Datasets:

CM

/

codexglue_code2text_python

like 7

[ "def", "compose_tree_path", "(", "tree", ",", "issn", "=", "False", ")", ":", "if", "issn", ":", "return", "join", "(", "\"/\"", ",", "ISSN_DOWNLOAD_KEY", ",", "basename", "(", "tree", ".", "issn", ")", ")", "return", "join", "(", "\"/\"", ",", "PATH_DOWNLOAD_KEY", ",", "quote_plus", "(", "tree", ".", "path", ")", ".", "replace", "(", "\"%2F\"", ",", "\"/\"", ")", ",", ")" ]

[ "Compose", "absolute", "path", "for", "given", "tree", "." ]

[ "def", "compose_full_url", "(", "pub", ",", "uuid_url", "=", "False", ")", ":", "url", "=", "compose_path", "(", "pub", ",", "uuid_url", ")", "if", "WEB_PORT", "==", "80", ":", "return", "\"%s://%s%s\"", "%", "(", "_PROTOCOL", ",", "WEB_ADDR", ",", "url", ")", "return", "\"%s://%s:%d%s\"", "%", "(", "_PROTOCOL", ",", "WEB_ADDR", ",", "WEB_PORT", ",", "url", ")" ]

[ "Compose", "full", "url", "for", "given", "pub", "with", "protocol", "server", "s", "address", "and", "port", "." ]

[ "def", "compose_tree_url", "(", "tree", ",", "issn_url", "=", "False", ")", ":", "url", "=", "compose_tree_path", "(", "tree", ",", "issn_url", ")", "if", "WEB_PORT", "==", "80", ":", "return", "\"%s://%s%s\"", "%", "(", "_PROTOCOL", ",", "WEB_ADDR", ",", "url", ")", "return", "\"%s://%s:%d%s\"", "%", "(", "_PROTOCOL", ",", "WEB_ADDR", ",", "WEB_PORT", ",", "url", ")" ]

[ "Compose", "full", "url", "for", "given", "tree", "with", "protocol", "server", "s", "address", "and", "port", "." ]

[ "def", "profile", "(", "func", ")", ":", "@", "inlineCallbacks", "def", "callme", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "start", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "ret", "=", "yield", "func", "(", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "time_to_execute", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "-", "start", "log", ".", "msg", "(", "'%s executed in %.3f seconds'", "%", "(", "func", ".", "__name__", ",", "time_to_execute", ")", ")", "returnValue", "(", "ret", ")", "return", "callme" ]

[ "Simple", "profile", "decorator", "monitors", "method", "execution", "time" ]

[ "def", "prepareClasses", "(", "locals", ")", ":", "for", "(", "name", ",", "forgetter", ")", "in", "locals", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "not", "(", "type", "(", "forgetter", ")", "is", "types", ".", "TypeType", "and", "issubclass", "(", "forgetter", ",", "Forgetter", ")", ")", ":", "# Only care about Forgetter objects", "continue", "# Resolve classes", "for", "(", "key", ",", "userclass", ")", "in", "forgetter", ".", "_userClasses", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "type", "(", "userclass", ")", "is", "types", ".", "StringType", ":", "# resolve from locals", "resolved", "=", "locals", "[", "userclass", "]", "forgetter", ".", "_userClasses", "[", "key", "]", "=", "resolved", "forgetter", ".", "_tables", "=", "{", "}", "# Update all fields with proper names", "for", "(", "field", ",", "sqlfield", ")", "in", "forgetter", ".", "_sqlFields", ".", "items", "(", ")", ":", "forgetter", ".", "_sqlFields", "[", "field", "]", "=", "forgetter", ".", "_checkTable", "(", "sqlfield", ")", "newLinks", "=", "[", "]", "for", "linkpair", "in", "forgetter", ".", "_sqlLinks", ":", "(", "link1", ",", "link2", ")", "=", "linkpair", "link1", "=", "forgetter", ".", "_checkTable", "(", "link1", ")", "link2", "=", "forgetter", ".", "_checkTable", "(", "link2", ")", "newLinks", ".", "append", "(", "(", "link1", ",", "link2", ")", ")", "forgetter", ".", "_sqlLinks", "=", "newLinks", "forgetter", ".", "_prepared", "=", "True" ]

[ "Fix", "_userClasses", "and", "some", "stuff", "in", "classes", "." ]

[ "def", "_setID", "(", "self", ",", "id", ")", ":", "if", "type", "(", "id", ")", "in", "(", "types", ".", "ListType", ",", "types", ".", "TupleType", ")", ":", "try", ":", "for", "key", "in", "self", ".", "_sqlPrimary", ":", "value", "=", "id", "[", "0", "]", "self", ".", "__dict__", "[", "key", "]", "=", "value", "id", "=", "id", "[", "1", ":", "]", "# rest, go revursive", "except", "IndexError", ":", "raise", "'Not enough id fields, required: %s'", "%", "len", "(", "self", ".", "_sqlPrimary", ")", "elif", "len", "(", "self", ".", "_sqlPrimary", ")", "<=", "1", ":", "# It's a simple value", "key", "=", "self", ".", "_sqlPrimary", "[", "0", "]", "self", ".", "__dict__", "[", "key", "]", "=", "id", "else", ":", "raise", "'Not enough id fields, required: %s'", "%", "len", "(", "self", ".", "_sqlPrimary", ")", "self", ".", "_new", "=", "False" ]

[ "Set", "the", "ID", "ie", ".", "the", "values", "for", "primary", "keys", "." ]

[ "def", "_getID", "(", "self", ")", ":", "id", "=", "[", "]", "for", "key", "in", "self", ".", "_sqlPrimary", ":", "value", "=", "self", ".", "__dict__", "[", "key", "]", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "Forgetter", ")", ":", "# It's another object, we store only the ID", "if", "value", ".", "_new", ":", "# It's a new object too, it must be saved!", "value", ".", "save", "(", ")", "try", ":", "(", "value", ",", ")", "=", "value", ".", "_getID", "(", ")", "except", ":", "raise", "\"Unsupported: Part %s of %s primary key is a reference to %s, with multiple-primary-key %s \"", "%", "(", "key", ",", "self", ".", "__class__", ",", "value", ".", "__class__", ",", "value", ")", "id", ".", "append", "(", "value", ")", "return", "id" ]

[ "Get", "the", "ID", "values", "as", "a", "tuple", "annotated", "by", "sqlPrimary" ]

[ "def", "_resetID", "(", "self", ")", ":", "# Dirty.. .=))", "self", ".", "_setID", "(", "(", "None", ",", ")", "*", "len", "(", "self", ".", "_sqlPrimary", ")", ")", "self", ".", "_new", "=", "True" ]

[ "Reset", "all", "ID", "fields", "." ]

[ "def", "_checkTable", "(", "cls", ",", "field", ")", ":", "# Get table part", "try", ":", "(", "table", ",", "field", ")", "=", "field", ".", "split", "(", "'.'", ")", "except", "ValueError", ":", "table", "=", "cls", ".", "_sqlTable", "# clean away white space", "table", "=", "table", ".", "strip", "(", ")", "field", "=", "field", ".", "strip", "(", ")", "# register table", "cls", ".", "_tables", "[", "table", "]", "=", "None", "# and return in proper shape", "return", "table", "+", "'.'", "+", "field" ]

[ "Split", "a", "field", "from", "_sqlFields", "into", "table", "column", "." ]

[ "def", "reset", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "_resetID", "(", ")", "self", ".", "_new", "=", "None", "self", ".", "_updated", "=", "None", "self", ".", "_changed", "=", "None", "self", ".", "_values", "=", "{", "}", "# initially create fields", "for", "field", "in", "self", ".", "_sqlFields", ".", "keys", "(", ")", ":", "self", ".", "_values", "[", "field", "]", "=", "None" ]

[ "Reset", "all", "fields", "almost", "like", "creating", "a", "new", "object", "." ]

[ "def", "load", "(", "self", ",", "id", "=", "None", ")", ":", "if", "id", "is", "not", "None", ":", "# We are asked to change our ID to something else", "self", ".", "reset", "(", ")", "self", ".", "_setID", "(", "id", ")", "if", "not", "self", ".", "_new", "and", "self", ".", "_validID", "(", ")", ":", "self", ".", "_loadDB", "(", ")", "self", ".", "_updated", "=", "time", ".", "time", "(", ")" ]

[ "Load", "from", "database", ".", "Old", "values", "will", "be", "discarded", "." ]

[ "def", "save", "(", "self", ")", ":", "if", "(", "self", ".", "_new", "or", "(", "self", ".", "_validID", "(", ")", "and", "self", ".", "_changed", ")", "or", "(", "self", ".", "_updated", "and", "self", ".", "_changed", ">", "self", ".", "_updated", ")", ")", ":", "# Don't save if we have not loaded existing data!", "self", ".", "_saveDB", "(", ")", "return", "True", "return", "False" ]

[ "Save", "to", "database", "if", "anything", "has", "changed", "since", "last", "load" ]

[ "def", "delete", "(", "self", ")", ":", "(", "sql", ",", ")", "=", "self", ".", "_prepareSQL", "(", "\"DELETE\"", ")", "curs", "=", "self", ".", "cursor", "(", ")", "curs", ".", "execute", "(", "sql", ",", "self", ".", "_getID", "(", ")", ")", "curs", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "reset", "(", ")" ]

[ "Mark", "this", "object", "for", "deletion", "in", "the", "database", "." ]

[ "def", "_nextSequence", "(", "cls", ",", "name", "=", "None", ")", ":", "if", "not", "name", ":", "name", "=", "cls", ".", "_sqlSequence", "if", "not", "name", ":", "# Assume it's tablename_primarykey_seq", "if", "len", "(", "cls", ".", "_sqlPrimary", ")", "<>", "1", ":", "raise", "\"Could not guess sequence name for multi-primary-key\"", "primary", "=", "cls", ".", "_sqlPrimary", "[", "0", "]", "name", "=", "'%s_%s_seq'", "%", "(", "cls", ".", "_sqlTable", ",", "primary", ".", "replace", "(", "'.'", ",", "'_'", ")", ")", "# Don't have . as a tablename or column name! =)", "curs", "=", "cls", ".", "cursor", "(", ")", "curs", ".", "execute", "(", "\"SELECT nextval('%s')\"", "%", "name", ")", "value", "=", "curs", ".", "fetchone", "(", ")", "[", "0", "]", "curs", ".", "close", "(", ")", "return", "value" ]

[ "Return", "a", "new", "sequence", "number", "for", "insertion", "in", "self", ".", "_sqlTable", "." ]

[ "def", "_loadFromRow", "(", "self", ",", "result", ",", "fields", ",", "cursor", ")", ":", "position", "=", "0", "for", "elem", "in", "fields", ":", "value", "=", "result", "[", "position", "]", "valueType", "=", "cursor", ".", "description", "[", "position", "]", "[", "1", "]", "if", "hasattr", "(", "self", ".", "_dbModule", ",", "'BOOLEAN'", ")", "and", "valueType", "==", "self", ".", "_dbModule", ".", "BOOLEAN", "and", "(", "value", "is", "not", "True", "or", "value", "is", "not", "False", ")", ":", "# convert to a python boolean", "value", "=", "value", "and", "True", "or", "False", "if", "value", "and", "self", ".", "_userClasses", ".", "has_key", "(", "elem", ")", ":", "userClass", "=", "self", ".", "_userClasses", "[", "elem", "]", "# create an instance", "value", "=", "userClass", "(", "value", ")", "self", ".", "_values", "[", "elem", "]", "=", "value", "position", "+=", "1" ]

