Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "None", "of", "the", "fatty", "acid", "uptake", "or", "catabolism", "genes", "were", "upregulated", "in", "the", "flea", "compared", "to", "growth", "in", "LB", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "genes", "for", "glycerol", "and", "glycerol", "-", "3", "-", "phosphate", "uptake", "and", "utilization", "were", "upregulated", ",", "suggesting", "that", "flea", "digestion", "products", "derived", "from", "blood", "glycerolipids", "may", "be", "used", "by", "Y", ".", "pestis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "In", "summary", ",", "Y", ".", "pestis", "appears", "to", "use", "amino", "acids", ",", "particularly", "the", "L", "-", "glutamate", "family", ",", "as", "primary", "carbon", ",", "nitrogen", ",", "and", "energy", "sources", "in", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Amino", "acid", "carbon", "is", "presumably", "funneled", "into", "the", "TCA", "cycle", ",", "the", "genes", "for", "which", "are", "highly", "expressed", "in", "the", "flea", "(", "Table", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "genes", "involved", "in", "infection", "and", "biofilm", "formation", "in", "the", "flea" ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM" ]

[ "Because", "blockage", "of", "the", "flea", "vector", "is", "essentially", "a", "biofilm", "phenomenon", ",", "Y", ".", "pestis", "genes", "whose", "expression", "patterns", "are", "significantly", "upregulated", "in", "the", "flea", "and", "flowcell", "biofilms", "relative", "to", "planktonic", "cultures", "(", "Table", "S4", ")", "might", "indicate", "that", "they", "are", "transmission", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Several", "studies", "comparing", "the", "transcriptional", "profiles", "of", "Escherichia", "coli", "and", "other", "gram", "negative", "bacteria", "during", "biofilm", "and", "planktonic", "growth", "in", "vitro", "have", "been", "published", "[", "20", "]", ",", "[", "21", "]", ",", "[", "22", "]", ",", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Certain", "genes", "whose", "mutational", "loss", "resulted", "in", "an", "altered", "biofilm", "phenotype", "have", "been", "identified", "in", "these", "studies", ";", "but", "in", "general", "a", "consistent", ",", "distinct", "biofilm", "gene", "expression", "profile", "has", "not", "emerged", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "probably", "because", "different", "media", "and", "experimental", "systems", "have", "been", "employed", "and", "the", "fact", "that", "a", "biofilm", "consists", "of", "a", "physiologically", "heterogeneous", "community", "[", "24", "]", ",", "[", "25", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nevertheless", ",", "common", "biofilm", "-", "related", "adaptations", "include", "the", "repression", "of", "motility", "and", "the", "induction", "of", "specific", "adhesins", ",", "an", "extracellular", "polysaccharide", "matrix", "(", "ECM", ")", ",", "and", "an", "envelope", "stress", "response", "(", "ESR", ")", "[", "10", "]", ",", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "Y", ".", "pestis", "is", "constitutively", "nonmotile", ",", "and", "synthesis", "of", "the", "Hms", "-", "dependent", "biofilm", "ECM", "is", "regulated", "post", "-", "translationally", "[", "26", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "ymt", "gene", "was", "among", "the", "most", "highly", "expressed", "genes", "in", "the", "flea", "(", "Table", "S3", ")", ",", "but", "neither", "it", "nor", "the", "known", "transmission", "factors", "(", "hmsHFRS", ",", "hmsT", ",", "hmsP", ",", "and", "gmhA", ")", "showed", "significantly", "higher", "expression", "in", "the", "flea", "than", "in", "vitro", "at", "21degreesC", ",", "indicating", "that", "they", "are", "induced", "primarily", "by", "low", "temperature", ",", "and", "not", "by", "environmental", "factors", "specific", "to", "the", "flea", "gut", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "pestis", "homologs", "of", "two", "genes", "with", "previously", "identified", "roles", "in", "biofilm", ",", "yidE", ",", "which", "encodes", "a", "hyperadherence", "factor", "in", "E", ".", "coli", "[", "27", "]", ",", "and", "cpxP", ",", "a", "member", "of", "the", "cpxPAR", "ESR", "system", ",", "were", "upregulated", "in", "the", "flowcell", ";", "but", "predicted", "adhesin", "genes", "were", "not", "upregulated", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "transcriptional", "profile", "of", "Y", ".", "pestis", "in", "blocked", "fleas", "showed", "greater", "similarity", "to", "the", "transcriptional", "profile", "reported", "for", "E", ".", "coli", "in", "mature", ",", "four", "-", "day", "-", "old", "in", "vitro", "biofilms", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "yidE", "and", "cpxP", ",", "other", "Y", ".", "pestis", "predicted", "adhesins", "and", "components", "of", "an", "ESR", "were", "upregulated", "in", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "Y", ".", "pestis", "homologs", "of", "Pseudomonas", "aeruginosa", "cupA1", "and", "cupA3", "in", "a", "predicted", "fimbrial", "biosynthesis", "operon", "and", "yapL", ",", "a", "predicted", "autotransporter", "adhesin", "similar", "to", "E", ".", "coli", "tibA", ",", "were", "specifically", "upregulated", "in", "the", "flea", "(", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "cupA", "fimbrial", "locus", "and", "tibA", "are", "important", "for", "surface", "adherence", "and", "for", "biofilm", "formation", "in", "P", ".", "aeruginosa", "and", "E", ".", "coli", ",", "respectively", "[", "28", "]", ",", "[", "29", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Evidence", "for", "induction", "of", "an", "ESR", "in", "the", "flea", "included", "the", "high", "expression", "levels", "of", "rpoE", ",", "the", "gene", "for", "the", "alternate", "transcription", "factor", "sigmaE", "(", "as", "well", "as", "the", "anti", "-", "sigmaE", "negative", "regulator", "genes", "rseA", "and", "rseB", ")", ",", "cpxP", ";", "and", "pspA", "and", "pspG", ",", "components", "of", "the", "phage", "-", "shock", "protein", "(", "Psp", ")", "response", "(", "Tables", "S1", "and", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "genes", "were", "also", "found", "to", "be", "upregulated", "in", "mature", "E", ".", "coli", "biofilms", "[", "23", "]", ",", "suggesting", "that", "the", "three", "prominent", "ESR", "systems", "are", "important", "for", "integrating", "signals", "required", "for", "survival", "in", "a", "biofilm", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Because", "homologs", "of", "the", "yidE", ",", "cpxP", ",", "tibA", "(", "yapL", ")", ",", "cupA", "fimbriae", ",", "and", "pspABC", "genes", "were", "upregulated", "in", "the", "flea", "and", "have", "been", "shown", "to", "be", "involved", "in", "biofilm", "formation", "in", "other", "bacteria", "[", "23", "]", ",", "[", "27", "]", ",", "[", "28", "]", ",", "[", "29", "]", ",", "we", "made", "a", "series", "of", "Y", ".", "pestis", "strains", "containing", "deletions", "of", "these", "loci", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "single", "loss", "of", "any", "of", "these", "genes", "did", "not", "result", "in", "a", "noticeable", "defect", "in", "biofilm", "formation", "in", "vitro", ",", "or", "in", "flea", "infection", "or", "blockage", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "genes", "may", "contribute", "to", "biofilm", "formation", ",", "but", "are", "not", "individually", "essential", "for", "this", "phenotype", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "genes", "in", "the", "polyamine", "transport", "gabTpotDBC", "locus", "are", "among", "the", "most", "highly", "induced", "genes", "in", "the", "flea", "(", "Table", "S1", ")", "and", "polyamines", "are", "essential", "for", "Y", ".", "pestis", "biofilm", "formation", "[", "30", "]", ",", "we", "have", "previously", "reported", "that", "a", "Y", ".", "pestis", "Deltapot", "mutant", "has", "no", "defect", "in", "flea", "infection", "or", "blockage", "[", "31", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "likely", "due", "to", "the", "fact", "that", "Y", ".", "pestis", "is", "able", "to", "synthesize", "polyamines", "de", "novo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "Differential", "gene", "expression", "during", "the", "Y", ".", "pestis", "life", "cycle" