Datasets:

omniquad

/

BioNLP11ID-ggp-IOB

like 1

[ "Because", "we", "did", "not", "incorporate", "functional", "annotations", "of", "genes", "into", "the", "algorithms", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "to", "keep", "the", "analysis", "\"", "blind", "\"", ")", ",", "we", "anticipated", "the", "possibility", "that", "some", "groupings", "could", "be", "assembled", "incorrectly", "despite", "the", "statistical", "framework", "for", "assigning", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "remaining", "283", "(", "91", ".", "6", "%", ")", "groupings", ",", "a", "number", "of", "differently", "sized", "clusters", "contained", "the", "same", "gene", "(", "Table", "S5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "report", "such", "clusters", "first", "by", "highest", "significance", "(", "lowest", "PK", "value", ")", ",", "then", "by", "largest", "number", "of", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "if", "clusters", "containing", "a", "particular", "gene", "were", "of", "equal", "significance", ",", "we", "report", "the", "cluster", "with", "the", "most", "gene", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "method", "identified", "47", "significant", "clusters", "containing", "173", "differentially", "expressed", "genes", "(", "listed", "in", "Table", "3", "and", "visualized", "in", "Figures", "2", "and", "S2", "-", "S4", ")", ",", "a", "considerably", "larger", "group", "than", "could", "have", "been", "compiled", "using", "only", "the", "initial", "79", "significant", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "total", "of", "56", "of", "the", "original", "79", "significant", "genes", "became", "components", "of", "significant", "clusters", ",", "whereas", "23", "remained", "unclustered", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "subdivided", "all", "clusters", "into", "three", "qualitative", "types", "based", "on", "the", "functional", "annotation", "of", "gene", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "present", "examples", "of", "Type", "I", "and", "II", "clusters", ":", "Type", "I", "clusters", "(", "n", "=", "25", ")", "contained", "only", "functionally", "defined", "and", "functionally", "related", "genes", "(", "as", "reported", "in", "published", "studies", ")", ",", "such", "as", "biological", "pathways", "components", "(", "Figures", "2B", "and", "S2", ")", ";", "Type", "II", "clusters", "(", "n", "=", "20", ")", "included", "both", "known", "and", "unknown", "genes", "(", "Figures", "2C", "and", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Type", "III", "clusters", "(", "n", "=", "2", ")", "were", "composed", "entirely", "of", "unknown", "genes", "(", "Figures", "2D", "and", "S4", ")", ",", "and", "are", "not", "discussed", "in", "detail", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Type", "I", "Clusters", ":", "Intact", "Metabolic", "Pathways", "and", "Multimeric", "Proteins" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "measured", "the", "performance", "of", "our", "algorithm", "by", "examining", "whether", "it", "identified", "gene", "groupings", "known", "to", "be", "functionally", "related", "(", "Type", "I", "clusters", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "four", "(", "16", "%", ")", "of", "25", "Type", "I", "clusters", "(", "spy0080", "-", "0081", ",", "spy1236", "-", "1237", ",", "spy1707", "-", "1711", ",", "spy2041", "-", "2042", ")", "could", "have", "been", "identified", "in", "entirety", "by", "significance", "analysis", "because", "all", "clustered", "genes", "exhibited", "significant", "differential", "expression", "(", "PF", "value", "<", "0", ".", "05", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "total", "of", "11", "(", "52", ".", "4", "%", ")", "of", "the", "remaining", "21", "clusters", "would", "not", "have", "been", "identified", "in", "their", "entirety", "without", "GenomeCrawler", "because", "we", "initially", "identified", "significant", "fold", "-", "changes", "in", "only", "a", "subset", "of", "genes", "necessary", "to", "encode", "particular", "pathways", "or", "loci", ";", "this", "is", "intuitively", "unreasonable", "if", "all", "genes", "are", "essential", "for", "functionality", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GenomeCrawler", "expanded", "these", "clusters", "to", "contain", "more", "genes", "that", "encode