Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "Moreover", ",", "the", "similarity", "of", "the", "biofilm", "phosphoproteome", "to", "the", "planktonic", "phosphorylation", "patterns", "decreased", "from", "59", "%", "in", "8", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", "to", "35", "%", "in", "144", "-", "hr", "-", "old", ",", "mature", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "reduced", "similarity", "in", "phosphorylation", "events", "between", "biofilms", "and", "planktonic", "cells", "was", "mainly", "due", "to", "biofilm", "specific", "phosphorylation", "events", "detected", "at", "one", "or", "more", "stages", "of", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Dispersion", "-", "stage", "biofilms", "(", "216", "-", "hr", "-", "old", ")", "shared", "43", "%", "similarity", "with", "the", "phosphorylation", "patterns", "of", "planktonically", "-", "grown", "P", ".", "aeruginosa", "cells", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "increase", "in", "similarity", "between", "the", "planktonic", "and", "the", "216", "-", "hr", "-", "old", "biofilm", "phosphoproteomes", "is", "consistent", "with", "previous", "reports", "indicating", "that", "cells", "within", "dispersion", "-", "stage", "biofilms", "are", "returning", "to", "the", "planktonic", "mode", "of", "growth", "[", "12", "]", ",", "[", "50", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Protein", "phosphorylation", "in", "bacteria", "is", "not", "restricted", "to", "serine", "and", "threonine", "amino", "acid", "residues", ";", "however", ",", "the", "analysis", "of", "phosphorylation", "events", "by", "immunoblotting", "is", "limited", "to", "the", "availability", "of", "anti", "-", "phospho", "Ser", "/", "Thr", "(", "and", "tyrosine", ")", "antibodies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "therefore", "also", "purified", "phosphorylated", "proteins", "using", "metal", "oxide", "affinity", "chromatography", "(", "MOAC", ",", "see", "Fig", ".", "S1", ")", ",", "a", "gel", "-", "independent", "approach", "allowing", "for", "the", "enrichment", "of", "phosphoproteins", "independent", "of", "the", "phosphorylation", "site", "with", "an", "up", "to", "100", "%", "specificity", "[", "51", "]", ",", "[", "52", "]", ",", "followed", "by", "cleavable", "isotope", "coded", "affinity", "tag", "(", "cICAT", ")", "labeling", "and", "analysis", "by", "liquid", "chromatography", "tandem", "mass", "spectrometry", "(", "LC", "-", "MS", "/", "MS", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "quantitative", "mass", "spectrometric", "approach", "was", "used", "to", "analyze", "protein", "phosphorylation", "patterns", "of", "biofilm", "cells", "grown", "to", "the", "reversible", ",", "irreversible", ",", "maturation", "-", "1", "and", "maturation", "-", "2", "biofilm", "stages", "(", "8", "-", ",", "24", "-", ",", "7", "-", "2", ",", "and", "144", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", ",", "respectively", "[", "12", "]", ")", "in", "comparison", "to", "those", "of", "planktonic", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similarly", "to", "the", "results", "obtained", "via", "immunoblot", "analysis", ",", "the", "changes", "in", "phosphorylation", "events", "over", "the", "course", "of", "biofilm", "development", "detected", "using", "LC", "-", "MS", "-", "MS", "analysis", "appeared", "to", "be", "stage", "-", "specific", "(", "two", "examples", "are", "shown", "in", "Suppl", ".", "Fig", ".", "S2", ")", ",", "with", "the", "similarity", "to", "the", "planktonic", "patterns", "decreasing", "from", "72", "%", "in", "8", "hr", "biofilms", "to", "38", "%", "in", "144", "hr", "biofilms", "(", "Fig", ".", "1C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "overall", "stage", "-", "specific", "(", "de", ")", "phosphorylation", "events", "as", "well", "as", "the", "differences", "in", "the", "phosphoproteome", "were", "similar", "to", "those", "detected", "by", "immunoblot", "analysis", "using", "anti", "-", "Ser", "/", "Thr", "antibodies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "the", "first", "description", "of", "the", "dynamic", "changes", "of", "the", "phosphoproteome", "occurring", "during", "biofilm", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "combination", "of", "approaches", "used", "here", "has", "not", "been", "previously", "used", "to", "identify", "phosphorylated", "proteins", "in", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Identification", "of", "regulatory", "proteins", "involved", "in", "sensing", "environmental", "signals", "associated", "with", "planktonic", "and", "biofilm", "growth" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "quantitative", "mass", "spectrometric", "approach", "by", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "allowed", "for", "the", "simultaneous", "determination", "of", "peptide", "amino", "acid", "sequences", "by", "collision", "-", "induced", "dissociation", "(", "CID", ")", "in", "the", "MS", "/", "MS", "mode", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Examples", "of", "two", "CID", "spectra", "are", "shown", "in", "Suppl", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fig", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "S2", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "Proteins", "that", "were", "confirmed", "to", "be", "phosphorylated", "by", "immunoblot", "analysis", "were", "identified", "using", "a", "mass", "spectrometric", "approach", "as", "well", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "thus", "identified", "48", "proteins", "that", "were", "differentially", "phosphorylated", "at", "one", "or", "more", "biofilm", "developmental", "stage", "including", "elongation", "factors", ",", "ribosomal", "proteins", ",", "several", "enzymes", "including", "reductases", "and", "GMP", "synthase", ",", "sigma", "factor", "RpoD", "(", "Suppl", ".", "Table", "S1", ")", "and", "11", "regulatory", "proteins", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "majority", "of", "regulatory", "proteins", "found", "to", "be", "uniquely", "phosphorylated", "during", "planktonic", "growth", "were", "transcriptional", "regulators", ",", "while", "with", "the", "exception", "of", "PA2096", ",", "all", "regulatory", "proteins", "found", "to", "be", "phosphorylated", "during", "surface", "attached", "growth", "were", "identified", "as", "belonging", "to", "two", "-", "component", "systems", "(", "TCS", ")", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "those", ",", "the", "sensor", "/", "response", "regulator", "hybrid", "GacS", "and", "PA4197", "(", "BfiS", ")", "were", "found", "to", "be", "phosphorylated", "as", "soon", "as", "8", "hr", "following", "attachment", ",", "and", "PA2096", "and", "PA4101", "(", "BfmR", ")", "following", "24", "hr", "of", "surface", "-", "associated", "growth", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "PA4102", "(", "BfmS", ")", ",", "the", "cognate", "sensor", "of", "PA4101", ",", "was", "found", "to", "be", "phosphorylated", "following", "PA4101", "phosphorylation", "after", "72", "hr", "of", "biofilm", "growth", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "reason", "for", "the", "difference", "in", "the", "timing", "of", "phosphorylation", "between", "sensor", "and", "response", "regulator", "is", "unclear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "possible", "that", "this", "due", "to", "the", "different", "detection", "methods", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "probable", "TCS", "regulatory", "protein", "PA5511", "(", "MifR", ")", "was", "phosphorylated", "following", "72", "hr", "of", "surface", "-", "associated", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "stage", "-", "specific", "detection", "and", "phosphorylation", "of", "PA5511", "as", "determined", "by", "LC", "-", "MS", "/", "MS", "analysis", "in", "conjunction", "with", "cICAT", "as", "well", "as", "the", "CID", "spectra", "of", "a", "tryptic", "peptide", "of", "PA5511", "is", "shown", "in", "Suppl", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fig", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "S2", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "Neither", "the", "cognate", "sensory", "protein", "PA5512", "nor", "the", "response", "regulator", "PA4196", "were", "identified", "in", "this", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "may", "be", "due", "to", "detection", "limitation", "(", "low", "protein", "concentrations", ",", "poor", "protein", "solubility", ",", "poor", "ionization", ")", "and", "/", "or", "limitation", "in", "the", "number", "of", "phosphorylated", "proteins", "identified", "(", "see", "Suppl", ".", "Tables", "S1", "and", "S2", "for", "comparison", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "PA4197", ",", "PA4101", "and", "GacS", "were", "all", "phosphorylated", "by", "24", "hr", "of", "biofilm", "growth", ",", "we", "asked", "whether", "the", "three