Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "The", "phosphoproteomes", "were", "analyzed", "using", "two", "approaches", ",", "(", "i", ")", "immunoblot", "analysis", "of", "whole", "biofilm", "cell", "extracts", "and", "(", "ii", ")", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "in", "conjunction", "with", "cICAT", "labeling", "following", "MOAC", "purification", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "phosphoproteome", "of", "DeltabfiS", "biofilms", "as", "determined", "by", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "was", "74", "%", "similar", "(", "26", "%", "difference", ")", "to", "planktonic", "cells", "while", "DeltabfmR", "biofilms", "shared", "60", "%", "of", "all", "detected", "phosphorylation", "events", "with", "planktonic", "cells", "(", "40", "%", "difference", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "in", "contrast", "to", "the", "phosphoproteome", "of", "144", "-", "hr", "-", "old", "P", ".", "aeruginosa", "wild", "type", "biofilms", ",", "which", "was", "62", "-", "65", "%", "different", "from", "that", "of", "planktonic", "cells", "(", "Fig", ".", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "both", "mutant", "biofilms", "failed", "to", "exhibit", "phosphorylation", "events", "typically", "observed", "during", "normal", "biofilm", "development", "following", "144", "hr", "of", "growth", "(", "see", "Fig", ".", "1", ",", "Suppl", ".", "Table", "S2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "instance", ",", "DeltabfiS", "and", "DeltabfmR", "biofilms", "lacked", "all", "phosphorylated", "proteins", "typically", "found", "in", "mature", ",", "144", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "both", "mutant", "biofilms", "lacked", "evidence", "for", "MifR", "phosphorylation", "(", "phosphorylated", "following", "72", "hr", "of", "wild", "type", "growth", ",", "Table", "1", ",", "Suppl", ".", "Fig", ".", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Instead", ",", "DeltabfiS", "biofilms", "exhibited", "stage", "-", "specific", "phosphorylation", "events", "typically", "detected", "in", "8", "-", "hr", "-", "and", "24", "-", "hr", "-", "old", "wild", "type", "biofilms", ":", "the", "Ser", "/", "Thr", "phosphoproteome", "contained", "15", "out", "of", "23", "phosphorylated", "proteins", "and", "2", "out", "of", "21", "phosphorylated", "proteins", "that", "are", "specific", "for", "8", "-", "hr", "-", "and", "24", "-", "hr", "-", "old", "wild", "type", "biofilms", ",", "respectively", "(", "see", "Fig", ".", "1", ",", "Suppl", ".", "Table", "S2", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similarly", ",", "the", "phosphorylation", "patterns", "of", "DeltabfmR", "biofilms", "indicated", "the", "presence", "of", "24", "-", "and", "72", "-", "hr", "stage", "-", "specific", "phosphorylated", "proteins", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "phosphorylation", "patterns", "of", "144", "-", "hr", "-", "old", "DeltamifR", "biofilms", "were", "62", "%", "different", "relative", "to", "planktonic", "cells", ",", "but", "only", "shared", "58", "%", "similarity", "with", "mature", ",", "144", "-", "hr", "-", "old", "wild", "type", "biofilms", "(", "Fig", ".", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "DeltamifR", "biofilms", "exhibited", "8", "out", "of", "27", "maturation", "-", "1", "specific", "protein", "phosphorylation", "events", ",", "and", "only", "16", "out", "of", "37", "maturation", "-", "2", "phosphorylation", "events", "(", "Suppl", ".", "Table", "S2", ",", "see", "Fig", ".", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "further", "reasoned", "that", "if", "the", "mutant", "biofilms", "are", "indeed", "arrested", "in", "biofilm", "development", ",", "their", "whole", "proteomes", "will", "also", "correspond", "to", "the", "stage", "at", "which", "they", "are", "arrested", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "therefore", "compared", "the", "protein", "production", "patterns", "of", "144", "-", "hr", "-", "old", "DeltabfiS", ",", "DeltabfmR", ",", "and", "DeltamifR", "biofilms", "to", "the", "2D", "-", "patterns", "of", "P", ".", "aeruginosa", "wild", "type", "biofilms", "grown", "for", "24", ",", "72", "and", "144", "hr", "using", "2D", "/", "PAGE", ",", "2D", "ImageMaster", "Platinum", "software", "and", "heuristic", "clustering", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "shown", "in", "Fig", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "4B", ",", "cluster", "analysis", "based", "on", "protein", "similarity", "confirmed", "our", "previous", "findings", "obtained", "by", "microscopic", "and", "phosphoproteome", "analyses", "of", "mutant", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DeltabfiS", "biofilms", "were", "more", "similar", "to", "24", "-", "hr", "-", "old", "wild", "type", "biofilms", "than", "to", "wild", "type", "biofilms", "at", "more", "mature", "stages", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "two", "protein", "patterns", "were", "more", "than", "80", "%", "similar", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "DeltabfmR", "biofilms", "were", "most", "similar", "to", "protein", "patterns", "obtained", "from", "72", "-", "hr", "-", "old", "wild", "type", "biofilms", "(", "85", "%", "similarity", ")", ",", "while", "those", "of", "DeltamifR", "biofilms", "were", "similar", "to", "both", "72", "-", "and", "144", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", "sharing", "76", "and", "82", "%", "similarity", ",", "respectively", ",", "to", "both", "protein", "patterns", "(", "Fig", ".", "4B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "analyses", "of", "biofilm", "architecture", ",", "as", "well", "as", "of", "protein", "production", "and", "phosphorylation", "patterns", ",", "our", "findings", "indicate", "that", "DeltabfiS", "biofilms", "are", "arrested", "in", "the", "transition", "from", "reversible", "to", "the", "irreversible", "attachment", "stage", "(", "8", "hr", "to", "24", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", ",", "respectively", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Inactivation", "of", "MifR", "appeared", "to", "result", "in", "the", "arrest", "of", "biofilm", "development", "in", "the", "transition", "between", "the", "maturation", "-", "1", "and", "-", "2", "stages", "(", "72", "to", "144", "hr", ")", "while", "DeltabfmR", "biofilms", "were", "arrested", "in", "the", "transition", "between", "irreversible", "attachment", "to", "maturation", "-", "1", "stage", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Expression", "of", "bfiS", ",", "bfmR", ",", "and", "mifR", "is", "required", "for", "maintenance", "of", "normal", "biofilm", "architecture", "while", "loss", "of", "expression", "results", "in", "biofilm", "architecture", "collapse" ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "observations", "indicated", "that", "BfiS", "(", "PA4197", ")", ",", "BfmR", "(", "PA4101", ")", "and", "MifR", "(", "PA5511", ")", "are", "essential", "in", "the", "stage", "-", "specific", "development", "of", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "formation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "whether", "these", "regulatory", "proteins", "are", "only", "essential", "during", "biofilm", "formation", "or", "are", "also", "necessary", "for", "the", "maintenance", "of", "established", "biofilms", ",", "we", "asked", "whether", "inactivation", "of", "these", "regulatory", "proteins", "in", "mature", "biofilms", "would", "affect", "biofilm", "architecture", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Complemented", "mutant", "strains", ",", "harboring", "the", "respective", "regulator", "genes", "under", "the", "control", "of", "the", "arabinose", "-", "inducible", "PBAD", "promoter", ",", "were", "allowed", "to", "grow", "for", "144", "hr", "in", "flow", "cells", "to", "maturity", "(", "Fig", ".", "2C", ",", "Fig", ".", "5", "-", "0", "hr", ")", "in", "the", "presence", "of", "arabinose", ",", "after", "which", "time", "arabinose", "was", "removed", "from", "the", "growth", "medium", "to", "stop", "the", "transcription", "of", "the", "respective", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "resulting", "biofilm", "architecture", "was", "viewed", "over", "a", "period", "of", "144", "hr", "post", "arabinose", "removal", "using", "confocal", "microscopy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "P", ".", "aeruginosa", "wild", "type", "harboring", "an", "empty", "pJN105", "vector", "was", "used", "as", "control", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Loss", "of", "bfiS", ",", "bfmR", ",", "and", "mifR", "expression", "due", "to", "arabinose", "removal", "resulted", "in", "the", "collapse", "of", "the", "mutant", "biofilm", "architecture", "within", "three", "days", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "DeltabfiS", "and", "DeltabfmR", "mutant", "biofilms", ",", "biofilm", "disaggregation", "was", "noticeable", "as", "early", "as", "24", "hr", "post", "arabinose", "removal", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "collapse", "was", "apparent", "by", "significant", "reduction", "(", "P", "<", "0", ".", "05", ")", "of", "biofilm", "variables", "including", "biofilm", "biomass", "and", "thickness", ",", "which", "further", "decreased", "upon", "continued", "incubation", "(", "Fig", ".", "5", ",", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Post", "144", "hr", "of", "arabinose", "removal", ",", "the", "biofilm", "architecture", "of", "the", "complemented", "mutants", "was", "similar", "to", "mutant", "biofilms", "lacking", "the", "respective", "regulatory", "gene", "(", "Figs", ".", "2", ",", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "no", "reduction", "of", "the", "wild", "type", "biofilm", "architecture", "was", "observed", "(", "Fig", ".", "5", ",", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "findings", "indicated", "that", "the", "three", "novel", "regulators", "are", "not", "only", "essential", "for", "the", "stage", "-", "specific", "progression", "of", "P", ".", "aeruginosa", "biofilms", "but", "also", "in", "the", "maintenance", "of", "the", "biofilm", "structure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Discussion" ]

[ "O" ]

[ "Evidence", "showing", "that", "biofilm", "development", "is", "a", "coordinated", "series", "of", "events", "coinciding", "with", "distinct", "phenotypes", "has", "led", "to", "the", "assumption", "that", "the", "formation", "of", "biofilms", "is", "a", "regulated", "progression", "[", "11", "]", ",", "[", "12", "]", ",", "[", "66", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "biofilm", "development", "has", "been", "considered", "to", "be", "distinct", "from", "other", "developmental", "processes", "including", "the", "programmed", "differentiation", "seen", "in", "spore", "formation", "in", "Bacillus", "subtilis", "or", "fruiting", "body", "formation", "in", "Myxococcus", "xanthus", "[", "11", "]", ",", "mainly", "because", "no", "regulatory", "pathways", "have", "yet", "been", "identified", "that", "are", "responsible", "for", "regulating", "committed", "steps", "in", "the", "formation", "of", "biofilms", "with", "the", "exception", "of", "attachment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", "we", "describe", "the", "identification", "and", "initial", "characterization", "of", "three", "novel", "two", "-", "component", "systems", "(", "TCS", ")", "essential", "in", "regulating", "three", "committed", "steps", "in", "biofilm", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mutation", "in", "these", "regulatory", "pathways", "did", "not", "affect", "initial", "attachment", ",", "motility", ",", "or", "Pel", "and", "Psl", "polysaccharide", "production", ",", "but", "instead", "arrested", "biofilm", "development", "in", "the", "transition", "from", "reversible", "to", "irreversible", "attachment", "[", "8", "hr", "to", "24", "hr", ",", "BfiRS", "(", "PA4196", "-", "4197", ")", "]", ",", "from", "initial", "attachment", "to", "the", "maturation", "-", "1", "stage", "[", "(", "24", "hr", "to", "72", "hr", ",", "BfmRS", "(", "PA4101", "-", "4102", ")", "]", ",", "and", "following", "the", "maturation", "-", "1", "stage", "[", "72", "hr", "to", "144", "hr", ",", "MifRS", "(", "PA5511", "-", "5512", ")", "]", "(", "Fig", ".", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "our", "knowledge", ",", "this", "is", "the", "first", "description", "of", "a", "regulatory", "program", "for", "stage", "-", "specific", "biofilm", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "stage", "-", "specific", "arrest", "in", "biofilm", "formation", "of", "the", "mutant", "strains", "coincided", "with", "the", "timing", "of", "phosphorylation", "of", "the", "respective", "regulatory", "or", "sensory", "proteins", "indicating", "that", "the", "phosphorylation", "status", "of", "the", "three", "novel", "two", "-", "component", "systems", "is", "essential", "for", "their", "function", "in", "regulating", "biofilm", "development", "by", "P", ".", "aeruginosa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "phosphorylation", "of", "these", "two", "-", "component", "systems", "occurred", "in", "sequence", "with", "BfiS", "being", "phosphorylated", "first", ",", "followed", "by", "GacS", ",", "and", "lastly", ",", "MifR", "(", "Table", "1", ",", "Fig", ".", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "sequential", "phosphorylation", "of", "sensors", "/", "regulatory", "proteins", "is", "reminiscent", "of", "a", "regulatory", "cascade", "in", "which", "each", "phosphorylation", "event", "acts", "as", "a", "trigger", "for", "bacterial", "biofilm", "cells", "to", "transition", "to", "the", "next", "developmental", "stage", "(", "Fig", ".", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "novel", "TCS", "systems", "described", "here", "appear", "to", "be", "linked", "via", "GacS", "to", "the", "multicomponent", "system", "RetS", "/", "LadS", "/", "GacAS", "/", "RsmA", "essential", "for", "regulating", "the", "switch", "between", "the", "planktonic", "and", "the", "sessile", "mode", "of", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "it", "is", "not", "clear", "how", "the", "three", "two", "-", "component", "systems", "interact", "to", "form", "the", "observed", "sequential", "phosphorylation", "cascade", ",", "it", "is", "apparent", "from", "our", "observations", "that", "phosphorylation", "of", "each", "of", "the", "three", "novel", "TCS", "has", "to", "occur", "for", "P", ".", "aeruginosa", "biofilms", "to", "mature", "(", "Fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Possible", "scenarios", "for", "the", "sequential", "phosphorylation", "events", "to", "occur", "are", "by", "direct", "interaction", "or", "activation", "of", "a", "TCS", "system", "by", "one", "that", "is", "upstream", "in", "the", "cascade", "(", "Fig", ".", "6", ")", ",", "or", "indirectly", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "inactivation", "of", "each", "TCS", "system", "resulted", "in", "altered", "or", "arrested", "biofilms", "which", "failed", "to", "exhibit", "stage", "-", "specific", "protein", "production", "and", "phosphorylation", "events", "(", "Figs", ".", "1", ",", "4", ",", "Suppl", ".", "Table", "S2", ")", ",", "it", "is", "likely", "that", "the", "mutant", "biofilms", "in", "turn", "do", "not", "produce", "the", "necessary", "signal", "(", "s", ")", "to", "activate", "or", "phosphorylate", "TCS", "system", "(", "s", ")", "that", "are", "further", "downstream", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "it", "is", "likely", "that", "inactivation", "of", "one", "TCS", "system", "(", "in", ")", "directly", "results", "in", "altered", "or", "arrested", "phosphorylation", "patterns", "and", "thus", ",", "lack", "of", "phosphorylation", "of", "downstream", "TCS", "systems", "(", "as", "observed", "here", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Independent", "of", "the", "mechanism", ",", "it", "is", "evident", "that", "inactivation", "not", "only", "disrupts", "the", "sequence", "of", "phosphorylation", "events", "but", "also", "leads", "to", "the", "collapse", "of", "mature", "biofilms", "to", "an", "earlier", "biofilm", "developmental", "stage", "at", "which", "the", "respective", "regulatory", "proteins", "play", "a", "role", "(", "Fig", ".", "5", ",", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "even", "more", "important", "as", "this", "biofilm", "collapse", "was", "observed", "under", "two", "different", "nutritional", "conditions", ",", "when", "grown", "on", "minimal", "medium", "using", "either", "glutamate", "or", "citrate", "as", "a", "sole", "carbon", "source", "(", "see", "also", "Figs", ".", "2", "and", "5", "for", "comparison", "of", "LB", "and", "glutamate", "minimal", "medium", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "finding", "suggests", "that", "while", "biofilm", "formation", ",", "architecture", "and", "cell", "-", "cell", "signaling", "is", "modulated", "by", "environmental", "and", "nutritional", "conditions", "resulting", "in", "biofilm", "development", "proceeding", "via", "distinctly", "different", "pathways", "[", "16", "]", ",", "[", "55", "]", "-", "[", "63", "]", ",", "it", "is", "possible", "that", "the", "novel", "regulatory", "proteins", "identified", "here", "play", "a", "role", "under", "more", "than", "one", "discrete", "culturing", "condition", "or", "pathway", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "novelty", "of", "these", "TCS", "is", "further", "supported", "by", "the", "finding", "that", "a", "search", "for", "BfiS", "(", "PA4197", ")", "and", "BfmR", "(", "PA4101", ")", "homologues", "using", "BLAST", "(", "http", ":", "/", "/", "blast", ".", "ncbi", ".", "nlm", ".", "nih", ".", "gov", "/", "Blast", ".", "cgi", ")", "and", "BLINK", "(", "precomputed", "BLAST", ",", "[", "53", "]", ")", ",", "did", "not", "reveal", "any", "proteins", "that", "have", "been", "previously", "characterized", "in", "the", "literature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "BfiS", "-", "like", "sensory", "proteins", "with", "identities", "ranging", "between", "28", "-", "68", "%", "were", "detected", "in", "a", "variety", "of", "Gram", "-", "negative", "bacteria", ",", "in", "particular", "in", "alpha", "-", ",", "beta", "-", ",", "and", "gamma", "-", "proteobacteria", "(", "Suppl", ".", "Table", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "No", "homologues", ",", "however", ",", "were", "detected", "in", "lambda", "-", "proteobacteria", "or", "E", ".", "coli", ",", "Klebsiella", "pneumoniae", ",", "and", "Enterobacter", "sp", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Similarly", ",", "BfmR", "homologues", "were", "detected", "among", "proteobacteria", "including", "Yersinia", "sp", ".", ",", "Burkholderia", "sp", ".", ",", "Rhizobium", "sp", ".", ",", "Vibrio", "sp", ",", "Geobacter", "sp", ".", ",", "and", "M", ".", "xanthus", "with", "identities", "ranging", "between", "50", "-", "92", "%", "(", "Suppl", ".", "Table", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "MifR", "homologues", "harboring", "a", "sigma", "-", "54", "binding", "domain", "are", "present", "in", "both", "Gram", "-", "positive", "and", "Gram", "-", "negative", "bacteria", "including", "M", ".", "xanthus", "(", "Suppl", ".", "Table", "S3", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "closest", "MifR", "homologue", "in", "M", ".", "xanthus", "was", "identified", "as", "the", "NtrC", "-", "like", "chemosensory", "regulator", "of", "development", "CrdA", "(", "48", "%", "identity", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Inactivation", "of", "crdA", "has", "been", "shown", "to", "result", "in", "delayed", "M", ".", "xanthus", "multicellular", "development", "[", "67", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NtrC", "-", "like", "regulators", "belong", "to", "a", "family", "of", "transcriptional", "activators", "which", "control", "a", "variety", "of", "physiological", "processes", "in", "response", "to", "environmental", "signals", "[", "68", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "family", "of", "regulators", "control", "transcription", "from", "-", "12", ",", "-", "24", "promoters", "recognized", "by", "RNA", "polymerase", "that", "utilizes", "the", "alternative", "sigma", "54", "factor", "encoded", "by", "rpoN", "and", "its", "analogs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "least", "8", "NtrC", "-", "like", "transcriptional", "regulators", "are", "involved", "in", "coordinating", "M", ".", "xanthus", "fruiting", "body", "formation", "at", "distinct", "stages", "of", "the", "developmental", "process", "[", "69", "]", "-", "[", "71", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "preponderance", "of", "developmental", "promoters", "with", "sigma", "54", "hallmarks", "led", "to", "the", "suggestion", "that", "NtrC", "-", "like", "activators", "are", "key", "components", "of", "the", "transcriptional", "machinery", "that", "coordinates", "gene", "expression", "during", "M", ".", "xanthus", "development", "[", "72", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "fruiting", "body", "formation", "is", "governed", "by", "a", "cascade", "of", "RpoN", "-", "dependent", "transcription", "factors", "in", "starving", "cells", ",", "endospore", "formation", "in", "B", ".", "subtilis", "requires", "the", "consecutive", "activity", "of", "multiple", "sigma", "factors", "including", "Sigma", "E", ",", "F", ",", "G", ",", "and", "K", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Their", "activity", "is", "regulated", "by", "posttranslational", "processes", ",", "either", "by", "cleaving", "the", "precursor", "molecules", "or", "by", "sequestration", "of", "sigma", "factors", "by", "\"", "anti", "-", "sigma", "factor", "\"", "proteins", "in", "response", "to", "intercellular", "cues", ",", "and", "compartmentalization", "[", "68", "]", ",", "[", "73", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similarly", ",", "biofilm", "developmental", "processes", "appear", "to", "be", "controlled", "by", "sigma", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "domain", "structure", ",", "two", "TCS", "regulatory", "proteins", "identified", "here", "regulate", "genes", "controlled", "by", "the", "sigma", "factors", "RpoD", "and", "RpoN", "[", "53", "]", ",", "[", "74", "]", ",", "[", "75", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BfiR", "harbors", "region", "4", "of", "Sigma", "-", "70", "(", "RpoD", ")", "-", "like", "sigma", "factors", ",", "a", "domain", "involved", "in", "binding", "to", "-", "35", "promoter", "elements", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Activation", "of", "BfiR", "coincides", "with", "BfiS", "phosphorylation", "following", "8", "hours", "of", "surface", "attached", "growth", "and", "dephosphorylation", "of", "RpoD", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "MifR", "harbors", "a", "sigma", "-", "54", "binding", "(", "RpoN", ")", "binding", "domain", "and", "is", "dependent", "on", "the", "consecutive", "phosphorylation", "of", "BfiRS", "and", "BfmRS", "(", "see", "Suppl", ".", "Fig", ".", "S3", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "are", "consistent", "with", "the", "idea", "that", "biofilm", "development", "by", "P", ".", "aeruginosa", "is", "orchestrated", "by", "a", "regulatory", "cascade", "(", "Fig", ".", "6", ")", "that", "is", "analogous", "to", "other", "developmental", "systems", "including", "spore", "formation", "in", "B", ".", "subtilis", "or", "fruiting", "body", "formation", "in", "M", ".", "xanthus", ",", "requiring", "the", "consecutive", "action", "of", "at", "least", "two", "sigma", "factors", "and", "three", "two", "-", "component", "regulatory", "systems", "in", "response", "to", "environmental", "signals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "summary", ",", "we", "have", "evidence", "of", "three", "novel", "regulatory", "systems", "playing", "a", "role", "in", "the", "progression", "of", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "development", "in", "a", "stage", "-", "specific", "manner", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "only", "other", "regulatory", "system", "having", "been", "identified", "to", "play", "a", "role", "at", "later", "stages", "of", "biofilm", "formation", ",", "in", "particular", "the", "formation", "of", "large", "microcolonies", "and", "fluid", "-", "filled", "channels", ",", "is", "the", "three", "-", "component", "system", "SadARS", "(", "RocS1RA1", ")", ",", "probably", "by", "controlling", "the", "expression", "of", "fimbrial", "cup", "genes", "[", "66", "]", ",", "[", "76", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "coordinated", "transduction", "of", "phosphorylation", "events", "via", "two", "-", "component", "systems", "has", "also", "been", "shown", "to", "play", "a", "role", "in", "attachment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "multi", "-", "component", "switch", "composed", "of", "three", "unusual", "hybrid", "sensor", "kinases", ",", "RetS", ",", "LadS", ",", "and", "GacS", ",", "has", "recently", "been", "demonstrated", "to", "reciprocally", "orchestrate", "the", "transition", "from", "acute", "to", "chronic", "infection", "in", "P", ".", "aeruginosa", ",", "as", "well", "as", "to", "reciprocally", "regulate", "the", "transition", "between", "the", "planktonic", "and", "biofilm", "modes", "of", "growth", "by", "inversely", "coordinating", "repression", "of", "genes", "required", "for", "initial", "colonization", ",", "mainly", "genes", "responsible", "for", "exopolysaccharide", "components", "of", "the", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "matrix", "[", "36", "]", ",", "[", "37", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "our", "study", "did", "not", "result", "in", "the", "identification", "of", "RetS", "or", "LadS", ",", "we", "identified", "GacS", "by", "two", "different", "approaches", "and", "confirmed", "GacS", "phosphorylation", "by", "immunoblot", "analysis", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GacS", "acts", "as", "a", "suppressor", "of", "RetS", "(", "and", "vice", "versa", ")", "with", "RetS", "regulating", "the", "suppressor", "activity", "of", "the", "membrane", "-", "bound", "sensor", "GacS", "by", "directly", "modulating", "its", "phosphorylation", "state", "[", "38", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "finding", "is", "consistent", "with", "our", "observation", "of", "GacS", "playing", "a", "dual", "role", "in", "biofilm", "formation", ",", "with", "phosphorylation", "acting", "as", "a", "switch", "in", "the", "function", "of", "GacS", "(", "Fig", ".", "3", ",", "Table", "2", ")", ":", "GacS", "participates", "in", "the", "planktonic", "/", "biofilm", "switch", "in", "its", "non", "-", "phosphorylated", "state", ",", "but", "limits", "/", "regulates", "the", "rate", "of", "biomass", "accumulation", "and", "biofilm", "development", "when", "phosphorylated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "phosphorylation", "of", "GacS", "occurred", "following", "8", "hr", "of", "surface", "attached", "growth", "(", "Table", "1", ")", "and", "since", "RetS", "directly", "modulates", "the", "phosphorylation", "state", "of", "GacS", "[", "38", "]", ",", "the", "findings", "may", "suggest", "that", "RetS", "only", "remains", "functional", "for", "a", "period", "of", "8", "hours", "during", "initial", "attachment", "after", "which", "RetS", "is", "rendered", "non", "-", "functional", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "GacS", "was", "found", "to", "be", "phosphorylated", "in", "a", "BfiS", "dependent", "manner", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "In", "turn", ",", "expression", "of", "the", "BfiS", "cognate", "response", "regulator", ",", "BfiR", ",", "was", "found", "to", "be", "RsmA", "dependent", "[", "77", "]", "(", "see", "Fig", ".", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Taken", "together", ",", "our", "observations", "suggest", "a", "link", "between", "the", "multi", "-", "component", "switch", "RetS", "/", "LadS", "/", "GacAS", "/", "RsmA", "which", "reciprocally", "regulates", "virulence", "and", "the", "transition", "between", "the", "planktonic", "and", "the", "surface", "attached", "mode", "of", "growth", "and", "the", "previously", "undescribed", "signaling", "network", "which", "regulates", "developmental", "steps", "once", "P", ".", "aeruginosa", "has", "committed", "to", "the", "surface", "associated", "lifestyle", "(", "Fig", ".", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Taken", "together", ",", "this", "work", "identifies", "a", "previously", "undescribed", "signal", "transduction", "network", "composed", "of", "BfiSR", "(", "PA4196", "-", "4197", ")", ",", "BfmSR", "PA4101", "-", "4102", ")", ",", "and", "MifSR", "(", "PA5511", "-", "5512", ")", "that", "sequentially", "regulates", "committed", "biofilm", "developmental", "steps", "following", "attachment", "by", "transcriptional", "and", "posttranscriptional", "mechanisms", ",", "which", "is", "linked", "via", "GacS", "and", "RsmA", "to", "the", "previously", "described", "multi", "-", "component", "switch", "RetS", "/", "LadS", "/", "GacAS", "/", "RsmA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "finding", "of", "sequential", "and", "essential", "regulatory", "steps", "in", "biofilm", "formation", "and", "the", "involvement", "of", "at", "least", "two", "sigma", "factors", "suggests", "that", "biofilm", "development", "is", "analogous", "to", "other", "programmed", "developmental", "processes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "in", "contrast", "to", "known", "developmental", "processes", ",", "our", "findings", "suggest", "that", "both", "two", "-", "component", "regulatory", "systems", "and", "sigma", "factor", "dependent", "response", "regulators", "are", "key", "components", "of", "the", "transcriptional", "and", "regulatory", "machinery", "that", "coordinate", "gene", "expression", "during", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O" ]

[ "Structural", "and", "Biochemical", "Characterization", "of", "SrcA", ",", "a", "Multi", "-", "Cargo", "Type", "III", "Secretion", "Chaperone", "in", "Salmonella", "Required", "for", "Pathogenic", "Association", "with", "a", "Host" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM" ]

[ "Many", "Gram", "-", "negative", "bacteria", "colonize", "and", "exploit", "host", "niches", "using", "a", "protein", "apparatus", "called", "a", "type", "III", "secretion", "system", "(", "T3SS", ")", "that", "translocates", "bacterial", "effector", "proteins", "into", "host", "cells", "where", "their", "functions", "are", "essential", "for", "pathogenesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "suite", "of", "T3SS", "-", "associated", "chaperone", "proteins", "bind", "cargo", "in", "the", "bacterial", "cytosol", ",", "establishing", "protein", "interaction", "networks", "needed", "for", "effector", "translocation", "into", "host", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "In", "Salmonella", "enterica", "serovar", "Typhimurium", ",", "a", "T3SS", "encoded", "in", "a", "large", "genomic", "island", "(", "SPI", "-", "2", ")", "is", "required", "for", "intracellular", "infection", ",", "but", "the", "chaperone", "complement", "required", "for", "effector", "translocation", "by", "this", "system", "is", "not", "known", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "a", "reverse", "genetics", "approach", ",", "we", "identified", "a", "multi", "-", "cargo", "secretion", "chaperone", "that", "is", "functionally", "integrated", "with", "the", "SPI", "-", "2", "-", "encoded", "T3SS", "and", "required", "for", "systemic", "infection", "in", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Crystallographic", "analysis", "of", "SrcA", "at", "a", "resolution", "of", "2", ".", "5", "A", "revealed", "a", "dimer", "similar", "to", "the", "CesT", "chaperone", "from", "enteropathogenic", "E", ".", "coli", "but", "lacking", "a", "17", "-", "amino", "acid", "extension", "at", "the", "carboxyl", "terminus", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Further", "