", "intact", "loci", "(", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "we", "initially", "identified", "(", "Table", "1", ")", "the", "significant", "upregulation", "of", "three", "of", "the", "five", "known", "gene", "members", "of", "the", "folate", "biosynthetic", "pathway", "[", "40", "]", "(", "spy1096", "-", "1100", ")", ",", "but", "GenomeCrawler", "identified", "a", "significant", "cluster", "containing", "all", "five", "genes", "(", "Table", "3", "and", "Figure", "2B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "obtained", "a", "similar", "result", "for", "the", "eight", "-", "gene", "operon", "encoding", "the", "F0F1", "-", "type", "proton", "translocating", "ATPase", "[", "41", "]", "(", "spy0754", "-", "0761", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O" ]

[ "The", "initial", "significance", "analysis", "identified", "only", "four", "atp", "genes", "(", "Table", "1", ")", ",", "but", "neighbor", "clustering", "identified", "a", "significant", "cluster", "containing", "all", "eight", "genes", "necessary", "to", "encode", "a", "functional", "ATPase", "(", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "of", "the", "11", "neighbor", "clusters", "that", "could", "have", "been", "only", "partially", "identified", "by", "our", "initial", "analysis", "alone", "gained", "gene", "members", "after", "application", "of", "the", "algorithms", "and", "became", "more", "complete", "sets", "of", "functionally", "related", "genes", "than", "initially", "identified", "(", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "clusters", "encompass", "various", "metabolic", "processes", ",", "including", "purine", "biosynthesis", "(", "spy0025", "-", "0028", ")", ",", "lactose", "metabolism", "(", "spy1916", "-", "1923", ")", ",", "fatty", "acid", "biosynthesis", "(", "spy1743", "-", "1747", ")", ",", "lipoteichoic", "acid", "synthesis", "(", "spy1308", "-", "1312", ")", ",", "and", "sugar", "phosphotransferase", "transport", "(", "spy1058", "-", "1060", ")", "[", "14", "]", ",", "suggesting", "that", "specific", "changes", "occur", "in", "the", "streptococcal", "metabolic", "program", "as", "the", "bacteria", "adhere", "to", "human", "pharyngeal", "cells", "in", "vitro", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "the", "remaining", "ten", "Type", "I", "clusters", "were", "composed", "entirely", "of", "genes", "that", "individually", "were", "not", "significant", ";", "however", ",", "after", "applying", "our", "algorithms", ",", "the", "combined", "contribution", "of", "each", "gene", "resulted", "in", "a", "significant", "cluster", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "the", "nine", "-", "gene", "operon", "that", "spans", "genes", "spy0738", "-", "0746", "encodes", "streptolysin", "S", ",", "a", "potent", "cytolytic", "toxin", "that", "promotes", "internalization", "and", "host", "tissue", "dissemination", "[", "25", ",", "44", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Though", "the", "differential", "expression", "of", "the", "individual", "genes", "was", "not", "significant", "following", "our", "initial", "statistical", "analysis", ",", "GenomeCrawler", "identified", "a", "significant", "downregulated", "cluster", "containing", "all", "nine", "genes", "(", "Table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Adherence", "-", "induced", "downregulation", "of", "streptolysin", "S", "is", "consistent", "with", "its", "previously", "determined", "role", "in", "host", "cell", "internalization", "[", "25", "]", ";", "however", ",", "without", "neighbor", "clustering", ",", "expression", "of", "this", "operon", "was", "not", "evident", "immediately", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "individual", "gene", "members", "of", "Type", "I", "clusters", "may", "not", "be", "statistically", "significant", "as", "a", "result", "of", "technical", "variability", "within", "experiments", "[", "17", "]", ",", "the", "genetic", "structure", "of", "certain", "Type", "I", "operons", "may", "provide", "an", "alternative", "explanation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "the", "streptolysin", "operon", "encodes", "an", "internal", "terminator", "downstream", "of", "the", "sagA", "gene", "(", "the", "first", "gene", "in", "the", "operon", ")", ",", "which", "modulates", "the", "abundance", "of", "particular", "mRNA", "species