Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "Much", "of", "the", "virulence", "potential", "of", "Salmonella", "enterica", ",", "a", "group", "of", "more", "than", "2300", "serotypes", ",", "is", "attributed", "to", "horizontally", "acquired", "genomic", "islands", "termed", "Salmonella", "Pathogenicity", "Islands", "(", "SPI", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SPI", "-", "1", "encodes", "a", "T3SS", "required", "for", "host", "cell", "invasion", "and", "SPI", "-", "2", "encodes", "a", "second", "T3SS", "needed", "for", "intracellular", "survival", "and", "immune", "evasion", "[", "6", "]", ",", "[", "7", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "date", ",", "13", "effectors", "have", "been", "identified", "as", "substrates", "of", "the", "SPI", "-", "1", "T3SS", "and", "21", "effectors", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", ",", "although", "the", "chaperones", "orchestrating", "the", "latter", "system", "have", "been", "elusive", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whereas", "80", "%", "of", "the", "effectors", "of", "the", "SPI", "-", "1", "system", "have", "defined", "chaperones", ",", "only", "two", "effector", "-", "chaperone", "interactions", "are", "known", "for", "the", "SPI", "-", "2", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "include", "the", "effector", "-", "chaperone", "pair", "of", "SseF", "-", "SscB", ",", "and", "the", "chaperone", "SseA", "that", "binds", "translocon", "components", "SseD", "and", "SseB", "[", "8", "]", ",", "[", "9", "]", ",", "[", "10", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Crystal", "structures", "have", "been", "determined", "for", "three", "chaperones", "that", "coordinate", "translocation", "of", "effectors", "through", "the", "SPI", "-", "1", "T3SS", "(", "InvB", "[", "11", "]", ",", "SicP", "[", "12", "]", "and", "SigE", "[", "13", "]", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", "no", "structures", "are", "available", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "chaperones", "whose", "effector", "repertoire", "seems", "considerably", "larger", "than", "that", "of", "the", "SPI", "-", "1", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "maintaining", "a", "region", "of", "localized", "effector", "unfolding", "[", "12", "]", ",", "T3SS", "chaperones", "have", "an", "emerging", "role", "as", "escorts", "that", "deliver", "their", "cargo", "to", "the", "cytoplasmic", "face", "of", "the", "inner", "membrane", "through", "physical", "interactions", "with", "an", "ATPase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "ATPases", "form", "a", "hexameric", "structure", "at", "the", "base", "of", "the", "T3SS", "[", "14", "]", "and", "are", "a", "conserved", "feature", "of", "both", "flagellar", "and", "non", "-", "flagellar", "type", "III", "systems", "to", "enhance", "secretion", "activity", "by", "promoting", "chaperone", "release", "and", "effector", "unfolding", "prior", "to", "secretion", "[", "15", "]", ",", "[", "16", "]", ",", "[", "17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "chaperone", "-", "ATPase", "interaction", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "has", "not", "been", "described", "previously", "and", "so", "whether", "this", "system", "conforms", "to", "the", "emerging", "escort", "paradigm", "is", "not", "known", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "regulation", "of", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "and", "its", "associated", "effector", "genes", "is", "coordinated", "by", "environmental", "cues", "signifying", "the", "intracellular", "environment", "[", "18", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "cues", "activate", "a", "two", "-", "component", "signaling", "system", "encoded", "in", "the", "SPI", "-", "2", "island", "comprising", "the", "SsrA", "sensor", "kinase", "and", "SsrB", "response", "regulator", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "activating", "all", "of", "the", "T3SS", "structural", "operons", ",", "transcriptional", "profiling", "has", "uncovered", "new", "genes", "in", "the", "SsrB", "regulon", "that", "are", "required", "for", "bacterial", "pathogenesis", "including", "a", "translocated", "effector", ",", "SseL", "[", "19", "]", ",", "[", "20", "]", ",", "and", "a", "gene", "of", "unknown", "function", "called", "srfN", "that", "is", "common