Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "Phosphorylation", ",", "mediated", "by", "histidine", "kinase", "at", "a", "specific", "aspartate", "residue", ",", "activates", "DNA", "-", "binding", "activity", "of", "the", "response", "regulator", "and", "initiates", "the", "corresponding", "cellular", "response", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "no", "apparent", "difference", "was", "found", "in", "DNA", "-", "binding", "affinity", "between", "rFimRs", "with", "or", "without", "acetyl", "phosphate", "treatment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Observation", "suggests", "that", "different", "mechanisms", "may", "be", "involved", "in", "P", ".", "gingivalis", "FimR", "activation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Activation", "of", "a", "regulatory", "protein", "not", "corresponding", "to", "phosphorylation", "was", "also", "observed", "in", "Streptococcus", "mutans", "(", "Biswas", "&", "Biswas", ",", "2006", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Phosphorylation", "of", "CovR", ",", "a", "global", "response", "regulator", ",", "had", "no", "effect", "on", "its", "DNA", "-", "binding", "affinity", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "fact", "that", "FimR", "was", "not", "activated", "by", "phosphorylation", "may", "also", "be", "due", "to", "the", "short", "lifetime", "of", "the", "phosphorylated", "state", ",", "which", "has", "been", "observed", "in", "other", "bacteria", "(", "Stock", "et", "al", ".", ",", "2000", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "transcriptional", "start", "site", "of", "the", "mfa1", "gene", "located", "at", "434", "bp", "upstream", "of", "the", "putative", "start", "codon", "was", "detected", ",", "which", "is", "also", "390", "bp", "upstream", "of", "the", "site", "previously", "reported", "(", "Park", "et", "al", ".", ",", "2006", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "transcriptional", "site", "revealed", "here", "is", "confirmed", "by", "RT", "-", "PCR", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Data", "of", "this", "study", "suggest", "that", "transcription", "of", "the", "mfa1", "gene", "originated", "at", "a", "distal", "upstream", "transcriptional", "start", "site", "and", "read", "through", "the", "promoter", "region", "suggested", "by", "Park", "et", "al", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "2006", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "FimR", "appears", "to", "act", "on", "the", "promoter", "region", "identified", "here", ",", "suggesting", "that", "this", "promoter", "may", "make", "significant", "contributions", "toward", "mfa1", "expression", "through", "the", "FimS", "/", "FimR", "system", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "Gene", "expression", "under", "the", "control", "of", "two", "promoters", "is", "not", "uncommon", "in", "bacteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "E", ".", "coli", ",", "two", "promoters", "direct", "transcription", "of", "acs", "encoding", ",", "an", "acetate", "-", "scavenging", "enzyme", "required", "for", "fitness", "during", "periods", "of", "carbon", "starvation", "-", "the", "distal", "acsP1", "and", "the", "proximal", "acsP2", "(", "Beatty", "et", "al", ".", ",", "2003", ")", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "suggested", "that", "each", "promoter", "may", "interact", "with", "different", "regulatory", "elements", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Two", "promoter", "regions", "in", "the", "P", ".", "gingivalis", "fimA", "gene", "were", "also", "reported", "(", "Xie", "&", "Lamont", ",", "1999", ";", "Nishikawa", "et", "al", ".", ",", "2004", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "cascade", "regulation", "starting", "with", "FimR", "appears", "to", "act", "on", "the", "upstream", "promoter", "(", "Nishikawa", "et", "al", ".", ",", "2004", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "observations", "that", "FimR", "binds", "only", "to", "the", "upstream", "promoter", "region", "of", "the", "mfa1", "gene", "and", "that", "activity", "of", "the", "downstream", "promoter", "is", "inhibited", "by", "S", ".", "gordonii", ",", "S", ".", "sanguinis", "and", "S", ".", "mitis", "(", "Park", "et", "al", ".", ",", "2006", ")", "imply", "the", "complexity", "of", "regulation", "of", "mfa1", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "It", "is", "possible", "that", "two", "promoters", "of", "mfa1", "are", "regulated", "in", "response", "to", "different", "environmental", "signals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "hypothesis", "is", "currently", "under", "investigation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "conclusion", ",", "P", ".", "gingivalis", "fimbriae", "play", "a", "predominant", "role", "in", "the", "attachment", "of", "the", "organism", "to", "a", "variety", "of", "oral", "surfaces", "(", "Lamont", "&", "Jenkinson", ",", "2000", ";", "Amano", "et", "al", ".", ",", "2004", ")", ",", "although", "other", "surface", "proteins", ",", "such", "as", "gingipains", ",", "may", "also", "be", "involved", "in", "the", "bacterial", "colonization", "(", "Tokuda", "et", "al", ".", ",", "1996", ";", "Chen", "et", "al", ".", ",", "2001", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "has", "been", "recently", "reported", "by", "the", "authors", "that", "both", "major", "fimbriae", "and", "minor", "fimbriae", "contribute", "to", "the", "formation", "of", "P", ".", "gingivalis", "biofilm", "(", "Lin", "et", "al", ".", ",", "2006", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Major", "fimbriae", "are", "required", "for", "initial", "attachment", "and", "the", "minor", "fimbriae", "appear", "to", "play", "an", "important", "role", "in", "microcolony", "formation", "by", "facilitating", "cell", "-", "cell", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "data", "presented", "here", "provide", "evidence", "that", "these", "two", "distinct", "fimbriae", "are", "under", "the", "control", "of", "a", "two", "-", "component", "regulatory", "system", ":", "FimS", "/", "FimR", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Expression", "of", "major", "fimbriae", "(", "FimA", ")", "is", "extremely", "low", "in", "the", "fimR", "mutant", ",", "and", "minor", "fimbriae", "production", "in", "this", "mutant", "is", "inhibited", "by", "least", "50", "%", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "it", "is", "proposed", "that", "FimR", "can", "be", "an", "attractive", "target", "for", "inhibition", "of", "P", ".", "gingivalis", "colonization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Control", "of", "M", ".", "tuberculosis", "ESAT", "-", "6", "Secretion", "and", "Specific", "T", "Cell", "Recognition", "by", "PhoP" ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN" ]