", "(", "e", ".", "g", ".", ",", "sagA", "mRNA", "versus", "the", "polycistronic", "message", "for", "all", "nine", "genes", ")", "under", "different", "environmental", "conditions", "[", "45", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-REGULON-OPERON", "I-REGULON-OPERON", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "If", "transcription", "is", "internally", "disrupted", "by", "such", "a", "terminator", ",", "the", "abundance", "of", "the", "sagA", "transcript", "may", "be", "much", "greater", "than", "the", "polycistronic", "message", ";", "such", "disproportionate", "transcript", "levels", "would", "affect", "log2", "-", "fold", "change", "values", "and", "impact", "the", "statistical", "significance", "of", "individual", "genes", "within", "these", "types", "of", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "in", "addition", "to", "helping", "resolve", "clusters", "that", "would", "not", "be", "easily", "recognized", "because", "of", "experimental", "technical", "variability", ",", "the", "neighbor", "clustering", "method", "may", "help", "to", "resolve", "operons", "with", "such", "internal", "terminators", "and", "regulators", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "demonstrate", "that", "neighbor", "clustering", "effectively", "reconstructed", "a", "number", "of", "complete", "pathways", "and", "loci", "from", "processed", "array", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Importantly", ",", "because", "functional", "gene", "data", "are", "not", "incorporated", "into", "its", "algorithms", ",", "GenomeCrawler", "is", "not", "biased", "toward", "identifying", "\"", "expected", "\"", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Curating", "the", "dataset", "following", "its", "application", "may", "make", "the", "algorithms", "less", "user", "-", "friendly", ";", "however", ",", "the", "elimination", "of", "such", "bias", "is", "essential", "for", "this", "type", "of", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Type", "II", "Clusters" ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "the", "Type", "I", "cluster", "results", ",", "we", "speculated", "that", "genes", "contained", "in", "Type", "II", "clusters", "might", "be", "related", "by", "function", "or", "regulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Type", "II", "groupings", "contain", "a", "combination", "of", "both", "known", "and", "unknown", "gene", "members", "and", "could", "provide", "preliminary", "clues", "about", "the", "function", "of", "unknown", "genes", "within", "a", "particular", "cluster", "by", "associating", "their", "expression", "with", "neighboring", "genes", "of", "known", "and", "defined", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Alternatively", ",", "co", "-", "expression", "of", "genes", "results", "from", "common", "regulation", ",", "and", "Type", "II", "associations", "may", "suggest", "shared", "regulatory", "mechanisms", "for", "clustered", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "note", ",", "however", ",", "that", "despite", "the", "statistical", "framework", "with", "which", "groupings", "are", "assigned", ",", "experimental", "evidence", "is", "necessary", "to", "confirm", "functional", "or", "regulatory", "relatedness", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "do", "not", "suggest", "simply", "assigning", "either", "based", "on", "cluster", "membership", ";", "rather", ",", "cluster", "associations", "may", "provide", "some", "preliminary", "functional", "or", "regulatory", "clues", "for", "gene", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "total", "of", "18", "(", "90", "%", ")", "of", "20", "Type", "II", "clusters", "(", "Table", "3", "and", "Figure", "S3", ")", "may", "not", "have", "been", "identified", "without", "neighbor", "clustering", ":", "eight", "(", "44", ".", "4", "%", ")", "of", "18", "gained", "additional", "gene", "members", ";", "the", "remaining", "ten", "comprised", "genes", "that", "demonstrated", "significant", "differential", "expression", "only", "after", "applying", "GenomeCrawler", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "two", "clusters", "(", "spy0127", "-", "0130", "and", "spy1701", "-", "1704", ")", "could", "have", "been", "identified", "without", "neighbor", "clustering", ";", "however", ",", "a", "number", "of", "these", "genes", "were", "initially", "annotated", "as", "hypothetical", "proteins", ",", "so", "a", "potential", "relationship", "between", "the", "gene", "members", "may", "not", "have", "been", "readily", "apparent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "upregulated", "spy0127", "-", "0130", "cluster", "is", "part", "of", "a", "larger", "genomic", "region", "known", "as", "FCT", "(", "for", "fibronectin", "-", "and", "collagen", "-", "binding", "proteins", "and", "T", "antigen", "-", "encoding", "loci", ")", ",", "which", "spans", "spy0123", "-", "0136", "in", "the", "SF370", "genome", "and", "encodes", "surface", "proteins", "and", "transcriptional", "regulators", "[", "46", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "search", "of", "both", "the", "PFAM", "database", "[", "47", "]", "(", "http", ":", "/", "/", "pfam", ".", "wustl", ".", "edu", ")", "and", "sortase", "database", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "doe", "-", "mbi", ".", "ucla", ".", "edu", "/", "Services", "/", "Sortase", ")", "predicted", "that", "spy0129", "encodes", "a", "sortase", "enzyme", ",", "which", "are", "transpeptidases", "that", "cleave", "protein", "substrates", "at", "conserved", "C", "-", "terminal", "motifs", "(", "often", "LPXTG", ")", "and", "then", "anchor", "these", "proteins", "to", "the", "bacterial", "cell", "wall", "[", "48", ",", "49", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recently", ",", "it", "was", "reported", "that", "the", "four", "genes", "spanning", "spy0127", "-", "0130", "encode", ",", "and", "are", "responsible", "for", ",", "the", "formation", "of", "surface", "-", "localized", ",", "trypsin", "-", "resistant", "pili", "that", "induce", "protective", "immunity", "against", "a", "lethal", "dose", "of", "group", "A", "streptococci", "in", "a", "mouse", "model", "of", "infection", "[", "36", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "same", "report", "provided", "the", "first", "experimental", "evidence", "supporting", "the", "sortase", "prediction", ",", "indicating", "that", "the", "gene", "product", "of", "spy0129", "is", "responsible", "for", "the", "cell", "-", "wall", "sorting", "of", "the", "proteins", "encoded", "by", "both", "spy0128", "(", "annotated", "as", "a", "Cpa", "homolog", "[", "50", "]", ")", "and", "spy0130", "(", "annotated", "as", "a", "protein", "F", "homolog", "[", "14", "]", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "spy0128", "-", "encoded", "protein", "is", "the", "structural", "backbone", "of", "the", "pili", ",", "and", "the", "gene", "product", "of", "spy0130", "may", "be", "involved", "in", "stabilizing", "the", "structure", "[", "36", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Together", "with", "the", "identification", "of", "this", "cluster", "by", "GenomeCrawler", ",", "these", "results", "prompted", "us", "to", "study", "this", "cluster", "and", "the", "contributions", "of", "the", "gene", "products", "to", "pharyngeal", "cell", "adherence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "determined", "experimentally", "that", "cluster", "spy0127", "-", "0130", "is", "an", "operon", ",", "verifying", "both", "related", "function", "and", "regulation", "of", "the", "gene", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Reverse", "transcription", "of", "SF370", "RNA", ",", "with", "primer", "combinations", "that", "spanned", "all", "four", "genes", ",", "produced", "cDNA", "fragments", "of", "sizes", "that", "could", "only", "result", "from", "a", "polycistronic", "mRNA", "template", "(", "Figure", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "silico", "sequence", "inspection", "identified", "a", "single", "putative", "promoter", "sequence", "upstream", "of", "spy0127", "(", "see", "Table", "S6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "GenomeCrawler", "is", "not", "an", "operon", "-", "identifying", "algorithm", ",", "these", "results", "show", "that", "it", "could", "(", "1", ")", "identify", "this", "commonly", "regulated", "gene", "cluster", "and", "(", "2", ")", "define", "the", "cluster", "boundaries", ",", "excluding", "other", "proximate", "genes", ",", "such", "as", "an", "additional", "sortase", "-", "encoding", "gene", ",", "spy0135", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "Allelic", "Replacement", "of", "spy0129" ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN" ]