", "to", "the", "Salmonella", "genus", "[", "21", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "a", "reverse", "genetics", "approach", "we", "identified", "an", "SsrB", "-", "regulated", "gene", "(", "STM2138", ")", "that", "we", "named", "srcA", "(", "SsrB", "-", "regulated", "chaperone", "A", ")", ",", "whose", "gene", "product", "satisfied", "several", "a", "priori", "predictions", "relating", "to", "the", "physical", "properties", "associated", "with", "T3SS", "chaperones", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "solved", "the", "crystal", "structure", "of", "SrcA", "and", "performed", "additional", "biochemical", ",", "proteomic", "and", "in", "vivo", "experiments", "that", "revealed", "SrcA", "to", "be", "a", "class", "I", "chaperone", "required", "for", "bacterial", "fitness", "in", "the", "host", "environment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Despite", "being", "genetically", "disconnected", "from", "SPI", "-", "2", ",", "SrcA", "is", "integrated", "functionally", "with", "this", "system", "by", "binding", "to", "the", "T3SS", "ATPase", ",", "SsaN", ",", "and", "providing", "chaperone", "activity", "towards", "two", "important", "effectors", ",", "SseL", "(", "STM2287", ")", "and", "PipB2", "(", "STM2780", ")", ",", "necessary", "for", "immune", "escape", "and", "cell", "-", "to", "-", "cell", "transmission", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "data", "reveal", "structural", "and", "biochemical", "insight", "into", "a", "T3SS", "secretion", "chaperone", "required", "for", "intracellular", "pathogenesis", "of", "Salmonella", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Results" ]

[ "O" ]

[ "Identification", "of", "an", "SsrB", "-", "regulated", "secretion", "chaperone", "Transcriptional", "profiling", "of", "SsrB", "-", "regulated", "genes", "in", "S", ".", "enterica", "serovar", "Typhimurium", "(", "S", ".", "Typhimurium", ")", "[", "22", "]", "identified", "a", "hypothetical", "gene", ",", "STM2138", "(", "named", "srcA", "hereafter", ")", ",", "that", "was", "co", "-", "regulated", "with", "genes", "in", "SPI", "-", "2", "and", "repressed", "approximately20", "-", "fold", "in", "an", "ssrB", "mutant", "compared", "to", "wild", "type", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "gene", "was", "also", "down", "regulated", "in", "Salmonella", "mutants", "lacking", "the", "SsrA", "sensor", "kinase", "[", "20", "]", ",", "and", "was", "predicted", "to", "encode", "a", "possible", "chaperone", "in", "a", "bioinformatics", "-", "based", "screen", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "srcA", "gene", "is", "not", "located", "in", "the", "vicinity", "of", "the", "T3SS", "encoded", "by", "SPI", "-", "2", "(", "STM1378", "-", "STM1425", ")", ",", "but", "is", "713", "genes", "downstream", "on", "the", "chromosome", "(", "STM", "numbers", "are", "based", "on", "the", "LT2", "genome", "and", "ordered", "sequentially", "on", "the", "chromosome", "beginning", "at", "STM0001", ",", "thrL", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "The", "predicted", "srcA", "gene", "product", "was", "a", "small", "protein", "approximately16", "kDa", "with", "a", "pI", "of", "4", ".", "6", ",", "similar", "to", "secretion", "chaperones", "associated", "with", "T3SS", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "verify", "SsrB", "input", "on", "srcA", "expression", ",", "we", "analyzed", "SsrB", "binding", "in", "vivo", "at", "the", "region", "of", "DNA", "surrounding", "srcA", "using", "genome", "-", "wide", "ChIP", "-", "on", "-", "chip", "[", "21", "]", "(", "and", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "analysis", "revealed", "a", "strong", "SsrB", "binding", "site", "spanning", "10", "syntenic", "probes", "within", "the", "intergenic", "region", "(", "IGR", ")", "upstream", "of", "srcA", ",", "that", "together", "with", "the", "transcriptional", "data", "corroborated", "a", "direct", "regulatory", "role", "for", "SsrB", "on", "srcA", "expression", "(", "Fig", ".", "1A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "the", "cellular", "distribution", "of", "SrcA", "we", "constructed", "a", "srcA", "-", "HA", "allele", "and", "expressed", "this", "gene", "in", "wild", "type", "and", "in", "ssrB", "mutant", "cells", "under", "conditions", "that", "activate", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "[", "24", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "whole", "cell", "lysates", ",", "SrcA", "protein", "was", "reduced", "approximately10", "-", "fold", "in", "DeltassrB", "cells", "compared", "to", "wild", "type", "(", "Fig", ".", "1B", ")", "and", "the", "protein", "was", "not", "detected", "in", "the", "secreted", "fraction", "from", "wild", "type", "cells", "(", "Fig", ".", "1C", ")", ",", "consistent", "with", "the", "expected", "properties", "of", "a", "T3SS", "chaperone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "positive", "control", ",", "SseC", ",", "an", "SsrB", "-", "regulated", "translocon", "protein", "of", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "was", "present", "in", "the", "secreted", "fraction", "from", "wild", "type", "cells", "but", "not", "from", "an", "ssrB", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "SrcA", "contributes", "to", "Salmonella", "fitness", "in", "an", "animal", "host" ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM" ]

[ "Most", "SsrB", "-", "regulated", "gene", "products", "contribute", "to", "the", "intracellular", "survival", "of", "Salmonella", "in", "a", "host", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "In", "comparative", "genomics", "analyses", ",", "srcA", "was", "found", "in", "all", "virulent", "strains", "of", "Salmonella", "enterica", "containing", "SPI", "-", "2", ",", "but", "was", "absent", "from", "the", "cold", "-", "blooded", "animal", "commensal", ",", "S", ".", "bongori", ",", "which", "lacks", "SPI", "-", "2", "(", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "suggested", "a", "co", "-", "evolution", "of", "srcA", "with", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "and", "a", "possible", "functional", "relationship", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "If", "so", ",", "we", "reasoned", "that", "SrcA", "should", "contribute", "to", "animal", "colonization", "because", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "is", "essential", "for", "host", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "whether", "SrcA", "contributes", "to", "Salmonella", "fitness", "in", "a", "host", ",", "we", "created", "an", "unmarked", "in", "-", "frame", "srcA", "deletion", "in", "S", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM" ]

[ "Typhimurium", "and", "competed", "this", "strain", "against", "wild", "type", "cells", "in", "mixed", "oral", "infections", "of", "mice", "[", "25", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "three", "days", "of", "infection", "the", "geometric", "mean", "competitive", "index", "(", "CI", ")", "for", "the", "mutant", "was", "0", ".", "20", "(", "95", "%", "CI", "0", ".", "13", "-", "0", ".", "29", ")", "and", "0", ".", "18", "(", "95", "%", "CI", "0", ".", "06", "-", "0", ".", "5", ")", "in", "the", "spleen", "and", "liver", "respectively", "(", "P", "<", "0", ".", "0001", ";", "Fig", ".", "1D", ")", "indicating", "that", "bacteria", "lacking", "srcA", "were", "significantly", "out", "competed", "by", "wild", "type", "cells", "during", "systemic", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "verify", "the", "role", "of", "srcA", "on", "this", "phenotype", ",", "we", "complemented", "the", "srcA", "mutant", "with", "a", "wild", "type", "srcA", "gene", "under", "the", "control", "of", "its", "endogenous", "promoter", ",", "which", "restored", "in", "vivo", "fitness", "to", "that", "of", "wild", "type", "(", "Fig", ".", "1D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "level", "of", "attenuation", "of", "the", "srcA", "mutant", "was", "generally", "higher", "than", "most", "single", "effector", "gene", "mutants", "[", "26", "]", ",", "which", "suggested", "to", "us", "that", "SrcA", "contributes", "to", "an", "important", "aspect", "of", "T3SS", "function", "in", "vivo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Crystal", "structure", "of", "SrcA" ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN" ]

[ "Sequence", "analysis", "showed", "59", "%", "amino", "acid", "identity", "between", "SrcA", "and", "CesT", ",", "a", "secretion", "chaperone", "in", "enteropathogenic", "E", ".", "coli", "(", "EPEC", ")", "(", "Fig", ".", "2A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "means", "to", "address", "the", "biological", "function", "of", "SrcA", ",", "we", "solved", "the", "crystal", "structure", "at", "2", ".", "5", "-", "A", "resolution", "(", "PDB", "3EPU", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "A", "summary", "of", "crystallographic", "data", "collection", "and", "model", "refinement", "statistics", "is", "in", "Table", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "structure", "was", "solved", "by", "molecular", "replacement", "using", "an", "initial", "model", "based", "on", "CesT", "(", "PDB", "1K3E", ")", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SrcA", "crystallized", "in", "space", "group", "C2", "with", "two", "molecules", "related", "by", "a", "2", "-", "fold", "symmetry", "axis", "in", "each", "asymmetric", "unit", "(", "Fig", ".", "2B", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "monomer", "consisted", "of", "a", "small", "and", "large", "domain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "smaller", "domain", "formed", "by", "alpha1", "and", "the", "extended", "loop", "region", "preceding", "beta1", "adopts", "a", "distinct", "conformation", "in", "each", "subunit", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "larger", "domain", "mediates", "dimerization", "and", "is", "comprised", "of", "a", "twisted", "anti", "-", "parallel", "beta", "-", "sheet", "(", "beta1", "-", "beta2", "-", "beta3", "-", "beta5", "-", "beta4", ")", "flanked", "by", "alpha", "-", "helices", "alpha2", "and", "alpha3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "dimer", "interface", "formed", "between", "SrcA", "monomers", "occurs", "primarily", "through", "reciprocal", "hydrophobic", "interactions", "between", "alpha2", "and", "alpha2", "'", "with", "additional", "interface", "-", "stabilizing", "interactions", "occurring", "between", "the", "alpha2", "helix", "of", "one", "monomer", "and", "beta4", "and", "beta5", "strands", "of", "the", "opposing", "monomer", "(", "Fig", ".", "2B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "total", "surface", "area", "buried", "at", "the", "dimer", "interface", "is", "1258", "A2", ",", "suggesting", "that", "SrcA", "would", "exist", "as", "a", "dimer", "in", "solution", ",", "which", "we", "confirmed", "by", "gel", "filtration", "analysis", "(", "see", "below", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "structure", "similarity", "search", "with", "SrcA", "revealed", "proteins", "identified", "as", "T3SS", "secretion", "chaperones", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CesT", "and", "SicP", "were", "the", "most", "structurally", "similar", "to", "SrcA", ",", "aligning", "with", "RMSD", "of", "1", ".", "8", "A", "and", "2", ".", "2", "A", "respectively", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "With", "the", "exception", "of", "CesT", ",", "SrcA", "has", "weak", "overall", "sequence", "identity", "(", "<", "20", "%", ")", "with", "other", "T3SS", "chaperones", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CesT", ",", "SicP", "and", "SrcA", "contain", "several", "clusters", "of", "highly", "conserved", "amino", "acids", "notable", "on", "primary", "sequence", "alignments", "(", "Fig", ".", "2A", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "of", "these", "conserved", "sites", "are", "located", "in", "the", "alpha2", "-", "interface", "helix", "and", "in", "strands", "beta4", "and", "beta5", "that", "help", "stabilize", "this", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "the", "N", "-", "terminus", "of", "these", "proteins", "is", "conserved", "structurally", ",", "the", "tertiary", "structures", "differ", "for", "each", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "CesT", ",", "alpha1", "and", "beta1", "adopt", "an", "extended", "conformation", "while", "the", "equivalent", "domain", "in", "SicP", "remains", "closely", "packed", "against", "the", "dimerization", "domain", "[", "12", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "SrcA", ",", "both", "extended", "and", "closely", "packed", "conformations", "are", "observed", "in", "separate", "subunits", "of", "the", "same", "dimer", "within", "the", "asymmetric", "unit", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "extended", "conformation", "the", "N", "-", "terminal", "helix", "from", "one", "dimer", "interacts", "with", "the", "beta4", "region", "of", "an", "adjacent", "dimer", ",", "similar", "to", "a", "domain", "swap", "seen", "in", "CesT", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "this", "time