Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "Thus", ",", "the", "interaction", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "with", "insects", "is", "an", "important", "link", "in", "the", "ecological", "range", "of", "bacteria", "-", "host", "interactions", "extending", "from", "entomopathogenic", "to", "humanpathogenic", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "Photorhabdus", "luminescens", "is", "predominantly", "an", "insect", "pathogenic", "enterobacterium", "which", "maintains", "a", "mutualistic", "interaction", "with", "heterorhabditid", "nematodes", ",", "and", "can", "infect", "a", "wide", "range", "of", "insects", "[", "11", ",", "12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "another", "Photorhabdus", "species", ",", "P", ".", "asymbiotica", ",", "has", "been", "described", "as", "a", "human", "pathogen", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "It", "was", "isolated", "from", "human", "clinical", "specimens", "where", "the", "cells", "caused", "locally", "invasive", "soft", "tissue", "infections", "[", "13", ",", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "assumed", "that", "these", "strains", "are", "associated", "with", "spiders", ",", "because", "spider", "bites", "where", "attended", "with", "Photorhabdus", "human", "infections", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "bacteria", "of", "the", "species", "P", ".", "luminescens", "are", "exclusively", "known", "to", "be", "associated", "with", "nematodes", "and", "insects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Generally", ",", "the", "bacteria", "colonise", "the", "gut", "of", "the", "infective", "juvenile", "stage", "of", "the", "nematode", "Heterorhabditis", "bacteriophora", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Upon", "entering", "an", "insect", "host", ",", "the", "nematodes", "release", "the", "bacteria", "by", "regurgiation", "directly", "into", "the", "insect", "hemocoel", ",", "the", "open", "circulatory", "system", "of", "the", "insect", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Once", "inside", "the", "hemocoel", ",", "the", "bacteria", "replicate", "rapidly", "and", "establish", "a", "lethal", "septemica", "in", "the", "host", "by", "the", "production", "of", "virulence", "factors", "such", "as", "the", "insecticidal", "toxin", "complexes", "that", "kill", "the", "insect", "within", "48", "hours", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bioconversion", "of", "the", "insect", "'", "s", "body", "by", "P", ".", "luminescens", "produces", "a", "rich", "food", "source", "for", "the", "bacteria", "as", "well", "as", "for", "the", "nematodes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nematode", "reproduction", "is", "supported", "by", "the", "bacteria", ",", "probably", "by", "providing", "essential", "nutrients", "that", "are", "required", "for", "efficient", "nematode", "proliferation", "[", "16", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", "properties", "of", "P", ".", "luminescens", "are", "the", "production", "of", "many", "antimicrobial", "substances", "to", "defend", "the", "insect", "cadaver", "from", "bacterial", "competitors", ",", "and", "glowing", "due", "to", "bacterial", "luciferase", "production", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "When", "the", "insect", "cadaver", "is", "depleted", ",", "the", "nematodes", "and", "bacteria", "reassociate", "and", "emerge", "from", "the", "carcass", "in", "search", "of", "a", "new", "insect", "host", "(", "Fig", ".", "1", ",", "right", "circle", ")", "[", "17", ",", "18", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Photorhabdus", "species", "exist", "in", "two", "forms", ",", "designated", "as", "primary", "and", "secondary", "phenotypic", "colony", "variants", ",", "which", "differ", "in", "morphological", "and", "physiological", "traits", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Primary", "variants", "are", "found", "to", "produce", "extracellular", "protease", ",", "extracellular", "lipase", ",", "intracellular", "protein", "crystals", "CipA", "and", "CipB", ",", "antibiotics", ",", "and", "are", "bioluminescent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secondary", "variants", "lack", "protease", ",", "lipase", "and", "antibiotic", "activity", ",", "and", "bioluminescence", "is", "strongly", "decreased", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "They", "also", "differ", "in", "colony", "morphology", ",", "pigmentation", ",", "dye", "adsorption", ",", "metabolism", ",", "and", "the", "ability", "to", "support", "growth", "and", "reproduction", "of", "the", "nematodes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "assumed", "that", "primary", "variants", "correspond", "to", "the", "nematode", "-", "associated