Datasets:

CM

/

codexglue_code2text_java

like 4

[ "public", "PositionAlignmentOptions", "setVerticalAlignment", "(", "PositionRelation", "verticalAlignment", ",", "int", "offsetTop", ")", "{", "switch", "(", "verticalAlignment", ")", "{", "case", "TOP", ":", "case", "CENTER", ":", "case", "BOTTOM", ":", "break", ";", "default", ":", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "\"Illegal value for the vertical alignment property\"", ")", ";", "}", "this", ".", "verticalAlignment", "=", "verticalAlignment", ";", "this", ".", "offsetTop", "=", "offsetTop", ";", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Set", "the", "verticalAlignment", "property", "with", "an", "offset", ".", "One", "of", "TOP", "CENTER", "BOTTOM", "." ]

[ "public", "void", "mergeWithSurveyServerSettings", "(", "Settings", "settings", ")", "{", "if", "(", "settings", "==", "null", ")", "{", "return", ";", "}", "this", ".", "adminPanelCustomMessage", "=", "settings", ".", "adminPanelCustomMessage", ";", "this", ".", "adminPanelTimeDelay", "=", "settings", ".", "adminPanelTimeDelay", ";", "this", ".", "localizedTexts", "=", "settings", ".", "localizedTexts", ";", "this", ".", "userID", "=", "settings", ".", "userID", ";", "this", ".", "accountID", "=", "settings", ".", "accountID", ";", "this", ".", "resurveyThrottle", "=", "settings", ".", "resurveyThrottle", ";", "this", ".", "declineResurveyThrottle", "=", "settings", ".", "declineResurveyThrottle", ";", "this", ".", "surveyType", "=", "settings", ".", "surveyType", ";", "}" ]

[ "Sets", "values", "from", "the", "argument", "settings", "only", "if", "they", "are", "not", "provided", "yet" ]

[ "public", "void", "setPaths", "(", "String", "paths", ")", "{", "if", "(", "paths", "!=", "null", "&&", "paths", ".", "trim", "(", ")", ".", "length", "(", ")", ">", "0", ")", "{", "String", "[", "]", "pathArray", "=", "paths", ".", "split", "(", "\",\"", ")", ";", "pathList", ".", "addAll", "(", "Arrays", ".", "asList", "(", "pathArray", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "If", "paths", "are", "set", "only", "these", "paths", "are", "affected", "by", "the", "cleaning", "." ]

[ "public", "void", "setCredentials", "(", "String", "username", ",", "String", "password", ")", "{", "if", "(", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "username", ")", "||", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "password", ")", ")", "{", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "\"Credentials must not be empty.\"", ")", ";", "}", "credentials", "=", "new", "UsernamePasswordCredentialsProvider", "(", "username", ",", "password", ")", ";", "}" ]

[ "Sets", "the", "Git", "credentials" ]

[ "public", "void", "setIdentity", "(", "String", "name", ",", "String", "email", ")", "{", "if", "(", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "name", ")", "||", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "email", ")", ")", "{", "throw", "new", "IllegalArgumentException", "(", "\"Both the username and password must be provided.\"", ")", ";", "}", "identity", "=", "new", "PersonIdent", "(", "name", ",", "email", ")", ";", "}" ]

[ "Sets", "the", "name", "and", "email", "for", "the", "Git", "commands", "user" ]

[ "protected", "String", "translateFilePathUsingPrefix", "(", "String", "file", ",", "String", "prefix", ")", "throws", "IOException", "{", "if", "(", "file", ".", "equals", "(", "prefix", ")", ")", "{", "return", "\".\"", ";", "}", "String", "result", "=", "new", "File", "(", "file", ")", ".", "getCanonicalPath", "(", ")", ".", "substring", "(", "prefix", ".", "length", "(", ")", "+", "1", ")", ";", "if", "(", "File", ".", "separatorChar", "!=", "'", "'", ")", "{", "result", "=", "result", ".", "replace", "(", "File", ".", "separatorChar", ",", "'", "'", ")", ";", "}", "return", "result", ";", "}" ]

[ "return", "either", "a", ".", "if", "file", "and", "prefix", "have", "the", "same", "value", "or", "the", "right", "part", "of", "file", "-", "length", "of", "prefix", "plus", "one", "removed" ]

[ "public", "void", "setSettingsRef", "(", "String", "settingsRef", ")", "{", "if", "(", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "settingsRef", ")", ")", "{", "throw", "new", "BuildException", "(", "\"Can't set blank git settings reference.\"", ")", ";", "}", "// no override", "if", "(", "this", ".", "settingsRef", "==", "null", ")", "{", "this", ".", "settingsRef", "=", "settingsRef", ";", "}", "}" ]

[ "Sets", "a", "git", "settings", "reference" ]

[ "public", "void", "setUri", "(", "String", "uri", ")", "{", "if", "(", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "uri", ")", ")", "{", "throw", "new", "BuildException", "(", "\"Can't set null URI attribute.\"", ")", ";", "}", "if", "(", "this", ".", "uri", "==", "null", ")", "{", "try", "{", "new", "URIish", "(", "uri", ")", ";", "this", ".", "uri", "=", "uri", ";", "}", "catch", "(", "URISyntaxException", "e", ")", "{", "throw", "new", "BuildException", "(", "String", ".", "format", "(", "\"Invalid URI '%s'.\"", ",", "uri", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Sets", "the", "git", "repository", "uri" ]

[ "@", "Override", "public", "void", "setDirectory", "(", "File", "dir", ")", "{", "if", "(", "dir", "==", "null", ")", "{", "throw", "new", "BuildException", "(", "\"Cannot set null directory attribute.\"", ")", ";", "}", "// no override", "if", "(", "this", ".", "directory", "==", "null", ")", "{", "this", ".", "directory", "=", "new", "File", "(", "dir", ".", "getAbsolutePath", "(", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Sets", "the", "Git", "repository", "directory" ]

[ "protected", "GitSettings", "lookupSettings", "(", ")", "{", "if", "(", "getProject", "(", ")", "!=", "null", "&&", "settingsRef", "!=", "null", ")", "{", "Reference", "ref", "=", "(", "Reference", ")", "getProject", "(", ")", ".", "getReference", "(", "settingsRef", ")", ";", "if", "(", "ref", "!=", "null", ")", "{", "GitSettings", "settings", "=", "(", "GitSettings", ")", "ref", ".", "getReferencedObject", "(", ")", ";", "return", "settings", ";", "}", "}", "return", "null", ";", "}" ]

[ "Lookup", "the", "git", "settings", "for", "this", "task", "via", "a", "project", "reference" ]

[ "@", "SuppressWarnings", "(", "\"rawtypes\"", ")", "protected", "void", "setupCredentials", "(", "GitCommand", "<", "?", ">", "command", ")", "{", "GitSettings", "settings", "=", "lookupSettings", "(", ")", ";", "if", "(", "settings", "!=", "null", "&&", "command", "instanceof", "TransportCommand", ")", "{", "TransportCommand", "cmd", "=", "(", "TransportCommand", ")", "command", ";", "cmd", ".", "setCredentialsProvider", "(", "settings", ".", "getCredentials", "(", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Setups", "the", "Git", "credentials", "if", "specified", "and", "needed" ]

[ "public", "void", "setListMode", "(", "String", "listMode", ")", "{", "if", "(", "!", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "listMode", ")", ")", "{", "try", "{", "this", ".", "listMode", "=", "ListBranchCommand", ".", "ListMode", ".", "valueOf", "(", "listMode", ")", ";", "}", "catch", "(", "IllegalArgumentException", "e", ")", "{", "ListBranchCommand", ".", "ListMode", "[", "]", "listModes", "=", "ListBranchCommand", ".", "ListMode", ".", "values", "(", ")", ";", "List", "<", "String", ">", "listModeValidValues", "=", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", "listModes", ".", "length", ")", ";", "for", "(", "ListBranchCommand", ".", "ListMode", "aListMode", ":", "listModes", ")", "{", "listModeValidValues", ".", "add", "(", "aListMode", ".", "name", "(", ")", ")", ";", "}", "String", "validModes", "=", "listModeValidValues", ".", "toString", "(", ")", ";", "throw", "new", "BuildException", "(", "String", ".", "format", "(", "\"Valid listMode options are: %s.\"", ",", "validModes", ")", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Sets", "the", "listing", "mode" ]

[ "public", "void", "setMode", "(", "String", "mode", ")", "{", "if", "(", "\"soft\"", ".", "equalsIgnoreCase", "(", "mode", ")", ")", "{", "this", ".", "mode", "=", "ResetType", ".", "SOFT", ";", "}", "else", "if", "(", "\"mixed\"", ".", "equalsIgnoreCase", "(", "mode", ")", ")", "{", "this", ".", "mode", "=", "ResetType", ".", "MIXED", ";", "}", "else", "if", "(", "\"hard\"", ".", "equalsIgnoreCase", "(", "mode", ")", ")", "{", "this", ".", "mode", "=", "ResetType", ".", "HARD", ";", "}", "else", "if", "(", "\"merge\"", ".", "equalsIgnoreCase", "(", "mode", ")", ")", "{", "this", ".", "mode", "=", "ResetType", ".", "MERGE", ";", "}", "else", "if", "(", "\"keep\"", ".", "equalsIgnoreCase", "(", "mode", ")", ")", "{", "this", ".", "mode", "=", "ResetType", ".", "KEEP", ";", "}", "else", "{", "this", ".", "mode", "=", "ResetType", ".", "MIXED", ";", "}", "}" ]

[ "If", "mode", "is", "set", "apply", "the", "specified", "mode", "according", "to", "Git", "manual", "." ]

[ "public", "void", "setVerifyContainNames", "(", "String", "names", ")", "{", "if", "(", "!", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "names", ")", ")", "{", "namesToCheck", ".", "addAll", "(", "Arrays", ".", "asList", "(", "names", ".", "split", "(", "\",\"", ")", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "throw", "new", "BuildException", "(", "\"Invalid references names.\"", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Sets", "the", "comma", "separated", "list", "of", "reference", "names", "to", "check", "in", "the", "list", "returned", "by", "the", "command" ]