", ",", "the", "possible", "biological", "relevance", "for", "such", "a", "domain", "swap", "is", "unclear", "and", "may", "reflect", "an", "artifact", "of", "crystallization", "as", "critically", "discussed", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "comparison", "of", "the", "SrcA", "dimer", "interface", "with", "other", "class", "I", "chaperone", "family", "members", "indicates", "the", "overall", "similarity", "of", "quaternary", "structure", "shared", "between", "SrcA", ",", "CesT", "and", "SicP", "(", "Fig", ".", "3A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "in", "contrast", "to", "the", "class", "II", "chaperone", "interface", "of", "Spa15", ",", "which", "despite", "having", "similar", "tertiary", "structure", "to", "SrcA", "adopts", "a", "distinct", "dimer", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "structural", "alignment", "of", "SrcA", "and", "Spa15", "generated", "through", "alignment", "of", "single", "monomers", "shows", "the", "relative", "difference", "in", "subunit", "orientation", "between", "SrcA", "and", "Spa15", "reflected", "by", "the", "positions", "of", "each", "monomer", "in", "the", "dimer", "configuration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "unique", "orientations", "produce", "an", "80degrees", "rotational", "offset", "between", "respective", "subunits", "and", "could", "be", "expected", "to", "influence", "the", "mode", "of", "effector", "interactions", "utilized", "by", "these", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "evaluate", "the", "potential", "for", "an", "effector", "-", "binding", "surface", "on", "SrcA", ",", "the", "structure", "of", "SicP", "in", "complex", "with", "its", "effector", "SptP", "was", "aligned", "with", "SrcA", "and", "represented", "as", "a", "space", "-", "filling", "model", "(", "Fig", ".", "3B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Binding", "of", "SptP", "occurs", "primarily", "in", "the", "N", "-", "terminus", "of", "SicP", "[", "12", "]", ",", "which", "is", "similar", "to", "the", "effector", "binding", "surface", "for", "SrcA", "predicted", "in", "silico", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "surface", "contains", "several", "conserved", "hydrophobic", "residues", "including", "L16", ",", "D24", ",", "N26", ",", "and", "I32", "(", "Fig", ".", "2A", ")", ",", "which", "is", "consistent", "with", "SrcA", "using", "a", "similar", "mechanism", "for", "interaction", "with", "effectors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SrcA", "interacts", "with", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "ATPase" ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "emerging", "function", "for", "T3SS", "chaperones", "is", "delivery", "of", "cargo", "to", "the", "base", "of", "the", "apparatus", "through", "interactions", "with", "an", "ATPase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "was", "shown", "for", "the", "flagellar", "T3SS", "[", "17", "]", "and", "later", "in", "the", "virulence", "-", "associated", "T3SS", "in", "E", ".", "coli", "[", "16", "]", ",", "[", "27", "]", "and", "the", "SPI", "-", "1", "T3SS", "in", "Salmonella", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "analogous", "interactions", "have", "not", "been", "described", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "srcA", "expression", "was", "co", "-", "regulated", "with", "genes", "in", "SPI", "-", "2", ",", "we", "hypothesized", "that", "it", "had", "a", "functional", "role", "in", "this", "system", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "address", "this", "biochemically", "we", "purified", "SrcA", "and", "the", "predicted", "ATPase", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", ",", "SsaN", ",", "and", "performed", "binding", "experiments", "and", "gel", "filtration", "chromatography", "of", "the", "protein", "mixtures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SsaN", "contains", "conserved", "amino", "acid", "residues", "characteristic", "of", "Walker", "-", "A", "and", "Walker", "-", "B", "motifs", "of", "P", "-", "loop", "nucleoside", "triphosphate", "hydrolases", ",", "as", "well", "as", "a", "number", "of", "residues", "shown", "to", "contribute", "to", "ATP", "binding", "or", "ring", "stacking", "with", "the", "adenine", "base", "of", "ATP", "in", "the", "E", ".", "coli", "orthologue", ",", "EscN", ",", "(", "Q412", ",", "E191", ",", "R366", ")", "(", "Fig", ".", "S1", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "SsaN", "had", "not", "been", "characterized", "biochemically", "we", "first", "verified", "that", "our", "purified", "protein", "had", "ATPase", "activity", "(", "Fig", ".", "S1", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "then", "mixed", "SrcA", "and", "SsaN", "proteins", "and", "resolved", "the", "protein", "complexes", "by", "gel", "filtration", "chromatography", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "itself", ",", "SrcA", "existed", "as", "a", "dimer", "in", "solution", "(", "Fig", ".", "4A", ")", "with", "no", "higher", "oligomers", "present", ",", "substantiating", "the", "stoichiometry", "obtained", "from", "our", "crystal", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SsaN", "existed", "as", "a", "monomer", "with", "a", "minor", "population", "eluting", "in", "a", "volume", "consistent", "with", "a", "probable", "dimer", "(", "Fig", ".", "4B", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "When", "SrcA", "was", "mixed", "with", "SsaN", ",", "a", "new", "protein", "complex", "of", "high", "molecular", "weight", "was", "observed", ",", "along", "with", "diminished", "peaks", "corresponding", "to", "the", "SrcA", "dimer", "and", "SsaN", "monomer", "(", "Fig", ".", "4C", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "new", "complex", "elutes", "with", "a", "Stokes", "radius", "consistent", "with", "an", "apparent", "molecular", "mass", "of", "approximately600", "kDa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "verified", "the", "identities", "of", "protein", "originating", "from", "each", "peak", "by", "western", "blot", "(", "Fig", ".", "4D", ")", "and", "LC", "-", "MS", "/", "MS", ",", "which", "showed", "the", "new", "complex", "was", "comprised", "of", "both", "SsaN", "and", "SrcA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "SrcA", "binds", "effector", "cargo", "destined", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS" ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "structural", "and", "biochemical", "data", "unambiguously", "defined", "SrcA", "as", "a", "T3SS", "-", "associated", "chaperone", ",", "we", "used", "two", "experimental", "approaches", "to", "identify", "SrcA", "cargo", "(", "s", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", ",", "we", "used", "stable", "isotope", "labeling", "of", "amino", "acids", "in", "cell", "culture", "(", "SILAC", ")", "[", "28", "]", "in", "conjunction", "with", "quantitative", "mass", "spectrometry", "-", "based", "proteomics", "to", "identify", "cargo", "immunoprecipitated", "with", "SrcA", "from", "Salmonella", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "For", "this", "series", "of", "experiments", "we", "constructed", "a", "mutant", "in", "which", "the", "srcA", "gene", "was", "replaced", "on", "the", "chromosome", "with", "srcA", "-", "FLAG", "to", "enable", "immunoprecipitation", "from", "cell", "lysates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Lysates", "prepared", "from", "wild", "type", "cells", "grown", "in", "2H4", "-", "Lys", "and", "13C6", "-", "Arg", "containing", "SILAC", "medium", "(", "heavy", ")", "and", "srcA", "mutant", "cells", "grown", "in", "medium", "containing", "natural", "amino", "acids", "of", "Lys", "and", "Arg", "(", "light", ")", "were", "mixed", "and", "subjected", "to", "an", "immunoprecipitation", "procedure", "with", "an", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "followed", "by", "quantitative", "mass", "spectrometry", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Peptides", "originating", "from", "wild", "type", "cells", "contained", "heavy", "atom", "-", "substituted", "lysine", "and", "arginine", "such", "that", "putative", "SrcA", "cargo", "proteins", "would", "generate", "low", "heavy", ":", "light", "SILAC", "peptide", "ratios", "from", "the", "complex", "mixtures", "(", "Fig", ".", "5A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "these", "experiments", "the", "T3SS", "effector", "protein", "SseL", "was", "identified", "by", "quantitative", "SILAC", "mass", "spectrometry", "as", "a", "specific", "SrcA", "cargo", "protein", "(", "Fig", ".", "5B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SseL", "was", "immunoprecipitated", "specifically", "along", "with", "SrcA", "-", "FLAG", "with", "a", "SILAC", "