[ "Analysis", "of", "mycobacterial", "strains", "that", "have", "lost", "their", "ability", "to", "cause", "disease", "is", "a", "powerful", "approach", "to", "identify", "yet", "unknown", "virulence", "determinants", "and", "pathways", "involved", "in", "tuberculosis", "pathogenesis", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Two", "of", "the", "most", "widely", "used", "attenuated", "strains", "in", "the", "history", "of", "tuberculosis", "research", "are", "Mycobacterium", "bovis", "BCG", "(", "BCG", ")", "and", "Mycobacterium", "tuberculosis", "H37Ra", "(", "H37Ra", ")", ",", "which", "both", "lost", "their", "virulence", "during", "in", "vitro", "serial", "passage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whereas", "the", "attenuation", "of", "BCG", "is", "due", "mainly", "to", "loss", "of", "the", "ESAT", "-", "6", "secretion", "system", ",", "ESX", "-", "1", ",", "the", "reason", "why", "H37Ra", "is", "attenuated", "remained", "unknown", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "here", "we", "show", "that", "a", "point", "mutation", "(", "S219L", ")", "in", "the", "predicted", "DNA", "binding", "region", "of", "the", "regulator", "PhoP", "is", "involved", "in", "the", "attenuation", "of", "H37Ra", "via", "a", "mechanism", "that", "impacts", "on", "the", "secretion", "of", "the", "major", "T", "cell", "antigen", "ESAT", "-", "6", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "Only", "H37Ra", "\"", "knock", "-", "ins", "\"", "that", "carried", "an", "integrated", "cosmid", "with", "the", "wild", "-", "type", "phoP", "gene", "from", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", "showed", "changes", "in", "colony", "morphology", ",", "increased", "virulence", ",", "ESAT", "-", "6", "secretion", ",", "and", "induction", "of", "specific", "T", "cell", "responses", ",", "whereas", "other", "H37Ra", "constructs", "did", "not", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "established", "a", "link", "between", "the", "PhoP", "regulator", "and", "ESAT", "-", "6", "secretion", "that", "opens", "exciting", "new", "perspectives", "for", "elucidating", "virulence", "regulation", "in", "M", ".", "tuberculosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Introduction" ]

[ "O" ]