[ "protected", "void", "processReferencesAndOutput", "(", "List", "<", "Ref", ">", "refList", ")", "{", "List", "<", "String", ">", "refNames", "=", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", "refList", ".", "size", "(", ")", ")", ";", "for", "(", "Ref", "ref", ":", "refList", ")", "{", "refNames", ".", "add", "(", "GitTaskUtils", ".", "sanitizeRefName", "(", "ref", ".", "getName", "(", ")", ")", ")", ";", "}", "if", "(", "!", "namesToCheck", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "!", "refNames", ".", "containsAll", "(", "namesToCheck", ")", ")", "{", "List", "<", "String", ">", "namesCopy", "=", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", "namesToCheck", ")", ";", "namesCopy", ".", "removeAll", "(", "refNames", ")", ";", "throw", "new", "GitBuildException", "(", "String", ".", "format", "(", "MISSING_REFS_TEMPLATE", ",", "namesCopy", ".", "toString", "(", ")", ")", ")", ";", "}", "}", "if", "(", "!", "GitTaskUtils", ".", "isNullOrBlankString", "(", "outputFilename", ")", ")", "{", "FileUtils", "fileUtils", "=", "FileUtils", ".", "getFileUtils", "(", ")", ";", "Echo", "echo", "=", "new", "Echo", "(", ")", ";", "echo", ".", "setProject", "(", "getProject", "(", ")", ")", ";", "echo", ".", "setFile", "(", "fileUtils", ".", "resolveFile", "(", "getProject", "(", ")", ".", "getBaseDir", "(", ")", ",", "outputFilename", ")", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "refNames", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "++", ")", "{", "String", "refName", "=", "refNames", ".", "get", "(", "i", ")", ";", "echo", ".", "addText", "(", "String", ".", "format", "(", "REF_NAME_TEMPLATE", ",", "refName", ")", ")", ";", "}", "echo", ".", "perform", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Processes", "a", "list", "of", "references", "check", "references", "names", "and", "output", "to", "a", "file", "if", "requested", "." ]

[ "public", "static", "<", "T", ",", "K", ">", "MapReduceCommand", "<", "T", ",", "K", ">", "build", "(", "String", "map", ",", "String", "reduce", ",", "OutputType", "outputType", ",", "String", "collection", ",", "Class", "<", "T", ">", "resultType", ",", "Class", "<", "K", ">", "keyType", ")", "{", "return", "new", "MapReduceCommand", "<", "T", ",", "K", ">", "(", "map", ",", "reduce", ",", "outputType", ",", "collection", ",", "resultType", ",", "keyType", ")", ";", "}" ]

[ "Build", "a", "map", "reduce", "command" ]

[ "public", "static", "DBObject", "serializeFields", "(", "ObjectMapper", "objectMapper", ",", "DBObject", "object", ")", "{", "BasicDBObject", "serialised", "=", "null", ";", "for", "(", "String", "field", ":", "object", ".", "keySet", "(", ")", ")", "{", "Object", "value", "=", "object", ".", "get", "(", "field", ")", ";", "Object", "serialisedValue", "=", "serializeField", "(", "objectMapper", ",", "value", ")", ";", "if", "(", "value", "!=", "serialisedValue", ")", "{", "// It's changed", "if", "(", "serialised", "==", "null", ")", "{", "// Make a shallow copy of the object", "serialised", "=", "new", "BasicDBObject", "(", ")", ";", "for", "(", "String", "f", ":", "object", ".", "keySet", "(", ")", ")", "{", "serialised", ".", "put", "(", "f", ",", "object", ".", "get", "(", "f", ")", ")", ";", "}", "}", "serialised", ".", "put", "(", "field", ",", "serialisedValue", ")", ";", "}", "}", "if", "(", "serialised", "!=", "null", ")", "{", "return", "serialised", ";", "}", "else", "{", "return", "object", ";", "}", "}" ]

[ "Serialize", "the", "fields", "of", "the", "given", "object", "using", "the", "given", "object", "mapper", ".", "This", "will", "convert", "POJOs", "to", "DBObjects", "where", "necessary", "." ]

[ "public", "static", "Object", "serializeField", "(", "ObjectMapper", "objectMapper", ",", "Object", "value", ")", "{", "if", "(", "value", "==", "null", "||", "BASIC_TYPES", ".", "contains", "(", "value", ".", "getClass", "(", ")", ")", ")", "{", "// Return as is", "return", "value", ";", "}", "else", "if", "(", "value", "instanceof", "DBObject", ")", "{", "return", "serializeFields", "(", "objectMapper", ",", "(", "DBObject", ")", "value", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "value", "instanceof", "Collection", ")", "{", "Collection", "<", "?", ">", "coll", "=", "(", "Collection", "<", "?", ">", ")", "value", ";", "List", "<", "Object", ">", "copy", "=", "null", ";", "int", "position", "=", "0", ";", "for", "(", "Object", "item", ":", "coll", ")", "{", "Object", "returned", "=", "serializeField", "(", "objectMapper", ",", "item", ")", ";", "if", "(", "returned", "!=", "item", ")", "{", "if", "(", "copy", "==", "null", ")", "{", "copy", "=", "new", "ArrayList", "<", "Object", ">", "(", "coll", ")", ";", "}", "copy", ".", "set", "(", "position", ",", "returned", ")", ";", "}", "position", "++", ";", "}", "if", "(", "copy", "!=", "null", ")", "{", "return", "copy", ";", "}", "else", "{", "return", "coll", ";", "}", "}", "else", "if", "(", "value", ".", "getClass", "(", ")", ".", "isArray", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "BASIC_TYPES", ".", "contains", "(", "value", ".", "getClass", "(", ")", ".", "getComponentType", "(", ")", ")", ")", "{", "return", "value", ";", "}", "Object", "[", "]", "array", "=", "(", "Object", "[", "]", ")", "value", ";", "Object", "[", "]", "copy", "=", "null", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "array", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "Object", "returned", "=", "serializeField", "(", "objectMapper", ",", "array", "[", "i", "]", ")", ";", "if", "(", "returned", "!=", "array", "[", "i", "]", ")", "{", "if", "(", "copy", "==", "null", ")", "{", "copy", "=", "new", "Object", "[", "array", ".", "length", "]", ";", "System", ".", "arraycopy", "(", "array", ",", "0", ",", "copy", ",", "0", ",", "array", ".", "length", ")", ";", "}", "copy", "[", "i", "]", "=", "returned", ";", "}", "}", "if", "(", "copy", "!=", "null", ")", "{", "return", "copy", ";", "}", "else", "{", "return", "array", ";", "}", "}", "else", "{", "// We don't know what it is, serialise it", "BsonObjectGenerator", "generator", "=", "new", "BsonObjectGenerator", "(", ")", ";", "try", "{", "objectMapper", ".", "writeValue", "(", "generator", ",", "value", ")", ";", "}", "catch", "(", "JsonMappingException", "e", ")", "{", "throw", "new", "MongoJsonMappingException", "(", "e", ")", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "\"Somehow got an IOException writing to memory\"", ",", "e", ")", ";", "}", "return", "generator", ".", "getValue", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Serialize", "the", "given", "field" ]

[ "public", "T", "next", "(", ")", "throws", "MongoException", "{", "executed", "(", ")", ";", "current", "=", "jacksonDBCollection", ".", "convertFromDbObject", "(", "cursor", ".", "next", "(", ")", ")", ";", "return", "current", ";", "}" ]

[ "Returns", "the", "object", "the", "cursor", "is", "at", "and", "moves", "the", "cursor", "ahead", "by", "one", "." ]

[ "public", "List", "<", "T", ">", "toArray", "(", "int", "max", ")", "throws", "MongoException", "{", "executed", "(", ")", ";", "if", "(", "max", ">", "all", ".", "size", "(", ")", ")", "{", "List", "<", "DBObject", ">", "objects", "=", "cursor", ".", "toArray", "(", "max", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "all", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "<", "objects", ".", "size", "(", ")", ";", "i", "++", ")", "{", "all", ".", "add", "(", "jacksonDBCollection", ".", "convertFromDbObject", "(", "objects", ".", "get", "(", "i", ")", ")", ")", ";", "}", "}", "return", "all", ";", "}" ]

[ "Converts", "this", "cursor", "to", "an", "array", "." ]

[ "@", "Override", "public", "Object", "findSerializer", "(", "Annotated", "am", ")", "{", "if", "(", "am", ".", "hasAnnotation", "(", "ObjectId", ".", "class", ")", ")", "{", "return", "ObjectIdSerializer", ".", "class", ";", "}", "return", "null", ";", "}" ]

[ "Handling", "of", "ObjectId", "annotated", "properties" ]

[ "public", "static", "<", "T", ",", "K", ">", "JacksonDBCollection", "<", "T", ",", "K", ">", "wrap", "(", "DBCollection", "dbCollection", ",", "Class", "<", "T", ">", "type", ",", "Class", "<", "K", ">", "keyType", ",", "ObjectMapper", "objectMapper", ")", "{", "return", "new", "JacksonDBCollection", "<", "T", ",", "K", ">", "(", "dbCollection", ",", "objectMapper", ".", "constructType", "(", "type", ")", ",", "objectMapper", ".", "constructType", "(", "keyType", ")", ",", "objectMapper", ",", "null", ")", ";", "}" ]

[ "Wraps", "a", "DB", "collection", "in", "a", "JacksonDBCollection", "using", "the", "given", "object", "mapper", "." ]

[ "public", "JacksonDBCollection", "<", "T", ",", "K", ">", "enable", "(", "Feature", "feature", ")", "{", "features", ".", "put", "(", "feature", ",", "true", ")", ";", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Enable", "the", "given", "feature" ]

[ "public", "JacksonDBCollection", "<", "T", ",", "K", ">", "disable", "(", "Feature", "feature", ")", "{", "features", ".", "put", "(", "feature", ",", "false", ")", ";", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Disable", "the", "given", "feature" ]

[ "public", "boolean", "isEnabled", "(", "Feature", "feature", ")", "{", "Boolean", "enabled", "=", "features", ".", "get", "(", "feature", ")", ";", "if", "(", "enabled", "==", "null", ")", "{", "return", "feature", ".", "isEnabledByDefault", "(", ")", ";", "}", "else", "{", "return", "enabled", ";", "}", "}" ]