[ "We", "created", "a", "spy0129", "deletion", "mutant", "in", "strain", "SF370", "(", "SF370Deltaspy0129", ")", "to", "determine", "if", "genes", "contained", "within", "the", "spy0127", "-", "0130", "cluster", "were", "directly", "involved", "in", "adherence", "to", "pharyngeal", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "posited", "that", "a", "deletion", "in", "the", "spy0129", "sortase", "gene", "may", "have", "the", "greatest", "overall", "effect", "on", "the", "production", "and", "processing", "of", "the", "gene", "products", "of", "this", "cluster", ",", "since", "both", "the", "spy0128", "and", "spy0130", "gene", "products", "do", "not", "localize", "to", "the", "cell", "-", "wall", "surface", "in", "the", "absence", "of", "the", "sortase", "enzyme", "[", "36", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Allelic", "replacement", "created", "two", "putative", "deletion", "mutants", ";", "however", ",", "RT", "-", "PCR", "analysis", "(", "Figure", "4A", ")", "revealed", "that", "only", "one", "such", "clone", "(", "SF370Deltaspy0129", ".", "2", ")", "was", "a", "true", "knock", "-", "out", "for", "the", "spy0129", "gene", "and", "useful", "for", "further", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Because", "the", "gene", "cluster", "is", "also", "an", "operon", ",", "expression", "of", "the", "downstream", "gene", "spy0130", ",", "encoding", "the", "protein", "F", "homolog", "/", "pilus", "protein", ",", "was", "also", "eliminated", "in", "this", "mutant", "(", "Figure", "4A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "vitro", "pharyngeal", "cell", "adherence", "assays", "revealed", "that", "the", "SF370Deltaspy0129", ".", "2", "mutant", "was", "approximately", "66", "%", "less", "adherent", "than", "the", "parental", "control", "strain", ",", "SF370", "(", "Figure", "4B", ";", "p", "=", "0", ".", "03", "as", "determined", "by", "the", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "suggest", "that", "either", "the", "spy0130", "gene", "product", "is", "involved", "directly", "in", "adherence", ",", "or", "that", "due", "to", "the", "elimination", "of", "the", "sortase", ",", "the", "pili", ",", "which", "may", "function", "in", "their", "entirety", "as", "adhesins", ",", "were", "not", "assembled", "on", "the", "surface", "of", "the", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Because", "the", "spy0129", "gene", "product", "is", "not", "expected", "to", "be", "found", "on", "the", "streptococcal", "surface", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "it", "lacks", "a", "cell", "-", "wall", "anchoring", "motif", ")", ",", "it", "is", "not", "likely", "to", "be", "involved", "directly", "in", "adherence", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "are", "working", "to", "produce", "an", "in", "-", "frame", "deletion", "of", "spy0128", "and", "a", "spy0130", "single", "knock", "-", "out", "mutant", "to", "delineate", "the", "contribution", "of", "each", "individual", "clustered", "gene", "product", "to", "adherence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "show", "that", "neighbor", "clustering", "is", "able", "to", "identify", "biologically", "relevant", "gene", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "attribute", "may", "be", "particularly", "important", "for", "datasets", "in", "which", "the", "relationship", "between", "clustered", "genes", "is", "not", "obvious", ",", "and", "may", "facilitate", "the", "organization", "of", "larger", "datasets", "into", "more", "manageable", "packages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additional", "Type", "II", "Cluster", "Example" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Another", "cluster", ",", "spy1725", "-", "1719", ",", "contained", "six", "genes", "that", "together", "(", "though", "not", "individually", ")", "exhibited", "significant", "downregulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "genes", "spy1724", ",", "spy1722", ",", "spy1721", ",", "and", "spy1719", "share", "transcriptional", "order", "and", "predicted", "function", "with", "homologs", "in", "the", "nusA", "-", "infB", "protein", "biosynthesis", "operon", "of", "Bacillus", "subtilis", "and", "Escherichia", "coli", "[", "51", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "examined", "the", "spy1725", "and", "spy1723", "gene", "products", "(", "annotated", "as", "hypothetical", "proteins", "[", "14", "]", ")", "for", "similarities", "with", "known", "proteins", "that", "might", "indicate", "a", "role", "for", "these", "gene", "products", "in", "protein", "biosynthesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BlastP", "analysis", "aligned", "the", "spy1725", "gene", "product", ",", "which", "has", "homologs", "in", "all", "sequenced", "streptococcal", "genomes", ",", "with", "the", "SP14", ".", "3", "protein", "from", "S", ".", "pneumoniae", "[", "52", "]", "(", "80", "%", "sequence", "similarity", ";", "67", "%", "identity", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Based", "on", "structural", "characterization", ",", "SP14", ".", "3", "is", "a", "predicted", "RNA", "-", "binding", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "spy1723", "gene", "product", "has", "similar", "domain", "structure", "to", "the", "YlxR", "protein", "of", "S", ".", "pneumoniae", ",", "an", "RNA", "-", "binding", "protein", "implicated", "in", "transcription", "termination", "[", "53", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "indicate", "that", "both", "genes", "likely", "encode", "RNA", "-", "binding", "proteins", ",", "in", "agreement", "with", "their", "functionally", "defined", "cluster", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "domain", "and", "homology", "searches", "yielded", "the", "functional", "predictions", ",", "their", "membership", "within", "a", "protein", "biosynthetic", "cluster", "provided", "the", "initial", "indication", "of", "common", "function", "or", "regulation", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Neighbor", "Clustering", "and", "Operons" ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "neighbor", "clustering", "is", "not", "an", "operon", "-", "predicting", "method", ",", "we", "wanted", "to", "identify", "additional", "putative", "operons", "among", "the", "groupings", "since", "neighbor", "clusters", "by", "definition", "share", "certain", "operon", "characteristics", "(", "tandemly", "arranged", "genes", ",", "separated", "by", "<", "300", "bp", ",", "with", "similar", "expression", "patterns", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "operon", "-", "modeling", "methods", "exist", "[", "54", ",", "55", "]", ",", "we", "inspected", "clusters", "in", "silico", "for", "upstream", "regulatory", "elements", "and", "identified", "17", "candidates", ",", "including", "clusters", "such", "as", "streptolysin", "S", "that", "have", "been", "previously", "confirmed", "as", "operons", "[", "56", "]", ";", "the", "spy0127", "-", "0130", "grouping", ",", "which", "was", "confirmed", "as", "an", "operon", "in", "this", "study", ";", "and", "others", "that", "have", "yet", "to", "be", "verified", "(", "Table", "S6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Experimental", "confirmation", "of", "each", "candidate", "is", "beyond", "the", "scope", "of", "this", "study", ",", "but", "Northern", "blot", "and", "RT", "-", "PCR", "analyses", "could", "provide", "such", "information", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analysis", "of", "Previously", "Published", "Array", "Data" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "applied", "the", "statistical", "analysis", "and", "the", "GenomeCrawler", "algorithms", "to", "data", "from", "a", "recently", "published", "streptococcal", "microarray", "study", "that", "is", "relevant", "for", "comparison", "to", "our", "own", "data", "(", "same", "streptococcal", "strain", ",", "similar", "array", "platform", ")", "[", "57", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "the", "transciptomes", "of", "S", ".", "pyogenes", "strain", "SF370", "and", "an", "isogenic", "mutant", "deficient", "for", "the", "Mga", "regulon", "were", "compared", "during", "exponential", "growth", "in", "culture", "broth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Mga", "regulator", "is", "a", "growth", "-", "phase", "mediator", "of", "a", "number", "of", "surface", "-", "exposed", "molecules", "and", "secreted", "proteins", "involved", "in", "colonization", "and", "immune", "evasion", "during", "infection", "[", "58", "]", "." ]

