Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "B", ".", "abortus", "mutants", "in", "this", "system", "were", "more", "susceptible", "to", "bactericidal", "polycationic", "substances", "like", "polymyxin", "B", ",", "melittin", "or", "poly", "-", "L", "-", "lysine", ",", "and", "displayed", "a", "more", "hydrophobic", "outer", "membrane", "surface", "than", "the", "parental", "strain", "[", "4", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "evidence", "suggests", "an", "altered", "outer", "membrane", "structure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Later", "studies", "demonstrated", "that", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "regulates", "transcription", "of", "at", "least", "two", "major", "outer", "membrane", "proteins", ",", "Omp22", "(", "Omp3b", ")", "and", "Omp25a", "(", "Omp3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Changes", "in", "non", "-", "protein", "envelope", "molecules", "such", "as", "lipid", "A", "underacylation", "and", "increased", "LPS", "acyl", "-", "chain", "fluidity", "have", "been", "also", "found", "in", "these", "mutants", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "further", "understand", "the", "role", "of", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "two", "-", "component", "signal", "transduction", "system", ",", "global", "gene", "expression", "profiles", "were", "analyzed", "by", "using", "ORFeome", "-", "based", "Brucella", "whole", "-", "genome", "DNA", "microarrays", "and", "confirmed", "by", "reverse", "transcription", "-", "PCR", "(", "RT", "-", "PCR", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "link", "the", "regulation", "of", "carbon", "and", "nitrogen", "metabolism", "to", "the", "expression", "of", "cell", "envelope", "components", "and", "suggest", "the", "existence", "of", "a", "complex", "regulatory", "network", "with", "the", "interplay", "of", "several", "transcriptional", "regulators", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Results", "and", "Discussion" ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "Brucella", "mutants", "in", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "are", "pleiotropic", "[", "3", "]", "-", "[", "6", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whole", "-", "genome", "microarray", "analysis", "was", "made", "to", "determine", "the", "effect", "of", "the", "mutation", "in", "BvrR", "/", "BvrS", "in", "the", "gene", "expression", "pattern", "of", "Brucella", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "B", ".", "abortus", "RNA", "was", "obtained", "from", "three", "independent", "cultures", "of", "each", "wild", "type", "and", "bvrR", "mutant", "cells", "grown", "in", "the", "same", "conditions", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "confirm", "the", "reproducibility", "of", "the", "gene", "expression", "data", ",", "the", "array", "experiment", "was", "composed", "of", "six", "slides", "(", "three", "for", "each", "type", "of", "cells", ")", "yielding", "six", "measurements", "per", "gene", ",", "representing", "three", "biological", "replicates", "(", "since", "each", "gene", "is", "present", "twice", "on", "each", "slide", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "ORFeome", "-", "based", "Brucella", "whole", "-", "genome", "DNA", "microarray", "used", "in", "this", "study", "has", "been", "previously", "validated", "for", "the", "analysis", "of", "gene", "expression", "under", "any", "experimental", "conditions", "[", "7", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "microarray", "experimental", "design", "was", "made", "according", "to", "the", "MIAME", "recommendations", "[", "8", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "change", "in", "gene", "expression", "was", "considered", "both", "statistically", "and", "biologically", "significant", "if", "the", "p", "-", "value", "was", "less", "than", "0", ".", "01", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "statistical", "analysis", "resulted", "in", "the", "identification", "of", "a", "total", "of", "127", "genes", "differentially", "transcribed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "versus", "the", "wild", "type", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Eighty", "three", "genes", "(", "65", "%", ")", "were", "up", "-", "and", "44", "(", "35", "%", ")", "were", "down", "-", "regulated", "(", "the", "complete", "list", "of", "differentially", "expressed", "genes", "in", "the", "bvrR", "mutant", "versus", "the", "wild", "type", "is", "show", "in", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