", "form", ",", "and", "secondary", "variants", "to", "the", "insect", "-", "associated", "form", "of", "the", "bacteria", "[", "19", ",", "20", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "P", ".", "luminescens", "serves", "as", "an", "ideal", "model", "to", "study", "the", "switch", "from", "a", "symbiotic", "state", "with", "nematodes", "to", "one", "in", "which", "the", "bacterium", "is", "pathogenic", "to", "insects", "[", "21", ",", "22", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "following", "comparative", "genome", "analysis", ",", "we", "examined", "the", "extent", "to", "which", "P", ".", "luminescens", "and", "Y", ".", "enterocolitica", "share", "factors", "that", "are", "probably", "attributed", "to", "insect", "association", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "identified", "genes", "and", "the", "corresponding", "proteins", "involved", "in", "signalling", ",", "regulation", ",", "pathogenicity", ",", "as", "well", "as", "in", "metabolism", ",", "and", "suggest", "their", "possible", "function", "during", "colonization", "and", "infection", "of", "non", "-", "mammals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "results", "obtained", "not", "only", "improve", "our", "understanding", "of", "the", "biology", "of", "both", "pathogens", ",", "but", "also", "reveal", "some", "implications", "on", "the", "evolution", "of", "invertebrate", "and", "vertebrate", "virulence", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Results", "and", "Discussion" ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "The", "genomes", "of", "P", ".", "luminescens", "ssp", ".", "laumondii", "TT01", "and", "Y", ".", "enterocolitica", "8081", "have", "completely", "been", "sequenced", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genome", "of", "the", "latter", "strain", "has", "a", "size", "of", "~", "4", ".", "6", "Mbp", "and", "encodes", "4037", "putative", "proteins", "[", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Its", "genome", "size", "is", "exceeded", "by", "the", "~", "5", ".", "7", "Mbp", "genome", "of", "P", ".", "luminescens", "encoding", "4839", "putative", "proteins", "[", "24", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "uncover", "candidate", "genes", "which", "are", "involved", "in", "insect", "pathogenicity", ",", "a", "total", "of", "424", "(", "P", ".", "luminescens", ")", "and", "386", "(", "Y", ".", "enterocolitica", ")", "genes", "and", "proteins", "predicted", "to", "belong", "to", "one", "of", "the", "functional", "categories", "described", "in", "the", "text", "were", "analysed", "for", "their", "presence", "or", "absence", "in", "both", "organisms", ",", "and", "for", "their", "degree", "of", "similarity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "House", "-", "keeping", "genes", "and", "genes", "of", "unknown", "function", "were", "not", "considered", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "set", "of", "shared", "genes", "or", "proteins", ",", "respectively", ",", "indicates", "mechanisms", "of", "regulation", ",", "virulence", "and", "metabolic", "pathways", "similar", "for", "both", "pathogens", ",", "and", "moreover", "unraveled", "novel", "candidate", "genes", "/", "proteins", "which", "presumably", "are", "involved", "in", "insect", "association", "and", "/", "or", "pathogenicity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Proteins", "which", "are", "solely", "present", "in", "either", "one", "of", "the", "organisms", "suggest", "a", "distinct", "function", "of", "these", "factors", ",", "or", "different", "strategies", "followed", "by", "the", "two", "pathogens", "during", "their", "life", "cycles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Sensing", ",", "signalling", ",", "and", "regulation", "Bacteria", "have", "evolved", "several", "regulation", "mechanisms", "to", "ensure", "a", "proper", "answer", "to", "changing", "environments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Upon", "entering", "their", "insect", "hosts", ",", "P", ".", "luminescens", "and", "Y", ".", "enterocolitica", "are", "challenged", "by", "varying", "and", "detrimental", "surrounding", "conditions", "which", "they", "have", "to", "sense", "and", "adapt", "to", "for", "further", "persistence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "both", "pathogens", "must", "be", "capable", "to", "withstand", "the", "insect", "'", "s", "immune", "response", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "following", "chapter", "we", "compare", "sensing", "and", "regulating", "mechanisms", "of", "the", "two", "insect", "-", "associated", "organisms", ",", "P", ".", "luminescens", "and", "Y", ".", "enterocolitica", ",", "thus", "identifying", "strategies", "which", "might", "be", "important", "for", "insect", "colonization