[ "125", "years", "of", "intense", "research", "on", "the", "major", "human", "pathogen", "Mycobacterium", "tuberculosis", "have", "passed", "since", "its", "discovery", "by", "Robert", "Koch", ",", "resulting", "in", "a", "huge", "body", "of", "knowledge", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "spite", "of", "the", "great", "progress", "that", "has", "been", "made", "in", "the", "understanding", "of", "some", "basic", "features", "of", "its", "pathogenesis", ",", "tuberculosis", "remains", "a", "major", "threat", "to", "human", "life", "in", "most", "parts", "of", "the", "world", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Indeed", ",", "M", ".", "tuberculosis", "has", "retained", "many", "secrets", "of", "its", "so", "successful", "pathogenic", "lifecycle", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Among", "the", "different", "possibilities", "to", "obtain", "new", "insight", "into", "the", "mechanisms", "employed", "by", "M", ".", "tuberculosis", "to", "infect", "its", "host", ",", "the", "analysis", "of", "attenuated", "strains", "is", "one", "promising", "approach", ",", "and", "there", "are", "some", "well", "-", "documented", "examples", "of", "laboratory", "-", "attenuated", "strains", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One", "of", "them", "is", "the", "\"", "Bacille", "de", "Calmette", "et", "Guerin", "\"", "(", "BCG", ")", ",", "which", "was", "originally", "derived", "in", "1921", "from", "a", "virulent", "Mycobacterium", "bovis", "strain", "by", "230", "passages", "on", "potato", "-", "glycerol", "-", "ox", "bile", "medium", "[", "1", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genetic", "lesions", "of", "BCG", "have", "recently", "been", "determined", "[", "2", "-", "4", "]", ",", "revealing", "that", "the", "loss", "of", "region", "of", "difference", "1", "(", "RD1", ")", ",", "which", "encodes", "part", "of", "the", "ESX", "-", "1", "secretion", "system", "[", "5", "]", ",", "was", "one", "of", "the", "key", "events", "in", "its", "attenuation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Another", "famous", "example", "of", "an", "attenuated", "strain", "is", "M", ".", "tuberculosis", "H37Ra", "(", "\"", "a", "\"", "for", "avirulent", ")", "(", "H37Ra", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "This", "strain", "was", "obtained", "in", "1934", "by", "serial", "passage", "of", "patient", "isolate", "M", ".", "tuberculosis", "H37", "through", "media", "with", "different", "pHs", "[", "6", "]", "and", "since", "then", "has", "been", "widely", "used", "in", "many", "laboratories", "in", "the", "world", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Despite", "its", "long", "use", ",", "the", "reasons", "for", "its", "stable", "attenuation", "have", "not", "yet", "been", "elucidated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "H37Ra", "is", "derived", "from", "the", "same", "parent", "strain", "as", "M", ".", "tuberculosis", "H37Rv", "(", "\"", "v", "\"", "for", "virulent", ")", "(", "H37Rv", ")", ",", "the", "sequenced", "paradigm", "strain", "of", "tuberculosis", "research", "[", "7", "]", ",", "genomic", "comparisons", "of", "the", "attenuated", "and", "virulent", "variants", "of", "M", ".", "tuberculosis", "H37", "are", "particularly", "interesting", "and", "have", "the", "potential", "to", "identify", "subtle", "genetic", "changes", "that", "might", "be", "responsible", "for", "the", "phenotypic", "differences", "observed", "between", "the", "two", "strains", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "a", "previous", "study", "we", "have", "tried", "to", "reveal", "these", "determinants", "[", "8", "]", ",", "but", "the", "methods", "employed", "only", "identified", "large", "genetic", "polymorphisms", ",", "associated", "with", "IS6110", ",", "which", "were", "not", "found", "to", "be", "responsible", "for", "the", "attenuation", "of", "H37Ra", "[", "8", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "another", "study", ",", "Pascopella", "et", "al", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "[", "9", "]", "transformed", "a", "cosmid", "library", "of", "H37Rv", "into", "H37Ra", "and", "then", "selected", "for", "clones", "that", "were", "enriched", "on", "passage", "through", "the", "mouse", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "A", "number", "of", "overlapping", "cosmid", "clones", "that", "gave", "enhanced", "growth", "and", "survival", "in", "the", "spleens", "of", "infected", "mice", "relative", "to", "that", "of", "wild", "-", "type", "H37Ra", "were", "identified", "[", "9", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "effects", "of", "these", "complementation", "attempts", "on", "virulence", "remained", "limited", ",", "and", "no", "sequence", "information", "was", "described", ",", "which", "makes", "it", "difficult", "now", "to", "identify", "the", "genes", "implicated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "H37Ra", "was", "also", "the", "subject", "of", "extensive", "micro", "-", "array", "based", "analyses", ",", "including", "whole", "genome", "comparative", "DNA", "/", "DNA", "analyses", "[", "10", "]", "and", "transcriptional", "studies", "[", "11", ",", "12", "]", ",", "which", "have", "identified", "some", "candidate", "genes", "that", "were", "consistently", "downregulated", "." ]

