and", "SicP", "(", "Salmonella", "SPI", "-", "1", ")", ",", "CesT", "(", "enteropathogenic", "E", ".", "coli", "locus", "of", "enterocyte", "effacement", ")", "and", "Spa15", "(", "Shigella", "mxi", "/", "spa", "virulence", "plasmid", "region", ")", "chaperones", "are", "all", "encoded", "within", "the", "T3SS", "structural", "operons", ",", "implying", "they", "have", "co", "-", "evolved", "as", "a", "single", "genetic", "entity", "from", "a", "common", "ancestor", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Given", "its", "genetic", "neighborhood", ",", "srcA", "appears", "to", "be", "a", "genetic", "acquisition", "separate", "from", "SPI", "-", "2", "that", "functionally", "links", "some", "effectors", "to", "the", "T3SS", "apparatus", "via", "the", "ATPase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "role", "of", "horizontal", "gene", "transfer", "and", "regulatory", "evolution", "in", "allowing", "for", "uncoupling", "of", "chaperones", ",", "effectors", "and", "the", "T3SS", "has", "many", "possible", "implications", "for", "T3SS", "function", ",", "including", "plasticity", "in", "chaperone", "-", "effector", "interaction", "networks", ",", "expansion", "of", "effector", "repertoires", ",", "and", "alterations", "to", "the", "kinetics", "and", "hierarchical", "delivery", "of", "effectors", "to", "a", "host", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "events", "may", "improve", "host", "adaptability", "or", "even", "expand", "the", "host", "range", "of", "bacteria", "that", "acquire", "and", "integrate", "new", "functional", "secretion", "chaperones", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Transit", "through", "the", "Flea", "Vector", "Induces", "a", "Pretransmission", "Innate", "Immunity", "Resistance", "Phenotype", "in", "Yersinia", "pestis" ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM" ]

[ "Yersinia", "pestis", ",", "the", "agent", "of", "plague", ",", "is", "transmitted", "to", "mammals", "by", "infected", "fleas", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "exhibits", "a", "distinct", "life", "stage", "in", "the", "flea", ",", "where", "it", "grows", "in", "the", "form", "of", "a", "cohesive", "biofilm", "that", "promotes", "transmission", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "transmission", ",", "the", "temperature", "shift", "to", "37degreesC", "induces", "many", "known", "virulence", "factors", "of", "Y", ".", "pestis", "that", "confer", "resistance", "to", "innate", "immunity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "factors", "are", "not", "produced", "in", "the", "low", "-", "temperature", "environment", "of", "the", "flea", ",", "however", ",", "suggesting", "that", "Y", ".", "pestis", "is", "vulnerable", "to", "the", "initial", "encounter", "with", "innate", "immune", "cells", "at", "the", "flea", "bite", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "we", "used", "whole", "-", "genome", "microarrays", "to", "compare", "the", "Y", ".", "pestis", "in", "vivo", "transcriptome", "in", "infective", "fleas", "to", "in", "vitro", "transcriptomes", "in", "temperature", "-", "matched", "biofilm", "and", "planktonic", "cultures", ",", "and", "to", "the", "previously", "characterized", "in", "vivo", "gene", "expression", "profile", "in", "the", "rat", "bubo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "genes", "involved", "in", "metabolic", "adaptation", "to", "the", "flea", "gut", "and", "biofilm", "formation", ",", "several", "genes", "with", "known", "or", "predicted", "roles", "in", "resistance", "to", "innate", "immunity", "and", "pathogenicity", "in", "the", "mammal", "were", "upregulated", "in", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "from", "infected", "fleas", "were", "more", "resistant", "to", "phagocytosis", "by", "macrophages", "than", "in", "vitro", "-", "grown", "bacteria", ",", "in", "part", "attributable", "to", "a", "cluster", "of", "insecticidal", "-", "like", "toxin", "genes", "that", "were", "highly", "expressed", "only", "in", "the", "flea", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Our", "results", "suggest", "that", "transit", "through", "the", "flea", "vector", "induces", "a", "phenotype", "that", "enhances", "survival", "and", "dissemination", "of", "Y", ".", "pestis", "after", "transmission", "to", "the", "mammalian", "host", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Introduction" ]

[ "O" ]