[ "Load", "from", "a", "database", "row", "described", "by", "fields", "." ]

[ "def", "_loadDB", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "_validID", "(", ")", ":", "raise", "NotFound", ",", "self", ".", "_getID", "(", ")", "(", "sql", ",", "fields", ")", "=", "self", ".", "_prepareSQL", "(", "\"SELECT\"", ")", "curs", "=", "self", ".", "cursor", "(", ")", "curs", ".", "execute", "(", "sql", ",", "self", ".", "_getID", "(", ")", ")", "result", "=", "curs", ".", "fetchone", "(", ")", "if", "not", "result", ":", "curs", ".", "close", "(", ")", "raise", "NotFound", ",", "self", ".", "_getID", "(", ")", "self", ".", "_loadFromRow", "(", "result", ",", "fields", ",", "curs", ")", "curs", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "_updated", "=", "time", ".", "time", "(", ")" ]

[ "Connect", "to", "the", "database", "to", "load", "myself" ]

[ "def", "_saveDB", "(", "self", ")", ":", "# We're a \"fresh\" copy now", "self", ".", "_updated", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "if", "self", ".", "_new", ":", "operation", "=", "'INSERT'", "if", "not", "self", ".", "_validID", "(", ")", ":", "self", ".", "_setID", "(", "self", ".", "_nextSequence", "(", ")", ")", "# Note that we assign this ID to our self", "# BEFORE possibly saving any of our attribute", "# objects that might be new as well. This means", "# that they might have references to us, as long", "# as the database does not require our existence", "# yet.", "#", "# Since mysql does not have Sequences, this will", "# not work as smoothly there. See class", "# MysqlForgetter below.", "else", ":", "operation", "=", "'UPDATE'", "(", "sql", ",", "fields", ")", "=", "self", ".", "_prepareSQL", "(", "operation", ")", "values", "=", "[", "]", "for", "field", "in", "fields", ":", "value", "=", "getattr", "(", "self", ",", "field", ")", "# First some dirty datatype hacks", "if", "DateTime", "and", "type", "(", "value", ")", "==", "DateTime", ".", "DateTimeType", ":", "# stupid psycopg does not support it's own return type..", "# lovely..", "value", "=", "str", "(", "value", ")", "if", "DateTime", "and", "type", "(", "value", ")", "==", "DateTime", ".", "DateTimeDeltaType", ":", "# Format delta as days, hours, minutes seconds", "# NOTE: includes value.second directly to get the", "# whole floating number", "value", "=", "value", ".", "strftime", "(", "\"%d %H:%M:\"", ")", "+", "str", "(", "value", ".", "second", ")", "if", "value", "is", "True", "or", "value", "is", "False", ":", "# We must store booleans as 't' and 'f' ...", "value", "=", "value", "and", "'t'", "or", "'f'", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "Forgetter", ")", ":", "# It's another object, we store only the ID", "if", "value", ".", "_new", ":", "# It's a new object too, it must be saved!", "value", ".", "save", "(", ")", "try", ":", "(", "value", ",", ")", "=", "value", ".", "_getID", "(", ")", "except", ":", "raise", "\"Unsupported: Can't reference multiple-primary-key: %s\"", "%", "value", "values", ".", "append", "(", "value", ")", "cursor", "=", "self", ".", "cursor", "(", ")", "cursor", ".", "execute", "(", "sql", ",", "values", ")", "# cursor.commit()", "cursor", ".", "close", "(", ")", "self", ".", "_new", "=", "False", "self", ".", "_changed", "=", "None" ]

[ "Insert", "or", "update", "into", "the", "database", "." ]

[ "def", "getAll", "(", "cls", ",", "where", "=", "None", ",", "orderBy", "=", "None", ")", ":", "ids", "=", "cls", ".", "getAllIDs", "(", "where", ",", "orderBy", "=", "orderBy", ")", "# Instansiate a lot of them", "if", "len", "(", "cls", ".", "_sqlPrimary", ")", ">", "1", ":", "return", "[", "cls", "(", "*", "id", ")", "for", "id", "in", "ids", "]", "else", ":", "return", "[", "cls", "(", "id", ")", "for", "id", "in", "ids", "]" ]

[ "Retrieve", "all", "the", "objects", "." ]

[ "def", "getAllIterator", "(", "cls", ",", "where", "=", "None", ",", "buffer", "=", "100", ",", "useObject", "=", "None", ",", "orderBy", "=", "None", ")", ":", "(", "sql", ",", "fields", ")", "=", "cls", ".", "_prepareSQL", "(", "\"SELECTALL\"", ",", "where", ",", "orderBy", "=", "orderBy", ")", "curs", "=", "cls", ".", "cursor", "(", ")", "fetchedAt", "=", "time", ".", "time", "(", ")", "curs", ".", "execute", "(", "sql", ")", "# We might start eating memory at this point", "def", "getNext", "(", "rows", "=", "[", "]", ")", ":", "forgetter", "=", "cls", "if", "not", "rows", ":", "rows", "+=", "curs", ".", "fetchmany", "(", "buffer", ")", "if", "not", "rows", ":", "curs", ".", "close", "(", ")", "return", "None", "row", "=", "rows", "[", "0", "]", "del", "rows", "[", "0", "]", "try", ":", "idPositions", "=", "[", "fields", ".", "index", "(", "key", ")", "for", "key", "in", "cls", ".", "_sqlPrimary", "]", "except", "ValueError", ":", "raise", "\"Bad sqlPrimary, should be a list or tuple: %s\"", "%", "cls", ".", "_sqlPrimary", "ids", "=", "[", "row", "[", "pos", "]", "for", "pos", "in", "idPositions", "]", "if", "useObject", ":", "result", "=", "useObject", "result", ".", "reset", "(", ")", "result", ".", "_setID", "(", "ids", ")", "else", ":", "result", "=", "forgetter", "(", "*", "ids", ")", "result", ".", "_loadFromRow", "(", "row", ",", "fields", ",", "curs", ")", "result", ".", "_updated", "=", "fetchedAt", "return", "result", "return", "iter", "(", "getNext", ",", "None", ")" ]

[ "Retrieve", "every", "object", "as", "an", "iterator", "." ]

[ "def", "getAllIDs", "(", "cls", ",", "where", "=", "None", ",", "orderBy", "=", "None", ")", ":", "(", "sql", ",", "fields", ")", "=", "cls", ".", "_prepareSQL", "(", "\"SELECTALL\"", ",", "where", ",", "cls", ".", "_sqlPrimary", ",", "orderBy", "=", "orderBy", ")", "curs", "=", "cls", ".", "cursor", "(", ")", "curs", ".", "execute", "(", "sql", ")", "# We might start eating memory at this point", "rows", "=", "curs", ".", "fetchall", "(", ")", "curs", ".", "close", "(", ")", "result", "=", "[", "]", "idPositions", "=", "[", "fields", ".", "index", "(", "key", ")", "for", "key", "in", "cls", ".", "_sqlPrimary", "]", "for", "row", "in", "rows", ":", "ids", "=", "[", "row", "[", "pos", "]", "for", "pos", "in", "idPositions", "]", "if", "len", "(", "idPositions", ")", ">", "1", ":", "ids", "=", "tuple", "(", "ids", ")", "else", ":", "ids", "=", "ids", "[", "0", "]", "result", ".", "append", "(", "(", "ids", ")", ")", "return", "result" ]

[ "Retrive", "all", "the", "IDs", "possibly", "matching", "the", "where", "clauses", "." ]

[ "def", "getAllText", "(", "cls", ",", "where", "=", "None", ",", "SEPERATOR", "=", "' '", ",", "orderBy", "=", "None", ")", ":", "(", "sql", ",", "fields", ")", "=", "cls", ".", "_prepareSQL", "(", "\"SELECTALL\"", ",", "where", ",", "orderBy", "=", "orderBy", ")", "curs", "=", "cls", ".", "cursor", "(", ")", "curs", ".", "execute", "(", "sql", ")", "# We might start eating memory at this point", "rows", "=", "curs", ".", "fetchall", "(", ")", "curs", ".", "close", "(", ")", "result", "=", "[", "]", "idPositions", "=", "[", "fields", ".", "index", "(", "key", ")", "for", "key", "in", "cls", ".", "_sqlPrimary", "]", "shortPos", "=", "[", "fields", ".", "index", "(", "short", ")", "for", "short", "in", "cls", ".", "_shortView", "]", "for", "row", "in", "rows", ":", "ids", "=", "[", "row", "[", "pos", "]", "for", "pos", "in", "idPositions", "]", "if", "len", "(", "idPositions", ")", ">", "1", ":", "ids", "=", "tuple", "(", "ids", ")", "else", ":", "ids", "=", "ids", "[", "0", "]", "text", "=", "SEPERATOR", ".", "join", "(", "[", "str", "(", "row", "[", "pos", "]", ")", "for", "pos", "in", "shortPos", "]", ")", "result", ".", "append", "(", "(", "ids", ",", "text", ")", ")", "return", "result" ]

[ "Retrieve", "a", "list", "of", "of", "all", "possible", "instances", "of", "this", "class", "." ]

[ "def", "getChildren", "(", "self", ",", "forgetter", ",", "field", "=", "None", ",", "where", "=", "None", ",", "orderBy", "=", "None", ")", ":", "if", "type", "(", "where", ")", "in", "(", "types", ".", "StringType", ",", "types", ".", "UnicodeType", ")", ":", "where", "=", "(", "where", ",", ")", "if", "not", "field", ":", "for", "(", "i_field", ",", "i_class", ")", "in", "forgetter", ".", "_userClasses", ".", "items", "(", ")", ":", "if", "isinstance", "(", "self", ",", "i_class", ")", ":", "field", "=", "i_field", "break", "# first one found is ok :=)", "if", "not", "field", ":", "raise", "\"No field found, check forgetter's _userClasses\"", "sqlname", "=", "forgetter", ".", "_sqlFields", "[", "field", "]", "myID", "=", "self", ".", "_getID", "(", ")", "[", "0", "]", "# assuming single-primary !", "whereList", "=", "[", "\"%s='%s'\"", "%", "(", "sqlname", ",", "myID", ")", "]", "if", "where", ":", "whereList", ".", "extend", "(", "where", ")", "return", "forgetter", ".", "getAll", "(", "whereList", ",", "orderBy", "=", "orderBy", ")" ]

[ "Return", "the", "children", "that", "links", "to", "me", "." ]