", "proteins", "are", "modified", "simultaneously", "or", "in", "a", "sequential", "manner", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "reasoned", "that", "if", "protein", "phosphorylation", "occurs", "in", "sequence", ",", "inactivation", "of", "one", "of", "the", "proteins", "would", "potentially", "prevent", "phosphorylation", "of", "the", "other", "proteins", "of", "the", "phosphorelay", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "therefore", "analyzed", "GacS", ",", "PA4101", ",", "and", "PA4197", "mutant", "biofilm", "phosphorylation", "patterns", "for", "the", "presence", "/", "absence", "of", "these", "regulators", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "No", "evidence", "of", "phosphorylation", "of", "PA4197", ",", "PA4101", ",", "or", "GacS", "was", "detected", "in", "DeltaPA4197", "mutant", "biofilm", "phosphorylation", "patterns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "phosphorylation", "of", "both", "GacS", "and", "PA4197", "was", "detected", "in", "DeltaPA4101", "mutant", "biofilms", ",", "indicating", "that", "PA4101", "phosphorylation", "may", "occur", "downstream", "of", "GacS", "and", "PA4197", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "DeltagacS", "biofilm", "phosphorylation", "patterns", "showed", "an", "intermediate", "phosphorylation", "phenotype", "with", "PA4197", "being", "phosphorylated", "but", "PA4101", "phosphorylation", "lacking", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PA5511", "was", "not", "detected", "in", "any", "of", "the", "mutant", "biofilms", "analyzed", "(", "Suppl", ".", "Fig", ".", "S3", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "findings", "suggest", "that", "phosphorylation", "of", "regulatory", "proteins", "occurs", "in", "a", "sequential", "(", "but", "probably", "indirect", ")", "manner", "over", "the", "course", "of", "biofilm", "formation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "whether", "phosphorylation", "coincided", "with", "de", "novo", "gene", "expression", "or", "reflected", "biofilm", "-", "specific", "patterns", "of", "posttranslational", "modification", ",", "RT", "-", "PCR", "was", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PA4101", "expression", "was", "detected", "to", "be", "biofilm", "-", "specific", ",", "while", "PA4197", "and", "PA5511", "were", "constitutively", "expressed", "regardless", "of", "the", "mode", "of", "growth", "(", "Suppl", ".", "Fig", ".", "S4", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similarly", ",", "retS", "and", "ladS", "were", "also", "constitutively", "expressed", "indicating", "that", "posttranslational", "modifications", "are", "essential", "for", "their", "activity", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Inactivation", "of", "two", "-", "component", "regulatory", "systems", "that", "are", "phosphorylated", "in", "a", "stage", "-", "specific", "manner", "leads", "to", "altered", "biofilm", "formation" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "differential", "and", "sequential", "phosphorylation", "of", "regulatory", "proteins", "was", "detected", "over", "the", "course", "of", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "development", ",", "we", "asked", "whether", "inactivation", "of", "these", "regulatory", "proteins", "would", "alter", "or", "affect", "the", "stage", "-", "specific", "progression", "of", "biofilm", "formation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "therefore", "focused", "on", "biofilm", "-", "specific", "regulatory", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "the", "proteins", "PA4101", ",", "PA4197", ",", "and", "PA5511", "were", "found", "to", "be", "phosphorylated", "following", "8", ",", "24", ",", "and", "72", "hr", "of", "biofilm", "growth", ",", "respectively", "(", "Table", "1", ")", ",", "corresponding", "to", "three", "biofilm", "developmental", "stages", "[", "9", "]", ",", "[", "12", "]", ",", "mutants", "in", "these", "three", "genes", "were", "chosen", "and", "allowed", "to", "form", "biofilms", "for", "144", "hr", "in", "flow", "cells", "to", "test", "for", "biofilm", "formation", "defects", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Under", "the", "conditions", "tested", ",", "wild", "type", "P", ".", "aeruginosa", "biofilms", "reached", "maturity", "following", "144", "hr", "of", "growth", "as", "characterized", "by", "biofilms", "being", "composed", "of", "large", "microcolonies", "exceeding", "100", "microm