[ "Whether", "the", "given", "feature", "is", "enabled" ]

[ "public", "void", "createIndex", "(", "DBObject", "keys", ",", "DBObject", "options", ")", "throws", "MongoException", "{", "dbCollection", ".", "createIndex", "(", "keys", ",", "options", ")", ";", "}" ]

[ "Forces", "creation", "of", "an", "index", "on", "a", "set", "of", "fields", "if", "one", "does", "not", "already", "exist", "." ]

[ "public", "void", "ensureIndex", "(", "final", "DBObject", "keys", ",", "final", "DBObject", "optionsIN", ")", "throws", "MongoException", "{", "dbCollection", ".", "ensureIndex", "(", "keys", ",", "optionsIN", ")", ";", "}" ]

[ "Creates", "an", "index", "on", "a", "set", "of", "fields", "if", "one", "does", "not", "already", "exist", "." ]

[ "public", "JacksonDBCollection", "<", "T", ",", "K", ">", "rename", "(", "String", "newName", ",", "boolean", "dropTarget", ")", "throws", "MongoException", "{", "return", "new", "JacksonDBCollection", "<", "T", ",", "K", ">", "(", "dbCollection", ".", "rename", "(", "newName", ",", "dropTarget", ")", ",", "type", ",", "keyType", ",", "objectMapper", ",", "features", ")", ";", "}" ]

[ "renames", "of", "this", "collection", "to", "newName" ]

[ "public", "DBObject", "group", "(", "DBObject", "key", ",", "DBObject", "cond", ",", "DBObject", "initial", ",", "String", "reduce", ",", "String", "finalize", ")", "throws", "MongoException", "{", "GroupCommand", "cmd", "=", "new", "GroupCommand", "(", "dbCollection", ",", "key", ",", "cond", ",", "initial", ",", "reduce", ",", "finalize", ")", ";", "return", "group", "(", "cmd", ")", ";", "}" ]

[ "Applies", "a", "group", "operation" ]

[ "public", "List", "distinct", "(", "String", "key", ",", "DBObject", "query", ")", "{", "return", "dbCollection", ".", "distinct", "(", "key", ",", "serializeFields", "(", "query", ")", ")", ";", "}" ]

[ "find", "distinct", "values", "for", "a", "key" ]

[ "@", "Deprecated", "public", "com", ".", "mongodb", ".", "MapReduceOutput", "mapReduce", "(", "MapReduceCommand", "command", ")", "throws", "MongoException", "{", "return", "dbCollection", ".", "mapReduce", "(", "command", ")", ";", "}" ]

[ "performs", "a", "map", "reduce", "operation" ]

[ "public", "<", "S", ",", "L", ">", "MapReduceOutput", "<", "S", ",", "L", ">", "mapReduce", "(", "MapReduce", ".", "MapReduceCommand", "<", "S", ",", "L", ">", "command", ")", "throws", "MongoException", "{", "return", "new", "MapReduceOutput", "<", "S", ",", "L", ">", "(", "this", ",", "dbCollection", ".", "mapReduce", "(", "command", ".", "build", "(", "this", ")", ")", ",", "command", ".", "getResultType", "(", ")", ",", "command", ".", "getKeyType", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Performs", "a", "map", "reduce", "operation" ]

[ "public", "static", "Builder", "push", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Builder", "(", ")", ".", "push", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "Add", "the", "given", "value", "to", "the", "array", "value", "at", "the", "specified", "field", "atomically" ]

[ "public", "static", "Builder", "addToSet", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Builder", "(", ")", ".", "addToSet", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "Add", "the", "given", "value", "to", "the", "array", "value", "if", "it", "doesn", "t", "already", "exist", "in", "the", "specified", "field", "atomically" ]

[ "public", "static", "Builder", "pull", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Builder", "(", ")", ".", "pull", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "Remove", "all", "occurances", "of", "value", "from", "the", "array", "at", "field" ]

[ "public", "static", "Builder", "rename", "(", "String", "oldFieldName", ",", "String", "newFieldName", ")", "{", "return", "new", "Builder", "(", ")", ".", "rename", "(", "oldFieldName", ",", "newFieldName", ")", ";", "}" ]

[ "Rename", "the", "given", "field", "to", "the", "new", "field", "name" ]

[ "public", "static", "Builder", "bit", "(", "String", "field", ",", "String", "operation", ",", "int", "value", ")", "{", "return", "new", "Builder", "(", ")", ".", "bit", "(", "field", ",", "operation", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "Perform", "a", "bit", "operation", "on", "the", "given", "field" ]

[ "public", "static", "Builder", "bit", "(", "String", "field", ",", "String", "operation1", ",", "int", "value1", ",", "String", "operation2", ",", "int", "value2", ")", "{", "return", "new", "Builder", "(", ")", ".", "bit", "(", "field", ",", "operation1", ",", "value1", ",", "operation2", ",", "value2", ")", ";", "}" ]

[ "Perform", "two", "bit", "operations", "on", "the", "given", "field" ]

[ "public", "K", "getSavedId", "(", ")", "{", "if", "(", "dbObjects", ".", "length", "==", "0", ")", "{", "throw", "new", "MongoException", "(", "\"No objects to return\"", ")", ";", "}", "if", "(", "dbObjects", "[", "0", "]", "instanceof", "JacksonDBObject", ")", "{", "throw", "new", "UnsupportedOperationException", "(", "\"Generated _id retrieval not supported when using stream serialization\"", ")", ";", "}", "return", "jacksonDBCollection", ".", "convertFromDbId", "(", "dbObjects", "[", "0", "]", ".", "get", "(", "\"_id\"", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Get", "the", "saved", "ID", ".", "This", "may", "be", "useful", "for", "finding", "out", "the", "ID", "that", "was", "generated", "by", "MongoDB", "if", "no", "ID", "was", "supplied", "." ]

[ "public", "List", "<", "K", ">", "getSavedIds", "(", ")", "{", "if", "(", "dbObjects", ".", "length", ">", "0", "&&", "dbObjects", "[", "0", "]", "instanceof", "JacksonDBObject", ")", "{", "throw", "new", "UnsupportedOperationException", "(", "\"Generated _id retrieval not supported when using stream serialization\"", ")", ";", "}", "List", "<", "K", ">", "ids", "=", "new", "ArrayList", "<", "K", ">", "(", ")", ";", "for", "(", "int", "i", "=", "0", ";", "i", "<", "dbObjects", ".", "length", ";", "i", "++", ")", "{", "ids", ".", "add", "(", "(", "K", ")", "jacksonDBCollection", ".", "convertFromDbId", "(", "dbObjects", "[", "i", "]", ".", "get", "(", "\"_id\"", ")", ")", ")", ";", "}", "return", "ids", ";", "}" ]

[ "Get", "the", "saved", "IDs", ".", "This", "may", "be", "useful", "for", "finding", "out", "the", "IDs", "that", "were", "generated", "by", "MongoDB", "if", "no", "IDs", "were", "supplied", "." ]

[ "public", "static", "Query", "is", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "is", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "is", "equal", "to", "the", "given", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "lessThan", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "lessThan", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "is", "less", "than", "the", "given", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "lessThanEquals", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "lessThanEquals", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "is", "less", "than", "or", "equal", "to", "the", "given", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "greaterThan", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "greaterThan", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "is", "greater", "than", "the", "given", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "greaterThanEquals", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "greaterThanEquals", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "is", "greater", "than", "or", "equal", "to", "the", "given", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "notEquals", "(", "String", "field", ",", "Object", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "notEquals", "(", "field", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "is", "not", "equal", "to", "the", "given", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "mod", "(", "String", "field", ",", "Number", "mod", ",", "Number", "value", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "mod", "(", "field", ",", "mod", ",", "value", ")", ";", "}" ]

[ "The", "field", "modulo", "the", "given", "mod", "argument", "is", "equal", "to", "the", "value" ]

[ "public", "static", "Query", "regex", "(", "String", "field", ",", "Pattern", "regex", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "regex", "(", "field", ",", "regex", ")", ";", "}" ]

[ "The", "given", "field", "matches", "the", "regular", "expression" ]

[ "public", "static", "Query", "elemMatch", "(", "String", "field", ",", "Query", "query", ")", "{", "return", "new", "Query", "(", ")", ".", "elemMatch", "(", "field", ",", "query", ")", ";", "}" ]

[ "An", "element", "in", "the", "given", "array", "field", "matches", "the", "given", "query" ]

[ "private", "List", "<", "String", ">", "readDupAccounts", "(", "InputStream", "dupAccountsStream", ")", "throws", "IOException", "{", "ObjectMapper", "objMapper", "=", "new", "ObjectMapper", "(", ")", ";", "return", "objMapper", ".", "readValue", "(", "dupAccountsStream", ",", "new", "TypeReference", "<", "List", "<", "String", ">", ">", "(", ")", "{", "}", ")", ";", "}" ]

[ "Reads", "duplication", "account", "listing", ".", "File", "is", "expected", "to", "be", "a", "JSON", "formatted", "list", "of", "String", "values", "." ]

[ "protected", "void", "init", "(", ")", "{", "log", ".", "debug", "(", "\"taskworker {} initializing...\"", ",", "this", ")", ";", "scheduleVisibilityTimeoutExtender", "(", "task", ",", "new", "Date", "(", ")", ",", "task", ".", "getVisibilityTimeout", "(", ")", ")", ";", "log", ".", "debug", "(", "\"taskworker {} initialized\"", ",", "this", ")", ";", "initialized", "=", "true", ";", "}" ]

[ "This", "method", "be", "called", "before", "run", "since", "it", "is", "possible", "that", "there", "may", "be", "significant", "delay", "between", "when", "the", "TaskWorker", "is", "initialized", "and", "when", "it", "is", "executed", "." ]

[ "public", "ChartConfiguration", "<", "T", ">", "setSimpleTitle", "(", "String", "title", ")", "{", "if", "(", "title", "==", "null", ")", "{", "this", ".", "title", "=", "new", "Title", "(", "title", ")", ";", "}", "else", "{", "this", ".", "title", ".", "setText", "(", "title", ")", ";", "}", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Sets", "the", "simple", "title", "." ]