[ "def", "hide_address", "(", "func", ")", ":", "@", "wraps", "(", "func", ")", "def", "_impl", "(", "self", ",", "instance", ")", ":", "# We pop address field to avoid AttributeError on default Serializer.to_representation", "if", "instance", ".", "hidden_address", ":", "for", "i", ",", "field", "in", "enumerate", "(", "self", ".", "_readable_fields", ")", ":", "if", "field", ".", "field_name", "==", "\"address\"", ":", "address", "=", "self", ".", "_readable_fields", ".", "pop", "(", "i", ")", "ret", "=", "func", "(", "self", ",", "instance", ")", "self", ".", "_readable_fields", ".", "insert", "(", "i", ",", "address", ")", "# Put address back", "request", "=", "self", ".", "context", "[", "\"request\"", "]", "# Check if user is organization member", "is_organization_member", "=", "False", "try", ":", "if", "instance", ".", "organization", "is", "not", "None", ":", "is_organization_member", "=", "(", "request", ".", "user", "in", "instance", ".", "organization", ".", "members", ".", "all", "(", ")", ")", "except", "Organization", ".", "DoesNotExist", ":", "# pragma: no cover", "pass", "# Add address representation", "if", "request", ".", "user", "==", "instance", ".", "owner", "or", "is_organization_member", ":", "ret", "[", "\"address\"", "]", "=", "self", ".", "fields", "[", "\"address\"", "]", ".", "to_representation", "(", "instance", ".", "address", ")", "else", ":", "ret", "[", "\"address\"", "]", "=", "None", "else", ":", "ret", "=", "func", "(", "self", ",", "instance", ")", "return", "ret", "return", "_impl" ]

[ "Used", "to", "decorate", "Serializer", ".", "to_representation", "method", ".", "It", "hides", "the", "address", "field", "if", "the", "Project", "has", "hidden_address", "==", "True", "and", "the", "request", "user", "is", "neither", "owner", "or", "member", "of", "the", "organization" ]

[ "def", "add_current_user_is_applied_representation", "(", "func", ")", ":", "@", "wraps", "(", "func", ")", "def", "_impl", "(", "self", ",", "instance", ")", ":", "# We pop current_user_is_applied field to avoid AttributeError on default Serializer.to_representation", "ret", "=", "func", "(", "self", ",", "instance", ")", "user", "=", "self", ".", "context", "[", "\"request\"", "]", ".", "user", "applied", "=", "False", "if", "not", "user", ".", "is_anonymous", "(", ")", ":", "try", ":", "applied", "=", "models", ".", "Apply", ".", "objects", ".", "filter", "(", "user", "=", "user", ",", "project", "=", "instance", ")", ".", "count", "(", ")", ">", "0", "except", ":", "pass", "ret", "[", "\"current_user_is_applied\"", "]", "=", "applied", "return", "ret", "return", "_impl" ]

[ "Used", "to", "decorate", "Serializer", ".", "to_representation", "method", ".", "It", "sets", "the", "field", "current_user_is_applied", "if", "the", "user", "is", "applied", "to", "the", "project" ]

[ "def", "configure", "(", "self", ",", "debug", "=", "None", ",", "quiet", "=", "None", ",", "verbosity", "=", "None", ",", "compile", "=", "None", ",", "compiler_factory", "=", "None", ",", "*", "*", "kwargs", ")", ":", "if", "debug", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "arg_debug", "=", "debug", "if", "quiet", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "arg_quiet", "=", "quiet", "if", "verbosity", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "arg_verbosity", "=", "verbosity", "if", "compile", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "compile", "=", "compile", "if", "compiler_factory", "is", "not", "None", ":", "self", ".", "compiler_factory", "=", "compiler_factory", "if", "kwargs", ":", "# other keyword arguments update command attribute", "self", ".", "command", ".", "update", "(", "*", "*", "kwargs", ")" ]

[ "configure", "managed", "args" ]

[ "def", "uninstall_bash_completion", "(", "self", ",", "script_name", "=", "None", ",", "dest", "=", "\"~/.bashrc\"", ")", ":", "if", "'USERPROFILE'", "in", "os", ".", "environ", "and", "'HOME'", "not", "in", "os", ".", "environ", ":", "os", ".", "environ", "[", "'HOME'", "]", "=", "os", ".", "environ", "[", "'USERPROFILE'", "]", "dest", "=", "expanduser", "(", "dest", ")", "if", "script_name", "is", "None", ":", "script_name", "=", "sys", ".", "argv", "[", "0", "]", "lines", "=", "[", "]", "remove_line", "=", "'register-python-argcomplete %s'", "%", "script_name", "with", "open", "(", "dest", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "for", "line", "in", "f", ":", "if", "line", ".", "strip", "(", ")", ".", "startswith", "(", "'#'", ")", ":", "lines", ".", "append", "(", "line", ")", "continue", "if", "remove_line", "in", "line", ":", "continue", "lines", ".", "append", "(", "line", ")", "with", "open", "(", "dest", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "''", ".", "join", "(", "lines", ")", ")" ]

[ "remove", "line", "to", "activate", "bash_completion", "for", "given", "script_name", "from", "given", "dest" ]

[ "def", "install_bash_completion", "(", "self", ",", "script_name", "=", "None", ",", "dest", "=", "\"~/.bashrc\"", ")", ":", "if", "'USERPROFILE'", "in", "os", ".", "environ", "and", "'HOME'", "not", "in", "os", ".", "environ", ":", "os", ".", "environ", "[", "'HOME'", "]", "=", "os", ".", "environ", "[", "'USERPROFILE'", "]", "dest", "=", "expanduser", "(", "dest", ")", "if", "script_name", "is", "None", ":", "script_name", "=", "sys", ".", "argv", "[", "0", "]", "self", ".", "uninstall_bash_completion", "(", "script_name", "=", "script_name", ",", "dest", "=", "dest", ")", "with", "open", "(", "dest", ",", "'a'", ")", "as", "f", ":", "f", ".", "write", "(", "'eval \"$(register-python-argcomplete %s)\"\\n'", "%", "script_name", ")" ]

[ "add", "line", "to", "activate", "bash_completion", "for", "given", "script_name", "into", "dest" ]

[ "def", "_fetch_arguments", "(", "handler", ",", "method", ")", ":", "if", "method", ".", "__name__", "==", "'get'", ":", "arguments", "=", "{", "}", "for", "key", ",", "value", "in", "six", ".", "iteritems", "(", "handler", ".", "request", ".", "arguments", ")", ":", "# Tornado supports comma-separated lists of values in", "# parameters. We're undoing that here, and if a list", "# is expected the _validate method can handle it.", "if", "isinstance", "(", "value", ",", "list", ")", ":", "arguments", "[", "key", "]", "=", "','", ".", "join", "(", "value", ")", "else", ":", "arguments", "[", "key", "]", "=", "value", "else", ":", "# post, put, patch, delete?", "arguments", "=", "handler", ".", "get_post_arguments", "(", ")", "return", "arguments" ]

[ "Get", "the", "arguments", "depending", "on", "the", "type", "of", "HTTP", "method", "." ]

[ "def", "_apply_validator_chain", "(", "chain", ",", "value", ",", "handler", ")", ":", "if", "hasattr", "(", "chain", ",", "'validate'", ")", ":", "# not a list", "chain", "=", "[", "chain", ",", "]", "for", "validator", "in", "chain", ":", "if", "hasattr", "(", "validator", ",", "'validate'", ")", ":", "value", "=", "validator", ".", "validate", "(", "value", ",", "handler", ")", "else", ":", "raise", "web", ".", "HTTPError", "(", "500", ")", "return", "value" ]

[ "Apply", "validators", "in", "sequence", "to", "a", "value", "." ]

[ "def", "_parse_arguments", "(", "self", ",", "method", ",", "parameters", ")", ":", "# TODO: Consider raising an exception if there are extra arguments.", "arguments", "=", "_fetch_arguments", "(", "self", ",", "method", ")", "arg_dict", "=", "{", "}", "errors", "=", "[", "]", "for", "key", ",", "properties", "in", "parameters", ":", "if", "key", "in", "arguments", ":", "value", "=", "arguments", "[", "key", "]", "try", ":", "arg_dict", "[", "key", "]", "=", "_apply_validator_chain", "(", "properties", ".", "get", "(", "'validators'", ",", "[", "]", ")", ",", "value", ",", "self", ")", "except", "validators", ".", "ValidationError", "as", "err", ":", "errors", ".", "append", "(", "err", ")", "else", ":", "if", "properties", ".", "get", "(", "'required'", ",", "False", ")", ":", "raise", "web", ".", "HTTPError", "(", "400", ",", "(", "'Missing required parameter: %s'", "%", "(", "key", ",", ")", ")", ")", "else", ":", "if", "properties", ".", "get", "(", "'default'", ",", "None", ")", "is", "not", "None", ":", "arg_dict", "[", "key", "]", "=", "properties", "[", "'default'", "]", "else", ":", "arg_dict", "[", "key", "]", "=", "None", "if", "errors", ":", "raise", "web", ".", "HTTPError", "(", "400", ",", "'There were %s errors'", "%", "len", "(", "errors", ")", ")", "return", "arg_dict" ]

[ "Parse", "arguments", "to", "method", "returning", "a", "dictionary", "." ]

[ "def", "parse", "(", "parameters", ")", ":", "# pylint: disable=protected-access", "@", "decorators", ".", "include_original", "def", "decorate", "(", "method", ")", ":", "\"\"\"Setup returns this decorator, which is called on the method.\"\"\"", "def", "call", "(", "self", ",", "*", "args", ")", ":", "\"\"\"This is called whenever the decorated method is invoked.\"\"\"", "kwargs", "=", "_parse_arguments", "(", "self", ",", "method", ",", "parameters", ")", "return", "method", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "*", "*", "kwargs", ")", "# TODO: Autogenerate documentation data for parameters.", "return", "call", "return", "decorate" ]

[ "Decorator", "to", "parse", "parameters", "according", "to", "a", "set", "of", "criteria", "." ]

[ "def", "parse_dict", "(", "parameters", ")", ":", "# pylint: disable=protected-access", "@", "decorators", ".", "include_original", "def", "decorate", "(", "method", ")", ":", "\"\"\"Setup returns this decorator, which is called on the method.\"\"\"", "def", "call", "(", "self", ",", "*", "args", ")", ":", "\"\"\"This is called whenever the decorated method is invoked.\"\"\"", "arg_dict", "=", "_parse_arguments", "(", "self", ",", "method", ",", "parameters", ")", "return", "method", "(", "self", ",", "*", "args", ",", "data", "=", "arg_dict", ")", "# TODO: Autogenerate documentation data for parameters.", "return", "call", "return", "decorate" ]

[ "Decorator", "to", "parse", "parameters", "as", "a", "dict", "according", "to", "a", "set", "of", "criteria", "." ]

[ "def", "mode_assignment", "(", "arg", ")", ":", "arg", "=", "arg", ".", "upper", "(", ")", "stream_args", "=", "(", "'STREAM'", ",", "'CONSOLE'", ",", "'STDOUT'", ")", "try", ":", "if", "arg", "in", "stream_args", ":", "return", "'STREAM'", "else", ":", "return", "arg", "except", "Exception", ":", "return", "None" ]

[ "Translates", "arg", "to", "enforce", "proper", "assignment" ]

[ "def", "save_object", "(", "self", ",", "obj", ")", ":", "obj", ".", "save", "(", ")", "try", ":", "save_object", "(", "obj", ",", "editor", "=", "self", ")", "except", "DisciplineException", ":", "pass" ]

[ "Save", "an", "object", "with", "Discipline" ]