[ "Arthropod", "-", "borne", "transmission", "of", "bacterial", "pathogens", "is", "somewhat", "rare", "but", "has", "evolved", "in", "a", "phylogenetically", "diverse", "group", "that", "includes", "the", "rickettsiae", ",", "Borrelia", "spirochetes", ",", "and", "the", "gram", "-", "negative", "bacteria", "Francisella", "tularensis", "and", "Yersinia", "pestis", ",", "the", "plague", "bacillus", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "circulates", "among", "many", "species", "of", "wild", "rodents", ",", "its", "primary", "reservoir", "hosts", ",", "via", "flea", "bite", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "As", "it", "alternates", "between", "fleas", "and", "mammals", ",", "it", "is", "postulated", "that", "Y", ".", "pestis", "regulates", "gene", "expression", "appropriately", "to", "adapt", "to", "the", "two", "disparate", "host", "environments", ",", "and", "that", "different", "sets", "of", "genes", "are", "required", "to", "produce", "a", "transmissible", "infection", "in", "the", "flea", "and", "disease", "in", "the", "mammal", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Many", "important", "Y", ".", "pestis", "virulence", "factors", "that", "are", "required", "for", "plague", "in", "mammals", "have", "been", "identified", ",", "and", "most", "of", "them", "are", "induced", "by", "a", "temperature", "shift", "from", "<", "26degreesC", "to", "37degreesC", ",", "which", "mimics", "the", "transition", "from", "a", "flea", "to", "the", "warm", "-", "blooded", "host", "[", "1", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "date", ",", "only", "three", "transmission", "factors", "(", "genes", "specifically", "required", "to", "produce", "a", "transmissible", "infection", "in", "the", "flea", ")", "have", "been", "characterized", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", ",", "the", "yersinia", "murine", "toxin", "(", "ymt", ")", "gene", ",", "encodes", "a", "phospholipase", "D", "that", "is", "required", "for", "survival", "in", "the", "flea", "midgut", "[", "2", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "other", "two", ",", "(", "hmsHFRS", "and", "gmhA", ")", ",", "are", "responsible", "for", "an", "extracellular", "polysaccharide", "and", "a", "lipopolysaccharide", "(", "LPS", ")", "core", "modification", "that", "are", "required", "for", "normal", "biofilm", "formation", "and", "blockage", "in", "the", "flea", "[", "3", "]", ",", "[", "4", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Biofilm", "development", "in", "the", "flea", "digestive", "tract", "is", "important", "for", "biological", "transmission", "[", "5", "]", ",", "[", "6", "]", ",", "[", "7", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "being", "taken", "up", "in", "a", "blood", "meal", ",", "Y", ".", "pestis", "proliferates", "in", "the", "lumen", "of", "the", "flea", "midgut", "to", "form", "cohesive", "multicellular", "biofilm", "aggregates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "some", "infected", "fleas", ",", "the", "proventricular", "valve", "between", "the", "midgut", "and", "esophagus", "is", "colonized", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "subsequent", "growth", "and", "consolidation", "of", "the", "adherent", "Y", ".", "pestis", "biofilm", "amongst", "the", "rows", "of", "cuticle", "-", "covered", "spines", "that", "line", "the", "proventriculus", "interferes", "with", "normal", "blood", "feeding", ",", "resulting", "in", "regurgitation", "of", "bacteria", "and", "transmission", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fleas", "with", "a", "completely", "blocked", "proventriculus", "make", "prolonged", ",", "repeated", "attempts", "to", "feed", ",", "increasing", "the", "opportunities", "for", "transmission", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Formation", "of", "a", "Y", ".", "pestis", "biofilm", "in", "vitro", "and", "in", "the", "flea", "proventriculus", "depends", "on", "synthesis", "of", "an", "extracellular", "polysaccharide", "matrix", "(", "ECM", ")", "that", "is", "synthesized", "only", "at", "temperatures", "below", "26degreesC", "[", "3", "]", ",", "[", "7", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "common", "with", "many", "other", "bacteria", ",", "ECM", "synthesis", "in", "Y", ".", "pestis", "is", "controlled", "by", "intracellular", "levels", "of", "cyclic", "di", "-", "GMP", ",", "which", "are", "determined", "by", "competing", "activities", "of", "the", "hmsT", "diguanylate", "cyclase", "and", "hmsP", "phosphodiesterase", "gene", "products", "[", "8", "]", ",", "[", "9", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bacterial", "adhesins", "are", "typically