", "in", "diameter", "(", "Fig", ".", "2A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "PA4197", "and", "PA4101", "mutant", "biofilms", "lacked", "microcolonies", "after", "144", "hr", "of", "growth", "(", "Fig", ".", "2B", ")", "and", "were", "only", "composed", "of", "a", "thin", "layer", "of", "cells", "at", "the", "substratum", "with", "an", "average", "height", "of", "0", ".", "5", "and", "1", ".", "4", "microm", ",", "respectively", "(", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "in", "contrast", "to", "PA4197", "mutant", "biofilms", ",", "PA4101", "mutant", "biofilms", "demonstrated", "the", "formation", "of", "some", "cellular", "aggregates", "which", "were", "less", "than", "10", "microm", "in", "height", "(", "Fig", ".", "2B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "mutant", "biofilms", "differed", "significantly", "from", "wild", "type", "biofilms", "with", "respect", "to", "biomass", ",", "surface", "coverage", ",", "and", "roughness", "coefficient", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Complementation", "of", "both", "PA4101", "and", "PA4197", "mutants", "restored", "biofilm", "formation", "to", "wild", "type", "levels", "(", "Fig", ".", "2C", ",", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "allowed", "us", "to", "firmly", "conclude", "that", "the", "mutant", "biofilm", "phenotypes", "are", "caused", "by", "a", "defect", "in", "the", "PA4197", "and", "PA4101", "ORF", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "the", "role", "of", "PA4197", "in", "the", "initiation", "of", "biofilm", "formation", ",", "we", "named", "the", "PA4197", "ORF", "Biofilm", "initiation", "Sensor", "(", "BfiS", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BfiS", "is", "an", "unusual", "sensor", "that", "harbors", "a", "His", "kinase", "A", "domain", "typically", "found", "in", "two", "-", "component", "system", "(", "TCS", ")", "sensor", "proteins", ",", "a", "Histidine", "kinase", "-", "like", "ATPase", "domain", "involved", "in", "autophosphorylation", "but", "also", "in", "protein", "dephosphorylation", "events", ",", "and", "a", "PAS", "signal", "receiver", "domain", "[", "53", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "cognate", "response", "regulator", "BfiR", "(", "PA4196", ")", "harbors", "a", "CheY", "-", "like", "signal", "receiver", "domain", "and", "a", "LuxR", "-", "like", "DNA", "binding", "domain", ",", "which", "is", "also", "present", "in", "the", "quorum", "-", "sensing", "regulatory", "proteins", "LasR", ",", "RhlR", ",", "and", "QscR", "and", "in", "response", "regulators", "with", "established", "roles", "in", "biofilm", "formation", "(", "GacA", ",", "RocA1", "/", "SadA", ")", "[", "53", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BfiR", "also", "harbors", "region", "4", "of", "Sigma", "-", "70", "(", "RpoD", ")", "-", "like", "sigma", "factors", ",", "a", "domain", "involved", "in", "binding", "to", "-", "35", "promoter", "elements", "[", "53", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Due", "to", "its", "role", "in", "biofilm", "maturation", ",", "we", "named", "the", "PA4101", "ORF", "Biofilm", "maturation", "Regulator", "(", "BfmR", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "The", "protein", "harbors", "an", "OmpR", "-", "like", "transcriptional", "regulator", "domain", "encompassing", "the", "common", "signal", "receiver", "and", "DNA", "-", "binding", "effector", "domains", "[", "53", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "cognate", "sensor", "BfmS", "(", "PA4102", ")", "is", "unusual", "in", "that", "it", "lacks", "an", "autophosphorylation", "site", "typically", "found", "in", "sensor", "kinases", "[", "53", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "shown", "in", "Table", "1", ",", "the", "probable", "TCS", "regulatory", "protein", "PA5511", "was", "phosphorylated", "following", "72", "hr", "of", "surface", "-", "associated", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PA5511", "mutant", "biofilms", "grown", "for", "144", "hr", "lacked", "clusters", "and", "microcolonies", "typically", "found", "in", "wild", "type", "biofilms", "following", "72", "-", "144", "hr", "of", "growth", "(", "Fig", ".", "2A", "-", "B", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Complementation", "restored", "biofilm", "formation", "to", "wild", "type", "levels", "(", "Fig", ".", "2C", ",", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "when", "placed", "in", "a", "