[ "def", "delete_object", "(", "self", ",", "obj", ",", "post_delete", "=", "False", ")", ":", "# Collect related objects that will be deleted by cascading", "links", "=", "[", "rel", ".", "get_accessor_name", "(", ")", "for", "rel", "in", "obj", ".", "_meta", ".", "get_all_related_objects", "(", ")", "]", "# Recursively delete each of them", "for", "link", "in", "links", ":", "objects", "=", "getattr", "(", "obj", ",", "link", ")", ".", "all", "(", ")", "for", "o", "in", "objects", ":", "self", ".", "delete_object", "(", "o", ",", "post_delete", ")", "# Delete the actual object", "self", ".", "_delete_object", "(", "obj", ",", "post_delete", ")" ]

[ "Delete", "an", "object", "with", "Discipline" ]

[ "def", "_description", "(", "self", ")", ":", "inst", "=", "self", ".", "timemachine", ".", "presently", "if", "self", ".", "action_type", "==", "\"dl\"", ":", "return", "\"Deleted %s\"", "%", "inst", ".", "content_type", ".", "name", "elif", "self", ".", "action_type", "==", "\"cr\"", ":", "return", "\"Created %s\"", "%", "inst", ".", "_object_type_html", "(", ")", "else", ":", "return", "\"Modified %s\"", "%", "inst", ".", "_object_type_html", "(", ")" ]

[ "A", "concise", "html", "explanation", "of", "this", "Action", "." ]

[ "def", "__get_timemachine", "(", "self", ")", ":", "if", "not", "self", ".", "__timemachine", ":", "self", ".", "__timemachine", "=", "TimeMachine", "(", "self", ".", "object_uid", ",", "step", "=", "self", ".", "id", ",", ")", "return", "self", ".", "__timemachine", ".", "at", "(", "self", ".", "id", ")" ]

[ "Return", "a", "TimeMachine", "for", "the", "object", "on", "which", "this", "action", "was", "performed", "and", "at", "the", "time", "of", "this", "action", "." ]

[ "def", "__get_is_revertible", "(", "self", ")", ":", "# If it was already reverted", "if", "self", ".", "reverted", ":", "return", "False", "errors", "=", "[", "]", "inst", "=", "self", ".", "timemachine", "if", "inst", ".", "fields", "!=", "inst", ".", "presently", ".", "fields", "or", "inst", ".", "foreignkeys", "!=", "inst", ".", "presently", ".", "foreignkeys", ":", "self", ".", "__undo_errors", "=", "[", "\"Cannot undo action %s. The database schema\"", "\" for %s has changed\"", "%", "(", "self", ".", "id", ",", "inst", ".", "content_type", ".", "name", ",", ")", "]", "return", "False", "if", "self", ".", "action_type", "in", "[", "\"dl\"", ",", "\"md\"", "]", ":", "# If undoing deletion, make sure it actually doesn't exist", "if", "self", ".", "action_type", "==", "\"dl\"", "and", "inst", ".", "presently", ".", "exists", ":", "errors", ".", "append", "(", "\"Cannot undo action %d: the %s you are trying to\"", "\" recreate already exists\"", "%", "(", "self", ".", "id", ",", "inst", ".", "content_type", ".", "name", ",", ")", ")", "# The only problem we can have by reversing this action", "# is that some of its foreignkeys could be pointing to", "# objects that have since been deleted.", "check_here", "=", "inst", ".", "at_previous_action", "for", "field", "in", "inst", ".", "foreignkeys", ":", "fk", "=", "check_here", ".", "get_timemachine_instance", "(", "field", ")", "# If the ForeignKey doesn't have a value", "if", "not", "fk", ":", "continue", "if", "not", "fk", ".", "exists", ":", "errors", ".", "append", "(", "\"Cannot undo action %s: the %s used to link to\"", "\" a %s that has since been deleted\"", "%", "(", "self", ".", "id", ",", "inst", ".", "content_type", ".", "name", ",", "fk", ".", "content_type", ".", "name", ",", ")", ")", "else", ":", "# self.action_type == \"cr\"", "# Make sure it actually exists", "if", "not", "self", ".", "timemachine", ".", "presently", ".", "exists", ":", "errors", ".", "append", "(", "\"Cannot undo action %s: the %s you are trying\"", "\" to delete doesn't currently exist\"", "%", "(", "self", ".", "id", ",", "inst", ".", "content_type", ".", "name", ",", ")", ")", "# The only problem we can have by undoing this action is", "# that it could have foreignkeys pointed to it, so deleting", "# it will cause deletion of other objects", "else", ":", "links", "=", "[", "rel", ".", "get_accessor_name", "(", ")", "for", "rel", "in", "inst", ".", "get_object", "(", ")", ".", "_meta", ".", "get_all_related_objects", "(", ")", "]", "for", "link", "in", "links", ":", "objects", "=", "getattr", "(", "inst", ".", "get_object", "(", ")", ",", "link", ")", ".", "all", "(", ")", "for", "rel", "in", "objects", ":", "errors", ".", "append", "(", "\"Cannot undo action %s: you are trying to\"", "\" delete a %s that has a %s pointing to it\"", "%", "(", "self", ".", "id", ",", "inst", ".", "content_type", ".", "name", ",", "ContentType", ".", "objects", ".", "get_for_model", "(", "rel", ".", "__class__", ")", ",", ")", ")", "self", ".", "__undo_errors", "=", "errors", "return", "(", "len", "(", "errors", ")", "==", "0", ")" ]

[ "Return", "a", "boolean", "representing", "whether", "this", "Action", "is", "revertible", "or", "not" ]

[ "def", "undo", "(", "self", ",", "editor", ")", ":", "inst", "=", "self", ".", "timemachine", "if", "not", "self", ".", "is_revertible", ":", "raise", "DisciplineException", "(", "\"You tried to undo a non-revertible action! \"", "\"Check action.is_revertible and action.undo_errors\"", "\" before trying to undo.\"", ")", "if", "self", ".", "action_type", "==", "\"dl\"", ":", "obj", "=", "inst", ".", "restore", "(", ")", "self", ".", "reverted", "=", "save_object", "(", "obj", ",", "editor", ")", "self", ".", "save", "(", ")", "elif", "self", ".", "action_type", "==", "\"md\"", ":", "# Restore as it was *before* the modification", "obj", "=", "inst", ".", "at_previous_action", ".", "restore", "(", ")", "self", ".", "reverted", "=", "save_object", "(", "obj", ",", "editor", ")", "self", ".", "save", "(", ")", "else", ":", "editor", ".", "delete_object", "(", "inst", ".", "get_object", "(", ")", ")", "# This is safe from race conditions but still a pretty inelegant", "# solution. I can't figure out a different way to find the last action", "# for now", "self", ".", "reverted", "=", "DeletionCommit", ".", "objects", ".", "filter", "(", "object_uid", "=", "self", ".", "object_uid", ")", ".", "order_by", "(", "\"-action__id\"", ")", "[", "0", "]", ".", "action", "self", ".", "save", "(", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "Action", "that", "undos", "the", "effects", "of", "this", "one", "or", "more", "accurately", "reverts", "the", "object", "of", "this", "Action", "to", "the", "state", "at", "which", "it", "was", "right", "before", "the", "Action", "took", "place", "." ]

[ "def", "_status", "(", "self", ")", ":", "text", "=", "\"\"", "# Turns out that is related field in null, Django", "# doesn't even make it a property of the object", "# http://code.djangoproject.com/ticket/11920", "if", "hasattr", "(", "self", ",", "\"reverts\"", ")", ":", "text", "+=", "'(reverts <a href=\"%s\">%s</a>)<br/>'", "%", "(", "self", ".", "reverts", ".", "get_absolute_url", "(", ")", ",", "self", ".", "reverts", ".", "id", ")", "if", "self", ".", "reverted", ":", "text", "+=", "'(reverted in <a href=\"%s\">%s</a>)<br/>'", "%", "(", "self", ".", "reverted", ".", "get_absolute_url", "(", ")", ",", "self", ".", "reverted", ".", "id", ")", "return", "text" ]

[ "Return", "html", "saying", "whether", "this", "Action", "is", "reverted", "by", "another", "one", "or", "reverts", "another", "one", "." ]

[ "def", "__summary", "(", "self", ")", ":", "text", "=", "\"Time: %s\\n\"", "%", "self", ".", "when", "text", "+=", "\"Comitter: %s\\n\"", "%", "self", ".", "editor", "inst", "=", "self", ".", "timemachine", ".", "presently", "if", "self", ".", "action_type", "==", "\"dl\"", ":", "text", "+=", "\"Deleted %s\\n\"", "%", "inst", ".", "_object_type_text", "(", ")", "elif", "self", ".", "action_type", "==", "\"cr\"", ":", "text", "+=", "\"Created %s\\n\"", "%", "inst", ".", "_object_type_text", "(", ")", "else", ":", "text", "+=", "\"Modified %s\\n\"", "%", "inst", ".", "_object_type_text", "(", ")", "text", "+=", "self", ".", "_details", "(", "nohtml", "=", "True", ")", "return", "text" ]

[ "A", "plaintext", "summary", "of", "the", "Action", "useful", "for", "debugging", "." ]

[ "def", "_details", "(", "self", ",", "nohtml", "=", "False", ")", ":", "text", "=", "\"\"", "inst", "=", "self", ".", "timemachine", "# If deleted or created, show every field, otherwise only", "# the modified", "if", "self", ".", "action_type", "in", "(", "\"dl\"", ",", "\"cr\"", ",", ")", ":", "fields", "=", "inst", ".", "fields", "+", "inst", ".", "foreignkeys", "else", ":", "fields", "=", "[", "i", ".", "key", "for", "i", "in", "self", ".", "modification_commits", ".", "all", "(", ")", "]", "for", "field", "in", "fields", ":", "if", "not", "nohtml", ":", "text", "+=", "\"<strong>%s</strong>: \"", "%", "field", "else", ":", "text", "+=", "\"%s: \"", "%", "field", "# If modified, show what it was like one step earlier", "if", "self", ".", "action_type", "==", "\"md\"", ":", "if", "not", "nohtml", ":", "text", "+=", "\"%s &#8594; \"", "%", "inst", ".", "at_previous_action", ".", "_field_value_html", "(", "field", ")", "else", ":", "text", "+=", "\"%s -> \"", "%", "inst", ".", "at_previous_action", ".", "_field_value_text", "(", "field", ")", "if", "not", "nohtml", ":", "text", "+=", "\"%s<br/>\"", "%", "inst", ".", "_field_value_html", "(", "field", ")", "else", ":", "text", "+=", "\"%s\\n\"", "%", "inst", ".", "_field_value_text", "(", "field", ")", "return", "text" ]

[ "Return", "the", "html", "representation", "of", "the", "Action", "." ]

[ "def", "__update_information", "(", "self", ")", ":", "info", "=", "{", "}", "info", "[", "\"actions_count\"", "]", "=", "Action", ".", "objects", ".", "count", "(", ")", "info", "[", "\"creation_times\"", "]", "=", "[", "]", "info", "[", "\"deletion_times\"", "]", "=", "[", "]", "info", "[", "\"content_type\"", "]", "=", "None", "# Find object type and when it was created", "for", "ccommit", "in", "CreationCommit", ".", "objects", ".", "filter", "(", "object_uid", "=", "self", ".", "uid", ")", ":", "info", "[", "\"creation_times\"", "]", ".", "append", "(", "ccommit", ".", "action", ".", "id", ")", "info", "[", "\"creation_times\"", "]", ".", "sort", "(", ")", "for", "dcommit", "in", "DeletionCommit", ".", "objects", ".", "filter", "(", "object_uid", "=", "self", ".", "uid", ")", ":", "info", "[", "\"deletion_times\"", "]", ".", "append", "(", "dcommit", ".", "action", ".", "id", ")", "info", "[", "\"deletion_times\"", "]", ".", "sort", "(", ")", "try", ":", "info", "[", "\"content_type\"", "]", "=", "ccommit", ".", "content_type", "except", "NameError", ":", "raise", "DisciplineException", "(", "\"You tried to make a TimeMachine out of\"", "\" an object that doesn't exist!\"", ")", "self", ".", "info", "=", "info", "for", "key", "in", "info", ".", "keys", "(", ")", ":", "setattr", "(", "self", ",", "key", ",", "info", "[", "key", "]", ")" ]