[ "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "a", "definitive", "conclusion", "about", "the", "molecular", "determinants", "of", "the", "attenuation", "could", "not", "be", "drawn", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "all", "these", "previous", "attempts", "have", "failed", "to", "identify", "the", "genetic", "basis", "for", "the", "attenuation", ",", "we", "subjected", "H37Ra", "to", "microarray", "-", "based", "DNA", "re", "-", "sequencing", "(", "NimbleGen", "Systems", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "technique", "has", "previously", "permitted", "single", "nucleotide", "polymorphisms", "(", "SNPs", ")", "of", "a", "PA", "-", "824", "drug", "resistant", "mutant", "strain", "of", "H37Rv", "to", "be", "detected", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "approach", "was", "combined", "with", "gene", "\"", "knock", "-", "in", "\"", "strategies", ",", "to", "complement", "selected", "lesions", ",", "that", "allowed", "recombinant", "H37Ra", "strains", "to", "be", "engineered", ",", "whose", "virulence", "and", "immunogenicity", "were", "then", "evaluated", "in", "in", "vitro", ",", "ex", "vivo", "and", "animal", "models", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "strategy", "led", "us", "to", "identify", "and", "characterize", "a", "point", "mutation", "in", "the", "phoP", "/", "phoR", "two", "-", "component", "regulatory", "system", "of", "H37Ra", "that", "has", "uncovered", "novel", "regulatory", "links", ",", "which", "impact", "on", "the", "secretion", "and", "T", "cell", "recognition", "of", "the", "major", "T", "cell", "antigens", "ESAT", "-", "6", "and", "CFP", "-", "10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "Results" ]

[ "O" ]