[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "the", "authors", "of", "that", "study", "did", "not", "provide", "a", "statistical", "analysis", "of", "their", "data", ",", "we", "compared", "the", "published", "results", "for", "the", "magnitude", "and", "direction", "of", "fold", "-", "changes", "for", "each", "gene", "reported", "in", "this", "study", "with", "those", "obtained", "from", "our", "initial", "significance", "analysis", "of", "this", "dataset", "(", "presented", "as", "Table", "S7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "total", "of", "256", "genes", "reported", "in", "this", "study", "were", "also", "detected", "by", "our", "analysis", ",", "and", "the", "magnitude", "and", "log2", "-", "fold", "change", "were", "found", "to", "be", "in", "agreement", "for", "81", "%", "of", "the", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "suspect", "that", "this", "discrepancy", "results", "from", "different", "normalization", "methods", "used", ",", "or", "from", "different", "methods", "that", "were", "applied", "to", "analyze", "the", "ratio", "of", "signal", "intensities", "between", "sample", "and", "control", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "we", "analyzed", "the", "ratios", "of", "the", "median", "rather", "than", "the", "ratios", "of", "the", "mean", "[", "57", "]", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "the", "published", "report", "did", "not", "include", "statistical", "analysis", "of", "the", "data", ",", "we", "note", "that", "the", "statistical", "analysis", "that", "we", "performed", "identified", "four", "genes", "with", "significant", "log2", "-", "fold", "changes", "in", "expression", "(", "PF", "<", "0", ".", "05", ";", "Table", "S8", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "applied", "the", "GenomeCrawler", "algorithms", "to", "the", "statistically", "analyzed", "dataset", ",", "which", "identified", "an", "expanded", "group", "of", "genes", "(", "107", "versus", "four", ")", "contained", "within", "36", "statistically", "significant", "clusters", "(", "PK", "<", "0", ".", "05", ";", "Table", "S9", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "groupings", "included", "clusters", "of", "genes", "that", "have", "been", "shown", "previously", "in", "streptococci", "to", "be", "functionally", "related", ",", "indicating", "that", "the", "algorithms", "were", "performing", "as", "expected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Two", "of", "the", "identified", "upregulated", "clusters", "(", "spy2009", "-", "2010", "and", "spy2039", "-", "2040", ")", "encoding", "the", "well", "-", "studied", "virulence", "factors", ",", "C5a", "peptidase", "and", "SpeB", ",", "respectively", ",", "showed", "consistently", "large", "log2", "-", "fold", "changes", "of", "the", "genes", "across", "replicates", "[", "57", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GenomeCrawler", "confirmed", "these", "results", "by", "identifying", "both", "groupings", "as", "statistically", "significant", "neighbor", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GenomeCrawler", "also", "identified", "a", "number", "of", "clusters", "that", "contained", "genes", "known", "to", "share", "common", "function", "or", "regulation", ";", "however", ",", "they", "were", "not", "as", "apparent", "in", "the", "dataset", "without", "its", "application", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "the", "algorithm", "identified", "a", "significant", "neighbor", "cluster", "spanning", "spy0711", "-", "0712", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O" ]

[ "This", "grouping", "encodes", "two", "known", "virulence", "factors", ",", "pyrogenic", "exotoxin", "SpeC", "and", "the", "MF2", "DNase", ",", "previously", "shown", "to", "be", "commonly", "regulated", "as", "an", "operon", "[", "11", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "algorithm", "also", "identified", "other", "neighbor", "clusters", "containing", "genes", "known", "to", "be", "functionally", "related", ",", "including", "spy0098", "-", "0100", "(", "encoding", "the", "beta", "and", "beta", "'", "subunits", "of", "DNA", "-", "dependent", "RNA", "polymerase", ")", ",", "spy2159", "-", "2160", "(", "encoding", "the", "50S", "ribosomal", "subunit", "proteins", "L32", "and", "L33", ")", ",", "and", "spy0741", "-", "0746", "(", "six", "of", "the", "nine", "streptolysin", "S", "-", "encoding", "genes", ")", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "I-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "the", "analysis