[ "Gether", "information", "that", "doesn", "t", "change", "at", "different", "points", "in", "time" ]

[ "def", "at", "(", "self", ",", "step", ")", ":", "return", "TimeMachine", "(", "self", ".", "uid", ",", "step", "=", "step", ",", "info", "=", "copy", ".", "deepcopy", "(", "self", ".", "info", ")", ")" ]

[ "Return", "a", "TimeMachine", "for", "the", "same", "object", "at", "a", "different", "time", "." ]

[ "def", "get", "(", "self", ",", "key", ")", ":", "modcommit", "=", "self", ".", "_get_modcommit", "(", "key", ")", "if", "not", "modcommit", ":", "return", "None", "# If this isn't a ForeignKey, then just return the value", "if", "key", "not", "in", "self", ".", "foreignkeys", ":", "return", "cPickle", ".", "loads", "(", "str", "(", "modcommit", ".", "value", ")", ")", "# If it is, then return the object instance", "try", ":", "return", "TimeMachine", "(", "uid", "=", "modcommit", ".", "value", ")", ".", "get_object", "(", ")", "except", "self", ".", "content_type", ".", "DoesNotExist", ":", "raise", "DisciplineException", "(", "\"When restoring a ForeignKey, the \"", "\"%s %s was not found.\"", "%", "(", "self", ".", "content_type", ".", "name", ",", "self", ".", "uid", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "value", "of", "a", "field", ".", "Take", "a", "string", "argument", "representing", "a", "field", "name", "return", "the", "value", "of", "that", "field", "at", "the", "time", "of", "this", "TimeMachine", ".", "When", "restoring", "a", "ForeignKey", "-", "pointer", "object", "that", "doesn", "t", "exist", "raise", "DisciplineException" ]

[ "def", "get_timemachine_instance", "(", "self", ",", "key", ")", ":", "modcommit", "=", "self", ".", "_get_modcommit", "(", "key", ")", "if", "not", "modcommit", ":", "return", "None", "return", "TimeMachine", "(", "uid", "=", "modcommit", ".", "value", ")" ]

[ "Return", "a", "TimeMachine", "for", "a", "related", "object", "." ]

[ "def", "get_object", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "content_type", ".", "model_class", "(", ")", ".", "objects", ".", "get", "(", "uid", "=", "self", ".", "uid", ")" ]

[ "Return", "the", "object", "of", "this", "TimeMachine" ]

[ "def", "restore", "(", "self", ",", "nosave", "=", "False", ")", ":", "if", "self", ".", "exists", ":", "obj", "=", "self", ".", "content_type", ".", "model_class", "(", ")", ".", "objects", ".", "get", "(", "uid", "=", "self", ".", "uid", ")", "else", ":", "obj", "=", "self", ".", "content_type", ".", "model_class", "(", ")", "(", "uid", "=", "self", ".", "uid", ")", "for", "field", "in", "self", ".", "fields", "+", "self", ".", "foreignkeys", ":", "obj", ".", "__setattr__", "(", "field", ",", "self", ".", "get", "(", "field", ")", ")", "if", "not", "nosave", ":", "obj", ".", "save", "(", ")", "return", "obj" ]

[ "Restore", "all", "of", "the", "object", "attributes", "to", "the", "attributes", ".", "Return", "the", "Django", "object", "." ]

[ "def", "url", "(", "self", ")", ":", "return", "urlresolvers", ".", "reverse", "(", "\"admin:%s_%s_change\"", "%", "(", "self", ".", "content_type", ".", "app_label", ",", "self", ".", "content_type", ".", "model", ")", ",", "args", "=", "(", "self", ".", "get_object", "(", ")", ".", "uid", ",", ")", ")" ]

[ "Return", "the", "admin", "url", "of", "the", "object", "." ]

[ "def", "_object_type_html", "(", "self", ")", ":", "if", "self", ".", "exists", ":", "return", "\"<a href=\\\"%s\\\">%s</a>\"", "%", "(", "self", ".", "url", "(", ")", ",", "self", ".", "content_type", ".", "name", ",", ")", "else", ":", "return", "\"<s>%s</s>\"", "%", "self", ".", "content_type", ".", "name" ]

[ "Return", "an", "html", "admin", "link", "with", "the", "object", "s", "type", "as", "text", ".", "If", "the", "object", "doesn", "t", "exist", "return", "the", "object", "s", "type", "crossed", "out", "." ]

[ "def", "get_for_content_type", "(", "self", ",", "ct", ")", ":", "try", ":", "return", "json", ".", "loads", "(", "self", ".", "state", ")", "[", "ct", ".", "app_label", "]", "[", "ct", ".", "model", "]", "except", "KeyError", ":", "return", "None" ]

[ "Return", "the", "schema", "for", "the", "model", "of", "the", "given", "ContentType", "object" ]

[ "def", "html_state", "(", "self", ")", ":", "ret", "=", "\"\"", "state", "=", "json", ".", "loads", "(", "self", ".", "state", ")", "for", "(", "app", ",", "appstate", ")", "in", "state", ".", "items", "(", ")", ":", "for", "(", "model", ",", "modelstate", ")", "in", "appstate", ".", "items", "(", ")", ":", "ret", "+=", "\"<p>%s.models.%s</p>\"", "%", "(", "app", ",", "model", ",", ")", "ret", "+=", "\"<ul>\"", "for", "field", "in", "modelstate", "[", "\"fields\"", "]", "+", "[", "\"uid\"", "]", ":", "ret", "+=", "\"<li>%s</li>\"", "%", "field", "for", "fk", "in", "modelstate", "[", "\"foreignkeys\"", "]", ":", "ret", "+=", "\"<li>%s (foreign key)</li>\"", "%", "fk", "ret", "+=", "\"</ul>\"", "return", "ret" ]

[ "Display", "state", "in", "HTML", "format", "for", "the", "admin", "form", "." ]

[ "def", "plot_prh_des_asc", "(", "p", ",", "r", ",", "h", ",", "asc", ",", "des", ")", ":", "import", "matplotlib", ".", "pyplot", "as", "plt", "import", "numpy", "from", ".", "import", "plotutils", "# Convert boolean mask to indices", "des_ind", "=", "numpy", ".", "where", "(", "des", ")", "[", "0", "]", "asc_ind", "=", "numpy", ".", "where", "(", "asc", ")", "[", "0", "]", "fig", ",", "(", "ax1", ",", "ax2", ",", "ax3", ")", "=", "plt", ".", "subplots", "(", "3", ",", "1", ",", "sharex", "=", "'col'", ")", "ax1", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Pitch'", ")", "ax1", "=", "plotutils", ".", "plot_noncontiguous", "(", "ax1", ",", "p", ",", "des_ind", ",", "_colors", "[", "0", "]", ",", "'descents'", ")", "ax1", "=", "plotutils", ".", "plot_noncontiguous", "(", "ax1", ",", "p", ",", "asc_ind", ",", "_colors", "[", "1", "]", ",", "'ascents'", ")", "ax1", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Roll'", ")", "ax2", "=", "plotutils", ".", "plot_noncontiguous", "(", "ax2", ",", "r", ",", "des_ind", ",", "_colors", "[", "0", "]", ",", "'descents'", ")", "ax2", "=", "plotutils", ".", "plot_noncontiguous", "(", "ax2", ",", "r", ",", "asc_ind", ",", "_colors", "[", "1", "]", ",", "'ascents'", ")", "ax1", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Heading'", ")", "ax3", "=", "plotutils", ".", "plot_noncontiguous", "(", "ax3", ",", "h", ",", "des_ind", ",", "_colors", "[", "0", "]", ",", "'descents'", ")", "ax3", "=", "plotutils", ".", "plot_noncontiguous", "(", "ax3", ",", "h", ",", "asc_ind", ",", "_colors", "[", "1", "]", ",", "'ascents'", ")", "for", "ax", "in", "[", "ax1", ",", "ax2", ",", "ax3", "]", ":", "ax", ".", "legend", "(", "loc", "=", "\"upper right\"", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "'Radians'", ")", "plt", ".", "xlabel", "(", "'Samples'", ")", "plt", ".", "show", "(", ")", "return", "None" ]

[ "Plot", "pitch", "roll", "and", "heading", "during", "the", "descent", "and", "ascent", "dive", "phases" ]

[ "def", "plot_prh_filtered", "(", "p", ",", "r", ",", "h", ",", "p_lf", ",", "r_lf", ",", "h_lf", ")", ":", "import", "numpy", "fig", ",", "(", "ax1", ",", "ax2", ",", "ax3", ")", "=", "plt", ".", "subplots", "(", "3", ",", "1", ",", "sharex", "=", "'col'", ")", "#rad2deg = lambda x: x*180/numpy.pi", "ax1", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Pitch'", ")", "ax1", ".", "plot", "(", "range", "(", "len", "(", "p", ")", ")", ",", "p", ",", "color", "=", "_colors", "[", "0", "]", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'original'", ")", "ax1", ".", "plot", "(", "range", "(", "len", "(", "p_lf", ")", ")", ",", "p_lf", ",", "color", "=", "_colors", "[", "1", "]", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'filtered'", ")", "ax2", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Roll'", ")", "ax2", ".", "plot", "(", "range", "(", "len", "(", "r", ")", ")", ",", "r", ",", "color", "=", "_colors", "[", "2", "]", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'original'", ")", "ax2", ".", "plot", "(", "range", "(", "len", "(", "r_lf", ")", ")", ",", "r_lf", ",", "color", "=", "_colors", "[", "3", "]", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'filtered'", ")", "ax3", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Heading'", ")", "ax3", ".", "plot", "(", "range", "(", "len", "(", "h", ")", ")", ",", "h", ",", "color", "=", "_colors", "[", "4", "]", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'original'", ")", "ax3", ".", "plot", "(", "range", "(", "len", "(", "h_lf", ")", ")", ",", "h_lf", ",", "color", "=", "_colors", "[", "5", "]", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'filtered'", ")", "plt", ".", "ylabel", "(", "'Radians'", ")", "plt", ".", "xlabel", "(", "'Samples'", ")", "for", "ax", "in", "[", "ax1", ",", "ax2", ",", "ax3", "]", ":", "ax", ".", "legend", "(", "loc", "=", "\"upper right\"", ")", "plt", ".", "show", "(", ")", "return", "None" ]

[ "Plot", "original", "and", "low", "-", "pass", "filtered", "PRH", "data" ]