", "required", "for", "initial", "adherence", "and", "autoaggregation", "in", "biofilm", "development", "[", "10", "]", ",", "but", "such", "factors", "have", "yet", "to", "be", "identified", "in", "Y", ".", "pestis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "In", "a", "previous", "study", ",", "we", "reported", "the", "in", "vivo", "gene", "expression", "profile", "of", "Y", ".", "pestis", "during", "bubonic", "plague", "in", "rats", "[", "11", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "we", "characterized", "the", "Y", ".", "pestis", "transcriptome", "in", "blocked", "Xenopsylla", "cheopis", "rat", "fleas", ",", "an", "important", "vector", "of", "plague", "to", "humans", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Comparing", "the", "Y", ".", "pestis", "gene", "expression", "profile", "in", "the", "flea", "to", "those", "of", "in", "vitro", "biofilm", "and", "planktonic", "cells", "cultured", "at", "the", "low", "temperature", "typical", "of", "the", "flea", "implicated", "several", "genes", "in", "a", "flea", "-", "specific", "adaptive", "response", "and", "in", "proventricular", "blockage", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "comparing", "the", "gene", "expression", "patterns", "in", "the", "flea", "and", "in", "the", "rat", "bubo", "confirmed", "that", "distinct", "subsets", "of", "genes", "are", "differentially", "expressed", "during", "the", "Y", ".", "pestis", "life", "cycle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "several", "genes", "with", "known", "or", "predicted", "roles", "in", "protection", "against", "the", "mammalian", "innate", "immune", "system", "and", "in", "pathogenesis", "were", "upregulated", "in", "the", "flea", ",", "suggesting", "that", "transit", "through", "the", "insect", "vector", "preinduces", "a", "phenotype", "that", "enhances", "Y", ".", "pestis", "survival", "and", "dissemination", "in", "the", "mammal", "after", "flea", "-", "borne", "transmission", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Results", "/", "Discussion" ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "Transcriptional", "profile", "of", "Y", ".", "pestis", "in", "the", "flea", "Little", "is", "known", "about", "the", "environmental", "conditions", "in", "the", "flea", "digestive", "tract", ",", "how", "Y", ".", "pestis", "adapts", "to", "them", ",", "or", "the", "physiological", "state", "of", "the", "bacteria", "at", "transmission", "when", "they", "exit", "the", "flea", "and", "enter", "the", "mammal", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Adult", "fleas", "are", "obligate", "blood", "feeders", "and", "take", "frequent", "blood", "meals", ",", "consisting", "primarily", "of", "protein", "and", "lipid", "with", "relatively", "little", "carbohydrate", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Flea", "proteases", ",", "lipases", ",", "and", "other", "digestive", "enzymes", "begin", "to", "process", "the", "blood", "meal", "in", "the", "midgut", "immediately", "after", "feeding", ",", "yielding", "amino", "acids", "and", "peptides", ",", "glycerol", ",", "fatty", "acids", ",", "and", "simple", "carbohydrates", "[", "12", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "provides", "the", "\"", "medium", "\"", "for", "Y", ".", "pestis", "growth", ",", "but", "these", "and", "other", "factors", "such", "as", "pH", ",", "oxygen", "tension", ",", "osmolarity", ",", "and", "flea", "antibacterial", "immune", "components", "are", "poorly", "defined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "During", "the", "first", "week", "after", "being", "ingested", "in", "an", "infectious", "blood", "meal", ",", "Y", ".", "pestis", "grows", "rapidly", "in", "the", "flea", "midgut", "to", "form", "large", "bacterial", "aggregates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bacterial", "load", "peaks", "at", "about", "106", "cells", "per", "flea", "as", "the", "Y", ".", "pestis", "biofilm", "accumulates", "in", "the", "proventriculus", "to", "cause", "blockage", ",", "and", "then", "plateaus", "[", "2", "]", ",", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "we", "determined", "the", "Y", ".", "pestis", "gene", "expression", "profile", "in", "infective", ",", "blocked", "fleas", ",", "in", "which", "the", "proventriculus", "was", "occluded", "with", "a", "mature", "bacterial", "biofilm", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "KIM6", "+", ",", "which", "lacks", "the", "70", "-", "kb", "virulence", "plasmid", "that", "is", "not", "required", "for", "flea", "infection", "or", "blockage", "[", "3", "]", "was", "used", "for", "this", "analysis", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Blockage", "occurred", "between", "1", ".", "5", "and", "3", ".", "5", "weeks", "after", "the", "initial", "infectious", "blood", "meal", ",", "during", "which", "time", "the", "fleas", "fed", "on", "uninfected", "mice", "twice", "weekly", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Y", ".", "pestis", "in", "vivo", "biofilm", "transcriptome", "was", "compared", "to", "the", "transcriptomes", "of", "in", "vitro", "biofilm", "and", "planktonic", "cultures", "grown", "at", "21degreesC", ",", "the", "same", "temperature", "at", "which", "the", "fleas", "were", "maintained", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Expression", "of", "55", "%", "of", "Y", ".", "pestis", "ORFs", "was", "detected", "in", "the", "flea", "samples", ";", "and", "74", "to", "79", "%", "in", "the", "in", "vitro", "biofilm", ",", "exponential", "phase", "planktonic", "and", "stationary", "phase", "planktonic", "cultures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Principal", "component", "analysis", "to", "visualize", "overall", "clustering", "of", "the", "microarray", "data", "showed", "that", "the", "transcriptional", "profiles", "were", "reproducible", "and", "discrete", "for", "the", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "conditions", "(", "Fig", ".", "1A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Profiles", "of", "the", "exponential", "and", "stationary", "phase", "planktonic", "cultures", "clustered", "most", "closely", ",", "whereas", "the", "profiles", "from", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "biofilm", "growth", "were", "more", "distinct", "from", "each", "other", "and", "from", "the", "planktonic", "culture", "profiles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "There", "were", "214", "Y", ".", "pestis", "genes", "whose", "expression", "was", "significantly", "upregulated", "and", "56", "genes", "downregulated", "in", "the", "flea", "compared", "to", "all", "in", "vitro", "growth", "conditions", "(", "Fig", ".", "1B", ";", "Tables", "S1", "and", "S2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Quantitative", "RT", "-", "PCR", "analysis", "of", "a", "subset", "of", "Y", ".", "pestis", "genes", "differentially", "expressed", "in", "the", "flea", "was", "confirmatory", "of", "the", "microarray", "results", "(", "Fig", ".", "S2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "metabolic", "adaptation", "to", "the", "flea", "gut", "environment" ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "214", "genes", "upregulated", "in", "the", "flea", "gut", "compared", "to", "all", "in", "vitro", "conditions", ",", "78", "are", "metabolic", "genes", ",", "60", "of", "which", "are", "involved", "in", "uptake", "and", "catabolism", "of", "amino", "acids", "and", "carbohydrates", "(", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "particular", ",", "genes", "involved", "in", "transport", "and", "catabolism", "of", "the", "L", "-", "glutamate", "group", "of", "amino", "acids", "(", "Gln", ",", "His", ",", "Arg", ",", "and", "Pro", ")", "were", "specifically", "upregulated", "in", "the", "flea", "(", "Fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "degradation", "of", "these", "amino", "acids", "gives", "rise", "to", "L", "-", "glutamate", "and", "the", "TCA", "cycle", "intermediates", "succinate", ",", "formate", ",", "and", "alpha", "-", "ketoglutarate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O" ]

[ "The", "gabD", "and", "gabT", "genes", "involved", "in", "the", "production", "of", "succinate", "from", "gamma", "-", "aminobutyrate", "(", "GABA", ")", ",", "another", "member", "of", "the", "L", "-", "glutamate", "group", ",", "were", "also", "highly", "induced", "in", "the", "flea", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "gabD", "gene", "functions", "to", "produce", "succinate", "from", "both", "GABA", "and", "hydroxyphenylacetate", "(", "HPA", ")", ",", "an", "aromatic", "degradation", "product", "of", "Tyr", "and", "Phe", ";", "and", "the", "HPA", "transport", "(", "hpaX", ")", "and", "catabolism", "(", "hpaCBIFHDE", ")", "genes", "of", "Y", ".", "pestis", "were", "also", "highly", "upregulated", "in", "the", "flea", "gut", "(", "Table", "S1", ",", "Fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "Y", ".", "pestis", "does", "not", "have", "homologs", "of", "genes", "required", "to", "produce", "GABA", "or", "HPA", ",", "these", "metabolites", "may