", "of", "this", "previously", "published", "dataset", "did", "not", "reveal", "as", "many", "intact", "biological", "pathways", "as", "were", "identified", "from", "the", "pharyngeal", "cell", "adherence", "data", ",", "the", "inclusion", "of", "more", "replicates", "in", "the", "analysis", "to", "increase", "statistical", "power", "could", "resolve", "such", "loci", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "these", "results", "provided", "further", "supporting", "evidence", "that", "the", "GenomeCrawler", "algorithms", "can", "identify", "(", "1", ")", "a", "larger", "group", "of", "genes", "than", "a", "rigorous", "statistical", "analysis", "alone", "and", "(", "2", ")", "biologically", "relevant", "groupings", "in", "other", "microarray", "datasets", ",", "even", "if", "they", "contain", "fewer", "replicates", "than", "presented", "in", "our", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Concluding", "Remarks" ]

[ "O", "O" ]

[ "Although", "GenomeCrawler", "improves", "bacterial", "array", "analyses", ",", "it", "has", "limitations", ":", "it", "cannot", "identify", "regulons", "comprising", "genes", "dispersed", "throughout", "the", "genome", "by", "virtue", "of", "its", "design", ",", "it", "does", "not", "specifically", "interrogate", "single", "-", "gene", "operons", ",", "and", "it", "only", "applies", "to", "genomes", "with", "available", "and", "accurate", "experimental", "information", "(", "expression", "data", "and", "gene", "annotations", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "recognize", "that", "incorporating", "intergenic", "distance", "and", "transcription", "direction", "into", "the", "algorithms", "would", "reduce", "processing", "time", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Adding", "available", "clusters", "of", "orthologous", "groups", "(", "COG", ")", "information", "into", "a", "downstream", "processing", "step", "could", "decrease", "errors", "by", "minimizing", "clustering", "of", "unrelated", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nonetheless", ",", "neighbor", "clustering", "provided", "a", "more", "comprehensive", "view", "of", "the", "transcriptome", "of", "group", "A", "streptococci", "during", "adherence", "to", "human", "pharyngeal", "cells", ",", "a", "critical", "step", "in", "the", "infection", "program", "of", "this", "organism", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "I-ORGANISM", "I-ORGANISM", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "found", "that", "even", "a", "rigorous", "statistical", "analysis", "of", "well", "-", "replicated", "microarray", "data", "produced", "a", "dataset", "that", "was", "somewhat", "limited", ",", "although", "certainly", "more", "informative", "than", "assigning", "arbitrary", "thresholds", "for", "significance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "described", "in", "other", "microarray", "reports", ",", "we", "had", "initially", "identified", "a", "number", "of", "incomplete", "biological", "pathways", "in", "which", "we", "did", "not", "detect", "the", "differential", "expression", "of", "a", "number", "of", "known", "pathway", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Neighbor", "clustering", "was", "able", "to", "extend", "the", "results", "by", "identifying", "more", "differentially", "expressed", "genes", "and", "reconstructing", "more", "intact", "biological", "pathways", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Neighbor", "clustering", ",", "despite", "the", "statistical", "framework", "with", "which", "it", "assigns", "groupings", ",", "would", "be", "valuable", "to", "microarray", "data", "analysis", "only", "if", "it", "produced", "biologically", "relevant", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "biological", "testing", "of", "every", "identified", "gene", "or", "cluster", "is", "unrealistic", ",", "we", "provided", "evidence", ",", "through", "the", "creation", "and", "testing", "of", "isogenic", "deletion", "mutants", "and", "through", "the", "identification", "of", "clusters", "of", "known", ",", "functionally", "related", "genes", "from", "a", "published", "streptococcal", "array", "study", ",", "that", "the", "algorithms", "produce", "results", "that", "are", "pertinent", "to", "the", "biology", "of", "streptococci", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-ORGANISM", "O" ]