[ "def", "plot_swim_speed", "(", "exp_ind", ",", "swim_speed", ")", ":", "import", "numpy", "fig", ",", "ax", "=", "plt", ".", "subplots", "(", ")", "ax", ".", "title", ".", "set_text", "(", "'Swim speed from depth change and pitch angle (m/s^2'", ")", "ax", ".", "plot", "(", "exp_ind", ",", "swim_speed", ",", "linewidth", "=", "_linewidth", ",", "label", "=", "'speed'", ")", "ymax", "=", "numpy", ".", "ceil", "(", "swim_speed", "[", "~", "numpy", ".", "isnan", "(", "swim_speed", ")", "]", ".", "max", "(", ")", ")", "ax", ".", "set_ylim", "(", "0", ",", "ymax", ")", "ax", ".", "legend", "(", "loc", "=", "'upper right'", ")", "plt", ".", "show", "(", ")", "return", "ax" ]

[ "Plot", "the", "swim", "speed", "during", "experimental", "indices" ]

[ "def", "load", "(", "self", ",", "skey", ",", "sdesc", ",", "sdict", "=", "None", ",", "loaders", "=", "None", ",", "merge", "=", "False", ",", "writeback", "=", "False", ")", ":", "y", "=", "sdict", "if", "sdict", "else", "read_yaml", "(", "sdesc", ",", "add_constructor", "=", "loaders", ")", "if", "y", "and", "isinstance", "(", "y", ",", "dict", ")", ":", "if", "not", "sdict", ":", "self", ".", "__settings", "[", "'files'", "]", ".", "update", "(", "{", "skey", ":", "sdesc", "}", ")", "if", "merge", ":", "self", ".", "__settings", "=", "dict_merge", "(", "self", ".", "__settings", ",", "y", ")", "else", ":", "self", ".", "__settings", "[", "skey", "]", "=", "y", "shell_notify", "(", "'load %s data and %s it into settings'", "%", "(", "'got'", "if", "sdict", "else", "'read'", ",", "'merged'", "if", "merge", "else", "'imported'", ")", ",", "more", "=", "dict", "(", "skey", "=", "skey", ",", "sdesc", "=", "sdesc", ",", "merge", "=", "merge", ",", "writeback", "=", "writeback", ")", ",", "verbose", "=", "self", ".", "__verbose", ")", "if", "writeback", "and", "y", "!=", "self", ".", "__settings", ":", "write_yaml", "(", "sdesc", ",", "self", ".", "__settings", ")", "return", "y" ]

[ "Loads", "a", "dictionary", "into", "current", "settings" ]

[ "def", "encode", "(", "name", ",", "values", ",", "strict", "=", "True", ",", "encoding", "=", "pyamf", ".", "AMF0", ")", ":", "encoder", "=", "pyamf", ".", "get_encoder", "(", "encoding", ")", "stream", "=", "encoder", ".", "stream", "# write the header", "stream", ".", "write", "(", "HEADER_VERSION", ")", "if", "strict", ":", "length_pos", "=", "stream", ".", "tell", "(", ")", "stream", ".", "write_ulong", "(", "0", ")", "# write the signature", "stream", ".", "write", "(", "HEADER_SIGNATURE", ")", "# write the root name", "name", "=", "name", ".", "encode", "(", "'utf-8'", ")", "stream", ".", "write_ushort", "(", "len", "(", "name", ")", ")", "stream", ".", "write", "(", "name", ")", "# write the padding", "stream", ".", "write", "(", "PADDING_BYTE", "*", "3", ")", "stream", ".", "write_uchar", "(", "encoding", ")", "for", "n", ",", "v", "in", "values", ".", "iteritems", "(", ")", ":", "encoder", ".", "serialiseString", "(", "n", ")", "encoder", ".", "writeElement", "(", "v", ")", "# write the padding", "stream", ".", "write", "(", "PADDING_BYTE", ")", "if", "strict", ":", "stream", ".", "seek", "(", "length_pos", ")", "stream", ".", "write_ulong", "(", "stream", ".", "remaining", "(", ")", "-", "4", ")", "stream", ".", "seek", "(", "0", ")", "return", "stream" ]

[ "Produces", "a", "SharedObject", "encoded", "stream", "based", "on", "the", "name", "and", "values", "." ]

[ "def", "mainloop", "(", "self", ")", ":", "while", "self", ".", "keep_going", ":", "with", "self", ".", "lock", ":", "if", "self", ".", "on_connect", "and", "not", "self", ".", "readable", "(", "2", ")", ":", "self", ".", "on_connect", "(", ")", "self", ".", "on_connect", "=", "None", "if", "not", "self", ".", "keep_going", ":", "break", "self", ".", "process_once", "(", ")" ]

[ "Handles", "events", "and", "calls", "their", "handler", "for", "infinity", "." ]

[ "def", "parse_cell", "(", "self", ",", "cell", ",", "coords", ",", "cell_mode", "=", "CellMode", ".", "cooked", ")", ":", "# pylint: disable=too-many-return-statements", "if", "cell_mode", "==", "CellMode", ".", "cooked", ":", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_BLANK", ":", "return", "None", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_BOOLEAN", ":", "return", "cell", ".", "value", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_DATE", ":", "if", "self", ".", "handle_ambiguous_date", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "_parse_date", "(", "cell", ".", "value", ")", "except", "xlrd", ".", "xldate", ".", "XLDateAmbiguous", ":", "return", "self", ".", "handle_ambiguous_date", "(", "cell", ".", "value", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "_parse_date", "(", "cell", ".", "value", ")", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_EMPTY", ":", "return", "None", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_ERROR", ":", "return", "cell", ".", "value", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_NUMBER", ":", "return", "cell", ".", "value", "if", "cell", ".", "ctype", "==", "xlrd", ".", "XL_CELL_TEXT", ":", "return", "cell", ".", "value", "raise", "ValueError", "(", "\"Unhandled cell type {0}\"", ".", "format", "(", "cell", ".", "ctype", ")", ")", "else", ":", "return", "cell" ]

[ "Parses", "a", "cell", "according", "to", "the", "cell", ".", "ctype", "." ]

[ "def", "get_note", "(", "self", ",", "coords", ")", ":", "col", ",", "row", "=", "coords", "note", "=", "self", ".", "raw_sheet", ".", "cell_note_map", ".", "get", "(", "(", "row", ",", "col", ")", ")", "return", "note", ".", "text", "if", "note", "else", "None" ]

[ "Get", "the", "note", "for", "the", "cell", "at", "the", "given", "coordinates", "." ]

[ "def", "_parse_date", "(", "self", ",", "cell_value", ")", ":", "date_tuple", "=", "xlrd", ".", "xldate_as_tuple", "(", "cell_value", ",", "self", ".", "raw_sheet", ".", "book", ".", "datemode", ")", "return", "self", ".", "tuple_to_datetime", "(", "date_tuple", ")" ]

[ "Attempts", "to", "parse", "a", "cell_value", "as", "a", "date", "." ]

[ "def", "_parse_args", "(", "cls", ")", ":", "cls", ".", "parser", "=", "argparse", ".", "ArgumentParser", "(", ")", "cls", ".", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"symbol\"", ",", "help", "=", "\"Symbol for horizontal line\"", ",", "nargs", "=", "\"*\"", ")", "cls", ".", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"--color\"", ",", "\"-c\"", ",", "help", "=", "\"Color of the line\"", ",", "default", "=", "None", ",", "nargs", "=", "1", ")", "cls", ".", "parser", ".", "add_argument", "(", "\"--version\"", ",", "\"-v\"", ",", "action", "=", "\"version\"", ",", "version", "=", "\"0.13\"", ")", "return", "cls", ".", "parser" ]

[ "Method", "to", "parse", "command", "line", "arguments" ]

[ "def", "run_args", "(", "self", ")", ":", "self", ".", "arg_parser", "=", "self", ".", "_parse_args", "(", ")", "self", ".", "args", "=", "self", ".", "arg_parser", ".", "parse_args", "(", ")", "color_name", "=", "self", ".", "args", ".", "color", "if", "color_name", "is", "not", "None", ":", "color_name", "=", "color_name", "[", "0", "]", "symbol", "=", "self", ".", "args", ".", "symbol", "try", ":", "self", ".", "tr", "(", "symbol", ",", "color_name", ")", "except", "InvalidColorException", ":", "print", "(", "\"Invalid Color Name!\"", ")" ]

[ "Pass", "in", "the", "parsed", "args", "to", "the", "script" ]

[ "def", "_term_size", "(", "self", ")", ":", "for", "fd", "in", "(", "0", ",", "1", ",", "2", ")", ":", "try", ":", "return", "self", ".", "_ioctl_GWINSZ", "(", "fd", ")", "except", ":", "pass", "# try os.ctermid()", "try", ":", "fd", "=", "os", ".", "open", "(", "os", ".", "ctermid", "(", ")", ",", "os", ".", "O_RDONLY", ")", "try", ":", "return", "self", ".", "_ioctl_GWINSZ", "(", "fd", ")", "finally", ":", "os", ".", "close", "(", "fd", ")", "except", ":", "pass", "# try `stty size`", "try", ":", "return", "tuple", "(", "int", "(", "x", ")", "for", "x", "in", "os", ".", "popen", "(", "\"stty size\"", ",", "\"r\"", ")", ".", "read", "(", ")", ".", "split", "(", ")", ")", "except", ":", "pass", "# try environment variables", "try", ":", "return", "tuple", "(", "int", "(", "os", ".", "getenv", "(", "var", ")", ")", "for", "var", "in", "(", "\"LINES\"", ",", "\"COLUMNS\"", ")", ")", "except", ":", "pass", "# i give up. return default.", "return", "(", "25", ",", "80", ")" ]

[ "Method", "returns", "lines", "and", "columns", "according", "to", "terminal", "size" ]

[ "def", "tr", "(", "self", ",", "args", ",", "color", "=", "None", ")", ":", "width", "=", "self", ".", "_term_size", "(", ")", "[", "1", "]", "if", "not", "args", ":", "if", "color", "is", "not", "None", ":", "print", "(", "self", ".", "_echo", "(", "\"#\"", "*", "width", ",", "color", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "self", ".", "_echo", "(", "\"#\"", "*", "width", ",", "\"green\"", ")", ")", "else", ":", "for", "each_symbol", "in", "args", ":", "chars", "=", "len", "(", "each_symbol", ")", "number_chars", "=", "width", "//", "chars", "if", "color", "is", "not", "None", ":", "print", "(", "self", ".", "_echo", "(", "each_symbol", "*", "number_chars", ",", "color", ")", ")", "else", ":", "print", "(", "each_symbol", "*", "number_chars", ")" ]

[ "Method", "to", "print", "ASCII", "patterns", "to", "terminal" ]

[ "def", "cache_add", "(", "self", ",", "resource_url", ",", "cache_id", ")", ":", "# Add entry to cache index", "self", ".", "cache", "[", "resource_url", "]", "=", "cache_id", "# Write cache index content to database file", "with", "open", "(", "self", ".", "db_file", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "for", "resource", "in", "self", ".", "cache", ":", "f", ".", "write", "(", "resource", "+", "'\\t'", "+", "self", ".", "cache", "[", "resource", "]", "+", "'\\n'", ")" ]

[ "Add", "entry", "permanently", "to", "local", "cache", "." ]