", "and", "pathogenicity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Two", "-", "component", "signal", "transduction", "To", "sense", "their", "environment", "and", "to", "react", "rapidly", "to", "changing", "surrounding", "conditions", ",", "bacteria", "have", "evolved", "so", "called", "two", "-", "component", "systems", "(", "TCSs", ")", "[", "25", "]", "which", "have", "been", "found", "to", "be", "involved", "in", "the", "control", "of", "virulence", "or", "symbiosis", ",", "in", "metabolite", "utilization", ",", "and", "also", "in", "the", "adaptation", "to", "various", "stress", "factors", "[", "26", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "basic", "TCS", "consists", "of", "two", "proteins", ",", "a", "sensor", "histidine", "kinase", "and", "a", "response", "regulator", "performing", "a", "His", "-", "Asp", "phosphotransfer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "consisting", "domains", "or", "proteins", "can", "also", "be", "organized", "as", "more", "complex", "systems", "using", "a", "His", "-", "Asp", "-", "His", "-", "Asp", "phosphorelay", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "number", "of", "TCSs", "ranges", "from", "zero", "in", "Mycoplasma", "genitalium", "to", "80", "in", "Syncheocystes", "spp", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "[", "25", ",", "27", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Eighteen", "of", "these", "TCSs", "are", "present", "in", "P", ".", "luminescens", ",", "and", "28", "in", "Y", ".", "enterocolitica", ",", "of", "which", "17", "are", "shared", "by", "both", "organisms", "(", "Fig", ".", "2", ",", "depicted", "in", "grey", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "additional", "set", "of", "eleven", "TCSs", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "(", "Fig", ".", "2", ",", "shown", "in", "red", ")", "might", "reflect", "the", "high", "number", "of", "different", "environments", "this", "pathogen", "is", "exposed", "to", "during", "its", "life", "cycle", ",", "namely", "soil", ",", "water", "and", "invertebrates", "as", "well", "as", "mammalian", "hosts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "P", ".", "luminescens", "cells", "are", "primarily", "restricted", "to", "symbiosis", "with", "the", "nematode", "species", "H", ".", "bacteriophora", "and", "the", "insect", "larvae", "as", "hosts", ",", "thus", "encountering", "a", "more", "homeostatic", "milieu", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Among", "the", "eleven", "TCSs", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "not", "shared", "by", "P", ".", "luminescens", "are", "duplicates", "of", "the", "CitA", "/", "CitB", "system", "(", "YE2505", "/", "YE2506", "and", "YE2654", "/", "YE2655", ")", "and", "of", "the", "LytS", "/", "LytR", "system", "(", "YE1228", "/", "YE1227", "and", "YE4014", "/", "YE4015", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "The", "principal", "biological", "reason", "for", "this", "redundancy", "remains", "unclear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "one", "TCS", "(", "Plu0102", "/", "Plu103", "and", "YE4185", "/", "YE4186", ")", "is", "unique", "for", "the", "genera", "Photorhabdus", "and", "Yersinia", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Both", "sensor", "kinases", "Plu0102", "and", "YE4185", "are", "of", "moderate", "similarity", "(", "31", ".", "5", "%", "identity", ",", "48", ".", "5", "%", "homology", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "They", "are", "anchored", "to", "the", "membrane", "with", "one", "transmembrane", "domain", ",", "and", "have", "a", "large", "periplasmic", "sensing", "domain", "which", "is", "proposed", "to", "bind", "a", "specific", "ligand", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "Plu0102", "and", "YE4185", "are", "interesting", "candidates", "for", "unravelling", "invertebrate", "-", "specific", "signals", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "putative", "target", "genes", "of", "Plu0102", "/", "Plu0103", "and", "Ye4185", "/", "Ye4186", ",", "plu0104", "and", "ye4187", ",", "respectively", ",", "are", "homologues", "and", "encode", "putative", "secreted", "proteins", "which", "might", "act", "in", "a", "similar", ",", "yet", "unknown", "manner", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "TCSs", "present", "in", "both", "organisms", "are", "depicted", "in", "grey", "in", "Fig", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2", ",", "and", "include", "PhoP", "/", "PhoQ", ",", "and", "AstS", "/", "AstR", "(", "BvgS", "/", "BvgR", ")", "which", "have", "been", "identified", "to", "be", "involved", "in", "virulence", "[", "28", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "role", "of", "PhoP", "/", "PhoQ", "in", "regulating", "virulence", "gene", "expression", "has", "been", "characterized", "mainly", "in", "Salmonella", "species", ",", "but", "has", "also", "been", "shown", ",", "in", "addition", "to", "three", "other", "TCSs", ",", "to", "be", "important", "for", "virulence", "of", "Y", ".", "pseudotuberculosis", "[", "29", ",", "30", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "P", ".", "luminescens", ",", "this", "TCS", "controls", "the", "expression", "of", "the", "pbgPE", "operon", "which", "is", "involved", "in", "lipid", "A", "modification", "and", "thus", "plays", "a", "role", "in", "colonization", "and", "infection", "of", "the", "invertebrate", "hosts", "[", "18", ",", "31", "]", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "PhoP", "has", "also", "been", "found", "to", "be", "important", "for", "virulence", "of", "Y", ".", "pestis", "[", "32", "]", ",", "but", "its", "function", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "during", "its", "insect", "-", "associated", "phase", "remains", "hypothetical", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "AstS", "/", "AstR", "TCS", "is", "required", "for", "the", "correct", "timing", "of", "phase", "variant", "switching", "in", "P", ".", "luminescens", "[", "28", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BvgS", "/", "BvgR", "is", "the", "TCS", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "that", "corresponds", "to", "AstS", "/", "AstR", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Because", "Y", ".", "enterocolitica", "is", "not", "known", "to", "switch", "to", "another", "phenotypic", "variant", ",", "the", "possible", "role", "in", "virulence", "regulation", "still", "remains", "to", "be", "elucidated", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Both", "Y", ".", "enterocolitica", "and", "P", ".", "luminescens", "produce", "the", "KdpD", "/", "KdpE", "system", "that", "regulates", "K", "+", "homeostasis", "and", "osmotic", "stress", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "has", "recently", "been", "found", "that", "the", "Kdp", "-", "system", "of", "P", ".", "luminescens", "is", "important", "for", "insect", "pathogenicity", "(", "S", ".", "E", ".", "Reynolds", "and", "N", ".", "R", ".", "Waterfield", ",", "University", "of", "Bath", ",", "UK", ",", "personal", "communication", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "the", "KdpD", "/", "KdpE", "system", "is", "also", "a", "further", "candidate", "system", "which", "might", "be", "involved", "in", "the", "regulation", "of", "insecticidal", "activity", "of", "Y", ".", "enterocolitica", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "The", "only", "TCS", "of", "P", ".", "luminescens", "absent", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "is", "TctE", "/", "TctD", "(", "Fig", ".", "2", ",", "marked", "in", "blue", ")", ",", "which", ",", "however", ",", "is", "found", "in", "the", "genomes", "of", "Y", ".", "intermedia", "and", "Y", ".", "frederiksenii", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Beside", "these", "microorganisms", ",", "TctE", "/", "TctD", "homologues", "controlling", "the", "transport", "of", "tricarboxylic", "acid", "(", "see", "section", "\"", "Tricarboxylate", "utilization", "\"", ")", "are", "present", "in", "the", "genera", "Salmonella", ",", "Burkholderia", ",", "Agrobacterium", ",", "Bordetella", ",", "Collinsella", ",", "Xylella", ",", "Xanthomonas", ",", "and", "Pseudomonas", ",", "particularly", "P", ".", "entomophila", ",", "all", "of", "which", "are", "found", "in", "association", "with", "eukaryotes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "summarize", ",", "the", "comparison", "of", "the", "P", ".", "luminescens", "and", "the", "Y", ".", "enterocolitica", "TCSs", "reveals", "a", "basal", "set", "of", "signal", "sensing", "mechanisms", "which", "are", "used", "by", "both", "organisms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whether", "the", "stimulons", "or", "regulons", "which", "are", "regulated", "by", "these", "sets", "of", "TCSs", "are", "also", "similar", "remains", "to", "be", "examined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "comparison", "to", "P", ".", "luminescens", ",", "Y", ".", "enterocolitica", "uses", "an", "expanded", "set", "of", "TCSs", ",", "possibly", "to", "adapt", "to", "its", "various", "hosts", "(", "Fig", ".", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Quorum", "sensing", "-", "like", "gene", "regulation" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Regulation", "by", "AHL", "-", "LuxR", "-", "like", "receptors", "Virulence", ",", "bioluminescence", ",", "mutualism", ",", "antibiotic", "production", "and", "biofilm", "formation", "are", "often", "regulated", "by", "LuxI", "/", "LuxR", "quorum", "sensing", "systems", "in", "Gram", "-", "negative", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "They", "produce", "membrane", "diffusible", "signalling", "molecules", ",", "acyl", "homoserine", "lactones", "(", "AHLs", ")", ",", "which", "are", "sensed", "by", "the", "receptor", "/", "regulator", "LuxR", "when", "exceeding", "a", "threshold", "concentration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "AHLs", "are", "produced", "by", "an", "autoinductor", "synthase", "named", "LuxI", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Upon", "autoinductor", "-", "binding", ",", "the", "receptor", "LuxR", "binds", "to", "the", "promoter", "/", "operator", "regions", "of", "the", "target", "genes", "or", "operons", ",", "resulting", "in", "the", "regulation", "of", "gene", "expression", "in", "response", "to", "the", "cell", "number", "[", "33", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Y", ".", "enterocolitica", "possesses", "a", "typical", "quorum", "sensing", "pair", "of", "homologues", ",", "YenI", "/", "YenR", "(", "YE1600", "/", "YE1599", ")", ",", "and", "it", "has", "recently", "been", "shown", "that", "swimming", "and", "swarming", "motility", "is", "regulated", "by", "3", "-", "oxo", "-", "C6", "-", "AHL", "and", "C6", "-", "AHL", ",", "which", "are", "synthesized", "by", "YenI", "[", "34", "]", "." ]

[ "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "Y", ".", "pestis", ",", "the", "production", "of", "YspI", "and", "YspR", ",", "the", "homologues", "of", "YenI", "and", "YenR", ",", "is", "induced", "at", "26degreesC", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "we", "identified", "a", "second", "AHL", "-", "LuxR", "regulator", ",", "YE1026", ",", "which", "lacks", "a", "separate", "AHL", "synthase", "(", "Fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "not", "known", "if", "this", "receptor", "also", "binds", "the", "AHLs", "produced", "by", "YenI", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "In", "the", "genome", "of", "P", ".", "luminescens", ",", "two", "genes", "encoding", "putative", "AHL", "-", "LuxR", "-", "like", "receptors", ",", "plu0320", "and", "plu4562", ",", "but", "no", "luxI", "genes", "are", "present", "(", "Fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "suggests", "that", "P", ".", "luminescens", "does", "not", "produce", "its", "own", "AHL", "signalling", "molecule", ",", "but", "might", "be", "able", "to", "sense", "those", "produced", "by", "other", "bacteria", "and", "therefore", "to", "detect", "mixed", "microbial", "communities", "as", "demonstrated", "for", "Salmonella", "enterica", "and", "Escherichia", "coli", "[", "35", "-", "37", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "similar", "function", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "might", "be", "provided", "by", "YE1026", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "It", "is", "interesting", "to", "note", "that", "Sodalis", "glossinidius", "strain", "morsitans", ",", "an", "endosymbiont", "of", "the", "tse", "tse", "fly", "Glossina", "morsitans", "morsitans", "[", "38", "]", ",", "also", "has", "two", "pontential", "AHL", "-", "LuxR", "receptors", ",", "SG1740", "and", "SG0285", ",", "but", "no", "luxI", "homologue", "(", "Fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Instead", "of", "producing", "AHLs", "to", "regulate", "quorum", "dependent", "genes", ",", "a", "common", "strategy", "of", "insect", "-", "colonizing", "bacteria", "might", "be", "the", "detection", "of", "AHLs", "as", "a", "signal", "for", "the", "presence", "of", "other", "bacteria", "such", "as", "those", "colonizing", "the", "insect", "intestinal", "tract", "or", "living", "in", "soil", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Regulation", "by", "AI", "-", "2" ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL" ]

[ "Beside", "AHL", ",", "other", "putative", "quorum", "sensing", "signalling", "molecules", "have", "been", "identified", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "of", "them", "is", "autoinductor", "2", "(", "AI", "-", "2", ")", ",", "furanosyl", "borate", "diester", ",", "which", "is", "synthesized", "by", "the", "luxS", "product", "[", "39", ",", "40", "]", "of", "which", "homologues", "are", "present", "in", "P", ".", "luminescens", "and", "Y", ".", "enterocolitica", "(", "plu1253", ",", "ye0839", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "It", "has", "been", "shown", "that", "the", "luxS", "pathway", "negatively", "controls", "the", "expression", "of", "genes", "for", "carbapenem", "antibiotic", "biosynthesis", "in", "P", ".", "luminescens", "[", "41", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Overall", ",", "more", "than", "300", "AI", "-", "2", "regulated", "genes", "involved", "in", "regulation", ",", "metabolic", "activity", ",", "stress", "response", "and", "