[ "public", "ChartConfiguration", "<", "T", ">", "setLabelX", "(", "String", "label", ")", "{", "if", "(", "label", "!=", "null", ")", "{", "axesInstance", "(", ")", ".", "xAxisInstance", "(", ")", ".", "setLabel", "(", "label", ")", ";", "}", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Sets", "the", "label", "x", "." ]

[ "public", "ChartConfiguration", "<", "T", ">", "setLabelY", "(", "String", "label", ")", "{", "if", "(", "label", "!=", "null", ")", "{", "axesInstance", "(", ")", ".", "yAxisInstance", "(", ")", ".", "setLabel", "(", "label", ")", ";", "}", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Sets", "the", "label", "y", "." ]

[ "@", "SuppressWarnings", "(", "\"unchecked\"", ")", "public", "static", "<", "T", ">", "T", "create", "(", "T", "target", ")", "{", "if", "(", "target", "instanceof", "WestCacheCglib", ")", "return", "target", ";", "val", "in", "=", "new", "CglibCacheMethodInterceptor", "(", "target", ")", ";", "return", "(", "T", ")", "Cglibs", ".", "proxy", "(", "target", ".", "getClass", "(", ")", ",", "in", ",", "WestCacheCglib", ".", "class", ")", ";", "}" ]

[ "Create", "a", "proxied", "object", "of", "target", "object", "." ]

[ "private", "boolean", "spaceExists", "(", "final", "StorageProvider", "store", ",", "final", "String", "spaceId", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "try", "{", "return", "new", "Retrier", "(", ")", ".", "execute", "(", "new", "Retriable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "Boolean", "retry", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "// The actual method being executed", "store", ".", "getSpaceProperties", "(", "spaceId", ")", ";", "return", "true", ";", "}", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "NotFoundException", "nfe", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "String", "msg", "=", "\"Error attempting to check if space exists: \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Determines", "if", "a", "space", "in", "the", "given", "store", "exists", "." ]

[ "private", "Iterator", "<", "String", ">", "getSpaceListing", "(", "final", "StorageProvider", "store", ",", "final", "String", "spaceId", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "try", "{", "return", "new", "Retrier", "(", ")", ".", "execute", "(", "new", "Retriable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "Iterator", "<", "String", ">", "retry", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "// The actual method being executed", "return", "store", ".", "getSpaceContents", "(", "spaceId", ",", "null", ")", ";", "}", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "String", "msg", "=", "\"Error attempting to retrieve space listing: \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Retrieve", "the", "content", "listing", "for", "a", "space" ]

[ "private", "void", "deleteDestSpace", "(", "final", "String", "spaceId", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "log", ".", "info", "(", "\"Deleting space \"", "+", "spaceId", "+", "\" from dest provider in account \"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "try", "{", "new", "Retrier", "(", ")", ".", "execute", "(", "new", "Retriable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "String", "retry", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "// The actual method being executed", "destStore", ".", "deleteSpace", "(", "spaceId", ")", ";", "return", "\"success\"", ";", "}", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "String", "msg", "=", "\"Error attempting to delete the destination space: \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "log", ".", "info", "(", "\"Successfully deleted space \"", "+", "spaceId", "+", "\" from dest provider in account \"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Deletes", "a", "space", "from", "the", "destination", "store" ]

[ "private", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "getContentProperties", "(", "final", "StorageProvider", "store", ",", "final", "String", "spaceId", ",", "final", "String", "contentId", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "try", "{", "return", "new", "Retrier", "(", ")", ".", "execute", "(", "new", "Retriable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "retry", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "// The actual method being executed", "return", "store", ".", "getContentProperties", "(", "spaceId", ",", "contentId", ")", ";", "}", "}", ",", "new", "ExceptionHandler", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "void", "handle", "(", "Exception", "ex", ")", "{", "if", "(", "!", "(", "ex", "instanceof", "NotFoundException", ")", ")", "{", "log", ".", "debug", "(", "ex", ".", "getMessage", "(", ")", ",", "ex", ")", ";", "}", "else", "{", "log", ".", "debug", "(", "\"retry attempt failed but probably not an issue: {}\"", ",", "ex", ".", "getMessage", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "NotFoundException", "nfe", ")", "{", "return", "null", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "String", "msg", "=", "\"Error attempting to retrieve content properties: \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Retrieves", "the", "properties", "for", "the", "given", "content", "item" ]

[ "protected", "boolean", "compareProperties", "(", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "sourceProps", ",", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "destProps", ")", "{", "return", "sourceProps", ".", "equals", "(", "destProps", ")", ";", "}" ]

[ "Determines", "if", "source", "and", "destination", "properties", "are", "equal", "." ]

[ "private", "void", "duplicateProperties", "(", "final", "String", "spaceId", ",", "final", "String", "contentId", ",", "final", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "sourceProperties", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "log", ".", "info", "(", "\"Duplicating properties for \"", "+", "contentId", "+", "\" in space \"", "+", "spaceId", "+", "\" in account \"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "try", "{", "new", "Retrier", "(", ")", ".", "execute", "(", "new", "Retriable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "String", "retry", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "// Set properties", "try", "{", "destStore", ".", "setContentProperties", "(", "spaceId", ",", "contentId", ",", "sourceProperties", ")", ";", "}", "catch", "(", "StorageStateException", "ex", ")", "{", "String", "message", "=", "\"Unable to set content properties\"", "+", "\" on destination store ({0}) for \"", "+", "\"{1} (content) in {2} (space)\"", ";", "log", ".", "warn", "(", "MessageFormat", ".", "format", "(", "message", ",", "destStore", ",", "contentId", ",", "spaceId", ")", ")", ";", "}", "return", "\"success\"", ";", "}", "}", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"Successfully duplicated properties for \"", "+", "contentId", "+", "\" in space \"", "+", "spaceId", "+", "\" in account \"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "String", "msg", "=", "\"Error attempting to duplicate content properties: \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Copies", "the", "properties", "from", "the", "source", "item", "to", "the", "destination", "item", "." ]

[ "private", "void", "cleanProperties", "(", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "props", ")", "{", "if", "(", "props", "!=", "null", ")", "{", "props", ".", "remove", "(", "StorageProvider", ".", "PROPERTIES_CONTENT_MD5", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "StorageProvider", ".", "PROPERTIES_CONTENT_CHECKSUM", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "StorageProvider", ".", "PROPERTIES_CONTENT_MODIFIED", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "StorageProvider", ".", "PROPERTIES_CONTENT_SIZE", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "CONTENT_LENGTH", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "CONTENT_TYPE", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "LAST_MODIFIED", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "DATE", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "ETAG", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "CONTENT_LENGTH", ".", "toLowerCase", "(", ")", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "CONTENT_TYPE", ".", "toLowerCase", "(", ")", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "LAST_MODIFIED", ".", "toLowerCase", "(", ")", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "DATE", ".", "toLowerCase", "(", ")", ")", ";", "props", ".", "remove", "(", "HttpHeaders", ".", "ETAG", ".", "toLowerCase", "(", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Pull", "out", "the", "system", "-", "generated", "properties", "to", "allow", "the", "properties", "that", "are", "added", "to", "the", "duplicated", "item", "to", "be", "only", "the", "user", "-", "defined", "properties", "." ]

[ "private", "void", "duplicateContent", "(", "final", "String", "spaceId", ",", "final", "String", "contentId", ",", "final", "String", "sourceChecksum", ",", "final", "Map", "<", "String", ",", "String", ">", "sourceProperties", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "log", ".", "info", "(", "\"Duplicating \"", "+", "contentId", "+", "\" in space \"", "+", "spaceId", "+", "\" in account \"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "ChecksumUtil", "checksumUtil", "=", "new", "ChecksumUtil", "(", "MD5", ")", ";", "boolean", "localChecksumMatch", "=", "false", ";", "int", "attempt", "=", "0", ";", "File", "localFile", "=", "null", ";", "while", "(", "!", "localChecksumMatch", "&&", "attempt", "<", "3", ")", "{", "// Get content stream", "try", "(", "InputStream", "sourceStream", "=", "getSourceContent", "(", "spaceId", ",", "contentId", ")", ")", "{", "// Cache content locally", "localFile", "=", "cacheContent", "(", "sourceStream", ")", ";", "// Check content", "String", "localChecksum", "=", "checksumUtil", ".", "generateChecksum", "(", "localFile", ")", ";", "if", "(", "sourceChecksum", ".", "equals", "(", "localChecksum", ")", ")", "{", "localChecksumMatch", "=", "true", ";", "}", "else", "{", "cleanup", "(", "localFile", ")", ";", "}", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "log", ".", "warn", "(", "\"Error generating checksum for source content: \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "attempt", "++", ";", "}", "// Put content", "if", "(", "localChecksumMatch", ")", "{", "putDestinationContent", "(", "spaceId", ",", "contentId", ",", "sourceChecksum", ",", "sourceProperties", ",", "localFile", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"Successfully duplicated id={} dup_size={} space={} account={}\"", ",", "contentId", ",", "localFile", ".", "length", "(", ")", ",", "spaceId", ",", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "cleanup", "(", "localFile", ")", ";", "String", "msg", "=", "\"Unable to retrieve content which matches the\"", "+", "\" expected source checksum of: \"", "+", "sourceChecksum", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ")", ";", "}", "cleanup", "(", "localFile", ")", ";", "}" ]

[ "Copies", "a", "content", "item", "from", "the", "source", "store", "to", "the", "destination", "store" ]