Twenty", "three", "%", "of", "the", "differentially", "transcribed", "genes", "(", "30", ")", "encoded", "for", "hypothetical", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "genes", "of", "annotated", "function", ",", "59", "appeared", "to", "be", "up", "regulated", "and", "38", "down", "regulated", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Genes", "encoding", "proteins", "involved", "in", "metabolism", "and", "cellular", "process", "are", "among", "the", "most", "up", "regulated", "genes", ",", "and", "those", "encoding", "proteins", "involved", "in", "membrane", "transport", "are", "among", "the", "most", "down", "regulated", "(", "Figure", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "further", "validate", "some", "data", "generated", "in", "the", "microarray", "experiment", ",", "forty", "-", "eight", "differentially", "expressed", "genes", "were", "chosen", "to", "be", "analyzed", "by", "real", "-", "time", "quantitative", "reverse", "transcription", "-", "PCR", "(", "RT", "-", "PCR", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Total", "RNA", "from", "both", "Brucella", "strains", "were", "reverse", "transcribed", "into", "cDNA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "reactions", "were", "made", "by", "triplicate", "from", "at", "least", "two", "independent", "cultures", ",", "and", "the", "cycle", "of", "threshold", "(", "Ct", ")", "was", "determined", "for", "each", "reaction", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "were", "normalized", "by", "the", "2", "-", "DeltaDeltaCt", "method", "[", "9", "]", "using", "the", "IF", "-", "1", "housekeeping", "gene", "of", "Brucella", "as", "reference", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Transcriptional", "data", "of", "forty", "-", "one", "(", "85", "%", ")", "of", "the", "genes", "selected", "gave", "identical", "tendency", "by", "both", "methods", "microarray", "and", "RT", "-", "PCR", ":", "22", "were", "up", "and", "19", "were", "down", "regulated", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "the", "level", "of", "transcription", "obtained", "by", "RT", "-", "PCR", "of", "the", "flagellar", "genes", "fliM", "(", "BAB2", "_", "0124", ")", "and", "motB", "(", "BAB2", "_", "1103", ")", ",", "and", "the", "pckA", "gene", "(", "BAB1", "_", "2091", ")", "were", "the", "highest", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "On", "the", "other", "hand", ",", "exoR", "(", "BAB1", "_", "0891", ")", ",", "omp25a", "(", "BAB1", "_", "0722", ")", ",", "hpr", "-", "K", "(", "BAB1", "_", "2094", ")", ",", "bvrS", "(", "BAB1", "_", "2093", ")", "and", "the", "lipoproteins", "(", "BAB1", "_", "2147", ",", "BAB1", "_", "0589", ",", "BAB1", "_", "0358", ")", "were", "among", "the", "less", "expressed", "genes", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "confirmed", "a", "good", "correlation", "between", "microarray", "and", "RT", "-", "PCR", "data", ",", "thus", "validating", "the", "model", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", ",", "we", "will", "focus", "on", "the", "genes", "differentially", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "(", "a", "complete", "representation", "of", "the", "differentially", "expressed", "genes", "is", "show", "in", "Figure", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cell", "envelope", "modulation", "It", "is", "well", "know", "that", "the", "transcription", "of", "omp25a", "y", "omp22", "genes", "is", "under", "the", "control", "of", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", ",", "and", "that", "bvrR", "/", "bvrS", "mutants", "have", "increased", "amount", "of", "underacylated", "lipid", "A", "species", "in", "the", "LPS", "[", "2", "]", ",", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "proteomic", "analysis", "of", "Brucella", "outer", "membrane", "fragments", "demonstrated", "that", "the", "expression", "of", "several", "OMPs", ",", "lipoproteins", "and", "chaperones", "was", "altered", "in", "these", "mutants", "[", "6", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "observations", "led", "to", "the", "hypothesis", "that", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "is", "involved", "in", "cell", "envelope", "changes", "required", "for", "adaptation", "to", "the", "intracellular", "environment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "microarray", "results", "demonstrated", "several", "genes", "directly", "involved", "in", "cell", "envelope", "or", "outer", "membrane", "biogenesis", "differentially", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "As", "expected", ",", "these", "included", "genes", "that", "encoded", "OMPs", "like", "Omp25a", "(", "BAB1", "_", "0722", ")", "and", "Omp25d", "(", "BAB1", "_", "0115", ")", "which", "were", "down", "-", "regulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "bvrR", "regulated", "genes", "related", "with", "cell", "envelope", "were", ":", "three", "lipoprotein", "genes", "(", "BAB1", "_", "0358", ";", "BAB1", "_", "0589", ";", "BAB1", "_", "2147", ")", ",", "which", "were", "down", "-", "regulated", ";", "six", "genes", "for", "periplasmic", "proteins", "and", "chaperones", "(", "htpX", ",", "heat", "shock", "protein", ",", "BAB1", "_", "1821", ";", "clpA", "and", "clpB", ",", "stress", "response", "proteins", ",", "BAB1", "_", "1573", "and", "BAB1", "_", "1868", ",", "respectively", ";", "BAB2", "_", "1107", ";", "BAB1", "_", "0505", ";", "BAB1", "_", "1022", ")", ",", "which", "were", "all", "up", "-", "regulated", ";", "one", "gene", "related", "with", "LPS", "biosynthesis", "(", "glycosyl", "transferase", ",", "BAB1", "_", "1620", ")", ",", "which", "was", "up", "-", "regulated", ";", "and", "five", "genes", "for", "fatty", "acids", "biosynthesis", "(", "fabG", ",", "ketoacyl", "-", "acyl", "-", "carrier", "-", "protein", "reductase", ",", "BAB1", "_", "2043", ";", "fabF", ",", "oxoacyl", "-", "acyl", "-", "carrier", "-", "protein", "synthase", ",", "BAB1", "_", "0872", ";", "fadD", ",", "fatty", "-", "acyl", "-", "CoA", "synthase", ",", "BAB1", "_", "0320", ";", "cfa", ",", "cyclopropane", "-", "fatty", "-", "acyl", "-", "phospholipid", "synthase", ",", "BAB1", "_", "0476", ";", "BAB1", "_", "1357", ")", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "These", "data", "confirm", "that", "BvrR", "/", "BvrS", "regulates", "bacterial", "envelope", "changes", "that", "could", "modify", "surface", "properties", "relevant", "for", "Brucella", "virulence", "[", "6", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Regulation", "of", "carbon", "and", "nitrogen", "metabolism" ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "One", "of", "the", "remarkable", "findings", "observed", "in", "our", "microarray", "analysis", "was", "that", "several", "genes", "related", "with", "metabolism", "were", "also", "differentially", "expressed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "included", "twelve", "genes", "encoding", "ABC", "transport", "systems", "(", "matE", ",", "BAB1", "_", "0340", ";", "dctM", ",", "BAB1", "_", "0372", ";", "fhuD", ",", "BAB1", "_", "1366", ";", "yadH", ",", "BAB1", "_", "1368", ";", "oppA", ",", "BAB1", "_", "1601", ";", "oppC", ",", "BAB2", "_", "1051", ";", "oppD", ",", "BAB2", "_", "0817", ";", "potC", ",", "BAB1", "_", "1624", ";", "ssuB", ",", "BAB2", "_", "0917", ";", "ugpC", ",", "BAB2", "_", "1143", ";", "BAB2", "_", "0794", ";", "BAB2", "_", "1139", ")", ",", "ten", "genes", "related", "with", "carbohydrate", ",", "amino", "or", "fatty", "acids", "metabolism", "and", "five", "related", "with", "nitrogen", "metabolism", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "all", "genes", "related", "with", "carbohydrate", ",", "amino", "or", "fatty", "acids", "metabolism", "were", "up", "-", "regulated", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "These", "included", "the", "first", "enzyme", "in", "gluconeogenesis", "(", "pckA", ",", "phosphoenolpyruvate", "carboxykinase", ",", "BAB1", "_", "2091", ")", ",", "four", "genes", "involved", "in", "TCA", "cycle", "and", "pyruvate", "metabolism", "(", "fumB", ",", "fumarate", "hydratase", ",", "BAB1", "_", "0977", ";", "lpdA", ",", "dihydrolipoamide", "dehydrogenase", ",", "BAB2", "_", "0712", ";", "pyruvate", "dehydrogenase", ",", "BAB2", "_", "0032", ";", "acetyl", "-", "CoA", "acetyltransferase", ",", "BAB2", "_", "0443", ")", ",", "three", "genes", "involved", "in", "amino", "or", "fatty", "acid", "metabolism", "(", "aldehyde", "dehydrogenases", ",", "BAB2", "_", "1130", ",", "BAB2", "_", "1114", ";", "hydroxymethylglutaryl", "-", "CoA", "lyase", ",", "BAB1", "_", "0017", ")", ",", "and", "two", "genes", "involve", "in", "benzoate", "degradation", "(", "pcaC", ",", "carboxymuconolactone", "decarboxylase", ",", "BAB2", "_", "0597", ";", "pcaI", ",", "coenzyme", "A", "transferase", ",", "BAB2", "_", "0604", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "the", "complete", "maltose", "transport", "system", "of", "Brucella", ",", "which", "consists", "in", "a", "large", "operon", "containing", "thirteen", "genes", "(", "BAB1", "_", "0236", "-", "0248", ")", "was", "also", "affected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ten", "of", "these", "genes", ",", "including", "malK", ",", "malG", ",", "malF", ",", "malE", "and", "an", "iclR", "regulator", ",", "were", "down", "-", "regulated", "suggesting", "that", "the", "complete", "operon", "was", "negatively", "regulated", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Although", "it", "has", "been", "showed", "that", "the", "mutants", "in", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "have", "no", "obvious", "defects", "with", "regard", "to", "the", "ability", "to", "grow", "on", "standard", "media", "[", "4", "]", ",", "our", "microarray", "results", "suggests", "that", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "controls", "elements", "directly", "involved", "in", "adjusting", "the", "Brucella", "metabolism", "to", "the", "nutrient", "shift", "expected", "to", "occur", "during", "the", "transit", "to", "the", "intracellular", "niche", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "if", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "affects", "the", "metabolism", ",", "bvrR", "mutant", "and", "wild", "type", "strains", "were", "grown", "in", "synthetic", "minimal", "media", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "show", "in", "Figure", "3", ",", "growth", "of", "the", "bvrR", "mutant", "was", "significantly", "reduced", "in", "minimal", "media", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "genes", "differentially", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "included", "denitrification", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "nitrite", "reductase", "gene", "(", "nirK", ",", "BAB2", "_", "0943", ")", "was", "down", "regulated", "and", "the", "nitric", "oxide", "and", "nitrous", "oxide", "reductases", "genes", "(", "nor", "C", ",", "BAB2", "_", "0955", ";", "nosZ", ",", "BAB2", "_", "0928", ")", "were", "up", "regulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "On", "the", "other", "hand", ",", "two", "deaminases", "(", "glutaminase", ",", "BAB2", "_", "0863", ";", "guanine", "deaminase", ",", "BAB1", "_", "0383", ")", "were", "also", "affected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "Brucella", "is", "an", "intracellular", "facultative", "pathogen", ",", "the", "bacteria", "could", "use", "these", "denitrification", "reactions", "to", "grow", "under", "low", "-", "oxygen", "condition", "by", "respiration", "of", "nitrate", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Brucella", "may", "also", "take", "advantage", "of", "denitrification", "to", "cope", "with", "nitric", "oxide", "(", "NO", ")", "production", "in", "the", "macrophage", "during", "the", "innate", "response", "against", "infection", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "fact", ",", "some", "of", "these", "denitrification", "genes", "have", "been", "related", "with", "the", "virulence", "in", "mice", "[", "10", "]", ",", "[", "11", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "our", "experiments", "to", "study", "the", "intracellular", "transcriptional", "level", "of", "BvrR", "/", "BvrS", "controlled", "genes", "(", "see", "below", ")", "showed", "that", "whereas", "norC", "was", "induced", "intracellularly", ",", "nirK", "and", "nosZ", "were", "less", "expressed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Taken", "together", "all", "these", "data", "support", "the", "proposal", "that", "one", "role", "of", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "could", "be", "neutralize", "the", "production", "of", "toxic", "reactive", "nitrogen", "molecules", ",", "as", "NO", ",", "by", "the", "host", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "also", "demonstrated", "a", "connection", "between", "carbon", "and", "nitrogen", "metabolism", "and", "BvrR", "/", "BvrS", "in", "Brucella", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Our", "results", "also", "demonstrated", "that", "gene", "hpr", "-", "K", "(", "BAB1", "_", "2094", ")", ",", "a", "member", "of", "the", "Brucella", "phosphotransferase", "system", "(", "PTS", ";", "BAB1", "_", "2097", "-", "2094", ")", "adjacent", "to", "the", "bvrR", "/", "bvrS", ",", "was", "down", "-", "regulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "mentioned", "before", ",", "phosphoenolpyruvate", "carboxykinase", "gene", "(", "pckA", ",", "BAB1", "_", "2091", ")", "which", "is", "located", "upstream", "of", "the", "regulatory", "gene", "bvrR", "and", "divergently", "expressed", "was", "up", "-", "regulated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Comparative", "genome", "analysis", "revealed", "that", "in", "addition", "to", "the", "bvrR", "/", "bvrS", "genes", ",", "the", "genome", "structure", "around", "these", "genes", "is", "essentially", "the", "same", "for", "all", "the", "alpha", "-", "proteobacteria", "[", "5", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genes", "encoding", "proteins", "related", "to", "the", "PTS", ",", "including", "a", "HPr", "Ser", "-", "kinase", ",", "an", "EIIA", "permease", "of", "the", "mannose", "family", "and", "a", "HPr", "homologue", "precede", "those", "of", "the", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "most", "of", "these", "loci", ",", "upstream", "of", "the", "regulatory", "gene", "the", "pckA", "is", "divergently", "expressed", "(", "Figure", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "gene", "catalyzes", "the", "reversible", "decarboxylation", "and", "phosphorylation", "of", "oxaloacetate", "to", "form", "phosphoenolpyruvate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "In", "alpha", "-", "proteobacteria", ",", "it", "has", "been", "proposed", "that", "HPr", "might", "control", "the", "phosphorylation", "state", "of", "the", "transcription", "regulator", "[", "12", "]", "-", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "regard", ",", "Letesson", "and", "col", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "[", "15", "]", "have", "suggested", "that", "in", "Brucella", "the", "PTS", "could", "interact", "with", "the", "BvrS", "sensor", "kinase", ",", "which", "in", "turn", "phosphorylates", "the", "response", "regulator", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Then", ",", "the", "BvrR", "could", "control", "transcription", "of", "the", "pckA", "gene", ",", "which", "encodes", "an", "essential", "control", "enzyme", "of", "the", "gluconeogenesis", "and", "Krebs", "cycle", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "hypothesis", "could", "explain", "the", "observation", "that", "mutants", "in", "the", "regulatory", "gene", "bvrR", "were", "inhibited", "in", "minimal", "media", "(", "see", "above", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "According", "to", "this", ",", "it", "has", "been", "demonstrated", "that", "in", "A", ".", "tumefaciens", "the", "pckA", "genes", "is", "indeed", "under", "the", "control", "of", "ChvG", "/", "ChvI", "[", "16", "]", "and", "that", "null", "mutants", "in", "S", ".", "meliloti", "exoS", "and", "chvI", "have", "pleiotropic", "growth", "defects", "and", "were", "unable", "to", "grow", "on", "several", "carbon", "sources", "[", "17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "link", "between", "carbon", "and", "nitrogen", "metabolism", ",", "PTS", "and", "two", "-", "component", "regulatory", "systems", "have", "been", "proposed", "for", "some", "bacteria", "[", "18", "]", ",", "and", "our", "microarray", "results", "strongly", "suggest", "that", "same", "relationship", "could", "be", "made", "for", "Brucella", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "BvrR", "/", "BvrS", "and", "the", "expression", "of", "other", "transcriptional", "regulators" ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "seven", "transcriptional", "regulators", "genes", "were", "also", "differentially", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "compared", "to", "parental", "strain", ":", "BAB1", "_", "0237", ",", "BAB1", "_", "0891", "(", "exoR", ")", ",", "BAB1", "_", "1397", ",", "BAB2", "_", "0118", "(", "vjbR", ")", ",", "BAB2", "_", "0762", "(", "ompR", ")", ",", "BAB2", "_", "1127", "and", "BAB2", "_", "1152", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "Three", "of", "these", ",", "namely", "exoR", ",", "ompR", "and", "vjbR", "are", "down", "regulated", "and", "have", "been", "previously", "implicated", "in", "Brucella", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "B", ".", "melitensis", "vjbR", "mutant", "is", "highly", "attenuated", "in", "both", "cellular", "and", "mouse", "models", "of", "infection", "[", "19", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "VjbR", "has", "been", "described", "as", "a", "transcriptional", "regulator", "able", "to", "activate", "directly", "the", "secretion", "system", "virB", "operon", "and", "the", "flagellar", "genes", ",", "both", "virulence", "factors", "associated", "to", "the", "surface", "of", "the", "bacteria", "[", "20", "]", ",", "[", "21", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "it", "has", "been", "demonstrated", "that", "VjbR", "controls", "the", "synthesis", "of", "exopolysaccharides", "and", "the