PAO1", "background", "(", "PAO1", "/", "pJN5511", ")", ",", "overexpression", "of", "PA5511", "resulted", "in", "biofilms", "composed", "of", "large", "microcolonies", "exceeding", "250", "microm", "in", "diameter", "(", "compared", "to", "an", "average", "cluster", "diameter", "of", "150", "microm", "in", "P", ".", "aeruginosa", "PAO1", ",", "Fig", ".", "2A", ",", "D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "cluster", "formation", "correlated", "with", "PA5511", "expression", "levels", ",", "we", "named", "PA5511", "Microcolony", "formation", "Regulator", "(", "MifR", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "MifR", "harbors", "a", "CheY", "-", "like", "receiver", "and", "a", "sigma", "-", "54", "interaction", "domain", "[", "53", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "protein", "is", "on", "average", "30", "-", "50", "%", "identical", "to", "known", "P", ".", "aeruginosa", "NtrC", "-", "like", "enhancer", "binding", "proteins", "including", "PilR", ",", "FleQ", ",", "FleR", ",", "AlgB", ",", "CbrB", ",", "and", "NtrC", "[", "53", "]", ",", "[", "54", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "cognate", "sensor", "(", "MifS", ",", "PA5512", ")", "is", "a", "typical", "sensor", "kinase", "harboring", "both", "a", "His", "kinase", "A", "and", "a", "His", "kinase", "-", "like", "ATPase", "domain", "[", "53", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "individual", "carbon", "and", "nitrogen", "sources", "have", "been", "demonstrated", "to", "modulate", "P", ".", "aeruginosa", "in", "vitro", "biofilm", "development", "and", "architecture", "[", "16", "]", ",", "[", "55", "]", "-", "[", "58", "]", ",", "surface", "motility", "[", "59", "]", "and", "P", ".", "aeruginosa", "cell", "-", "cell", "signaling", "(", "quorum", "sensing", ")", "[", "60", "]", "-", "[", "63", "]", ",", "the", "biofilm", "architecture", "of", "all", "four", "mutant", "biofilms", "was", "tested", "using", "three", "different", "media", "including", "LB", "medium", "and", "two", "minimal", "media", "containing", "glutamate", "[", "17", "]", "or", "citrate", "[", "64", "]", "as", "sole", "carbon", "source", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Under", "the", "conditions", "tested", ",", "the", "biofilm", "architecture", "of", "all", "three", "mutants", "was", "similar", "to", "the", "biofilm", "architecture", "shown", "in", "Fig", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2", "independent", "of", "the", "media", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "TCS", "mutant", "biofilms", "are", "arrested", "in", "the", "transition", "to", "later", "biofilm", "developmental", "stages" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "whether", "the", "altered", "biofilm", "structure", "was", "due", "to", "arrested", "biofilm", "formation", "or", "attachment", "defects", ",", "we", "first", "determined", "whether", "the", "P", ".", "aeruginosa", "mutants", "are", "defective", "in", "attachment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Inactivation", "of", "BfiS", ",", "BfmR", ",", "and", "MifR", "(", "PA4197", ",", "PA4101", ",", "PA5511", ",", "respectively", ")", "did", "not", "affect", "initial", "attachment", "to", "polystyrene", "compared", "to", "wild", "type", "biofilms", "as", "revealed", "by", "the", "crystal", "violet", "microtiter", "plate", "assay", "and", "confirmed", "by", "microscopy", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "no", "difference", "in", "growth", "in", "broth", "or", "defect", "with", "respect", "to", "twitching", ",", "swimming", ",", "and", "swarming", "or", "Pel", "and", "Psl", "polysaccharide", "production", "was", "detected", "for", "any", "of", "the", "mutant", "strains", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "no", "difference", "in", "transcript", "abundance", ",", "as", "determined", "by", "semi", "-", "quantitative", "RT", "-", "PCR", ",", "of", "genes", "involved", "in", "Pel", "and", "Psl", "polysaccharide", "biosynthesis", "compared", "to", "wild", "type", "was", "detected", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "a", "DeltagacS", "mutant", "showed", "10", "-", "fold", "reduced", "initial", "attachment", "compared", "to", "the", "wild", "type", "(", "not", "shown", ")", ",", "consistent", "with", "previous", "findings", "by", "Parkins", "and", "colleagues", "[", "65", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "findings", "implied", "that", "the", "novel", "regulatory", "proteins", "were", "involved", "in", "the", "regulation", "of", "biofilm", "formation", "at", "later", "stages", "following", "initial", "attachment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "the", "stage", "at", "which", "DeltabfiS", "and", "DeltabfmR", "mutant", "biofilms", "were", "arrested", ",", "the", "biofilm", "architecture", "of", "the", "mutant", "strains", "after", "144", "hr", "of", "growth", "was", "compared", "to", "the", "wild", "type", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "architecture", "following", "24", ",", "72", ",", "and", "144", "hr", "of", "growth", "(", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "the", "comparison", "of", "5", "biofilm", "variables", ",", "both", "mutant", "biofilms", "were", "more", "similar", "to", "24", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", ",", "with", "DeltabfmR", "forming", "more", "substantial", "biofilms", "than", "DeltabfiS", "or", "24", "hr", "wild", "type", "biofilms", "(", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Arrest", "of", "biofilm", "formation", "at", "the", "1", "-", "day", "time", "point", "correlated", "with", "the", "timing", "of", "BfiS", "and", "BfmR", "phosphorylation", "(", "Tables", "1", "-", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Comparison", "of", "the", "DeltamifR", "biofilm", "architecture", "following", "144", "hr", "of", "growth", "to", "wild", "type", "biofilms", "indicated", "that", "DeltamifR", "biofilms", "were", "comparable", "to", "72", "-", "hr", "-", "old", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "MifR", "was", "detected", "to", "be", "phosphorylated", "following", "72", "hr", "of", "biofilm", "growth", "(", "Table", "1", ")", ",", "our", "findings", "indicate", "that", "phosphorylation", "of", "MifR", "is", "essential", "for", "the", "progression", "of", "P", ".", "aeruginosa", "biofilms", "from", "the", "maturation", "-", "1", "stage", "(", "72", "hr", ")", "to", "the", "maturation", "-", "2", "stage", "(", "144", "hr", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "exclude", "the", "possibility", "that", "the", "DeltabfiS", ",", "DeltabfmR", ",", "and", "DeltamifR", "mutant", "biofilms", "may", "have", "disaggregated", "prematurely", ",", "the", "formation", "of", "mutant", "biofilms", "was", "monitored", "daily", "by", "confocal", "microscopy", "over", "a", "period", "of", "144", "hr", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "DeltabfiS", "and", "DeltabfmR", "biofilms", "resembled", "wild", "type", "biofilms", "with", "respect", "to", "biomass", "and", "overall", "architecture", "at", "the", "24", "hr", "time", "point", "(", "see", "Fig", ".", "2A", "-", "B", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "while", "wild", "type", "biofilms", "continued", "to", "mature", "/", "develop", "upon", "prolonged", "incubation", "(", "see", "Fig", ".", "2A", ")", ",", "no", "additional", "biomass", "accumulation", "or", "alteration", "in", "architecture", "was", "observed", "for", "DeltabfiS", "and", "DeltabfmR", "biofilms", "post", "24", "hr", "of", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "for", "DeltamifR", "biofilms", ",", "the", "progression", "of", "biofilm", "formation", "was", "indistinguishable", "from", "wild", "type", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "formation", "for", "the", "first", "72", "hr", "of", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "continued", "incubation", "did", "not", "result", "in", "increased", "DeltamifR", "biofilm", "growth", "(", "biomass", ",", "thickness", ")", "or", "microcolony", "formation", "typically", "seen", "in", "wild", "type", "biofilms", "at", "the", "maturation", "-", "2", "stage", "(", "post", "72", "hr", "of", "growth", ",", "Table", "2", ",", "Fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "findings", "clearly", "indicate", "that", "inactivation", "of", "these", "novel", "regulatory", "proteins", "did", "not", "cause", "biofilm", "disaggregation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Instead", ",", "our", "findings", "suggested", "that", "the", "mutant", "biofilms", "were", "incapable", "of", "progressing", "from", "the", "initial", "attachment", "stage", "to", "more", "mature", "biofilm", "stages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GacS", "plays", "a", "dual", "role", "in", "P", ".", "aeruginosa", "biofilm", "development" ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Since", "GacS", "was", "found", "to", "be", "phosphorylated", "in", "a", "BfiS", "-", "dependent", "manner", "following", "8", "hrs", "of", "growth", ",", "we", "asked", "whether", "a", "DeltagacS", "mutant", "forms", "biofilms", "similar", "in", "architecture", "to", "DeltabfiS", "biofilms", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Inactivation", "of", "gacS", "resulted", "in", "the", "formation", "of", "biofilms", "following", "144", "hr", "of", "growth", "that", "were", "similar", "in", "appearance", "to", "24", "-", "hr", "-", "old", "wild", "type", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Closer", "inspection", "of", "biofilm", "formation", "by", "DeltagacS", "over", "a", "period", "of", "144", "hr", ",", "however", ",", "indicated", "that", "the", "biofilm", "architecture", "(", "seen", "after", "144", "hr", ")", "was", "due", "to", "accelerated", "biofilm", "growth", "followed", "by", "premature", "disaggregation", "of", "biofilms", "as", "compared", "to", "wild", "type", "biofilms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DeltagacS", "mutant", "biofilms", "were", "significantly", "thicker", "than", "wild", "type", "biofilms", "following", "1", "and", "72", "hr", "of", "growth", "under", "flowing", "conditions", ",", "forming", "microcolonies", "and", "clusters", "exceeding", "150", "microm", "in", "diameter", "(", "Fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "both", "time", "points", ",", "DeltagacS", "biofilms", "not", "only", "exceeded", "the", "average", "microcolony", "size", "typically", "seen", "for", "wild", "type", "biofilms", "of", "the", "same", "age", ",", "but", "also", "the", "biomass", "and", "thickness", "of", "wild", "type", "biofilms", "at", "more", "mature", "ages", "(", "Fig", ".", "3", ",", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Continued", "growth", "for", "more", "than", "72", "hr", ",", "however", ",", "resulted", "in", "the", "disaggregation", "of", "DeltagacS", "mutant", "biofilms", "as", "indicated", "by", "the", "presence", "of", "large", ",", "detached", "clusters", "floating", "in", "the", "bulk", "liquid", ",", "and", "a", "significantly", "reduced", "attached", "biofilm", "biomass", "and", "biofilm", "thickness", "(", "Fig", ".", "3", ",", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "while", "growth", "of", "DeltagacS", "mutant", "biofilms", "following", "24", "hr", "post", "attachment", "was", "accelerated", "(", "Fig", ".", "3", ")", ",", "initial", "attachment", "was", "significantly", "reduced", "in", "this", "mutant", "(", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "findings", "suggest", "that", "GacS", "may", "play", "a", "dual", "role", "in", "regulating", "biofilm", "formation", ",", "which", "in", "turn", "may", "be", "dependent", "on", "the", "phosphorylation", "status", "of", "GacS", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mutant", "biofilms", "display", "protein", "and", "phosphorylation", "patterns", "indicative", "of", "stage", "-", "specific", "arrest", "of", "biofilm", "development" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "qualitative", "and", "quantitative", "analyses", ",", "BfiS", "(", "PA4197", ")", "and", "BfmR", "(", "PA4101", ")", "mutant", "biofilm", "architecture", "appeared", "to", "be", "the", "result", "of", "arrested", "biofilm", "formation", "following", "initial", "attachment", ",", "while", "inactivation", "of", "MifR", "(", "PA5511", ")", "coincided", "with", "biofilms", "impaired", "in", "microcolony", "formation", "at", "the", "maturation", "-", "1", "stage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "each", "of", "these", "biofilm", "developmental", "stages", "is", "characterized", "by", "a", "unique", "phosphorylation", "pattern", "(", "Figs", ".", "1", ",", "4", ",", "Table", "1", ")", ",", "we", "reasoned", "that", "if", "the", "mutant", "biofilms", "are", "indeed", "arrested", "in", "biofilm", "development", ",", "their", "phosphoproteomes", "will", "correspond", "to", "the", "stage", "at", "which", "they", "are", "arrested", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", ",", "therefore", ",", "analyzed", "the", "phosphorylation", "patterns", "of", "DeltabfiS", ",", "DeltabfmR", ",", "and", "DeltamifR", "biofilms", "grown", "for", "144", "hr", "in", "comparison", "to", "P", ".", "aeruginosa", "wild", "type", "biofilms", "grown", "for", "8", ",", "24", ",", "72", ",", "and", "144", "hr", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]