ratio", "of", "0", ".", "08", ",", "whereas", "additional", "abundant", "proteins", "displayed", "SILAC", "ratios", "closer", "to", "approximately1", "(", "OmpF", "is", "shown", ",", "Fig", ".", "5B", ")", "(", "mean", "SILAC", "ratio", "of", "all", "other", "peptides", "identified", "was", "0", ".", "93", "(", "Dataset", "S1", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secondly", ",", "to", "verify", "the", "mass", "spectrometry", "data", "and", "to", "identify", "other", "possible", "effector", "cargo", ",", "we", "examined", "the", "secretion", "profiles", "of", "wild", "type", "cells", "and", "an", "srcA", "mutant", "that", "each", "expressed", "HA", "-", "tagged", "effector", "genes", ",", "the", "products", "of", "which", "are", "secreted", "by", "the", "SPI", "-", "2", "-", "encoded", "T3SS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "this", "approach", "SseL", "-", "HA", "and", "PipB2", "-", "HA", "were", "depleted", "from", "the", "secreted", "protein", "fraction", "of", "srcA", "mutant", "cells", "(", "Fig", ".", "5C", ")", "but", "reached", "similar", "levels", "in", "the", "bacterial", "cytoplasm", "(", "Fig", ".", "5D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "expected", "from", "data", "with", "the", "complemented", "mutant", "in", "vivo", ",", "expression", "of", "srcA", "in", "trans", "restored", "effector", "secretion", "in", "the", "srcA", "mutant", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SrcA", "is", "required", "for", "PipB2", "-", "dependent", "centrifugal", "displacement", "of", "the", "Salmonella", "-", "containing", "vacuole" ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "To", "further", "show", "a", "role", "for", "SrcA", "in", "chaperoning", "PipB2", ",", "we", "set", "up", "experiments", "to", "test", "whether", "deleting", "srcA", "would", "phenocopy", "DeltapipB2", "cells", "for", "PipB2", "-", "dependent", "centrifugal", "displacement", "of", "the", "Salmonella", "containing", "vacuole", "(", "SCV", ")", "in", "epithelial", "cells", ",", "an", "event", "linked", "to", "cell", "-", "to", "-", "cell", "transfer", "during", "infection", "in", "vitro", "[", "29", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "10", "h", "after", "infection", "the", "majority", "of", "SCVs", "were", "situated", "near", "the", "nucleus", "in", "accordance", "with", "previous", "work", "(", "Fig", ".", "6A", ")", "[", "29", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "24", "h", "after", "infection", "SCVs", "containing", "wild", "type", "bacteria", "were", "displaced", "centrifugally", "towards", "the", "cell", "periphery", "whereas", "SCVs", "containing", "either", "pipB2", "or", "srcA", "mutant", "bacteria", "remained", "juxtaposed", "to", "the", "nucleus", "(", "Fig", ".", "6A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "average", "distance", "from", "the", "nucleus", "of", "LAMP1", "+", "SCVs", "containing", "wild", "type", "bacteria", "was", "2", ".", "19", "microm", "at", "10h", "post", "infection", "and", "increased", "to", "7", ".", "86", "microm", "by", "24", "h", "after", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conversely", ",", "SCVs", "containing", "either", "DeltapipB2", "cells", "or", "DeltasrcA", "cells", "were", "1", ".", "38", "microm", "and", "2", ".", "09", "microm", "at", "10h", "but", "lacked", "centrifugal", "displacement", "at", "24", "h", "(", "2", ".", "23", "microm", "and", "2", ".", "85", "microm", ",", "respectively", ")", "(", "Fig", ".", "6B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Discussion" ]

[ "O" ]

[ "Structural", "features", "of", "SrcA", "We", "used", "a", "reverse", "genetics", "approach", "to", "define", "a", "new", "secretion", "chaperone", "in", "S", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM" ]

[ "Typhimurium", "that", "is", "integrated", "functionally", "with", "the", "T3SS", "encoded", "by", "SPI", "-", "2", ",", "a", "system", "well", "described", "for", "its", "role", "in", "immune", "subversion", "and", "intracellular", "infection", "during", "host", "colonization", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Consistent", "with", "other", "class", "I", "secretion", "chaperones", ",", "SrcA", "has", "extensive", "electronegative", "charge", "distributed", "over", "the", "surface", "of", "the", "molecule", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]