[ "Microarray", "-", "Based", "Comparative", "Genome", "Sequencing", "of", "M", ".", "tuberculosis", "H37Ra", "The", "genome", "-", "wide", "comparative", "mutational", "analysis", "of", "H37Ra", "and", "H37Rv", "was", "carried", "out", "by", "NimbleGen", "Systems", "following", "a", "previously", "published", "method", "[", "13", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Putative", "SNPs", "with", "high", "probability", "scores", "were", "separated", "into", "synonymous", "and", "non", "-", "synonymous", "SNPs", "of", "which", "the", "latter", "were", "verified", "by", "conventional", "dye", "terminator", "cycle", "sequencing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "this", "combined", "approach", "we", "identified", "13", "non", "-", "synonymous", "SNPs", "that", "differed", "between", "the", "H37Ra", "and", "H37Rv", "strains", "used", "(", "Table", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "were", "particularly", "interested", "in", "a", "C", "to", "T", "mutation", "responsible", "for", "the", "serine", "to", "leucine", "replacement", "at", "position", "219", ",", "S219L", ",", "of", "the", "two", "-", "component", "regulator", "PhoP", "as", "this", "protein", "is", "well", "known", "for", "its", "involvement", "in", "the", "virulent", "phenotype", "of", "M", ".", "tuberculosis", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Importantly", ",", "on", "inspection", "of", "the", "structure", "of", "the", "PhoP", "-", "ortholog", "from", "Bacillus", "subtilis", ",", "it", "was", "found", "that", "the", "equivalent", "residue", "Ser", "207", "is", "a", "main", "residue", "in", "the", "DNA", "-", "binding", "domain", ",", "helix", "alpha3", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "the", "other", "13", "genes", "we", "found", "no", "indication", "that", "would", "identify", "them", "as", "potential", "virulence", "genes", ",", "as", "none", "of", "them", "belong", "to", "the", "5", "%", "of", "genes", "that", "were", "previously", "determined", "by", "transposon", "site", "hybridization", "(", "TraSH", ")", "as", "being", "essential", "for", "in", "vivo", "growth", "of", "M", ".", "tuberculosis", "[", "16", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "writing", "this", "article", ",", "the", "whole", "genome", "sequence", "of", "H37Ra", "became", "publicly", "available", "(", "NC", "_", "009525", ")", ",", "and", "comparison", "of", "the", "SNP", "data", "obtained", "from", "the", "H37Ra", "strain", "used", "in", "our", "laboratory", "(", "Table", "S1", ")", "with", "the", "NC", "_", "009525", "data", ",", "showed", "that", "some", "differences", "existed", "between", "the", "H37Ra", "strains", ",", "a", "phenomenon", "which", "was", "also", "previously", "observed", "for", "BCG", "[", "4", "]", "and", "H37Rv", "[", "17", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nevertheless", ",", "the", "S129L", "mutation", "in", "PhoP", ",", "which", "we", "consider", "an", "important", "SNP", "involved", "in", "the", "attenuation", "and", "reduced", "immunogenicity", "of", "H37Ra", ",", "is", "identical", "in", "all", "H37Ra", "strains", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Rationale", "for", "Knock", "-", "Ins" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "evaluate", "the", "phenotypic", "effect", "of", "the", "different", "SNPs", "and", "to", "assess", "their", "potential", "contribution", "to", "the", "attenuation", "process", ",", "we", "undertook", "functional", "genomic", "analyses", "using", "knock", "-", "ins", "of", "H37Ra", ",", "as", "described", "previously", "[", "18", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Clones", "spanning", "the", "different", "genomic", "regions", "of", "non", "-", "synonymous", "SNPs", "were", "selected", "from", "an", "ordered", "H37Rv", "library", "of", "integrating", "shuttle", "cosmids", "[", "7", ",", "19", "]", "and", "individually", "electroporated", "into", "H37Ra", ",", "where", "they", "inserted", "stably", "into", "the", "attB", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "this", "approach", "we", "obtained", "appropriately", "complemented", "transformants", "for", "the", "SNPs", "in", "genes", "fadE5", ",", "rpsL", ",", "and", "phoP", "(", "Table", "S1", ")", ",", "using", "cosmids", "I230", ",", "I563", ",", "and", "I36", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "the", "known", "role", "of", "phoP", "in", "virulence", "[", "14", "]", ",", "the", "H37Ra", "strain", "complemented", "with", "I36", "(", "H37Ra", ":", ":", "phoP", ")", "was", "accorded", "highest", "priority", "for", "further", "molecular", "characterization", "and", "functional", "analyses", ",", "whereas", "the", "two", "other", "recombinants", "(", "H37Ra", ":", ":", "fadE5", ",", "H37Ra", ":", ":", "rpsL", ")", "served", "as", "controls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Figure", "S1", "shows", "part", "of", "the", "nucleotide", "sequence", "of", "a", "PCR", "-", "amplified", "fragment", "obtained", "from", "H37Ra", ":", ":", "phoP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "It", "is", "clearly", "visible", "that", "at", "nucleotide", "position", "656", "of", "phoP", "two", "peaks", "exist", ",", "one", "originating", "from", "the", "SNP", "present", "in", "H37Ra", "and", "one", "from", "the", "integrated", "cosmid", "I36", "carrying", "the", "H37Rv", "wild", "-", "type", "copy", "of", "phoP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Similar", "results", "were", "also", "obtained", "for", "the", "SNPs", "in", "fadE5", "and", "rpsL", "using", "cosmids", "I230", "and", "I563", ",", "respectively", "(", "Figure", "S1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Correct", "integration", "of", "I36", "was", "also", "confirmed", "by", "Southern", "blot", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "depicted", "in", "Figure", "S2", ",", "hybridization", "of", "SpeI", "-", "digested", "genomic", "DNA", "with", "a", "32P", "labeled", "phoP", "probe", "resulted", "in", "two", "bands", "of", "different", "sizes", ",", "one", "corresponding", "to", "the", "SpeI", "fragment", "harboring", "the", "H37Ra", "phoP", "gene", "(", "50", "kb", ")", ",", "and", "the", "other", "to", "the", "larger", "SpeI", "fragment", "created", "by", "integration", "of", "the", "I36", "cosmid", "into", "the", "genome", "of", "H37Ra", "at", "the", "attB", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "successful", "integration", "of", "the", "cosmid", "was", "also", "reflected", "by", "a", "change", "in", "colony", "morphology", "that", "is", "shown", "in", "Figure", "S3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Indeed", ",", "Steenken", "and", "colleagues", "originally", "selected", "the", "H37Ra", "mutants", "mainly", "on", "the", "basis", "of", "the", "changes", "in", "colony", "morphology", "[", "6", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ex", "Vivo", "Virulence", "Studies" ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "Changes", "in", "the", "regulatory", "potential", "of", "a", "pathogen", "are", "often", "accompanied", "by", "altered", "virulence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "a", "first", "attempt", "to", "determine", "the", "virulence", "of", "the", "complemented", "H37Ra", "knock", "-", "in", "strains", "relative", "to", "wild", "-", "type", "H37Ra", "and", "H37Rv", ",", "bone", "marrow", "-", "derived", "murine", "macrophages", "(", "BMM", ")", "were", "infected", "with", "the", "different", "strains", "at", "a", "multiplicity", "of", "infection", "(", "MOI", ")", "of", "1", ":", "1", "and", "10", ":", "1", "bacteria", "per", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "depicted", "in", "Figure", "1", ",", "macrophages", "were", "able", "to", "control", "ex", "vivo", "growth", "of", "H37Ra", ",", "but", "failed", "to", "control", "growth", "of", "H37Rv", ",", "confirming", "results", "from", "Freeman", "and", "colleagues", "[", "20", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "When", "H37Ra", "knock", "-", "ins", "were", "tested", ",", "important", "differences", "in", "their", "ex", "vivo", "growth", "characteristics", "were", "found", "." ]