[ "private", "void", "duplicateDeletion", "(", "final", "String", "spaceId", ",", "final", "String", "contentId", ")", "throws", "TaskExecutionFailedException", "{", "if", "(", "existsInSourceManifest", "(", "spaceId", ",", "contentId", ")", ")", "{", "throw", "new", "TaskExecutionFailedException", "(", "MessageFormat", ".", "format", "(", "\"item exists in source manifest and thus appears to be \"", "+", "\"missing content. account={0}, storeId={1}, spaceId={2}, contentId={3}\"", ",", "this", ".", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ",", "this", ".", "dupTask", ".", "getSourceStoreId", "(", ")", ",", "spaceId", ",", "contentId", ")", ")", ";", "}", "log", ".", "info", "(", "\"Duplicating deletion of \"", "+", "contentId", "+", "\" in dest space \"", "+", "spaceId", "+", "\" in account \"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "try", "{", "new", "Retrier", "(", ")", ".", "execute", "(", "new", "Retriable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "String", "retry", "(", ")", "throws", "Exception", "{", "// Delete content", "destStore", ".", "deleteContent", "(", "spaceId", ",", "contentId", ")", ";", "return", "\"success\"", ";", "}", "}", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "String", "msg", "=", "\"Error attempting to delete content : \"", "+", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "throw", "new", "DuplicationTaskExecutionFailedException", "(", "buildFailureMessage", "(", "msg", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "log", ".", "info", "(", "\"Successfully deleted content item (content_id=\"", "+", "contentId", "+", "\") in dest space (space_id=\"", "+", "spaceId", "+", "\") where account_id=\"", "+", "dupTask", ".", "getAccount", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Deletes", "a", "content", "item", "in", "the", "destination", "space", "but", "only", "if", "it", "does", "not", "exists", "in", "the", "source", "manifest", "." ]

[ "public", "boolean", "addDuplicationStorePolicy", "(", "String", "spaceId", ",", "DuplicationStorePolicy", "dupStore", ")", "{", "LinkedHashSet", "<", "DuplicationStorePolicy", ">", "dupStores", "=", "spaceDuplicationStorePolicies", ".", "get", "(", "spaceId", ")", ";", "if", "(", "dupStores", "==", "null", ")", "{", "dupStores", "=", "new", "LinkedHashSet", "<>", "(", ")", ";", "spaceDuplicationStorePolicies", ".", "put", "(", "spaceId", ",", "dupStores", ")", ";", "}", "return", "dupStores", ".", "add", "(", "dupStore", ")", ";", "}" ]

[ "Adds", "a", "DuplicationStorePolicy", "for", "the", "specified", "space", "ID", "." ]

[ "private", "long", "getTotalBytes", "(", "String", "bucketName", ",", "AmazonCloudWatch", "client", ")", "{", "long", "totalBytes", "=", "0", ";", "totalBytes", "+=", "getMetricData", "(", "bucketName", ",", "\"BucketSizeBytes\"", ",", "\"StandardStorage\"", ",", "client", ")", ";", "totalBytes", "+=", "getMetricData", "(", "bucketName", ",", "\"BucketSizeBytes\"", ",", "\"StandardIAStorage\"", ",", "client", ")", ";", "totalBytes", "+=", "getMetricData", "(", "bucketName", ",", "\"BucketSizeBytes\"", ",", "\"ReducedRedundancyStorage\"", ",", "client", ")", ";", "return", "totalBytes", ";", "}" ]

[ "Gets", "the", "total", "byte", "count", "for", "all", "storage", "types", "and", "combines", "them", "to", "produce", "a", "single", "stored", "bytes", "value" ]

[ "private", "GetMetricStatisticsRequest", "buildRequest", "(", "String", "bucketName", ",", "String", "metricName", ",", "String", "storageType", ")", "{", "GetMetricStatisticsRequest", "request", "=", "new", "GetMetricStatisticsRequest", "(", ")", ";", "request", ".", "setMetricName", "(", "metricName", ")", ";", "request", ".", "setNamespace", "(", "\"AWS/S3\"", ")", ";", "request", ".", "setPeriod", "(", "360", ")", ";", "request", ".", "setStatistics", "(", "Collections", ".", "singletonList", "(", "\"Maximum\"", ")", ")", ";", "Calendar", "cal", "=", "Calendar", ".", "getInstance", "(", "TimeZone", ".", "getTimeZone", "(", "\"UTC\"", ")", ")", ";", "Date", "currentTime", "=", "cal", ".", "getTime", "(", ")", ";", "cal", ".", "add", "(", "Calendar", ".", "DATE", ",", "-", "1", ")", ";", "request", ".", "setStartTime", "(", "cal", ".", "getTime", "(", ")", ")", ";", "request", ".", "setEndTime", "(", "currentTime", ")", ";", "List", "<", "Dimension", ">", "dimensions", "=", "new", "ArrayList", "<>", "(", ")", ";", "dimensions", ".", "add", "(", "new", "Dimension", "(", ")", ".", "withName", "(", "\"BucketName\"", ")", ".", "withValue", "(", "bucketName", ")", ")", ";", "dimensions", ".", "add", "(", "new", "Dimension", "(", ")", ".", "withName", "(", "\"StorageType\"", ")", ".", "withValue", "(", "storageType", ")", ")", ";", "request", ".", "setDimensions", "(", "dimensions", ")", ";", "return", "request", ";", "}" ]

[ "Create", "the", "request", "to", "ask", "for", "bucket", "metrics" ]

[ "private", "void", "writeCompletionFile", "(", ")", "{", "File", "completionFile", "=", "getCompletionFile", "(", ")", ";", "try", "{", "if", "(", "completionFile", ".", "createNewFile", "(", ")", ")", "{", "log", ".", "info", "(", "\"successfully created completion marker file: {}\"", ",", "completionFile", ".", "getAbsolutePath", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "{", "log", ".", "warn", "(", "\"completion marker file unexpectably exists already \"", "+", "\"- something may be amiss: {}\"", ",", "completionFile", ".", "getAbsolutePath", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "log", ".", "error", "(", "\"Unable to create the completion file {}: {}\"", ",", "completionFile", ".", "getAbsolutePath", "(", ")", ",", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Writes", "zero", "length", "file", "to", "the", "work", "directory", "to", "mark", "the", "completion", "of", "a", "run", "." ]

[ "private", "Queue", "<", "T", ">", "loadMorselQueue", "(", ")", "{", "Queue", "<", "T", ">", "morselQueue", "=", "createQueue", "(", ")", ";", "//load morsels from state;", "Set", "<", "T", ">", "morsels", "=", "new", "LinkedHashSet", "<>", "(", "this", ".", "stateManager", ".", "getMorsels", "(", ")", ")", ";", "morselQueue", ".", "addAll", "(", "morsels", ")", ";", "if", "(", "morselQueue", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "loadMorselQueueFromSource", "(", "morselQueue", ")", ";", "}", "return", "morselQueue", ";", "}" ]

[ "Loads", "the", "morsels", "from", "the", "persistent", "state", "if", "there", "are", "any", ";", "otherwise", "it", "loads", "all", "other", "morsels", "based", "on", "on", "duplication", "policy", "manager", "." ]

[ "public", "boolean", "isExcluded", "(", "String", "path", ")", "{", "if", "(", "inclusions", "!=", "null", "&&", "!", "inclusions", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "if", "(", "!", "matchesList", "(", "path", ",", "inclusions", ",", "false", ")", ")", "{", "log", ".", "debug", "(", "\"{} does not match an inclusion: skipping...\"", ",", "path", ")", ";", "return", "true", ";", "}", "}", "if", "(", "exclusions", "==", "null", ")", "{", "return", "false", ";", "}", "if", "(", "matchesList", "(", "path", ",", "exclusions", ",", "true", ")", ")", "{", "log", ".", "debug", "(", "\"{} matches exclusions: skipping...\"", ",", "path", ")", ";", "return", "true", ";", "}", "return", "false", ";", "}" ]

[ "Returns", "true", "if", "the", "path", "is", "included", "and", "not", "excluded", ".", "A", "path", "is", "included", "if", "the", "inclusions", "list", "is", "null", "or", "empty", "or", "the", "path", "matches", "an", "item", "in", "the", "list", "." ]

[ "public", "static", "Iterator", "<", "String", ">", "difference", "(", "Iterator", "<", "String", ">", "iterA", ",", "Iterator", "<", "String", ">", "iterB", ")", "throws", "IOException", "{", "String", "cacheName", "=", "\"compare-\"", "+", "System", ".", "currentTimeMillis", "(", ")", ";", "cacheManager", ".", "addCache", "(", "cacheName", ")", ";", "Cache", "cache", "=", "cacheManager", ".", "getCache", "(", "cacheName", ")", ";", "while", "(", "iterB", ".", "hasNext", "(", ")", ")", "{", "String", "item", "=", "iterB", ".", "next", "(", ")", ";", "cache", ".", "put", "(", "new", "Element", "(", "item", ",", "null", ")", ")", ";", "}", "int", "diffCnt", "=", "0", ";", "File", "diffFile", "=", "new", "File", "(", "System", ".", "getProperty", "(", "\"java.io.tmpdir\"", ")", "+", "File", ".", "separator", "+", "\"diff-\"", "+", "System", ".", "currentTimeMillis", "(", ")", "+", "\".txt\"", ")", ";", "FileWriter", "fileWriter", "=", "new", "FileWriter", "(", "diffFile", ")", ";", "while", "(", "iterA", ".", "hasNext", "(", ")", ")", "{", "String", "item", "=", "iterA", ".", "next", "(", ")", ";", "if", "(", "!", "cache", ".", "isKeyInCache", "(", "item", ")", ")", "{", "// write item to file", "fileWriter", ".", "write", "(", "item", "+", "\"\\n\"", ")", ";", "diffCnt", "++", ";", "if", "(", "diffCnt", "%", "100", "==", "0", ")", "{", "fileWriter", ".", "flush", "(", ")", ";", "}", "}", "}", "fileWriter", ".", "close", "(", ")", ";", "// All done with the cache, clean it up", "cache", ".", "removeAll", "(", ")", ";", "cacheManager", ".", "removeCache", "(", "cache", ".", "getName", "(", ")", ")", ";", "if", "(", "diffCnt", ">", "0", ")", "{", "return", "new", "FileLineIterator", "(", "diffFile", ")", ";", "}", "else", "{", "// nothing written to the file so not needed, delete it", "diffFile", ".", "delete", "(", ")", ";", "return", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", "0", ")", ".", "iterator", "(", ")", ";", "}", "}" ]

[ "Returns", "an", "Iterator", "contain", "the", "difference", "of", "elements", "contained", "in", "the", "provided", "Iterators", ".", "The", "returned", "Iterator", "contains", "all", "elements", "that", "are", "contained", "by", "iterA", "and", "not", "contained", "by", "iterB", ".", "iterB", "may", "also", "contain", "elements", "not", "present", "in", "iterA", ";", "these", "are", "simply", "ignored", "." ]

[ "public", "static", "List", "<", "String", ">", "retriveJavaScriptResources", "(", "Chart", "<", "?", ">", "chart", ")", "{", "List", "<", "String", ">", "resources", "=", "new", "ArrayList", "<", "String", ">", "(", ")", ";", "Class", "<", "?", ">", "clazz", "=", "chart", ".", "getClass", "(", ")", ";", "if", "(", "clazz", ".", "isAnnotationPresent", "(", "JqPlotPlugin", ".", "class", ")", ")", "{", "JqPlotResources", "[", "]", "jqPlotResourceses", "=", "clazz", ".", "getAnnotation", "(", "JqPlotPlugin", ".", "class", ")", ".", "values", "(", ")", ";", "for", "(", "JqPlotResources", "jqPlotResources", ":", "jqPlotResourceses", ")", "{", "resources", ".", "add", "(", "jqPlotResources", ".", "getResource", "(", ")", ")", ";", "}", "}", "//can it/should we make this more generic?", "if", "(", "chart", ".", "getChartConfiguration", "(", ")", ".", "getHighlighter", "(", ")", "!=", "null", ")", "{", "resources", ".", "add", "(", "JqPlotResources", ".", "Highlighter", ".", "getResource", "(", ")", ")", ";", "}", "return", "resources", ";", "}" ]

[ "Retorna", "os", "recursos", "de", "javascript" ]

[ "public", "AbstractChart", "<", "T", ",", "S", ">", "addSerie", "(", "Serie", "serie", ")", "{", "Collection", "<", "Serie", ">", "series", "=", "getSeries", "(", ")", ";", "if", "(", "series", "==", "null", ")", "{", "series", "=", "new", "ArrayList", "<", "Serie", ">", "(", ")", ";", "}", "series", ".", "add", "(", "serie", ")", ";", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Adiciona", "uma", "serie" ]

[ "public", "AbstractChart", "<", "T", ",", "S", ">", "addSeries", "(", "Serie", "...", "series", ")", "{", "Collection", "<", "Serie", ">", "chartSeries", "=", "getSeries", "(", ")", ";", "if", "(", "chartSeries", "==", "null", ")", "{", "chartSeries", "=", "new", "ArrayList", "<", "Serie", ">", "(", ")", ";", "}", "for", "(", "int", "i", "=", "series", ".", "length", "-", "1", ";", "i", ">=", "0", ";", "i", "--", ")", "{", "chartSeries", ".", "add", "(", "series", "[", "i", "]", ")", ";", "}", "return", "this", ";", "}" ]

[ "Add", "a", "collection", "of", "series" ]

[ "public", "static", "void", "loadFromSystemProperty", "(", "String", "propertyFileSystemProperty", ",", "String", "defaultPropertyFilePath", ")", "{", "String", "path", "=", "System", ".", "getProperty", "(", "propertyFileSystemProperty", ")", ";", "if", "(", "path", "==", "null", ")", "{", "path", "=", "defaultPropertyFilePath", ";", "System", ".", "setProperty", "(", "propertyFileSystemProperty", ",", "path", ")", ";", "log", ".", "info", "(", "\"Using default \"", "+", "propertyFileSystemProperty", "+", "\" value: \"", "+", "path", "+", "\". To override default specify java commandline param -D\"", "+", "propertyFileSystemProperty", "+", "\"=/your/prop/file/path/here\"", ")", ";", "}", "else", "{", "log", ".", "info", "(", "\"Using user-defined \"", "+", "propertyFileSystemProperty", "+", "\" property: \"", "+", "path", ")", ";", "}", "if", "(", "!", "new", "File", "(", "path", ")", ".", "exists", "(", ")", ")", "{", "log", ".", "error", "(", "path", "+", "\" does not exist. It is required to run this application. Exiting...\"", ")", ";", "System", ".", "exit", "(", "1", ")", ";", "}", "else", "{", "try", "{", "SystemPropertyLoader", ".", "load", "(", "path", ")", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "e", ".", "printStackTrace", "(", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Ensures", "that", "a", "specified", "system", "property", "is", "set", "with", "a", "valid", "file", "path", ".", "If", "the", "system", "property", "is", "not", "set", "the", "specified", "default", "value", "will", "set", "instead", ".", "If", "the", "resulting", "system", "property", "value", "does", "not", "resolve", "to", "an", "existing", "file", "The", "system", "will", "exit", "after", "logging", "the", "error", "." ]

[ "public", "StorageProvider", "createWithAudit", "(", "StorageProviderCredentials", "credentials", ",", "String", "accountSubdomain", ",", "TaskQueue", "auditQueue", ")", "{", "UserUtil", "userUtil", "=", "new", "SimpleUserUtil", "(", ")", ";", "StorageProvider", "storageprovider", "=", "create", "(", "credentials", ")", ";", "StorageProvider", "auditProvider", "=", "new", "AuditStorageProvider", "(", "storageprovider", ",", "accountSubdomain", ",", "credentials", ".", "getProviderId", "(", ")", ",", "credentials", ".", "getProviderType", "(", ")", ".", "getName", "(", ")", ",", "userUtil", ",", "auditQueue", ")", ";", "return", "auditProvider", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "StorageProvider", "which", "captures", "events", "and", "passes", "them", "to", "the", "audit", "queue", "." ]

[ "public", "StorageProvider", "create", "(", "StorageProviderCredentials", "credentials", ")", "{", "StorageProviderType", "storageProviderType", "=", "credentials", ".", "getProviderType", "(", ")", ";", "if", "(", "storageProviderType", ".", "equals", "(", "StorageProviderType", ".", "AMAZON_S3", ")", ")", "{", "return", "new", "S3StorageProvider", "(", "credentials", ".", "getAccessKey", "(", ")", ",", "credentials", ".", "getSecretKey", "(", ")", ",", "credentials", ".", "getOptions", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "storageProviderType", ".", "equals", "(", "StorageProviderType", ".", "AMAZON_GLACIER", ")", ")", "{", "return", "new", "GlacierStorageProvider", "(", "credentials", ".", "getAccessKey", "(", ")", ",", "credentials", ".", "getSecretKey", "(", ")", ",", "credentials", ".", "getOptions", "(", ")", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "storageProviderType", ".", "equals", "(", "StorageProviderType", ".", "CHRONOPOLIS", ")", ")", "{", "return", "new", "ChronopolisStorageProvider", "(", "credentials", ".", "getAccessKey", "(", ")", ",", "credentials", ".", "getSecretKey", "(", ")", ")", ";", "}", "throw", "new", "RuntimeException", "(", "storageProviderType", "+", "\" is not a supported storage provider type\"", ")", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "StorageProvider" ]

[ "private", "Watcher", "wrapWatcher", "(", "final", "Watcher", "watcher", ")", "{", "if", "(", "watcher", "==", "null", ")", "{", "return", "null", ";", "}", "return", "new", "Watcher", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "void", "process", "(", "final", "WatchedEvent", "event", ")", "{", "if", "(", "eventExecutor", ".", "isShutdown", "(", ")", ")", "{", "LOG", ".", "debug", "(", "\"Already shutdown. Discarding event: {}\"", ",", "event", ")", ";", "return", ";", "}", "eventExecutor", ".", "execute", "(", "new", "Runnable", "(", ")", "{", "@", "Override", "public", "void", "run", "(", ")", "{", "try", "{", "watcher", ".", "process", "(", "event", ")", ";", "}", "catch", "(", "Throwable", "t", ")", "{", "LOG", ".", "error", "(", "\"Watcher throws exception.\"", ",", "t", ")", ";", "}", "}", "}", ")", ";", "}", "}", ";", "}" ]

[ "Wraps", "the", "given", "watcher", "to", "be", "called", "from", "the", "event", "executor", "." ]

[ "private", "Multimap", "<", "String", ",", "byte", "[", "]", ">", "copyAuthInfo", "(", "Multimap", "<", "String", ",", "byte", "[", "]", ">", "authInfos", ")", "{", "Multimap", "<", "String", ",", "byte", "[", "]", ">", "result", "=", "ArrayListMultimap", ".", "create", "(", ")", ";", "for", "(", "Map", ".", "Entry", "<", "String", ",", "byte", "[", "]", ">", "entry", ":", "authInfos", ".", "entries", "(", ")", ")", "{", "byte", "[", "]", "info", "=", "entry", ".", "getValue", "(", ")", ";", "result", ".", "put", "(", "entry", ".", "getKey", "(", ")", ",", "info", "==", "null", "?", "null", ":", "Arrays", ".", "copyOf", "(", "info", ",", "info", ".", "length", ")", ")", ";", "}", "return", "result", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "deep", "copy", "of", "the", "given", "authInfos", "multimap", "." ]

[ "private", "ZooKeeper", "createZooKeeper", "(", ")", "throws", "IOException", "{", "ZooKeeper", "zk", "=", "new", "ZooKeeper", "(", "zkStr", ",", "sessionTimeout", ",", "wrapWatcher", "(", "this", ")", ")", ";", "for", "(", "Map", ".", "Entry", "<", "String", ",", "byte", "[", "]", ">", "authInfo", ":", "authInfos", ".", "entries", "(", ")", ")", "{", "zk", ".", "addAuthInfo", "(", "authInfo", ".", "getKey", "(", ")", ",", "authInfo", ".", "getValue", "(", ")", ")", ";", "}", "return", "zk", ";", "}" ]

[ "Creates", "a", "new", "ZooKeeper", "connection", "." ]

[ "public", "void", "recoverFileLease", "(", "final", "FileSystem", "fs", ",", "final", "Path", "p", ",", "Configuration", "conf", ")", "throws", "IOException", "{", "// lease recovery not needed for local file system case.", "if", "(", "!", "(", "fs", "instanceof", "DistributedFileSystem", ")", ")", "{", "return", ";", "}", "recoverDFSFileLease", "(", "(", "DistributedFileSystem", ")", "fs", ",", "p", ",", "conf", ")", ";", "}" ]

[ "Recover", "the", "lease", "from", "HDFS", "retrying", "multiple", "times", "." ]

[ "boolean", "recoverLease", "(", "final", "DistributedFileSystem", "dfs", ",", "final", "int", "nbAttempt", ",", "final", "Path", "p", ",", "final", "long", "startWaiting", ")", "throws", "FileNotFoundException", "{", "boolean", "recovered", "=", "false", ";", "try", "{", "recovered", "=", "dfs", ".", "recoverLease", "(", "p", ")", ";", "LOG", ".", "info", "(", "\"recoverLease=\"", "+", "recovered", "+", "\", \"", "+", "getLogMessageDetail", "(", "nbAttempt", ",", "p", ",", "startWaiting", ")", ")", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "if", "(", "e", "instanceof", "LeaseExpiredException", "&&", "e", ".", "getMessage", "(", ")", ".", "contains", "(", "\"File does not exist\"", ")", ")", "{", "// This exception comes out instead of FNFE, fix it", "throw", "new", "FileNotFoundException", "(", "\"The given file wasn't found at \"", "+", "p", ")", ";", "}", "else", "if", "(", "e", "instanceof", "FileNotFoundException", ")", "{", "throw", "(", "FileNotFoundException", ")", "e", ";", "}", "LOG", ".", "warn", "(", "getLogMessageDetail", "(", "nbAttempt", ",", "p", ",", "startWaiting", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "return", "recovered", ";", "}" ]

[ "Try", "to", "recover", "the", "lease", "." ]

[ "private", "boolean", "isFileClosed", "(", "final", "DistributedFileSystem", "dfs", ",", "final", "Method", "m", ",", "final", "Path", "p", ")", "{", "try", "{", "return", "(", "Boolean", ")", "m", ".", "invoke", "(", "dfs", ",", "p", ")", ";", "}", "catch", "(", "SecurityException", "e", ")", "{", "LOG", ".", "warn", "(", "\"No access\"", ",", "e", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "LOG", ".", "warn", "(", "\"Failed invocation for \"", "+", "p", ".", "toString", "(", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "return", "false", ";", "}" ]

[ "Call", "HDFS", "-", "4525", "isFileClosed", "if", "it", "is", "available", "." ]

[ "public", "static", "void", "main", "(", "String", "[", "]", "args", ")", "throws", "Exception", "{", "if", "(", "args", ".", "length", ">", "1", "||", "(", "args", ".", "length", "==", "1", "&&", "!", "\"-v\"", ".", "equals", "(", "args", "[", "0", "]", ")", ")", ")", "{", "System", ".", "out", ".", "println", "(", "\"USAGE: TransactionServiceClient [-v]\"", ")", ";", "}", "boolean", "verbose", "=", "false", ";", "if", "(", "args", ".", "length", "==", "1", "&&", "\"-v\"", ".", "equals", "(", "args", "[", "0", "]", ")", ")", "{", "verbose", "=", "true", ";", "}", "doMain", "(", "verbose", ",", "new", "ConfigurationFactory", "(", ")", ".", "get", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Utility", "to", "be", "used", "for", "basic", "verification", "of", "transaction", "system", "availability", "and", "functioning" ]

[ "private", "<", "T", ">", "T", "execute", "(", "Operation", "<", "T", ">", "operation", ",", "ThriftClientProvider", "provider", ")", "throws", "Exception", "{", "RetryStrategy", "retryStrategy", "=", "retryStrategyProvider", ".", "newRetryStrategy", "(", ")", ";", "while", "(", "true", ")", "{", "// did we get a custom client provider or do we use the default?", "if", "(", "provider", "==", "null", ")", "{", "provider", "=", "this", ".", "clientProvider", ";", "}", "// this will throw a TException if it cannot get a client", "try", "(", "CloseableThriftClient", "closeable", "=", "provider", ".", "getCloseableClient", "(", ")", ")", "{", "// note that this can throw exceptions other than TException", "return", "operation", ".", "execute", "(", "closeable", ".", "getThriftClient", "(", ")", ")", ";", "}", "catch", "(", "TException", "te", ")", "{", "// determine whether we should retry", "boolean", "retry", "=", "retryStrategy", ".", "failOnce", "(", ")", ";", "if", "(", "!", "retry", ")", "{", "// retry strategy is exceeded, throw an operation exception", "String", "message", "=", "\"Thrift error for \"", "+", "operation", "+", "\": \"", "+", "te", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "LOG", ".", "error", "(", "message", ")", ";", "LOG", ".", "debug", "(", "message", ",", "te", ")", ";", "throw", "new", "Exception", "(", "message", ",", "te", ")", ";", "}", "else", "{", "// call retry strategy before retrying", "retryStrategy", ".", "beforeRetry", "(", ")", ";", "String", "msg", "=", "\"Retrying \"", "+", "operation", ".", "getName", "(", ")", "+", "\" after Thrift error: \"", "+", "te", ".", "getMessage", "(", ")", ";", "LOG", ".", "info", "(", "msg", ")", ";", "LOG", ".", "debug", "(", "msg", ",", "te", ")", ";", "}", "}", "}", "}" ]

[ "This", "is", "a", "generic", "method", "implementing", "the", "somewhat", "complex", "execution", "and", "retry", "logic", "for", "operations", "to", "avoid", "repetitive", "code", "." ]

[ "protected", "ReturnCode", "determineReturnCode", "(", "ReturnCode", "txFilterCode", ",", "ReturnCode", "subFilterCode", ")", "{", "// Return the more restrictive of the two filter responses", "switch", "(", "subFilterCode", ")", "{", "case", "INCLUDE", ":", "return", "txFilterCode", ";", "case", "INCLUDE_AND_NEXT_COL", ":", "return", "ReturnCode", ".", "INCLUDE_AND_NEXT_COL", ";", "case", "SKIP", ":", "return", "txFilterCode", "==", "ReturnCode", ".", "INCLUDE", "?", "ReturnCode", ".", "SKIP", ":", "ReturnCode", ".", "NEXT_COL", ";", "default", ":", "return", "subFilterCode", ";", "}", "}" ]

[ "Determines", "the", "return", "code", "of", "TransactionVisibilityFilter", "based", "on", "sub", "-", "filter", "s", "return", "code", ".", "Sub", "-", "filter", "can", "only", "exclude", "cells", "included", "by", "TransactionVisibilityFilter", "i", ".", "e", ".", "sub", "-", "filter", "s", "INCLUDE", "will", "be", "ignored", ".", "This", "behavior", "makes", "sure", "that", "sub", "-", "filter", "only", "sees", "cell", "versions", "valid", "for", "the", "given", "transaction", ".", "If", "sub", "-", "filter", "needs", "to", "see", "older", "versions", "of", "cell", "then", "this", "method", "can", "be", "overridden", "." ]

[ "private", "Scan", "projectFamilyDeletes", "(", "Scan", "scan", ")", "{", "for", "(", "Map", ".", "Entry", "<", "byte", "[", "]", ",", "NavigableSet", "<", "byte", "[", "]", ">", ">", "entry", ":", "scan", ".", "getFamilyMap", "(", ")", ".", "entrySet", "(", ")", ")", "{", "NavigableSet", "<", "byte", "[", "]", ">", "columns", "=", "entry", ".", "getValue", "(", ")", ";", "// wildcard scans will automatically include the delete marker, so only need to add it when we have", "// explicit columns listed", "if", "(", "columns", "!=", "null", "&&", "!", "columns", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "scan", ".", "addColumn", "(", "entry", ".", "getKey", "(", ")", ",", "TxConstants", ".", "FAMILY_DELETE_QUALIFIER", ")", ";", "}", "}", "return", "scan", ";", "}" ]

[ "Ensures", "that", "family", "delete", "markers", "are", "present", "in", "the", "columns", "requested", "for", "any", "scan", "operation", "." ]

[ "private", "Get", "projectFamilyDeletes", "(", "Get", "get", ")", "{", "for", "(", "Map", ".", "Entry", "<", "byte", "[", "]", ",", "NavigableSet", "<", "byte", "[", "]", ">", ">", "entry", ":", "get", ".", "getFamilyMap", "(", ")", ".", "entrySet", "(", ")", ")", "{", "NavigableSet", "<", "byte", "[", "]", ">", "columns", "=", "entry", ".", "getValue", "(", ")", ";", "// wildcard scans will automatically include the delete marker, so only need to add it when we have", "// explicit columns listed", "if", "(", "columns", "!=", "null", "&&", "!", "columns", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "get", ".", "addColumn", "(", "entry", ".", "getKey", "(", ")", ",", "TxConstants", ".", "FAMILY_DELETE_QUALIFIER", ")", ";", "}", "}", "return", "get", ";", "}" ]

[ "Ensures", "that", "family", "delete", "markers", "are", "present", "in", "the", "columns", "requested", "for", "any", "get", "operation", "." ]

[ "protected", "Filter", "getTransactionFilter", "(", "Transaction", "tx", ",", "ScanType", "type", ",", "Filter", "filter", ")", "{", "return", "TransactionFilters", ".", "getVisibilityFilter", "(", "tx", ",", "ttlByFamily", ",", "allowEmptyValues", ",", "type", ",", "filter", ")", ";", "}" ]

[ "Derived", "classes", "can", "override", "this", "method", "to", "customize", "the", "filter", "used", "to", "return", "data", "visible", "for", "the", "current", "transaction", "." ]

[ "public", "boolean", "addTransactionAware", "(", "TransactionAware", "txAware", ")", "{", "// If the txAware is newly added, call startTx as well if there is an active transaction", "boolean", "added", "=", "txAwares", ".", "add", "(", "txAware", ")", ";", "if", "(", "added", "&&", "currentTx", "!=", "null", ")", "{", "txAware", ".", "startTx", "(", "currentTx", ")", ";", "}", "return", "added", ";", "}" ]

[ "Adds", "a", "new", "transaction", "-", "aware", "to", "participate", "in", "the", "transaction", "." ]