[ "def", "cache_clear", "(", "self", ")", ":", "# Delete content of local cache directory", "for", "f", "in", "os", ".", "listdir", "(", "self", ".", "directory", ")", ":", "f", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "directory", ",", "f", ")", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "f", ")", ":", "os", ".", "remove", "(", "f", ")", "elif", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "f", ")", ":", "shutil", ".", "rmtree", "(", "f", ")", "# Empty cache index", "self", ".", "cache", "=", "{", "}" ]

[ "Clear", "local", "cache", "by", "deleting", "all", "cached", "resources", "and", "their", "downloaded", "files", "." ]

[ "def", "get_api_references", "(", "self", ",", "api_url", "=", "None", ")", ":", "# Get subject listing Url for SCO-API", "if", "not", "api_url", "is", "None", ":", "url", "=", "api_url", "else", ":", "url", "=", "self", ".", "api_url", "# Check if API references are in local cache. If not send GET request", "# and add the result to the local cache", "if", "not", "url", "in", "self", ".", "apis", ":", "self", ".", "apis", "[", "url", "]", "=", "sco", ".", "references_to_dict", "(", "sco", ".", "JsonResource", "(", "url", ")", ".", "json", "[", "sco", ".", "REF_LINKS", "]", ")", "return", "self", ".", "apis", "[", "url", "]" ]

[ "Get", "set", "of", "HATEOAS", "reference", "for", "the", "given", "SCO", "-", "API", ".", "Use", "the", "default", "SCO", "-", "API", "if", "none", "is", "given", ".", "References", "are", "cached", "as", "they", "are", "not", "expected", "to", "change", "." ]

[ "def", "experiments_create", "(", "self", ",", "name", ",", "subject_id", ",", "image_group_id", ",", "api_url", "=", "None", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Create experiment and return handle for created resource", "return", "self", ".", "experiments_get", "(", "ExperimentHandle", ".", "create", "(", "self", ".", "get_api_references", "(", "api_url", ")", "[", "sco", ".", "REF_EXPERIMENTS_CREATE", "]", ",", "name", ",", "subject_id", ",", "image_group_id", ",", "properties", "=", "properties", ")", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "experiment", "at", "the", "given", "SCO", "-", "API", ".", "Subject", "and", "image", "group", "reference", "existing", "resources", "at", "the", "SCO", "-", "API", "." ]

[ "def", "experiments_get", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Get resource directory, Json representation, active flag, and cache id", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id", "=", "self", ".", "get_object", "(", "resource_url", ")", "# Create experiment handle. Will raise an exception if resource is not", "# in cache and cannot be downloaded.", "experiment", "=", "ExperimentHandle", "(", "obj_json", ",", "self", ")", "# Add resource to cache if not exists", "if", "not", "cache_id", "in", "self", ".", "cache", ":", "self", ".", "cache_add", "(", "resource_url", ",", "cache_id", ")", "# Return experiment handle", "return", "experiment" ]

[ "Get", "handle", "for", "experiment", "resource", "at", "given", "Url", "." ]

[ "def", "experiments_fmri_create", "(", "self", ",", "experiment_url", ",", "data_file", ")", ":", "# Get the experiment", "experiment", "=", "self", ".", "experiments_get", "(", "experiment_url", ")", "# Upload data", "FunctionalDataHandle", ".", "create", "(", "experiment", ".", "links", "[", "sco", ".", "REF_EXPERIMENTS_FMRI_CREATE", "]", ",", "data_file", ")", "# Get new fmri data handle and return it", "return", "self", ".", "experiments_get", "(", "experiment_url", ")", ".", "fmri_data" ]

[ "Upload", "given", "data", "file", "as", "fMRI", "for", "experiment", "with", "given", "Url", "." ]

[ "def", "experiments_fmri_get", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Get resource directory, Json representation, active flag, and cache id", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id", "=", "self", ".", "get_object", "(", "resource_url", ")", "# Create image group handle. Will raise an exception if resource is not", "# in cache and cannot be downloaded.", "fmri_data", "=", "FunctionalDataHandle", "(", "obj_json", ",", "obj_dir", ")", "# Add resource to cache if not exists", "if", "not", "cache_id", "in", "self", ".", "cache", ":", "self", ".", "cache_add", "(", "resource_url", ",", "cache_id", ")", "# Return functional data handle", "return", "fmri_data" ]

[ "Get", "handle", "for", "functional", "fMRI", "resource", "at", "given", "Url", "." ]

[ "def", "experiments_predictions_create", "(", "self", ",", "model_id", ",", "name", ",", "api_url", ",", "arguments", "=", "{", "}", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Create experiment and return handle for created resource", "return", "self", ".", "experiments_predictions_get", "(", "ModelRunHandle", ".", "create", "(", "api_url", ",", "model_id", ",", "name", ",", "arguments", ",", "properties", "=", "properties", ")", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "model", "run", "at", "the", "given", "SCO", "-", "API", "." ]

[ "def", "experiments_predictions_get", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Get resource directory, Json representation, active flag, and cache id", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id", "=", "self", ".", "get_object", "(", "resource_url", ")", "# Create model run handle. Will raise an exception if resource is not", "# in cache and cannot be downloaded.", "run", "=", "ModelRunHandle", "(", "obj_json", ",", "obj_dir", ",", "self", ")", "# Add resource to cache if not exists", "if", "not", "cache_id", "in", "self", ".", "cache", ":", "self", ".", "cache_add", "(", "resource_url", ",", "cache_id", ")", "# Return model run handle", "return", "run" ]

[ "Get", "handle", "for", "model", "run", "resource", "at", "given", "Url", "." ]

[ "def", "get_object", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Check if resource is in local cache. If not, create a new cache", "# identifier and set is_cached flag to false", "if", "resource_url", "in", "self", ".", "cache", ":", "cache_id", "=", "self", ".", "cache", "[", "resource_url", "]", "else", ":", "cache_id", "=", "str", "(", "uuid", ".", "uuid4", "(", ")", ")", "# The local cahce directory for resource is given by cache identifier", "obj_dir", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "self", ".", "directory", ",", "cache_id", ")", "# File for local copy of object's Json representation", "f_json", "=", "os", ".", "path", ".", "join", "(", "obj_dir", ",", "'.json'", ")", "# Object active flag", "is_active", "=", "True", "# Read the remote resource representation", "try", ":", "obj_json", "=", "sco", ".", "JsonResource", "(", "resource_url", ")", ".", "json", "# Save local copy of Json object. Create local resource directory if", "# it doesn't exist", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isdir", "(", "obj_dir", ")", ":", "os", ".", "mkdir", "(", "obj_dir", ")", "with", "open", "(", "f_json", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "json", ".", "dump", "(", "obj_json", ",", "f", ")", "except", "ValueError", "as", "ex", ":", "# If the resource does not exists but we have a local copy then read", "# object from local disk. Set is_active flag to false. Raise", "# ValueError if no local copy exists", "if", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "f_json", ")", ":", "with", "open", "(", "f_json", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "obj_json", "=", "json", ".", "load", "(", "f", ")", "is_active", "=", "False", "else", ":", "raise", "ex", "# Return object directory, Json, active flag, and cache identifier", "return", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id" ]

[ "Get", "remote", "resource", "information", ".", "Creates", "a", "local", "directory", "for", "the", "resource", "if", "this", "is", "the", "first", "access", "to", "the", "resource", ".", "Downloads", "the", "resource", "Json", "representation", "and", "writes", "it", "into", "a", ".", "json", "file", "in", "the", "cache", "directory", "." ]

[ "def", "image_groups_get", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Get resource directory, Json representation, active flag, and cache id", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id", "=", "self", ".", "get_object", "(", "resource_url", ")", "# Create image group handle. Will raise an exception if resource is not", "# in cache and cannot be downloaded.", "image_group", "=", "ImageGroupHandle", "(", "obj_json", ",", "obj_dir", ")", "# Add resource to cache if not exists", "if", "not", "cache_id", "in", "self", ".", "cache", ":", "self", ".", "cache_add", "(", "resource_url", ",", "cache_id", ")", "# Return image group handle", "return", "image_group" ]

[ "Get", "handle", "for", "image", "group", "resource", "at", "given", "Url", "." ]

[ "def", "image_groups_list", "(", "self", ",", "api_url", "=", "None", ",", "offset", "=", "0", ",", "limit", "=", "-", "1", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Get subject listing Url for given SCO-API and return the retrieved", "# resource listing", "return", "sco", ".", "get_resource_listing", "(", "self", ".", "get_api_references", "(", "api_url", ")", "[", "sco", ".", "REF_IMAGE_GROUPS_LIST", "]", ",", "offset", ",", "limit", ",", "properties", ")" ]

[ "Get", "list", "of", "image", "group", "resources", "from", "a", "SCO", "-", "API", "." ]

[ "def", "models_get", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Get resource directory, Json representation, active flag, and cache id", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id", "=", "self", ".", "get_object", "(", "resource_url", ")", "# Create model handle.", "model", "=", "ModelHandle", "(", "obj_json", ")", "# Add resource to cache if not exists", "if", "not", "cache_id", "in", "self", ".", "cache", ":", "self", ".", "cache_add", "(", "resource_url", ",", "cache_id", ")", "# Return subject handle", "return", "model" ]

[ "Get", "handle", "for", "model", "resource", "at", "given", "Url", "." ]

[ "def", "models_list", "(", "self", ",", "api_url", "=", "None", ",", "offset", "=", "0", ",", "limit", "=", "-", "1", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Get subject listing Url for given SCO-API and return the retrieved", "# resource listing", "return", "sco", ".", "get_resource_listing", "(", "self", ".", "get_api_references", "(", "api_url", ")", "[", "sco", ".", "REF_MODELS_LIST", "]", ",", "offset", ",", "limit", ",", "properties", ")" ]

[ "Get", "list", "of", "model", "resources", "from", "a", "SCO", "-", "API", "." ]

[ "def", "subjects_create", "(", "self", ",", "filename", ",", "api_url", "=", "None", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Create image group and return handle for created resource", "return", "self", ".", "subjects_get", "(", "SubjectHandle", ".", "create", "(", "self", ".", "get_api_references", "(", "api_url", ")", "[", "sco", ".", "REF_SUBJECTS_CREATE", "]", ",", "filename", ",", "properties", ")", ")" ]

[ "Create", "new", "anatomy", "subject", "at", "given", "SCO", "-", "API", "by", "uploading", "local", "file", ".", "Expects", "an", "tar", "-", "archive", "containing", "a", "FreeSurfer", "anatomy", "." ]

[ "def", "subjects_get", "(", "self", ",", "resource_url", ")", ":", "# Get resource directory, Json representation, active flag, and cache id", "obj_dir", ",", "obj_json", ",", "is_active", ",", "cache_id", "=", "self", ".", "get_object", "(", "resource_url", ")", "# Create subject handle. Will raise an exception if resource is not", "# in cache and cannot be downloaded.", "subject", "=", "SubjectHandle", "(", "obj_json", ",", "obj_dir", ")", "# Add resource to cache if not exists", "if", "not", "cache_id", "in", "self", ".", "cache", ":", "self", ".", "cache_add", "(", "resource_url", ",", "cache_id", ")", "# Return subject handle", "return", "subject" ]

[ "Get", "handle", "for", "subject", "resource", "at", "given", "Url", "." ]