[ "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whereas", "H37Ra", ":", ":", "fadE5", "(", "Figure", "1", ")", "and", "H37Ra", ":", ":", "rpsL", "(", "unpublished", "data", ")", "showed", "very", "little", "or", "no", "growth", "over", "the", "7", "-", "d", "period", ",", "the", "H37Ra", ":", ":", "phoP", "mutant", "grew", "more", "vigorously", ",", "with", "a", "7", ".", "5", "-", "fold", "increase", "in", "colony", "-", "forming", "units", "(", "CFU", ")", "over", "the", "7", "-", "d", "period", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "From", "these", "experiments", "we", "concluded", "that", "complementation", "of", "H37Ra", "with", "the", "phoP", "wild", "-", "type", "copy", "partially", "restored", "its", "virulence", ",", "but", "not", "to", "the", "extent", "of", "the", "fully", "virulent", "H37Rv", "strain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Virulence", "Studies", "of", "H37Ra", "Complemented", "Mutants", "in", "a", "Mouse", "Model" ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Further", "assessment", "of", "the", "in", "vivo", "growth", "of", "different", "H37Ra", "knock", "-", "in", "strains", "was", "carried", "out", "by", "intravenous", "infection", "of", "severe", "combined", "immuno", "-", "deficient", "(", "SCID", ")", "mice", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O" ]

[ "Complementation", "of", "H37Ra", "with", "the", "PhoP", "-", "expressing", "cosmid", "increased", "the", "virulence", "of", "the", "H37Ra", ":", ":", "phoP", "recombinant", "relative", "to", "H37Ra", ",", "resulting", "in", "a", "1", ".", "0", "log", "and", "0", ".", "5", "log", "increase", "in", "CFU", "number", "in", "lungs", "and", "spleens", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "no", "effects", "on", "the", "virulence", "were", "observed", "when", "H37Ra", "was", "complemented", "with", "fadE5", "(", "Figure", "2", ")", "or", "rpsL", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "as", "already", "observed", "in", "macrophages", ",", "integration", "of", "phoP", "did", "not", "restore", "levels", "of", "virulence", "to", "those", "of", "the", "reference", "strain", "H37Rv", "(", "Figure", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "situation", "is", "also", "reflected", "in", "the", "sizes", "of", "spleens", ",", "which", "correlate", "with", "the", "CFU", "data", "in", "spleens", "(", "Figure", "S4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Together", "with", "the", "data", "from", "the", "macrophage", "infection", "assay", ",", "the", "results", "from", "the", "mouse", "infection", "show", "that", "the", "S219L", "mutation", "in", "the", "phoP", "gene", "definitely", "represents", "one", "genetic", "lesion", "that", "contributed", "to", "the", "attenuation", "of", "the", "H37Ra", "strain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O" ]