[ "public", "void", "abort", "(", "TransactionFailureException", "cause", ")", "throws", "TransactionFailureException", "{", "if", "(", "currentTx", "==", "null", ")", "{", "// might be called by some generic exception handler even though already aborted/finished - we allow that", "return", ";", "}", "try", "{", "boolean", "success", "=", "true", ";", "for", "(", "TransactionAware", "txAware", ":", "txAwares", ")", "{", "try", "{", "if", "(", "!", "txAware", ".", "rollbackTx", "(", ")", ")", "{", "success", "=", "false", ";", "}", "}", "catch", "(", "Throwable", "e", ")", "{", "String", "message", "=", "String", ".", "format", "(", "\"Unable to roll back changes in transaction-aware '%s' for transaction %d. \"", ",", "txAware", ".", "getTransactionAwareName", "(", ")", ",", "currentTx", ".", "getTransactionId", "(", ")", ")", ";", "LOG", ".", "warn", "(", "message", ",", "e", ")", ";", "if", "(", "cause", "==", "null", ")", "{", "cause", "=", "new", "TransactionFailureException", "(", "message", ",", "e", ")", ";", "}", "success", "=", "false", ";", "}", "}", "if", "(", "success", ")", "{", "txClient", ".", "abort", "(", "currentTx", ")", ";", "}", "else", "{", "txClient", ".", "invalidate", "(", "currentTx", ".", "getTransactionId", "(", ")", ")", ";", "}", "if", "(", "cause", "!=", "null", ")", "{", "throw", "cause", ";", "}", "}", "finally", "{", "currentTx", "=", "null", ";", "}", "}" ]

[ "Aborts", "the", "given", "transaction", "and", "rolls", "back", "all", "data", "set", "changes", ".", "If", "rollback", "fails", "the", "transaction", "is", "invalidated", ".", "If", "an", "exception", "is", "caught", "during", "rollback", "the", "exception", "is", "rethrown", "wrapped", "into", "a", "TransactionFailureException", "after", "all", "remaining", "TransactionAwares", "have", "completed", "rollback", ".", "If", "an", "existing", "exception", "is", "passed", "in", "that", "exception", "is", "thrown", "in", "either", "case", "whether", "the", "rollback", "is", "successful", "or", "not", ".", "In", "other", "words", "this", "method", "always", "throws", "the", "first", "exception", "that", "it", "encounters", "." ]

[ "private", "void", "initDiscovery", "(", ")", "{", "if", "(", "discoveryServiceClient", "==", "null", ")", "{", "LOG", ".", "info", "(", "\"No DiscoveryServiceClient provided. Skipping service discovery.\"", ")", ";", "return", ";", "}", "endpointStrategy", "=", "new", "TimeLimitEndpointStrategy", "(", "new", "RandomEndpointStrategy", "(", "discoveryServiceClient", ".", "discover", "(", "configuration", ".", "get", "(", "TxConstants", ".", "Service", ".", "CFG_DATA_TX_DISCOVERY_SERVICE_NAME", ",", "TxConstants", ".", "Service", ".", "DEFAULT_DATA_TX_DISCOVERY_SERVICE_NAME", ")", ")", ")", ",", "2", ",", "TimeUnit", ".", "SECONDS", ")", ";", "}" ]

[ "Initialize", "the", "service", "discovery", "client", "we", "will", "reuse", "that", "every", "time", "we", "need", "to", "create", "a", "new", "client", "." ]

[ "public", "static", "FenceWait", "prepareWait", "(", "byte", "[", "]", "fenceId", ",", "TransactionSystemClient", "txClient", ")", "throws", "TransactionFailureException", ",", "InterruptedException", ",", "TimeoutException", "{", "return", "new", "DefaultFenceWait", "(", "new", "TransactionContext", "(", "txClient", ",", "new", "WriteFence", "(", "fenceId", ")", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Used", "by", "a", "writer", "to", "wait", "on", "a", "fence", "so", "that", "changes", "are", "visible", "to", "all", "readers", "with", "in", "-", "progress", "transactions", "." ]

[ "@", "VisibleForTesting", "static", "void", "encode", "(", "TransactionEdit", "src", ",", "DataOutput", "out", ",", "TransactionEditCodec", "codec", ")", "throws", "IOException", "{", "out", ".", "writeByte", "(", "codec", ".", "getVersion", "(", ")", ")", ";", "codec", ".", "encode", "(", "src", ",", "out", ")", ";", "}" ]

[ "Encodes", "the", "given", "transaction", "edit", "using", "a", "specific", "codec", ".", "Note", "that", "this", "is", "only", "exposed", "for", "use", "by", "tests", "." ]

[ "private", "void", "initialize", "(", "Configuration", "configuration", ")", "{", "String", "[", "]", "codecClassNames", "=", "configuration", ".", "getTrimmedStrings", "(", "TxConstants", ".", "Persist", ".", "CFG_TX_SNAPHOT_CODEC_CLASSES", ")", ";", "List", "<", "Class", ">", "codecClasses", "=", "Lists", ".", "newArrayList", "(", ")", ";", "if", "(", "codecClassNames", "!=", "null", ")", "{", "for", "(", "String", "clsName", ":", "codecClassNames", ")", "{", "try", "{", "codecClasses", ".", "add", "(", "Class", ".", "forName", "(", "clsName", ")", ")", ";", "}", "catch", "(", "ClassNotFoundException", "cnfe", ")", "{", "LOG", ".", "warn", "(", "\"Unable to load class configured for \"", "+", "TxConstants", ".", "Persist", ".", "CFG_TX_SNAPHOT_CODEC_CLASSES", "+", "\": \"", "+", "clsName", ",", "cnfe", ")", ";", "}", "}", "}", "if", "(", "codecClasses", ".", "size", "(", ")", "==", "0", ")", "{", "codecClasses", ".", "addAll", "(", "Arrays", ".", "asList", "(", "TxConstants", ".", "Persist", ".", "DEFAULT_TX_SNAPHOT_CODEC_CLASSES", ")", ")", ";", "}", "for", "(", "Class", "<", "?", ">", "codecClass", ":", "codecClasses", ")", "{", "try", "{", "SnapshotCodec", "codec", "=", "(", "SnapshotCodec", ")", "(", "codecClass", ".", "newInstance", "(", ")", ")", ";", "codecs", ".", "put", "(", "codec", ".", "getVersion", "(", ")", ",", "codec", ")", ";", "LOG", ".", "debug", "(", "\"Using snapshot codec {} for snapshots of version {}\"", ",", "codecClass", ".", "getName", "(", ")", ",", "codec", ".", "getVersion", "(", ")", ")", ";", "}", "catch", "(", "Exception", "e", ")", "{", "LOG", ".", "warn", "(", "\"Error instantiating snapshot codec {}. Skipping.\"", ",", "codecClass", ".", "getName", "(", ")", ",", "e", ")", ";", "}", "}", "}" ]

[ "Register", "all", "codec", "specified", "in", "the", "configuration", "with", "this", "provider", ".", "There", "can", "only", "be", "one", "codec", "for", "a", "given", "version", "." ]

[ "private", "SnapshotCodec", "getCurrentCodec", "(", ")", "{", "if", "(", "codecs", ".", "isEmpty", "(", ")", ")", "{", "throw", "new", "IllegalStateException", "(", "String", ".", "format", "(", "\"No codecs are registered.\"", ")", ")", ";", "}", "return", "codecs", ".", "get", "(", "codecs", ".", "lastKey", "(", ")", ")", ";", "}" ]

[ "Retrieve", "the", "current", "snapshot", "codec", "that", "is", "the", "codec", "with", "the", "highest", "known", "version", "." ]

[ "private", "SnapshotCodec", "getCodec", "(", "InputStream", "in", ")", "{", "BinaryDecoder", "decoder", "=", "new", "BinaryDecoder", "(", "in", ")", ";", "int", "persistedVersion", ";", "try", "{", "persistedVersion", "=", "decoder", ".", "readInt", "(", ")", ";", "}", "catch", "(", "IOException", "e", ")", "{", "LOG", ".", "error", "(", "\"Unable to read transaction state version: \"", ",", "e", ")", ";", "throw", "Throwables", ".", "propagate", "(", "e", ")", ";", "}", "return", "getCodecForVersion", "(", "persistedVersion", ")", ";", "}" ]

[ "Return", "the", "appropriate", "codec", "for", "the", "version", "in", "InputStream" ]

[ "private", "List", "<", "Entry", ">", "getPendingWrites", "(", ")", "{", "synchronized", "(", "this", ")", "{", "List", "<", "Entry", ">", "save", "=", "this", ".", "pendingWrites", ";", "this", ".", "pendingWrites", "=", "new", "LinkedList", "<>", "(", ")", ";", "return", "save", ";", "}", "}" ]

[ "will", "accumulate", "in", "a", "new", "list", "." ]

[ "public", "static", "long", "getMaxVisibleTimestamp", "(", "Transaction", "tx", ")", "{", "// NOTE: +1 here because we want read up to writepointer inclusive, but timerange's end is exclusive", "// however, we also need to guard against overflow in the case write pointer is set to MAX_VALUE", "return", "tx", ".", "getWritePointer", "(", ")", "<", "Long", ".", "MAX_VALUE", "?", "tx", ".", "getWritePointer", "(", ")", "+", "1", ":", "tx", ".", "getWritePointer", "(", ")", ";", "}" ]

[ "Returns", "the", "maximum", "timestamp", "to", "use", "for", "time", "-", "range", "operations", "based", "on", "the", "given", "transaction", "." ]

[ "private", "static", "long", "getMaxTTL", "(", "Map", "<", "byte", "[", "]", ",", "Long", ">", "ttlByFamily", ")", "{", "long", "maxTTL", "=", "0", ";", "for", "(", "Long", "familyTTL", ":", "ttlByFamily", ".", "values", "(", ")", ")", "{", "maxTTL", "=", "Math", ".", "max", "(", "familyTTL", "<=", "0", "?", "Long", ".", "MAX_VALUE", ":", "familyTTL", ",", "maxTTL", ")", ";", "}", "return", "maxTTL", "==", "0", "?", "Long", ".", "MAX_VALUE", ":", "maxTTL", ";", "}" ]

[ "Returns", "the", "max", "TTL", "for", "the", "given", "TTL", "values", ".", "Returns", "Long", ".", "MAX_VALUE", "if", "any", "of", "the", "column", "families", "has", "no", "TTL", "set", "." ]