[ "def", "subjects_list", "(", "self", ",", "api_url", "=", "None", ",", "offset", "=", "0", ",", "limit", "=", "-", "1", ",", "properties", "=", "None", ")", ":", "# Get subject listing Url for given SCO-API and return the retrieved", "# resource listing", "return", "sco", ".", "get_resource_listing", "(", "self", ".", "get_api_references", "(", "api_url", ")", "[", "sco", ".", "REF_SUBJECTS_LIST", "]", ",", "offset", ",", "limit", ",", "properties", ")" ]

[ "Get", "list", "of", "subject", "resources", "from", "a", "SCO", "-", "API", "." ]

[ "def", "create_disposable", "(", "clientInfo", ",", "config", "=", "{", "}", ")", ":", "response", "=", "requests", ".", "put", "(", "_format_url", "(", "_extend", "(", "DEFAULT_CONFIG", ",", "config", ")", ",", "OAUTH2_ROOT", "+", "'disposable'", ")", ",", "json", "=", "clientInfo", ")", "if", "response", ".", "status_code", "!=", "200", ":", "return", "None", "else", ":", "body", "=", "response", ".", "json", "(", ")", "return", "Blotre", "(", "{", "'client_id'", ":", "body", "[", "'id'", "]", ",", "'client_secret'", ":", "body", "[", "'secret'", "]", ",", "'code'", ":", "body", "[", "'code'", "]", "}", ",", "config", "=", "config", ")" ]

[ "Create", "a", "new", "disposable", "client", "." ]

[ "def", "_get_existing_disposable_app", "(", "file", ",", "clientInfo", ",", "conf", ")", ":", "if", "not", "os", ".", "path", ".", "isfile", "(", "file", ")", ":", "return", "None", "else", ":", "data", "=", "None", "with", "open", "(", "file", ",", "'r'", ")", "as", "f", ":", "data", "=", "json", ".", "load", "(", "f", ")", "if", "not", "'client'", "in", "data", "or", "not", "'creds'", "in", "data", ":", "return", "None", "return", "_BlotreDisposableApp", "(", "file", ",", "data", "[", "'client'", "]", ",", "creds", "=", "data", "[", "'creds'", "]", ",", "config", "=", "conf", ")" ]

[ "Attempt", "to", "load", "an", "existing" ]

[ "def", "_try_redeem_disposable_app", "(", "file", ",", "client", ")", ":", "redeemedClient", "=", "client", ".", "redeem_onetime_code", "(", "None", ")", "if", "redeemedClient", "is", "None", ":", "return", "None", "else", ":", "return", "_BlotreDisposableApp", "(", "file", ",", "redeemedClient", ".", "client", ",", "creds", "=", "redeemedClient", ".", "creds", ",", "config", "=", "redeemedClient", ".", "config", ")" ]

[ "Attempt", "to", "redeem", "a", "one", "time", "code", "registred", "on", "the", "client", "." ]

[ "def", "_check_app_is_valid", "(", "client", ")", ":", "try", ":", "if", "'refresh_token'", "in", "client", ".", "creds", ":", "client", ".", "exchange_refresh_token", "(", ")", "else", ":", "existing", ".", "get_token_info", "(", ")", "return", "True", "except", "TokenEndpointError", "as", "e", ":", "return", "False" ]

[ "Check", "to", "see", "if", "the", "app", "has", "valid", "creds", "." ]

[ "def", "create_disposable_app", "(", "clientInfo", ",", "config", "=", "{", "}", ")", ":", "file", "=", "_get_disposable_app_filename", "(", "clientInfo", ")", "existing", "=", "_get_existing_disposable_app", "(", "file", ",", "clientInfo", ",", "config", ")", "if", "existing", ":", "if", "_check_app_is_valid", "(", "existing", ")", ":", "return", "existing", "else", ":", "print", "(", "\"Existing client has expired, must recreate.\"", ")", "return", "_create_new_disposable_app", "(", "file", ",", "clientInfo", ",", "config", ")" ]

[ "Use", "an", "existing", "disposable", "app", "if", "data", "exists", "or", "create", "a", "new", "one", "and", "persist", "the", "data", "." ]

[ "def", "set_creds", "(", "self", ",", "newCreds", ")", ":", "self", ".", "creds", "=", "newCreds", "self", ".", "on_creds_changed", "(", "newCreds", ")", "return", "self" ]

[ "Manually", "update", "the", "current", "creds", "." ]

[ "def", "normalize_uri", "(", "self", ",", "uri", ")", ":", "return", "urllib", ".", "quote", "(", "re", ".", "sub", "(", "r\"\\s\"", ",", "'+'", ",", "uri", ".", "strip", "(", ")", ".", "lower", "(", ")", ")", ",", "safe", "=", "'~@#$&()*!+=:),.?/\\''", ")" ]

[ "Convert", "a", "stream", "path", "into", "it", "s", "normalized", "form", "." ]

[ "def", "get_authorization_url", "(", "self", ")", ":", "return", "self", ".", "_format_url", "(", "OAUTH2_ROOT", "+", "'authorize'", ",", "query", "=", "{", "'response_type'", ":", "'code'", ",", "'client_id'", ":", "self", ".", "client", ".", "get", "(", "'client_id'", ",", "''", ")", ",", "'redirect_uri'", ":", "self", ".", "client", ".", "get", "(", "'redirect_uri'", ",", "''", ")", "}", ")" ]

[ "Get", "the", "authorization", "Url", "for", "the", "current", "client", "." ]

[ "def", "_access_token_endpoint", "(", "self", ",", "grantType", ",", "extraParams", "=", "{", "}", ")", ":", "response", "=", "requests", ".", "post", "(", "self", ".", "_format_url", "(", "OAUTH2_ROOT", "+", "'access_token'", ")", ",", "data", "=", "_extend", "(", "{", "'grant_type'", ":", "grantType", ",", "'client_id'", ":", "self", ".", "client", ".", "get", "(", "'client_id'", ",", "''", ")", ",", "'client_secret'", ":", "self", ".", "client", ".", "get", "(", "'client_secret'", ",", "''", ")", ",", "'redirect_uri'", ":", "self", ".", "client", ".", "get", "(", "'redirect_uri'", ",", "''", ")", "}", ",", "extraParams", ")", ")", "data", "=", "response", ".", "json", "(", ")", "if", "'error'", "in", "data", "or", "'error_description'", "in", "data", ":", "raise", "_token_error_from_data", "(", "data", ")", "else", ":", "return", "self", ".", "set_creds", "(", "data", ")" ]

[ "Base", "exchange", "of", "data", "for", "an", "access_token", "." ]

[ "def", "get_token_info", "(", "self", ")", ":", "response", "=", "requests", ".", "get", "(", "self", ".", "_format_url", "(", "OAUTH2_ROOT", "+", "'token_info'", ",", "{", "'token'", ":", "self", ".", "creds", "[", "'access_token'", "]", "}", ")", ")", "data", "=", "response", ".", "json", "(", ")", "if", "response", ".", "status_code", "!=", "200", ":", "raise", "_token_error_from_data", "(", "data", ")", "else", ":", "return", "data" ]

[ "Get", "information", "about", "the", "current", "access", "token", "." ]

[ "def", "_add_auth_headers", "(", "self", ",", "base", ")", ":", "if", "'access_token'", "in", "self", ".", "creds", ":", "return", "_extend", "(", "base", ",", "{", "'authorization'", ":", "'Bearer '", "+", "self", ".", "creds", "[", "'access_token'", "]", "}", ")", "return", "base" ]

[ "Attach", "the", "acces_token", "to", "a", "request", "." ]

[ "def", "_is_expired_response", "(", "self", ",", "response", ")", ":", "if", "response", ".", "status_code", "!=", "401", ":", "return", "False", "challenge", "=", "response", ".", "headers", ".", "get", "(", "'www-authenticate'", ",", "''", ")", "return", "'error=\"invalid_token\"'", "in", "challenge" ]

[ "Check", "if", "the", "response", "failed", "because", "of", "an", "expired", "access", "token", "." ]

[ "def", "_make_request", "(", "self", ",", "type", ",", "path", ",", "args", ",", "noRetry", "=", "False", ")", ":", "response", "=", "getattr", "(", "requests", ",", "type", ")", "(", "path", ",", "headers", "=", "self", ".", "_add_auth_headers", "(", "_JSON_HEADERS", ")", ",", "*", "*", "args", ")", "if", "response", ".", "status_code", "==", "200", "or", "response", ".", "status_code", "==", "201", ":", "return", "response", ".", "json", "(", ")", "elif", "not", "noRetry", "and", "self", ".", "_is_expired_response", "(", "response", ")", "and", "'refresh_token'", "in", "self", ".", "creds", ":", "try", ":", "self", ".", "exchange_refresh_token", "(", ")", "except", "TokenEndpointError", ":", "raise", "_rest_error_from_response", "(", "response", ")", "return", "self", ".", "_make_request", "(", "type", ",", "path", ",", "args", ",", "noRetry", "=", "True", ")", "raise", "_rest_error_from_response", "(", "response", ")" ]

[ "Make", "a", "request", "to", "Blot", "re", ".", "Attempts", "to", "reply", "the", "request", "if", "it", "fails", "due", "to", "an", "expired", "access", "token", "." ]

[ "def", "put", "(", "self", ",", "path", ",", "body", ")", ":", "return", "self", ".", "_make_request", "(", "'put'", ",", "self", ".", "_format_url", "(", "API_ROOT", "+", "path", ")", ",", "{", "'json'", ":", "body", "}", ")" ]

[ "PUT", "request", "." ]

[ "def", "get_child", "(", "self", ",", "streamId", ",", "childId", ",", "options", "=", "{", "}", ")", ":", "return", "self", ".", "get", "(", "'stream/'", "+", "streamId", "+", "'/children/'", "+", "childId", ",", "options", ")" ]

[ "Get", "the", "child", "of", "a", "stream", "." ]

[ "def", "_persist", "(", "self", ")", ":", "with", "open", "(", "self", ".", "file", ",", "'w'", ")", "as", "f", ":", "json", ".", "dump", "(", "{", "'client'", ":", "self", ".", "client", ",", "'creds'", ":", "self", ".", "creds", ",", "'config'", ":", "self", ".", "config", "}", ",", "f", ")" ]

[ "Persist", "client", "data", "." ]

[ "def", "options", "(", "self", ",", "parser", ",", "env", "=", "os", ".", "environ", ")", ":", "super", "(", "PerfDumpPlugin", ",", "self", ")", ".", "options", "(", "parser", ",", "env", "=", "env", ")", "parser", ".", "add_option", "(", "\"\"", ",", "\"--perfdump-html\"", ",", "dest", "=", "\"perfdump_html_file\"", ",", "help", "=", "\"Set destination for HTML report output\"", ")" ]

[ "Handle", "parsing", "additional", "command", "-", "line", "options" ]

[ "def", "configure", "(", "self", ",", "options", ",", "conf", ")", ":", "super", "(", "PerfDumpPlugin", ",", "self", ")", ".", "configure", "(", "options", ",", "conf", ")", "if", "not", "self", ".", "enabled", ":", "return", "try", ":", "self", ".", "html_output_file", "=", "options", ".", "perfdump_html_file", "except", ":", "pass", "self", ".", "db", "=", "SqliteConnection", ".", "get", "(", "self", ".", "database_name", ")" ]

[ "Configure", "this", "plugin", "using", "the", "given", "options" ]