[ "Link", "between", "Mutation", "in", "phoP", "and", "Secretion", "of", "ESAT", "-", "6" ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN" ]

[ "As", "PhoP", "fulfills", "important", "regulatory", "functions", "in", "M", ".", "tuberculosis", "[", "21", ",", "22", "]", ",", "it", "was", "of", "primary", "interest", "to", "identify", "and", "study", "potential", "effector", "molecules", "whose", "involvement", "in", "host", "pathogen", "interaction", "were", "influenced", "by", "the", "point", "mutation", "in", "phoP", "of", "H37Ra", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O" ]

[ "Since", "secreted", "proteins", "of", "the", "ESX", "-", "1", "system", "of", "M", ".", "tuberculosis", "constitute", "a", "major", "interface", "between", "the", "bacterium", "and", "its", "host", "[", "23", "]", ",", "we", "analyzed", "the", "different", "strains", "for", "their", "potential", "to", "induce", "T", "cell", "responses", "against", "ESAT", "-", "6", "and", "its", "binding", "partner", ",", "the", "10", "-", "kD", "culture", "filtrate", "protein", "CFP", "-", "10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "Groups", "of", "C57BL", "/", "6", "mice", "were", "subcutaneously", "inoculated", "with", "H37Rv", ",", "H37Ra", ",", "or", "one", "of", "three", "recombinant", "H37Ra", "strains", "complemented", "with", "phoP", ",", "fadE5", ",", "or", "rpsL", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O" ]

[ "Two", "weeks", "after", "vaccination", "we", "assessed", "the", "interferon", "-", "gamma", "(", "IFN", "-", "gamma", ")", "production", "of", "splenocytes", "mounted", "against", "ESX", "-", "1", "antigens", "or", "controls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "anticipated", ",", "all", "tested", "strains", "induced", "IFN", "-", "gamma", "production", "in", "response", "to", "purified", "protein", "derivative", "(", "PPD", ")", "but", "not", "to", "a", "control", "peptide", "(", "Mal", "-", "E", ")", ",", "indicating", "successful", "vaccination", "(", "Figure", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "importantly", ",", "the", "various", "strains", "differed", "extensively", "in", "their", "potential", "to", "induce", "antigen", "specific", "T", "cell", "responses", "towards", "ESAT", "-", "6", "and", "CFP", "-", "10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "As", "shown", "in", "Figure", "3", ",", "splenocytes", "from", "mice", "that", "were", "inoculated", "with", "H37Rv", "produced", "high", "amounts", "of", "IFN", "-", "gamma", "upon", "stimulation", "with", "ESAT", "-", "6", "or", "CFP", "-", "10", ",", "whereas", "the", "responses", "of", "H37Ra", ",", "H37Ra", ":", ":", "fadE5", ",", "and", "H37Ra", ":", ":", "rpsL", "infected", "mice", "were", "extremely", "weak", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "splenocytes", "from", "H37Ra", ":", ":", "phoP", "inoculated", "mice", "showed", "very", "strong", "IFN", "-", "gamma", "production", "in", "response", "to", "incubation", "with", "ESAT", "-", "6", "and", "CFP", "-", "10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O" ]

[ "Exactly", "the", "same", "trend", "was", "observed", "when", "a", "highly", "sensitive", "T", "cell", "hybridoma", "assay", "was", "used", "to", "investigate", "ESAT", "-", "6", "secretion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "This", "test", "is", "based", "on", "the", "presentation", "of", "the", "immunodominant", "epitope", "contained", "in", "the", "first", "20", "amino", "acids", "of", "ESAT", "-", "6", "by", "H37Ra", ",", "recombinant", "H37Ra", ",", "or", "H37Rv", "infected", "bone", "marrow", "-", "derived", "dendritic", "cells", "(", "BM", "-", "DC", ")", "to", "an", "ESAT", "-", "6", "-", "specific", "T", "cell", "hybridoma", "(", "NB11", ")", ",", "restricted", "by", "I", "-", "Ab", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]