biochemical", "and", "quantitative", "proteomics", "data", "revealed", "three", "protein", "interactions", "with", "SrcA", ",", "including", "two", "effector", "cargos", "(", "SseL", "and", "PipB2", ")", "and", "the", "type", "III", "-", "associated", "ATPase", ",", "SsaN", ",", "that", "increases", "the", "efficiency", "of", "effector", "translocation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "competitive", "infections", "in", "mice", "we", "show", "that", "SrcA", "increases", "bacterial", "fitness", "during", "host", "infection", ",", "highlighting", "the", "in", "vivo", "importance", "of", "effector", "chaperones", "for", "the", "SPI", "-", "2", "T3SS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Introduction" ]

[ "O" ]

[ "Many", "Gram", "-", "negative", "bacteria", "that", "colonize", "host", "animals", "use", "a", "type", "III", "secretion", "system", "(", "T3SS", ")", "to", "deliver", "effector", "proteins", "directly", "into", "host", "cells", "where", "their", "interaction", "with", "host", "proteins", "and", "membranes", "contribute", "to", "pathogenesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Comprised", "of", "over", "20", "proteins", ",", "T3SS", "are", "complex", "structures", "with", "relation", "to", "the", "flagellar", "T3SS", "[", "1", "]", ",", "[", "2", "]", "and", "include", "several", "central", "features", ";", "(", "i", ")", "inner", "and", "outer", "membrane", "ring", "structures", ",", "(", "ii", ")", "an", "extracellular", "needle", "structure", "with", "pore", "-", "forming", "proteins", "at", "the", "distal", "tip", "that", "engage", "a", "host", "cell", "membrane", ",", "(", "iii", ")", "an", "ATPase", "at", "the", "base", "of", "the", "apparatus", "with", "energetic", "and", "chaperone", "-", "effector", "recruitment", "roles", ",", "and", "(", "iv", ")", "a", "suite", "of", "chaperones", "to", "coordinate", "the", "assembly", "and", "function", "of", "the", "apparatus", "during", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secretion", "chaperones", "are", "proteins", "required", "for", "T3SS", "function", "with", "roles", "in", "apparatus", "assembly", "and", "effector", "delivery", ",", "but", "are", "not", "themselves", "subject", "to", "secretion", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "chaperones", "often", "have", "common", "physical", "features", "such", "as", "low", "molecular", "weight", "(", "<", "15", "kDa", ")", ",", "an", "acidic", "isoelectric", "point", "and", "a", "predicted", "amphipathic", "helix", "at", "the", "carboxyl", "terminus", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Current", "literature", "groups", "secretion", "chaperones", "into", "three", "classes", "based", "on", "their", "physical", "interactions", "with", "cargo", "[", "3", "]", ",", "[", "4", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Class", "I", "chaperones", "bind", "to", "translocated", "effector", "proteins", "at", "a", "chaperone", "binding", "domain", "(", "CBD", ")", "located", "in", "the", "amino", "terminus", "of", "the", "effector", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Class", "I", "chaperones", "have", "a", "structural", "fold", "of", "five", "beta", "-", "strands", "and", "three", "alpha", "-", "helices", ",", "forming", "homodimers", "that", "bind", "to", "the", "CBD", "in", "a", "horseshoe", "-", "like", "structure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "chaperones", "have", "been", "further", "sub", "-", "classified", "based", "on", "their", "substrate", "repertoire", "and", "location", "with", "respect", "to", "the", "genes", "encoding", "the", "T3SS", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Class", "II", "chaperones", "bind", "to", "translocon", "proteins", "that", "make", "up", "the", "secretion", "pore", "in", "the", "host", "target", "membrane", "and", "class", "III", "chaperones", "bind", "the", "extracellular", "filament", "proteins", "(", "or", "flagellin", "rod", "in", "the", "orthologous", "flagellar", "system", ")", "that", "polymerize", "into", "a", "helical", "structure", "following", "secretion", "from", "the", "bacterial", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secondary", "structure", "predictions", "suggest", "class", "III", "chaperones", "adopt", "an", "extended", "alpha", "helical", "structure", ",", "which", "was", "confirmed", "by", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "CesA", "chaperone", "in", "enteropathogenic", "E", ".", "coli", "that", "binds", "the", "EspA", "filament", "protein", "[", "5", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]