", "be", "taken", "up", "from", "the", "flea", "digestive", "tract", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Alternatively", ",", "the", "gabD", "and", "gabT", "gene", "products", "might", "act", "in", "the", "reverse", "direction", "to", "synthesize", "GABA", ",", "which", "has", "osmoprotective", "properties", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "central", "role", "of", "the", "L", "-", "glutamate", "family", "of", "amino", "acids", "may", "also", "confer", "this", "advantage", "in", "the", "flea", "gut", ",", "because", "Glu", "and", "Pro", "are", "osmoprotectants", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "both", "glutamate", "and", "GABA", "are", "important", "neurotransmitters", "at", "the", "neuromuscular", "junction", "of", "insects", ",", "and", "the", "concentration", "of", "glutamate", "is", "very", "low", "in", "insect", "hemolymph", ",", "suggesting", "that", "it", "is", "converted", "to", "glutamine", "before", "it", "is", "absorbed", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Insect", "midgut", "epithelium", "is", "typified", "by", "multiple", "amino", "acid", "transporters", "with", "specific", "substrates", "and", "rapid", "absorption", "kinetics", ",", "but", "different", "amino", "acids", "enter", "the", "hemocoel", "at", "different", "rates", "and", "amounts", "[", "14", "]", ",", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "Y", ".", "pestis", "metabolism", "in", "the", "flea", "may", "reflect", "the", "available", "pool", "of", "amino", "acids", "in", "the", "midgut", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", "to", "the", "amino", "acids", ",", "hexoses", "do", "not", "appear", "to", "be", "an", "important", "energy", "source", "during", "infection", "of", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Only", "the", "genes", "encoding", "for", "chitobiose", "phosphotransferase", "(", "PTS", ")", "uptake", "and", "utilization", "systems", "(", "chbBC", ";", "chbF", ")", ",", "and", "for", "a", "PTS", "system", "of", "unknown", "specificity", "(", "frwBCD", ")", "were", "significantly", "upregulated", "in", "the", "flea", "[", "16", "]", ",", "[", "17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Chitobiose", "could", "be", "present", "in", "the", "flea", "gut", "due", "to", "turnover", "of", "the", "chitin", "layer", "on", "the", "proventricular", "spines", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Expression", "of", "the", "glucose", "PTS", "system", "was", "only", "slightly", "increased", "relative", "to", "LB", "cultures", ",", "and", "other", "PTS", "systems", "were", "downregulated", "(", "Table", "S2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Glycolytic", "pathways", "were", "not", "upregulated", "in", "the", "flea", ";", "instead", ",", "available", "hexoses", "and", "the", "gluconeogenesis", "pathway", "may", "be", "used", "to", "synthesize", "polysaccharide", "components", "required", "for", "cell", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Upregulation", "of", "the", "actP", "and", "acs", "genes", "in", "the", "flea", ",", "which", "direct", "the", "uptake", "of", "acetate", "and", "its", "conversion", "to", "acetyl", "-", "CoA", ",", "also", "suggests", "that", "insufficient", "acetyl", "-", "CoA", "is", "produced", "by", "glycolysis", "to", "potentiate", "the", "TCA", "cycle", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "The", "switch", "from", "acetate", "secretion", "to", "acetate", "uptake", "is", "typical", "of", "growth", "in", "a", "glucose", "-", "limited", ",", "amino", "acid", "rich", "environment", "[", "18", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", "to", "hexose", "uptake", "systems", ",", "Y", ".", "pestis", "genes", "that", "encode", "permeases", "for", "the", "pentoses", "ribose", ",", "xylose", ",", "and", "arabinose", "were", "induced", "in", "the", "flea", "gut", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Acquisition", "of", "pentoses", "from", "the", "environment", "may", "be", "important", "because", "Y", ".", "pestis", "does", "not", "possess", "glucose", "6", "-", "phosphate", "dehydrogenase", "activity", ",", "the", "first", "step", "of", "the", "pentose", "phosphate", "pathway", "[", "19", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "the", "flea", "gut", "contains", "lipid", "derived", "from", "the", "blood", "meal", ",", "Y", ".", "pestis", "does", "not", "appear", "to", "use", "it", "as", "a", "major", "energy", "source", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]