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "With", "this", "study", ",", "the", "in", "vivo", "transcriptome", "of", "Y", ".", "pestis", "in", "blocked", "fleas", "and", "in", "the", "rat", "bubo", "[", "11", "]", "have", "now", "both", "been", "characterized", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "comparison", "of", "normalized", "gene", "expression", "levels", "from", "the", "two", "data", "sets", "provides", "insight", "into", "the", "biology", "of", "the", "flea", "-", "mammal", "life", "cycle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "About", "15", "%", "of", "Y", ".", "pestis", "genes", "showed", "significantly", "higher", "relative", "expression", "levels", "or", "expression", "only", "in", "the", "flea", "than", "in", "the", "bubo", ";", "24", "%", "were", "more", "highly", "expressed", "in", "the", "bubo", "than", "in", "the", "flea", ";", "and", "61", "%", "were", "not", "differentially", "expressed", "in", "the", "two", "hosts", "(", "Fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Several", "virulence", "factors", "were", "differentially", "regulated", "in", "the", "two", "hosts", ",", "but", "others", "were", "not", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "the", "known", "temperature", "-", "induced", "virulence", "factors", ",", "iron", "acquisition", "systems", ",", "including", "the", "ybt", "and", "yfe", "operons", "that", "are", "required", "for", "virulence", ";", "and", "oxidative", "and", "nitrosative", "stress", "response", "genes", ",", "including", "the", "hmp", "virulence", "factor", ",", "are", "highly", "upregulated", "in", "the", "rat", "bubo", ",", "but", "not", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "analysis", "also", "reinforces", "the", "model", "that", "Y", ".", "pestis", "produces", "a", "hexaacylated", "lipid", "A", "in", "the", "flea", ",", "and", "that", "the", "change", "to", "the", "less", "immunostimulatory", "tetraacylated", "form", "occurs", "only", "after", "transmission", "[", "32", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "virulence", "and", "transmission", "factors", "were", "not", "differentially", "regulated", ",", "including", "the", "hms", "genes", ";", "and", "the", "Y", ".", "pestis", "plasminogen", "activator", "(", "pla", ")", ",", "critical", "for", "dissemination", "from", "extravascular", "tissue", "at", "the", "fleabite", "site", "[", "33", "]", ",", "and", "ymt", "were", "highly", "expressed", "in", "both", "hosts", "(", "Table", "S3", "and", "[", "11", "]", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Y", ".", "pestis", "outer", "surface", "protein", "gene", "yadB", ",", "recently", "shown", "to", "be", "required", "for", "dissemination", "and", "bubonic", "plague", "pathogenesis", "from", "a", "subcutaneous", "inoculation", "site", "[", "34", "]", ",", "was", "significantly", "upregulated", "in", "both", "the", "flea", "and", "the", "bubo", "compared", "to", "in", "vitro", "conditions", "(", "Tables", "1", ",", "S1", ")", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Expression", "of", "genes", "in", "the", "pH", "6", "antigen", "locus", "(", "psaEFABC", ")", ",", "responsible", "for", "the", "synthesis", "and", "transport", "of", "the", "PsaA", "fimbriae", "that", "enhance", "resistance", "to", "phagocytosis", "by", "macrophages", "[", "35", "]", ",", "[", "36", "]", ",", "were", "higher", "in", "the", "bubo", "than", "the", "flea", ",", "although", "the", "usher", "protein", "gene", "psaC", "was", "upregulated", "in", "the", "flea", "compared", "to", "in", "vitro", "growth", "(", "Tables", "1", ",", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "psa", "locus", "is", "regulated", "by", "RovA", "[", "36", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Consistent", "with", "these", "findings", ",", "rovA", "expression", "was", "downregulated", "in", "the", "flea", ";", "whereas", "expression", "of", "rovM", ",", "a", "negative", "regulator", "of", "rovA", "[", "37", "]", ",", "was", "upregulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "transcriptional", "regulator", "gene", "phoP", "of", "the", "PhoPQ", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "and", "the", "PhoP", "-", "regulated", "mgtC", "gene", "were", "expressed", "at", "levels", ">", "2", "-", "fold", "higher", "in", "fleas", "than", "in", "any", "other", "condition", "(", "Tables", "1", ",", "S1", ",", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PhoP", "and", "MgtC", "are", "established", "virulence", "factors", "known", "to", "be", "important", "for", "survival", "of", "Y", ".", "pestis", "and", "other", "gram", "-", "negative", "bacteria", "in", "macrophages", "and", "for", "resistance", "to", "cationic", "antimicrobial", "peptides", "(", "CAMPs", ")", "of", "the", "mammalian", "innate", "immune", "response", "[", "38", "]", ",", "[", "39", "]", ",", "[", "40", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "PhoPQ", "system", "is", "induced", "in", "low", "Mg2", "+", "or", "low", "pH", "environments", ",", "or", "by", "exposure", "to", "CAMPs", "[", "41", "]", ",", "[", "42", "]", ",", "[", "43", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Mg2", "+", "concentration", "and", "pH", "of", "the", "flea", "digestive", "tract", "have", "not", "been", "defined", ",", "so", "the", "inducing", "stimulus", "is", "unknown", ",", "but", "CAMPs", "are", "induced", "and", "secreted", "into", "the", "gut", "by", "blood", "feeding", "insects", "when", "they", "take", "a", "blood", "meal", "containing", "bacteria", "[", "44", "]", ",", "[", "45", "]", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "X", ".", "cheopis", "fleas", "encode", "homologs", "of", "the", "insect", "CAMPs", "cecropin", "and", "defensin", ",", "and", "mount", "an", "inducible", "antibacterial", "response", "to", "infection", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "the", "PhoPQ", "regulatory", "system", "may", "be", "induced", "by", "the", "flea", "'", "s", "immune", "system", "in", "response", "to", "Y", ".", "pestis", "in", "the", "midgut", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Despite", "the", "upregulation", "of", "phoP", "in", "the", "flea", ",", "with", "the", "notable", "exception", "of", "mgtC", "there", "was", "little", "correlation", "between", "predicted", "PhoP", "-", "regulated", "genes", "in", "vitro", "and", "genes", "upregulated", "in", "the", "flea", "[", "39", "]", ",", "[", "46", "]", ",", "[", "47", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Differential", "regulation", "of", "members", "of", "the", "PhoP", "regulon", "may", "occur", "depending", "on", "the", "inducing", "stimulus", ",", "however", "[", "48", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Induction", "of", "a", "phagocytosis", "-", "resistant", "phenotype", "in", "the", "flea" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM" ]

[ "Soon", "after", "transmission", ",", "Y", ".", "pestis", "would", "be", "expected", "to", "encounter", "rapidly", "-", "responding", "phagocytic", "cells", "in", "the", "dermis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "assess", "the", "overall", "effect", "of", "the", "flea", "-", "specific", "phenotype", "on", "this", "encounter", ",", "we", "compared", "the", "interaction", "of", "Y", ".", "pestis", "recovered", "from", "infected", "fleas", "and", "from", "in", "vitro", "cultures", "with", "murine", "bone", "marrow", "macrophages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bacteria", "from", "fleas", "showed", "significantly", "lower", "levels", "of", "phagocytosis", "(", "Fig", ".", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "have", "previously", "reported", "analogous", "findings", "using", "human", "polymorphonuclear", "leukocytes", "(", "PMNs", ")", "[", "7", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "yit", "and", "yip", "genes", "in", "a", "Y", ".", "pestis", "locus", "(", "y0181", "-", "0191", ")", "that", "encode", "predicted", "insecticidal", "-", "like", "toxins", "of", "the", "toxin", "complex", "(", "Tc", ")", "family", "and", "three", "linked", "phage", "-", "related", "genes", "were", "upregulated", "4", "-", "to", "50", "-", "fold", "in", "the", "flea", "midgut", "(", "Tables", "1", "and", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "previously", "reported", "that", "the", "genes", "for", "these", "Tc", "-", "like", "proteins", "are", "highly", "expressed", "in