pathogenicity", "are", "known", "in", "P", ".", "luminescens", "[", "42", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "the", "expression", "of", "tcdA1", "and", "tccC1", "encoding", "subunits", "of", "the", "insecticidal", "toxin", "complexes", "and", "the", "production", "of", "mcf2", "encoding", "the", "\"", "Makes", "caterpillar", "floppy", "\"", "toxin", "was", "identified", "to", "be", "luxS", "dependent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "The", "DeltaluxS", "mutant", "also", "showed", "decreased", "expression", "of", "virulence", "factors", "such", "as", "the", "cytotoxic", "protein", "CcdB", ",", "the", "hemolysin", "secretion", "protein", "HlyD", "(", "Plu0635", ")", ",", "and", "the", "toxin", "ABC", "transporter", "subunits", "RtxD", "/", "RtxB", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Homologues", "of", "these", "proteins", "are", "present", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "(", "see", "chapter", "2", ")", ",", "suggesting", "their", "possible", "regulation", "by", "AI", "-", "2", "also", "in", "this", "bacterium", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "P", ".", "luminescens", "luxS", "-", "negative", "strain", "exhibited", "decreased", "biofilm", "formation", ",", "increased", "type", "IV", "/", "V", "pilus", "-", "dependent", "twitching", "motility", ",", "and", "attenuated", "virulence", "against", "insect", "larvae", "[", "42", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Taken", "together", ",", "a", "similar", "and", "AI", "-", "2", "dependent", "mechanism", "for", "the", "regulation", "of", "insect", "colonization", "and", "insect", "pathogenicity", "might", "be", "used", "by", "both", "organisms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whether", "they", "sense", "self", "-", "produced", "or", "external", "AI", "-", "2", ",", "or", "a", "combination", "of", "both", ",", "indicating", "a", "quorum", "sensing", "mechanism", "or", "a", "regulation", "similar", "to", "AHL", "as", "described", "above", ",", "remains", "to", "be", "elucidated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Regulation", "by", "PAS", "_", "4", "/", "LuxR", "-", "like", "receptors" ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "In", "P", ".", "luminescens", ",", "the", "amount", "of", "luxR", "-", "like", "genes", "is", "overrepresented", "with", "39", "copies", "in", "the", "genome", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "35", "of", "these", "potential", "LuxR", "-", "like", "receptors", "exhibit", "PAS", "_", "4", "signal", "binding", "domains", "instead", "of", "an", "AHL", "-", "binding", "domain", ",", "and", "two", "have", "a", "signalling", "domain", "with", "a", "yet", "unidentified", "motif", "(", "Fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "of", "the", "genes", "are", "located", "in", "two", "large", "gene", "clusters", "(", "plu0918", "-", "0925", "and", "plu2001", "-", "2019", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "eleven", "of", "those", "LuxR", "-", "like", "receptors", "are", "present", "in", "Y", ".", "enterocolitica", "of", "which", "five", "are", "located", "in", "a", "cluster", "(", "ye0035", "-", "0039", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Nine", "of", "these", "have", "a", "so", "-", "called", "PAS", "_", "4", "signal", "binding", "domains", "of", "yet", "unknown", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "interesting", "to", "note", "that", "there", "is", "only", "one", "bacterium", "else", ",", "the", "insect", "colonizing", "S", ".", "glossinidius", ",", "whose", "genome", "also", "carries", "a", "series", "of", "unclustered", "genes", "coding", "for", "PAS", "_", "4", "/", "LuxR", "-", "like", "receptors", ",", "indicating", "that", "this", "kind", "of", "receptors", "plays", "a", "role", "during", "insect", "infection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "PAS", "-", "domains", "have", "been", "suspected", "to", "act", "as", "insect", "juvenile", "hormone", "(", "JH", ")", "receptors", "in", "the", "fruit", "fly", "Drosophila", "melanogaster", "[", "43", ",", "44", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "methoprene", "-", "tolerant", "gene", "(", "met", ",", "also", "called", "Resistance", "to", "Juvenile", "Hormone", "Rst1JH", ")", "of", "D", ".", "melanogaster", "encodes", "a", "helix", "-", "loop", "-", "helix", "transcriptional", "regulator", "combined", "with", "a", "PAS", "_", "3", "domain", "[", "45", "]", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Met", "has", "been", "shown", "to", "bind", "JH", "at", "physiological", "concentrations", "and", "is", "therefore", "suspected", "to", "act", "as", "a", "JH", "receptor", "[", "46", ",", "47", "]", "." ]

[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]