", "productions", "of", "several", "OMPs", ",", "some", "of", "which", "are", "also", "involved", "in", "virulence", "[", "22", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "our", "results", "also", "showed", "that", "the", "expression", "of", "vjbR", "was", "also", "induced", "intracellularly", "(", "see", "below", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "these", "data", "suggest", "that", "VjbR", ",", "similarly", "to", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", ",", "is", "involved", "in", "the", "control", "of", "outer", "membrane", "composition", "and", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "DeJong", "and", "col", "[", "20", "]", "have", "demonstrated", "that", "among", "the", "promoters", "which", "expression", "is", "dependent", "of", "the", "VjbR", "regulator", ",", "is", "the", "ompR", "gene", ",", "the", "regulator", "of", "the", "OmpR", "/", "EnvZ", "two", "component", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "E", ".", "coli", "OmpR", "/", "EnvZ", "system", "controls", "the", "transcription", "of", "the", "outer", "membrane", "porins", "OmpF", "and", "OmpC", "in", "response", "to", "osmolarity", "[", "23", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "a", "systematically", "transcriptome", "analysis", "of", "all", "two", "component", "regulatory", "systems", "in", "E", ".", "coli", "has", "demonstrated", "that", "the", "OmpR", "/", "EnvZ", "system", "also", "controls", "the", "metabolism", "of", "amino", "acids", ",", "flagellar", "synthesis", "and", "nutrient", "transport", "[", "24", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "we", "have", "show", "in", "this", "study", ",", "the", "expression", "of", "at", "least", "three", "flagellar", "genes", "(", "fliM", ",", "BAB2", "_", "0124", "/", "5", ";", "flgJ", ",", "BAB1", "_", "0260", ";", "motB", ",", "BAB2", "_", "1103", ")", "were", "increased", "also", "in", "the", "bvrR", "mutant", "(", "Figure", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "two", "-", "regulatory", "systems", "ChvG", "(", "ExoS", ")", "/", "ChvI", "in", "S", ".", "meliloti", "and", "A", ".", "tumefaciens", "posses", "a", "high", "level", "of", "identity", "with", "the", "Brucella", "BvrR", "/", "BvrS", "[", "25", "]", ",", "[", "26", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Chaves", "-", "Olarte", "et", "al", "have", "reported", "that", "B", ".", "abortus", "bvrS", "mutant", "complemented", "with", "the", "ExoS", "protein", "recuperated", "the", "ability", "to", "invade", "and", "replicated", "successfully", "in", "HeLa", "and", "macrophage", "cells", "[", "27", "]", ",", "suggesting", "that", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "is", "functionally", "interchangeable", "with", "the", "ExoS", "/", "ChvI", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "A", ".", "tumefaciens", "ChvI", "/", "ChvG", "system", "controls", "the", "expression", "of", "the", "Aop", ",", "an", "OMP", "homologous", "to", "Brucella", "Omp25a", "[", "28", "]", ",", "and", "in", "S", ".", "meliloti", ",", "ExoS", "/", "ChvI", "is", "a", "key", "regulator", "of", "gene", "expression", "for", "exopolysaccharide", "synthesis", ",", "motility", "and", "nutrient", "utilization", "[", "26", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "has", "been", "described", "in", "S", ".", "meliloti", "that", "exoR", "gene", "encodes", "a", "global", "regulator", "of", "transcription", "and", "that", "ExoR", "interacts", "genetically", "with", "both", "ExoS", "and", "ChvI", "and", "inhibits", "ExoS", "/", "ChvI", "activity", "[", "29", "]", ",", "[", "30", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", "analysis", "indicated", "that", "both", "the", "ExoR", "protein", "and", "the", "ExoS", "/", "ChvI", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "are", "involved", "in", "the", "regulation", "of", "both", "polysaccharides", "and", "flagellum", "biosynthesis", "[", "31", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "the", "transcription", "of", "the", "S", ".", "meliloti", "lpsS", "gene", ",", "that", "encodes", "a", "sulfotransferase", "that", "modifies", "LPS", ",", "is", "dependent", "on", "the", "exoR", "gene", "[", "32", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Other", "authors", "[", "29", "]", "suggest", "that", "ExoR", "is", "an", "inhibitor", "of", "two", "-", "component", "signaling", "that", "may", "be", "conserved", "in", "a", "large", "number", "of", "alpha", "-", "proteobacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "also", "support", "this", "hypothesis", ":", "the", "functional", "relationship", "between", "the", "exoR", "gene", "and", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "all", "these", "findings", ",", "obvious", "comparison", "about", "the", "function", "of", "all", "these", "regulators", "in", "Brucella", "could", "be", "made", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "fact", "that", "the", "expression", "of", "VjbR", ",", "OmpR", "and", "ExoR", "was", "altered", "in", "the", "bvrR", "mutant", "demonstrated", "for", "the", "first", "time", "an", "interaction", "or", "cross", "-", "talk", "among", "these", "global", "regulators", ",", "all", "involved", "in", "the", "control", "of", "composition", "and", "structure", "of", "the", "cell", "envelope", "(", "OMPs", ",", "LPS", ",", "chaperones", ",", "flagella", ",", "em", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Virulence", "and", "the", "adaptation", "to", "intracellular", "growth" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BvrR", "/", "bvrS", "mutants", "are", "unable", "to", "multiply", "intracellularly", "and", "are", "avirulent", "in", "the", "mouse", "model", "[", "4", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "microarray", "results", "demonstrated", "that", "at", "least", "127", "genes", "were", "differentially", "expressed", "in", "the", "bvrR", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Although", "this", "general", "expression", "changes", "could", "explain", "the", "complete", "loss", "of", "virulence", "of", "these", "mutants", ",", "it", "was", "remarkable", "the", "presence", "among", "them", "of", "ten", "genes", ",", "in", "addition", "to", "bvrS", ",", "whose", "products", "are", "already", "known", "to", "be", "associated", "with", "Brucella", "virulence", "[", "10", "]", ",", "[", "11", "]", ",", "[", "33", "]", ",", "[", "34", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "included", "the", "already", "mentioned", "vjbR", ",", "but", "also", "motB", "(", "BAB2", "_", "1103", ")", ",", "malK", "(", "BAB1", "_", "0241", ")", ",", "norC", "(", "BAB2", "_", "0955", ")", ",", "oppA", "(", "BAB1", "_", "1601", ")", ",", "aspB", "(", "BAB1", "_", "1397", ")", ",", "mosA", "(", "BAB1", "_", "0666", ")", "and", "three", "genes", "encoding", "hypothetical", "proteins", "(", "BAB1", "_", "1717", ",", "BAB1", "_", "0597", "y", "BAB2", "_", "1127", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "B", ".", "melitensis", "malK", "mutant", "and", "B", ".", "suis", "aspB", "mutant", "were", "attenuated", "in", "cellular", "model", "of", "infection", ",", "and", "B", ".", "melitensis", "mutants", "in", "vjbR", ",", "motB", ",", "oppA", ",", "mosA", "and", "the", "hypothetical", "proteins", "BAB1", "_", "0597", ",", "BAB1", "_", "1717", ",", "BAB2", "_", "1127", "were", "attenuated", "in", "both", "cellular", "and", "mouse", "models", "of", "infection", "(", "for", "a", "review", "see", "[", "33", "]", ",", "[", "34", "]", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "it", "has", "been", "demonstrated", "that", "some", "denitrification", "genes", "of", "the", "nor", "operon", "are", "required", "for", "Brucella", "virulence", ":", "norD", "in", "B", ".", "suis", "and", "norB", "in", "B", ".", "melitensis", "[", "10", "]", ",", "[", "11", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "of", "the", "genes", "candidate", "to", "be", "regulated", "by", "BvrR", "/", "BvrS", "identified", "in", "our", "microarray", "experiments", "can", "be", "involved", "with", "the", "changes", "needed", "for", "intracellular", "survival", "of", "Brucella", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "In", "order", "to", "investigate", "if", "the", "BvrR", "/", "BvrS", "controlled", "genes", "were", "expressed", "intracellularly", ",", "bacterial", "RNA", "was", "obtained", "from", "B", ".", "abortus", "wild", "type", "recovered", "from", "infected", "cells", "as", "described", "in", "Material", "and", "Methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "amount", "of", "bacterial", "RNA", "was", "not", "enough", "to", "perform", "microarray", "hybridizations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "this", "reason", ",", "the", "analysis", "of", "intracellular", "expression", "of", "32", "selected", "genes", "was", "done", "by", "RT", "-", "PCR", "by", "using", "total", "RNA", "from", "intracellular", "bacteria", "and", "from", "the", "same", "strain", "(", "B", ".", "abortus", "2308", ")", "grown", "in", "laboratory", "conditions", "(", "Table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]