", "fleas", ",", "but", "that", "their", "products", "are", "nontoxic", "to", "fleas", "[", "49", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "yitR", ",", "a", "LysR", "-", "type", "regulator", "that", "activates", "the", "Tc", "-", "like", "yit", "genes", "[", "50", "]", ",", "was", "upregulated", ">", "10", "-", "fold", "in", "the", "flea", ",", "but", "its", "expression", "was", "not", "detected", "in", "the", "rat", "bubo", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "specific", "induction", "in", "the", "flea", "of", "yitR", "and", "genes", "in", "the", "adjacent", "Tc", "-", "like", "yit", "and", "yip", "loci", "suggests", "that", "they", "are", "involved", "in", "adaptation", "to", "and", "colonization", "of", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "However", ",", "deletion", "of", "yitR", "or", "yitA", "-", "yipB", "(", "y0183", "-", "y0191", ")", "does", "not", "affect", "the", "ability", "of", "Y", ".", "pestis", "KIM6", "+", "to", "infect", "or", "block", "fleas", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "observations", ",", "and", "the", "fact", "that", "the", "Yersinia", "Tc", "proteins", "have", "toxicity", "to", "certain", "eukaryotic", "cell", "lines", "in", "vitro", "[", "50", "]", ",", "[", "51", "]", ",", "prompted", "us", "to", "investigate", "a", "possible", "post", "-", "transmission", "antiphagocytic", "role", "for", "these", "proteins", "in", "the", "mammalian", "host", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "To", "determine", "if", "the", "insecticidal", "-", "like", "toxins", "were", "involved", "in", "resistance", "to", "phagocytosis", ",", "we", "repeated", "the", "macrophage", "experiments", "with", "a", "Y", ".", "pestis", "DeltayitR", "mutant", ",", "which", "as", "expected", "showed", "greatly", "reduced", "expression", "of", "the", "yit", "and", "yip", "genes", "in", "vitro", "and", "in", "the", "flea", "(", "Fig", ".", "4B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Loss", "of", "yitR", "significantly", "reduced", "the", "increased", "resistance", "to", "phagocytosis", "of", "Y", ".", "pestis", "isolated", "from", "infected", "fleas", "(", "Fig", ".", "4C", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "the", "yit", "and", "yip", "genes", "are", "not", "required", "for", "Y", ".", "pestis", "to", "produce", "a", "transmissible", "infection", "in", "fleas", ",", "it", "was", "possible", "to", "compare", "the", "virulence", "of", "wild", "-", "type", "and", "DeltayitR", "Y", ".", "pestis", "following", "transmission", "by", "fleabite", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "incidence", "rate", "and", "time", "to", "disease", "onset", "were", "identical", "for", "both", "Y", ".", "pestis", "strains", ",", "demonstrating", "that", "expression", "of", "yit", "and", "yip", "is", "not", "essential", "for", "flea", "-", "borne", "transmission", "or", "disease", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "On", "average", ",", "the", "mice", "challenged", "with", "Y", ".", "pestis", "DeltayitR", "-", "infected", "fleas", ",", "both", "those", "that", "developed", "disease", "and", "those", "that", "did", "not", ",", "received", "a", "higher", "cumulative", "number", "of", "bites", "from", "blocked", "fleas", "than", "the", "mice", "challenged", "with", "Y", ".", "pestis", "-", "infected", "fleas", ",", "but", "this", "difference", "was", "not", "statistically", "significant", "(", "Fig", ".", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "it", "was", "not", "possible", "to", "detect", "any", "relatively", "minor", "difference", "in", "LD50", "because", "the", "number", "of", "bacteria", "transmitted", "by", "a", "blocked", "flea", "varies", "widely", "[", "1", "]", ",", "[", "52", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Even", "a", "small", "decrease", "in", "LD50", "provided", "by", "the", "Yit", "-", "Yip", "proteins", "would", "be", "significant", "at", "the", "ecological", "level", "in", "the", "maintenance", "of", "plague", "transmission", "cycles", ",", "because", "the", "transmission", "efficiency", "of", "blocked", "fleas", "is", "very", "low", "-", "often", "only", "a", "few", "or", "no", "bacterial", "cells", "are", "transmitted", "in", "an", "individual", "fleabite", "[", "52", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Because", "phoP", "is", "required", "by", "Y", ".", "pestis", "to", "produce", "a", "transmissible", "infection", "in", "fleas", "(", "unpublished", "data", ")", ",", "it", "was", "not", "possible", "to", "similarly", "assess", "the", "effect", "on", "disease", "transmission", "of", "phoP", "induction", "in", "the", "flea", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Does", "transit", "through", "the", "flea", "vector", "preadapt", "Y", ".", "pestis", "to", "resist", "mammalian", "innate", "immunity", "?" ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "When", "Y", ".", "pestis", "is", "transmitted", "into", "the", "dermis", "by", "an", "infected", "flea", ",", "it", "is", "immediately", "exposed", "to", "the", "mammalian", "innate", "immune", "system", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "most", "important", "antiphagocytic", "virulence", "factors", ",", "the", "cytotoxic", "Yersinia", "outer", "proteins", "(", "Yops", ")", ",", "part", "of", "the", "T3SS", "encoded", "by", "the", "Y", ".", "pestis", "virulence", "plasmid", "and", "the", "F1", "capsule", "encoded", "by", "the", "pMT1", "plasmid", ",", "are", "not", "present", "at", "this", "initial", "stage", "of", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Their", "expression", "is", "strictly", "temperature", "-", "regulated", "and", "are", "not", "produced", "in", "vivo", "until", "3", "-", "5", "hours", "after", "the", "temperature", "shift", "to", "37degreesC", "that", "accompanies", "transmission", "[", "1", "]", ",", "[", "3", "]", ",", "[", "53", "]", ",", "[", "54", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Consequently", ",", "Y", ".", "pestis", "grown", "at", "<", "28degreesC", "in", "vitro", "are", "initially", "susceptible", "to", "in", "vivo", "uptake", "and", "killing", "by", "phagocytes", "until", "the", "Yop", "and", "F1", "virulence", "factors", "are", "produced", ",", "effectively", "preventing", "further", "phagocytosis", "[", "53", "]", ",", "[", "54", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "indicate", "that", "Y", ".", "pestis", "entering", "the", "mammal", "from", "an", "infective", "flea", "is", "relatively", "resistant", "to", "macrophages", ",", "as", "well", "as", "PMNs", "[", "7", "]", ";", "a", "vector", "-", "specific", "phenotype", "that", "is", "not", "related", "to", "the", "T3SS", "or", "capsule", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Coming", "from", "the", "flea", ",", "Y", ".", "pestis", "is", "also", "associated", "with", "the", "biofilm", "ECM", ",", "identical", "or", "closely", "related", "to", "the", "poly", "-", "beta", "-", "1", ",", "6", "-", "N", "-", "acetyl", "glucosamine", "ECM", "of", "staphylococcal", "biofilms", ",", "which", "has", "been", "shown", "to", "provide", "protection", "from", "innate", "immune", "components", "[", "55", "]", ",", "[", "56", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "although", "the", "antiphagocytic", "F1", "capsule", "and", "Psa", "fimbriae", "do", "not", "appear", "to", "be", "produced", "in", "the", "flea", ",", "upregulation", "in", "the", "flea", "of", "most", "F1", "genes", "in", "the", "cafRcaf1M1A1", "locus", "and", "the", "Psa", "usher", "protein", "gene", "psaC", "(", "Tables", "1", ",", "S1", ")", "suggests", "that", "components", "of", "the", "F1", "and", "Psa", "translocation", "system", "are", "made", ",", "which", "may", "prime", "Y", ".", "pestis", "for", "rapid", "secretion", "of", "these", "extracellular", "virulence", "factors", "after", "transmission", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "upregulation", "of", "the", "innate", "immunity", "resistance", "genes", "phoP", "and", "mgtC", "suggest", "that", "those", "Y", ".", "pestis", "that", "are", "phagocytized", "may", "be", "prepared", "for", "resistance", "to", "CAMPs", "and", "intracellular", "survival", "while", "still", "in", "the", "flea", "vector", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "the", "major", "essential", "virulence", "factors", "yadBC", "and", "pla", ",", "essential", "for", "Y", ".", "pestis", "dissemination", "from", "the", "dermis", ",", "were", "maximally", "or", "very", "highly", "expressed", "in", "the", "flea", "(", "Tables", "1", ",", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Besides", "degrading", "plasminogen", ",", "the", "Pla", "protease", "may", "also", "inactivate", "CAMPs", ",", "particularly", "when", "the", "F1", "capsule", "is", "not", "present", "[", "57", "]", ",", "which", "matches", "the", "phenotype", "of", "Y", ".", "pestis", "in", "the", "flea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "In", "summary", ",", "Y", ".", "pestis", "appears", "to", "be", "prepared", "for", "pathogenesis", "in", "the", "mammal", "while", "still", "in", "the", "flea", "vector", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "The", "biofilm", "phenotype", "of", "Y", ".", "pestis", "and", "the", "virulence", "factors", "upregulated", "or", "highly", "expressed", "in", "the", "flea", "may", "enhance", "the", "earliest", "stages", "of", "plague", "pathogenesis", "while", "the", "full", "complement", "of", "temperature", "-", "shift", "-", "regulated", "virulence", "factors", "is", "still", "being", "induced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Increased", "resistance", "to", "innate", "immunity", "that", "is", "preinduced", "in", "the", "flea", "vector", "may", "be", "critical", "to", "productive", "transmission", "because", "blocked", "fleas", "transmit", "relatively", "few", "bacteria", ",", "often", "below", "the", "LD50", "of", "Y", ".", "pestis", "grown", "in", "vitro", "at", "<", "28degreesC", "[", "1", "]", ",", "[", "52", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Transcriptome", "Analysis", "of", "the", "Brucella", "abortus", "BvrR", "/", "BvrS", "Two", "-", "Component", "Regulatory", "System" ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Background", "The", "two", "-", "component", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "is", "essential", "for", "Brucella", "abortus", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "It", "was", "shown", "previously", "that", "its", "dysfunction", "alters", "the", "expression", "of", "some", "major", "outer", "membrane", "proteins", "and", "the", "pattern", "of", "lipid", "A", "acylation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "the", "genes", "regulated", "by", "BvrR", "/", "BvrS", ",", "we", "performed", "a", "whole", "-", "genome", "microarray", "analysis", "using", "B", ".", "abortus", "RNA", "obtained", "from", "wild", "type", "and", "bvrR", "mutant", "cells", "grown", "in", "the", "same", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Methodology", "/", "Principal", "Findings", "A", "total", "of", "127", "differentially", "expressed", "genes", "were", "found", ":", "83", "were", "over", "expressed", "and", "44", "were", "less", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Two", "operons", ",", "the", "phosphotransferase", "system", "and", "the", "maltose", "transport", "system", ",", "were", "down", "-", "regulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Several", "genes", "involved", "in", "cell", "envelope", "or", "outer", "membrane", "biogenesis", "were", "differentially", "expressed", ":", "genes", "for", "outer", "membrane", "proteins", "(", "omp25a", ",", "omp25d", ")", ",", "lipoproteins", ",", "LPS", "and", "fatty", "acid", "biosynthesis", ",", "stress", "response", "proteins", ",", "chaperones", ",", "flagellar", "genes", ",", "and", "twelve", "genes", "encoding", "ABC", "transport", "systems", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ten", "genes", "related", "with", "carbon", "metabolism", "(", "pckA", "and", "fumB", "among", "others", ")", "were", "up", "-", "regulated", "in", "the", "bvrR", "mutant", ",", "and", "denitrification", "genes", "(", "nirK", ",", "norC", "and", "nosZ", ")", "were", "also", "regulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "seven", "transcriptional", "regulators", "were", "affected", ",", "including", "VjbR", ",", "ExoR", "and", "OmpR", "that", "were", "less", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "the", "expression", "of", "eleven", "genes", "which", "have", "been", "previously", "related", "with", "Brucella", "virulence", "was", "also", "altered", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conclusions", "/", "Significance", "All", "these", "data", "corroborate", "the", "impact", "of", "BvrR", "/", "BvrS", "on", "cell", "envelope", "modulation", ",", "confirm", "that", "this", "system", "controls", "the", "carbon", "and", "nitrogen", "metabolism", ",", "and", "suggest", "a", "cross", "-", "talk", "among", "some", "regulators", "to", "adjust", "the", "Brucella", "physiology", "to", "the", "shift", "expected", "to", "occur", "during", "the", "transit", "from", "the", "extracellular", "to", "the", "intracellular", "niche", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Introduction" ]

[ "O" ]

[ "Facultative", "intracellular", "bacteria", "such", "as", "Brucella", "must", "survive", "in", "varied", "and", "changing", "conditions", "ranging", "from", "the", "open", "environment", "to", "the", "intracellular", "medium", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "this", ",", "the", "bacterium", "must", "coordinate", "an", "intricate", "network", "of", "factors", "to", "generate", "a", "suitable", "adaptive", "response", "to", "the", "various", "signals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "attribute", "is", "often", "accomplished", "by", "two", "-", "component", "transduction", "systems", ",", "consisting", "of", "a", "sensor", "kinase", "and", "a", "response", "regulator", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "regulatory", "systems", "are", "highly", "conserved", "among", "bacteria", "and", "widely", "used", "for", "controlling", "gene", "expression", "in", "response", "to", "environmental", "signals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "response", "to", "stimuli", ",", "the", "sensor", "kinase", "autophosphorylates", ",", "then", "transfers", "its", "phosphate", "to", "its", "cognate", "response", "regulator", "to", "control", "the", "transcription", "of", "target", "genes", "[", "1", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Up", "to", "now", ",", "BvrR", "/", "BvrS", "is", "the", "best", "characterized", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "of", "Brucella", "[", "2", "]", "-", "[", "4", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BvrS", "is", "a", "membrane", "-", "bound", "homodimeric", "protein", "that", "has", "three", "conserved", "regions", "frequently", "found", "in", "members", "of", "the", "histidine", "protein", "kinase", "superfamily", ":", "an", "amino", "-", "terminal", "periplasmic", "sensing", "domain", "with", "transmembrane", "segments", ",", "a", "cytoplasmic", "dimerisation", "domain", "with", "a", "specific", "His", "residue", ",", "and", "the", "carboxy", "-", "terminal", "ATP", "-", "binding", "kinase", "domain", "[", "5", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BvrR", "is", "a", "cytoplasmic", "protein", "that", "shows", "significant", "similarity", "to", "OmpR", "/", "PhoB", "subfamily", "of", "response", "regulator", "proteins", "with", "a", "specific", "Asp", "residue", "located", "within", "a", "conserved", "regulatory", "domain", "and", "an", "effector", "domain", "with", "DNA", "-", "binding", "activity", "[", "5", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "genome", "sequencing", "has", "revealed", "21", "putative", "two", "-", "component", "regulatory", "systems", "in", "the", "Brucella", "genus", ",", "the", "best", "characterized", "one", "implicated", "in", "virulence", "is", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "BvrR", "/", "bvrS", "mutants", "are", "avirulent", "in", "mice", ",", "have", "increased", "susceptibility", "to", "killing", "by", "nonimmune", "serum", ",", "show", "reduced", "invasiveness", "to", "epithelial", "cells", "and", "macrophages", ",", "and", "are", "incapable", "of", "inhibiting", "lysosome", "fusion", "and", "of", "intracellular", "replication", "[", "4", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "demonstrated", "for", "other", "two", "-", "component", "systems", ",", "multiple", "genes", "are", "expected", "to", "be", "under", "the", "control", "of", "BvrR", "/", "BvrS", "[", "1", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]